到了清代，回族穆斯林仍须祝延圣寿，同时，许多清真寺中，又设置“万岁牌位”，上书“当今皇帝万岁万万岁”几个金字。这种牌位置于桌案之上，有些清真寺还特制一种“龙亭”，将牌位置于其中。平时牌位陈列于礼拜大殿之外券棚中间，即大殿门前。遇有必要情况时，则移置大殿内，陈列于大殿上方“敏拜尔”(宣讲台)的一侧。清真寺设置“万岁牌位”，形似偶像崇拜，与伊斯兰教义和法律大相悖谬，实则系回族穆斯林为救护宗教所采取的一项应急“塔基亚”措施。清初，屡有一些朝臣对伊斯兰教和回族穆斯林横加指斥，妄加罪名，谓回回夜聚晓散，谋逆造反。雍正年间，山东巡抚陈世琯、署理安徽按察司鲁国华等上奏朝廷：“回教不敬天地，不祀神只，另定宗主，自为岁年，党羽众盛，济恶害民，……平日早晚皆戴白帽，设立礼拜清真寺等名色，不知供奉何神”，因而奏呈“请概令出教，毁其礼拜寺”等等。回族穆斯林面对这种灭教声浪，为维护宗教便采取了这种违心的应急措施，设立“万岁牌位”以抵制诬蔑指控，救护伊斯兰教。穆斯林所采取的这项救护措施，可能早已上闻朝廷，受到雍正帝的嘉许，下诏批驳陈世琯、鲁国华的奏呈，说回民信奉伊斯兰教“乃其先代留遗，家风土俗”，并非“作奸犯科，惑世诬民者比”。认为回民皆为“国家之编民”、“赤子”，应对其“一视同仁”，“不容以异视”。并切责陈世琯、鲁国华“非有挟私报复之心，即欲惑乱国政”。诏令将陈世琯、鲁国华“交部严察议处”。
相传，清道光年间，蓟县有教外人士联名起诉于州衙，指控回民夜聚明散，显有不利于地方之行为，请拆其寺院。时知州杨夔生阅呈后，拟至寺访查，事前该寺坊回民已有所闻，而将“万岁牌位”移置大殿“米哈拉布”一侧，面外而立，以待知州。知州到寺，进入大殿参观，一眼便看到了“万岁牌位”，急忙上前倒身叩首。礼毕，便对随从说道：“回民奉拜当今皇帝，岂有不法之行动，显系妒回而造谣。今后再有妄告者，从重罚办。”知州旋至教长室，与教长谈话，询问教义，颇加赞许，即时书赠对联一副，以留纪念。上联云：“惟道无名，看怀德畏威，西域久重声教”；下联云：“以诚立愿，喜父慈子孝，中华递衍薪传”。回民以此为荣，特制匾悬挂于大殿内。
回族穆斯林这项救护措施，在我国崇尚儒释道的封建专制王朝的统治下，也确实取得了好的效果。回族穆斯林清真寺之被容许存在，就是因为设立了“万岁牌位”，作为“祝延圣寿”之所。不断兴建之清真寺，也是在这个名义下建立起来的。它维护了回族伊斯兰教的存在和发展。
辛亥革命，推翻了数千年的封建专制统治，永远废除帝制，孙中山先生倡导民族平等、信教自由。回族穆斯林尊经革俗，纷纷取消了“万岁牌位”，废除“祝延圣寿”之礼。至今七十多年来，全国各地回族穆斯林清真寺，不复再见“万岁牌位”，它也已成为历史陈迹了。
掌教是住持寺坊清真寺掌理宗教事务的教职人员，其中职务最高者为伊玛目或开学阿訇，有些地方也称其为教领、统教等。这就是寺坊的首领，穆斯林最高精神领袖。他全面主持寺坊的宗教事务，领导穆斯林的宗教生活。民国以来，又多称其为教长，似乎已成为定称。掌教的职务职能、掌教制的发展演变，本书第九章都已做了较详尽的说明，这里我们不再赘述。总括来说，掌教是寺坊组织的首脑机构。
关于掌教的来源，我们在第九章中也曾提到，元代设回回哈的司属委派回回哈的掌理伊斯兰教事务，管理穆斯林的宗教生活。“哈的”被称为哈的掌教或哈的大师。明代沿袭元制，称穆斯林寺坊的首领伊玛目等为掌教，认可掌教的名位身份。许多地方穆斯林寺坊的掌教，朝廷授以劄副，冠戴荣身，准免差徭，颇为尊荣，享有很高的社会地位。清初，也大致如此，同时，还利用掌教约束回民，称穆斯林寺坊的掌教为“掌教大人”。甘州米喇印、丁国栋起义被镇压后，清朝兵部左给事中郎郝壁为善后处理问题向清廷献策，发出揭帖说，对回民“于各府、州、卫五、六十里之外，或有屯堡偏闲之地，子女族党另行安置，勿令养马，勿藏兵器”，并由“掌教大人主之，制其出入，一意耕牧所原有田产，以消其犷悍之性”。雍正年间，清政府推行乡约制度统治回民，首先在河州(今甘肃临夏回族自治州)所属各族穆斯林居住地区实行。即每个乡设约一人，允许在本乡享有某些行政和行教权力，严格约束穆斯林，向官府具结担保本乡穆斯林不发生违犯禁令之事。到乾隆二十二年(1757年)，清政府在户口方面更定十五条，规定“各省回民，令礼拜寺掌教稽查”。又给予掌教行政方面的一项权力。
