用药的方法有遍洒法、口服法、浸洗法、涂抹法、挂袋法、注射法等多种，以下择要介绍。
（1）遍洒法亦称泼洒法，是水产生产中防治鱼类病害经常采用的方法。如用生石灰调节水质就属于此种方法。遍洒法有三个方面的要求：一是要求严格掌握用药量，根据养殖水体的体积或面积正确确定安全浓度；二是要求将药物化水均匀地泼洒，避免局部浓度过高现象；三是要求区别对待，防病和治疗时不同的用药量。
（2）口服法也称内服法，一般是将所施用的药物按剂量混入饲料中制成药饵，使黄鳝通过摄取饲料而摄入药物，从而达到防治病害的目的。采用本方法的问题是通常黄鳝患病后，即成为群体发病，普遍食欲减退或几乎完全停食，就是说，药物进入黄鳝体内的数量不会太大，治疗效果也不会太好。因此，需要采取一定的技术措施千方百计使患病黄鳝较好地摄取药饵，如施用药饵前1～2天停止饲料的投喂，让处于饥饿状态的黄鳝于第2天或第3天被迫摄取药饵；或在药饵中添加黄鳝喜食的螺蚌肉、蚯蚓等作为引诱物（剂）。
（3）浸泡法也称浸洗法，是将黄鳝集中于较小水体或容器内，配制较高浓度的药物，在较短时间内强迫鳝体受药，以达到杀灭病原体的目的，如放种时用食盐浸洗鳝种等。其特点有：一是多用于杀灭体表或鳃部的病原体；二是多用于投放时的种苗消毒或工具消毒；三是要求操作时药物的浓度要精确，操作时的时间要短、速度快、动作要轻。
（4）涂抹法是将药物直接涂到鳝体创口的一种方法，多用于治疗体表创伤或炎症的治疗。如网箱养鳝时的打印病、烂尾病等疾病可用此法治疗。
（5）挂袋法也称挂篓法，是在食场（台）周围悬挂盛药的袋或篓，形成药物区域，当黄鳝摄食进入此区域时达到杀灭体表病原体的目的。此法具有用药量少，方法简便，没有危险及副作用小等优点，但也有杀灭病原体不彻底等缺点。一般用于预防疾病。