2．特别行政区的国家机关仍属于我国地方国家机关的体系。特别行政区虽拥有高度的自治权，但这种自治权是全国人民代表大会通过特别行政区基本法授予的，具有派生性。我国《宪法》第31条和第62条规定特别行政区的设立及其所实行的制度的决定权属于全国人民代表大会，中央政府行使国家对特别行政区的主权；香港特别行政区和澳门特别行政区的行政长官和行政机关的主要官员由中央人民政府任命，行政长官必须向中央人民政府述职。因此，特别行政区国家机关与中央政府的关系是一个主权国家内地方政府与中央政府的关系，说明了特别行政区政府对中央人民政府有明显的直接从属关系。香港特别行政区基本法和澳门特别行政区基本法均规定特别行政区是中华人民共和国的一个有高度自治权的地力行政区域，直辖于中央人民政府。这-规定就是这种直接从属关系的明确表述。
3．特别行政区与中央人民政府的关系具有特殊性。特别行政区作为直辖于中央人民政府的特殊行政区域，与中央人民政府及其所属各部门的关系不同于内地的行政区域。虽然中央人民政府要对特别行政区实行领导和监督，但这种领导和监督体现为对不属于特别行政区自治范围内的事务进行管理，对于特别行政区自行管理的事务以及特别行政区是否遵守基本法进行监督；中央人民政府的领导和监督权，不等于中央人民政府所属各部门都可以向特别行政区发号施令，国务院所属各部门均无权对特别行政区的机构下达命令、布置任务或检查工作。
二、特别行政区行政长官
（一）法律地位
特别行政区的行政长官是特别行政区的首脑，对中央人民政府和特别行政区负责；同时，又是特别行政区的行政首脑，领导特别行政区政府。
1．由于特别行政区享有基本法规定的某些对外事务方面的权由，行政长官在对外事务的活动和交往中代表特别行政区。
2．由于特别行政区享有高度自治权，而行政长官由当地通过选举或协商产生，由中央人民政府任命，由此，行政长官的地位高于行政、立法和司法机关的首脑，他代表特别行政区与中央人民政府联系，对内独掌行政管理权。
（二）任职资格
由于行政长官在特别行政区具有十分重要的地位，因此，基本法对行政长官的任职资格作了比较严格的规定。
根据香港特别行政区基本法的规定，香港特别行政区行政长官由年满40周岁、在香港通常居住连续满20年并在外国无居留权的香港特别行政区永久性居民中的中国公民担任。这种规定既符合同家主权原则和“港人治港”的精神，也体现了中央对香港居民管理香港的高度信任。除此之外，行政长官还必须拥护中华人民共和国香港特别行政区基本法并效忠香港特别行政区。澳门特别行政区基本法规定，澳门特别行政区行政长官由年满40周岁，在澳门通常居住连续满20年的澳门特别行政区永久性居民中的中国公民担任。它与香港特别行政区基本法的规定相比，没有关于外国居留权的限制性规定。这主要是因为澳门居民中相当数量的华人按照葡萄牙国籍法取得了葡籍，领有葡萄牙护照，因此中葡联合声明规定：“澳门居民凡符合中华人民共和国国籍法规定者，不论是否持有葡萄牙旅行证件和身份证件，均具有中国公民资格。”但为了行政长官的任职与其法律地位相一致，基本法又对行政长官的任职资格作了补充规定：“行政长官在任职期间不得具有外国居留权。”
（三）产生和任期
关于特别行政区行政长官的产生办法，基本法规定，在当地通过选举或协商产生，由中央人民政府任命。
香港特别行政区行政长官的产生办法，根据香港特别行政区基本法的规定，应根据香港特别行政区的实际情况和循序渐进的原则而规定。最终达成由一个有广泛代表性的提名委员会按民主程序提名普选产生的目标。根据《香港特别行政区政长官的产生办法》的规定，在1997年到2007年的10年内，由800人组成的包括工商、金融界；劳工、社会服务、宗教界；立法会议员、区域性组织代表以及香港地区全国人民代表大会代表和全国政协委员的代表等各界人士在内的，具有广泛代表性的选举委员会选举产生，由中央人民政府任命。第一任行政长官则按照《全国人民代表大会关于香港特别产政区第一届政府和立法会产生办法的决定》产生，即由全国人民代表大会香港特别行政区筹备委员会筹组的由400人组成的香港特别行政区第-届政府推选委员会在当地以协商方式产生，或协商以后提名选举产生，报中央人民政府任命。
