庄子给我们留下《庄子》一书，现存三十三篇，分为内篇七，外篇十五，杂篇十一。这些文章思想性和艺术性以及写作风格略有差异，可能不是出自庄子一人之手，而有弟子们的著作掺杂其中，但通篇的基调是一致的，所以可以把它看作庄子的思想。这部书，既给人以无限快乐的艺术享受，又能让人充分领略到深刻的哲理，所以庄子既是艺术大师，又是哲学大师。
在哲学上，庄子继承了老子的思想，对自然界进行了广泛的研究，提出了世界的本原是“道”的思想。
庄子认为，“道”是看不见、摸不着的，在没有天地以前，“道”就存在着。天地万物都由它产生，连上帝鬼神都靠它显示作用。他把贯通整个天下的东西都看作是气，万物由气而生，人也由气而生。人的生死只不过是气的聚散，因此，生不值得看重，死也不值得可惜。他的妻子死了，他竟然盘着双腿敲着瓦盆唱歌，使前去吊唁的惠施大吃一惊，批评他违背人理。而他却不以为然，认为人的生死不过和春夏秋冬四时的运行一样，是自然而然的事，妻子安睡在天地这个大房子里，得到了宁静，不应该用哭泣破坏她的安宁。（《至乐》）
庄子还探讨了时间和空间的无限问题。他认为时间是无限的，没有开端，没有结束。同样，空间也是无限的。他举例说，中国在四海之内，就像一粒米放在大仓里一样；而四海在天地之间，就像蚂蚁穴放在大湖里一样。（《秋水》）这个比喻对于开拓人们的视野，从而认识空间的无限性，是有启发作用的。
庄子还强调了运动的绝对性，他认为整个世界是变动不居的，正如月亮有圆有缺一样，不能停留在某一种状态。一切事物都处在生长消亡、终则有始的运动变化之中，这是万物的道理。一切事物都像马奔腾向前，永远不停地变动迁移着。（《秋水》）
在认识论方面，庄子最突出的是反对儒家和墨家独断论的真理观，认为真理没有客观标准。儒家认为他们的仁义礼智是绝对真理，墨家认为他们的尚贤尚同是绝对真理。庄子认为，历史在不断发展着，不同的历史时代有不同的情况，把一种道理奉为绝对真理是完全错误的。他举例说，人睡在潮湿的地方就腰疼，但泥鳅也这样吗？人爬到高树上就害怕，但猴子也这样吗？这三种东西到底谁的生活习惯最合乎标准呢？人类吃肉，麋鹿吃草，蜈蚣吃小蛇，猫头鹰和乌鸦却喜欢吃老鼠，这四种东西到底谁的口味最合标准呢？毛嫱和西施都是世上公认的美人，但鱼见了要深入水底，鸟见了要飞向高空，麋鹿见了要飞速逃跑，这四种东西究竟哪一种的美最合标准呢？（《齐物论》）
庄子还认为是非是相对的，真正的是非是无法确定的，主张消弭一切是非。从另一方面，庄子认为人的生命是有限的，而认识的事物却是无穷的，用有限的生命去追求无限的认识事物，只能使自己很疲困。既然这样还要去追求认识，那就会弄得更加疲惫不堪，这就是庄子《养生主》里说的：“吾生也有涯，而知也无涯。以有涯随无涯，殆已。已而为知者，殆而已矣。”对于人应该怎样来对待认识的问题庄子提出了“知有所待”的思想，他认为认识要有一定的条件才能判断其是否正确，而这所待的一定条件却是变化无定的。因此，要想取得认识，就必须超脱普通感情，要有特殊修养，达到真人的境界。这样才能取得真正的认识。
相对主义是庄子哲学最重要的特色。他看到矛盾是普遍存在的，鲲鹏与蜩鸠之间，有形体大小的不同，飞翔有高低、远近的差别。早晨生晚上死的小虫不知一个月的时光，春天生夏天死、夏天生秋天死的寒蝉不知道一年的时光。而楚国南边有只灵龟，以五百年为一春季，五百年为一个秋季；上古更有一棵大椿树，以八千年为一个春季，八千年为一个秋季；人类中的彭祖以七百岁为高寿。这些都是寿命长短的不同（《逍遥游》）。事物和事物之间有差别，任何具体事物内部也都包含着有无、大小、美丑、善恶等等各种矛盾。但庄子并不是到此为止的，他更进一步认为，人们在发现矛盾一方的同时，又可以发现它的对立一方。他看到许多矛盾对立面之间的相互依存和相互转化，片面地夸大了事物变化的绝对性，错误地认为转化是没有条件的，因而是绝对的，否定了事物在一定条件下的相对静止，于是也就否定了事物质的规定性。这样，每个事物都既可以说是有，又可以说是无；既可以说是大，又可以说是小；既可以说是它自己，又可以说不是它自己。最终也就认为事物之间、矛盾对立方面之间是彼此无别的。庄子提出了“万物一齐，孰短孰长”（《秋水》）的名言，认为世间万物是一样的，没有什么差别。这种思想在《齐物论》篇作了最集中的阐述。