乾隆四十六年、四十九年，哲赫忍耶穆斯林两次反清起义被残酷镇压后，清政府在西北穆斯林地区更大力推行乡约制度，取消穆斯林寺坊的掌教制度，普遍实行乡约制度。严九家连坐之条，行公举密首之法。将穆斯林都编入牌甲，规定某户回民应归某寺，登记造册备查。由地方官吏择定“老成”、“公正”之人，令其充当乡约，管束穆斯林，随时稽查，有复昌新教者即行首告指拿。如实无新教，于每年底令乡约等联名具结一次，汇齐咨部查核。更规定不许再立掌教阿訇，不许清真寺收留过往回民，如寺内收留居住过往回民，即派查拿饬禁。据《甘宁青史略》载，乡约分为两种：有清真寺存在的寺坊中，所设的乡约，称为寺约，已无清真寺的地方，称为回约。实行分段管理，各给印札，予限三年，期满更换。清政府规定，不许再立掌教阿訇名目，也不许再建清真寺。实际上，寺约、回约还多是由伊斯兰教职人员(阿訇、伊玛目)担任。他们对外应付官方，称为乡约或头人，在内仍自称掌教或伊玛目、阿訇等，秘密行使宗教职权。咸丰至同治年间，陕甘回民起义反清，清政府在西北穆斯林地区又一次严申乡约制度。同治元年五月，议政王军机大臣会同吏部等部议准署理陕甘总督沈兆麟复奏甘肃善后章程，规定应申明旧章，“不得分寺诵经，亦不得妄分新旧教及添建礼拜寺，仍责成总约回民，随时稽查。朱批从之”。直到清末，光绪二十一年河湟穆斯林起义后，清政府仍严申乡约制度，禁止掌教和阿訇传教。御史胡景桂奏请：“明降谕旨严禁新教名目及教首阿訇之称”，要求“地方官将回乡仿照汉民，每村每年公举保长一名，如有阿訇传教，设立老教新教名目者，严拿究办，照邪教惑人律治罪”。但在咸丰、同治年间云南回民起义中，清政府为了分化瓦解起义民众，却又封授着名的回族经学家马德新为二品伯克滇南回回总掌教约束回民。总之，清政府一直企图废除穆斯林寺坊组织及其掌教制度，推行乡约制度，终未成功。掌教制度屡除屡兴，终清之世，
西北穆斯林地区的寺坊组织和掌教或明或暗的一直存在着，而乡约制度往往成为变相的特殊形式的掌教制度。同时由于推行乡约制度的结果，在某些方面还强化了穆斯林寺坊和掌教制度，扩大了它的职能和行政权力。
管理组织
管理组织即清真寺和寺坊事务的管理机构。它的组织形式和名称，各个时代和地区也有所不同。唐宋时期，蕃坊穆斯林清真寺有无这种管理组织，现已无可考证。元时，似乎已设专管清真寺事务的教职人员。据吴鉴《清净寺碑记》中说：“后以穆塔完里阿合味不任，寺坏不修。”可见当时清净寺便设有“穆塔完里”，译称“督寺”，负责清真寺的事务。由叫阿哈味者任“穆塔完里”，但是他却不尽职责，致使清净寺长期失修。随着回族穆斯林寺坊制度形成以后，到明清以来，有了较完备的清真寺和寺坊事务的管理组织。
寺坊的管理组织形式，南北各地大体一致，但有两种称谓：一种是学东乡老会。甘、宁、青、云、贵、川大多如此，即由数名乡老组成，为首的乡老又称为学东，也有称其为主事乡老或乡老头的，民国时期又多称为学董。之所以称学东或学董，显然与明中叶以后兴起的经堂教育有关。当时开办和发展经堂教育被视为寺坊的头等大事，寺坊穆斯林往往推举本地的巨商富户，作为经堂学校的东家，以钱财资助经堂学校，供养经生和经师。后来清真寺的主事乡老就一直袭用这个称呼。乡老也都是本坊热心宗教事业的长者，故以乡老相呼。另一种是社头会，陕西、华北等地区穆斯林寺坊大多如此，管理机构由社头数人组成，其中为首者称为总社头。前面我们已讲到“社”是我国历代封建社会的基层组织。元朝沿袭旧制，也在城乡普遍立社，大体每五十户左右为一社。社有社长，督导农耕，维护社会治安。社头之称大概源自社长。
寺坊管理组织主要职责是：决定选聘或解聘本寺坊掌教阿訇和其他教职人员；筹办集体性的宗教活动；举办经堂教育和其他公益福利事业；保护维修清真寺和管理寺坊公墓，筹集和管理寺坊经费和财产。