澳门特别行政区行政长官的产生办法与香港基本相同，但澳门特别行政区没有关于“根据循序渐进的原则，最终达至由普选产生”的规定；其选举委员会和推选委员会的人数比香港少得多。从1999年12月20日到2009年期间的第一、第二、第三任行政长官分别按照《全国人民代表大会关于澳门特别行政区第一届政府、立法会和司法机关产生办法的决定》和《澳门特别行政区行政长官产生办法》产生。
香港特别行政区和澳门特别行政区的行政长官任期为5年，均可以连选连任一次。
（四）职权
为保障行政长官有足够的权力担当起领导特别行政区的重任，根据基本法的规定，行政长官具有广泛的职权。概括起来主要有：
1．执行基本法和依照基本法适用于特别行政区的其他法律。基本法是全国人民代表大会依照宪法制定的在特别行政区内实施的宪法性法律，是特别行政区的立法基础。因此基本法的实施关系到特别行政区的繁荣、稳定和发展。负责执行基本法是行政长官的职责，首先，行政长官本人必须遵守基本法并按照基本法管理特别行政区事务；其次，行政长官还要监督和保证特别行政区的一切机关、团体和个人遵守基本法。除此之外，行政长官还应负责执行基本法所规定的香港和澳门的原有法律、特别行政区立法机关制定的法律以及适用于特别行政区的全国性法律。
2．行政权。行政管理权和决策权是行政长官的主要职权之一。主要有：
（1）领导特别行政区政府。（2）决定特别行政区的政策和发布行政命令。（3）主持行政会议。（4）处理请愿或申诉事项。（5）根据国家和特别行政区的安全或重大公共利益的需要，决定政府官员是否向立法会或其所属委员会作证和提供证据。（6）临时拨款申请权和临时短期拨款批准权。
3．与立法有关的职权。行政长官有权签署立法会通过的法案并公布法律；有权批准立法会提出的有关财政收入和支出的动议；行政长官如认为立法会通过的法律不符合香港特别行政区的整体利益，可在3个月内将法案发回立法会重议；行政长官如拒绝签署立法会再次通过的法案或立法会拒绝通过政府提出的财政预算案或其他重要法案，经协商仍不能取得一致时，行政长官在征询行政会的意见后可以解散立法会。
4．人事任免权。行政长官提名并报请中央人民政府任命特别行政区主要官员；建议中央人民政府免除上述官员的职务；委任行政会议成员或行政会委员；行政长官有权依法定程序任免各级法院法官，依照法定程序任免公职人员。澳门特别行政区行政长官还可依照法定程序任免各级法院院长和检察官；提名并报请中央人民政府任命检察长并建议中央人民政府免除检察长职务；委任部分立法会议员。
5．其他职权。行政长官还须执行中央人民政府就基本法规定的有关事务发出的指令；代表特别行政区政府处理中央授权的对外事务和其他事务；有权依法赦免或减轻刑事罪犯的刑罚。
（五）行政会议（行政会）
为保障行政长官有效地行使职权，基本法规定设立协助行政长官决策、向行政长官提供咨询的智囊团机构。这种机构在香港特别行政区称作行政会议，而在澳门特别行政区称作行政会。
香港特别行政区行政会议的成员由行政长官从行政机关的主要官员、立法机关成员和社会人士中委任，其任免由行政长官决定，其任期都不能超过委任他们的行政长官的任期。同时，他们必须是在外国无居留权的香港特别行政区永久性居民中的中国公民。
澳门特别行政区行政会的性质、地位、作用与香港行政会议相同，但其任职资格中没有关于“外国居留权”的限制。澳门行政区基本法并规定行政会由7至11人组成，每月至少要举行一次会议。
三、特别行政区的行政机关
特别行政区的行政机关即特别行政区政府，其首长为特别行政区行政长官。
（一）组成
根据《香港特别行政区基本法》第60条的规定，特别行政区政府由政务司、财政司、律政司和各局、处、署组成。各司的主管官员为“司长”；各局是有权拟订政策的部门，其主管官员为“局长”；各处是负责执行行政事务而不拟订政策的部门，其主管官员为“处长”；各署则是工作较有独立性质的部门，如廉政公署、审计署等，其主管官员称为“署长”或“专员”。