庄子还认为，任何事物都有它大的方面，也都有它小的方面。如果从大的方面去看，万物没有不大的；从小的方面去看，万物没有不小的。明白了天地和米粒一样小，毫毛和丘山一样大，也就看到了万物量的差别。（《秋水》）事物的有用和无用也是这样，对别人的“无用”，正是对自己的“大用”，因为对别人无用，别人就不会侵犯自己，这样就可以保全自己。为此庄子还讲了一个故事说明这个问题。有一次，他在山中走着，看到一棵很大的树，枝叶长得那样茂盛，但伐木的人却停在树下不去砍伐它。他问伐木人为什么不去砍伐，回答却是“没有一点用处”。庄子说：“这棵树正是因为不中用才能终享天年。”后来，庄子从山上下来，到朋友家去。朋友很高兴，让童仆杀一只鹅款待他。童仆问主人说：“一只鹅会叫，另一只鹅不会叫，杀哪一只好呢？”主人让童仆杀那只不会叫的。第二天，学生们问庄子说：“昨天山上的树林因为没有用所以享尽自然的寿命，而主人的鹅却因为‘不材’而被杀，请问先生怎样才能自处呢？”庄子笑着回答他们说：“我将处于‘材’和‘不材’之间。‘材’和‘不材’之间，看来是处在恰当的位置，但其实仍不能免于祸患。不如顺其自然而处世，既没有美誉也没有毁辱，永远不偏执于任何一个固定点。”（《山木》）庄子强调了要完全解脱祸患，干脆必须消灭“材”与“不材”即有用和无用之间的差别。
为了贯彻这种万物一齐的思想，庄子提倡“天钧”和“两行”。庄子说，人们往往竭尽心智去求取一致，但是并不知道它本来就是相同的。有一个养猴子的人，喂一群猴子吃栗子，对这些猴子说：“早晨给你们三升栗子，晚上给四升。”这些猴子急了，都很生气。养猴子的人又说：“那么早晨给你们四升，晚上给三升。”猴子们听了都高兴起来。其实栗子数量并没有变，但猴子的喜怒却因为顺序的不同而不同，这也只是顺着猴子主观的心理作用罢了。所以圣人不执着于是非的争论而保持着“天钧”（自然均衡），这就叫做“两行”。（《齐物论》）庄子所说的“两行”，就是让世俗的谁是谁非的争论得到调和，用彼此没有分别的自然均衡去平息争辩，实际上也就是取消是非。
庄子认为要做到齐万物，首先还得做到齐“物我”，即泯灭外物和主体、客观世界与主观世界的界限。事物的差异不是客观事物本身所固有的，而是认识主体观察问题的角度不同所造成的。（《秋水》）如果单从差异的角度去观察事物，那么，即使同一身体内脏中的肝和胆，也会被看作像楚国和越国那样遥远，差别那样大；但如果单从相同的角度去观察万物，万物又没有差别了，所以庄子认为人的最高境界就是“至人无己，神人无功，圣人无名”（《逍遥游》）。只有忘掉为功名所束缚的小我，才能达到和天地精神往来的境界，进入没有矛盾和差别的世界。
庄子有着自己的理想中的社会，有自己的处世态度。他的理想社会就是“至德之世”，在这个社会里，没有君子和小人之间的分别，人和鸟兽同居，和万物并聚，大家都不用智谋，也都没有贪欲，所以都可以不离失本性，纯真朴实，人们自然而生，自然而死，过着“织而衣，耕而食”的田园生活。在这样的社会里根本用不着人为地去管理（《让王》），也用不着人为地去创造。如果硬要人为地把社会管理起来，就好像要把多余的手指砍掉，把连着的脚趾割开，把凫的短腿续长，把鹤的长腿截短一样，是违反人的自然本性的（《骈拇》）
但是现实社会和庄子的理想相距太远了，庄子生活的战国之世，战乱频繁，贤圣不明，道德不一。七雄争霸，给人民生活带来了很多痛苦。社会上到处都有众暴寡、强凌弱、杀戮、攘夺等等罪恶现象。庄子深知自己的理想社会是根本实现不了的，他在考虑着如何在现实的社会中求得生存的方法。
庄子认为，人的生死存亡，美誉毁辱，贫富贵贱，贤与不肖，乃至于饥渴寒热，都是由命决定的。知道事情的无可奈何而安之若命，即安心地看待这种命运，这只有有德的人才能做到。（《德充符》）
那么怎样做才能安之若命呢？庄子认为，要把生死看作昼夜的变化一样，是人力无法改变的，因此，要“不知悦生，不知恶死”（《大宗师》），对生不感到特别高兴，对死也不感到厌恶。生死都置之度外了，喜怒哀乐的情感也就可以消除了。达到了这种境界，也就获得了最大的精神自由。
庄子主张人要尽量过一种符合自己自然本性的生活，摆脱社会的束缚，摆脱争名逐利的欲望的束缚，使自己得到自由。庄子说，人谋取过多的财富，就会成为祸害。富人劳苦身体，辛勤工作，积聚了大批钱财而不能完全使用，这对养护身体很有害处。而贵人日夜担忧，保全禄位，同样对养护身体有害。要真正有快乐，必须清静无为。（《至乐》）这样，人就可以摆脱一切物质的欲求，摆脱一切世俗的牵累，最后达到“忘己”、“无己”的最高境界，也就获得了最大的精神自由。
《庄子》一书想像丰富，妙趣横生，里面充满了神奇的故事，有人和鱼的对话，河与海的交谈，鲲鹏和仙人的逍遥游……这些故事表现了庄子丰富的文学想像力，又表现了他深刻的哲学洞察力，这就使庄子成为中国历史上最有特色的哲人和伟大的文学家。魏晋以来，玄学兴起，《庄子》一书与《易经》、《老子》并列为“三玄”，庄子也被说成玄学的祖师。后来，佛家弟子们又以佛解庄，把庄子引为禅门同调。道教盛行时，《庄子》一书又被奉为《南华真经》，成为道教经典，庄子也就成为道教祖师。