《澳门特别行政区基本法》第62条规定，澳门特别行政区设司、局、厅、处，其主管官员分别称作司长、局长、厅长、处长。澳门特别行政区的检察机关属于司法机关，不包括在行政机关内，这与香港特别行政区是不同的。
（二）主要官员的任职资格及任免
根据基本法的规定，香港特别行政区政府的主要官员包括各司司长、副司长，各局局长，廉政专员，审计署长，警务处长，入境事务处处长和海关关长；澳门特别行政区政府的主要官员包括各司司长、廉政专员、审计长、警察部门的主要负责人和海关主要负责人。
基本法对主要官员任职资格的规定是比较严格的。香港特别行政区的主要官员必须由在香港通常居住连续满15年并在外国无居留权的香港特别行政区永久性居民中的中国公民担任。澳门特别行政区的主要官员由在澳门通常居住连续满15年的澳门特别行政区永久性居民中的中国公民担任。主要官员在任职期内必须宣誓效忠中华人民共和国。
香港和澳门特别行政区政府的主要官员均由行政长官提名并报请中央人民政府任命。其免职也由行政长官向中央人民政府提出建议。
（三）特别行政区政府的职权
根据《香港特别行政区基本法》第62条和《澳门特别行政区基本法》第64条的规定，特别行政区政府行使下列主要职权：（1）制定并执行政策。（2）管理各项行政事务。（3）办理基本法规定的中央人民政府授权的对外事务。（4）编制并提出财政预算、决算。（5）拟定并提出法案、议案、附属法规；草拟行政法规。（6）委派官员列席立法会会议听取意见或者代表政府发言。
除此之外，特别行政区政府还依法管理境内属于国家所有的土地和自然资源；负责维持社会治安；自行制定货币金融政策并依法管理金融市场；经中央人民政府授权管理民用航空运输；经中央人民政府授权在境内签发特别行政区护照和其他旅行证件；对出入境实行管制。
四、特别行政区立法会
（一）性质、地位、产生和任期
特别行政区立法会是特别行政区的立法机关，它拥有广泛的立法权限，包括制定刑法、民法、诉讼法等重要的法律。因此，立法会的立法权是特别行政区高度自治权的表现。
香港特别行政区立法会由选举产生，根据《香港特别行政区立法会的产生办法和表决程序》以及《全国人民代表大会关于香港特别行政区第一届政府和立法会产生办法的决定》的规定，立法会议员由60人组成。第一、二届立法会由功能团体选举、选举委员会选举和分区直接选举三种方式产生。从第三届起，立法会不再有由选举委员会选举的议员。1996年3月24日，全国人民代表大会香港特别行政区筹备委员会决定设立香港特别行政区临时立法会，由第一届政府推选委员会全体委员选举产生的60名议员组成，其工作至香港特别行政区第一届立法会产生为止。香港立法会议员的任期，第一届为2年，以后每届均为4年。
澳门特别行政区立法会的议员采用直接选举、间接选举和委任三种方式产生，并逐届增加直选议员的比例。第一届立法会由23名议员组成，第二届和第三届分别为27名和29名。第一届立法会任期至2001年10月15日，第二届和第二届均为4年。
（二）议员资格
《香港特别行政区基本法》第67条规定．香港特别行政区立法会由在外国无居留权的香港特别行政区永久性居民中的中国公民组成，而非中国籍的香港特别行政区永久性居民和在外国有居留权的香港特别行政区永久性居民也可以当选为立法会议员，但所占比例不得超过全体议员的20%。
《澳门特别行政区基本法》第68条规定，澳门特别行政区立法会议员由澳门特别行政区永久性居民担任，同香港相比，没有“国籍”和“在外国无居留权”
的限制。
（三）职权
1．立法权。根据基本法的规定，特别行政区立法会有权依照基本法的规定和法定的程序制定、修改和废除法律。立法会制定的法律须由行政长官签署、公布方有法律效力，并须报全国人民代表大会常委会备案。如果全国人民代表大会常委会认为特别行政区制定的法律不符合基本法关于中央管理的事务及中央与特别行政区的关系的条款时，在征询基本法委员会的意见后，可将法律发回。