湘军自田家镇之役获胜后，继续追击正在后撤的太平军，彭玉麟所率领的水师在罗泽南等陆师配合下，相继攻陷广济、黄梅。
太平军东王杨秀清急令石达开、罗大纲与陈玉成等将领合并经营九江、湖口两地的防御。石达开等在分析敌我实情后认识到，要战胜湘军就必须首先制伏湘军的水师。他们在九江、湖口所作的具体军事措施主要有三个方面：一是坚守据点，尽量不与湘军举行决战，分别由林启容守九江，罗大纲守湖口之西岸梅家洲，石达开坐镇湖口县城；二是采取拖的办法，寻机歼灭湘军水师战船舢板；三是一旦掌握主动权后，诱军深入，各个击破湘军有生力量。
曾国藩在屡次获胜之后，有些洋洋得意，急欲攻占九江、湖门，以实现“克复安庆，直捣金陵”的预定目标，但他没想到惨败还在后面呢。
1855年1月13日，湘军罗泽南等陆师以锐利之气占领小池口，9日渡江，13日扎营九江大东门外之四里坡；彭玉麟等水师亦同时停泊于九江附近江面，形成水陆夹击的军事态势。清朝廷为了促成湘军尽快攻下九江，派湖广总督杨霈率兵进据广济，派副将王国才率部4000人驻守黄梅，派按察使胡林翼率兵2000人自咸宁东出瑞昌，以抄九江太平军后路。全鄂各路官军均归曾国藩统一指挥。
29日，彭玉麟等湘军水师因接连在小池口、湖口获胜，遂产生轻敌冒进的心理，120多只轻便战船载着水勇2000多人，浩浩荡荡地驶入鄱阳湖内。此时，早已做好准备的太平军水营将士突然冒出，封锁湖口，修筑工事。是日夜晚，太平军小船寻机驶入湘军船队，在岸边陆军的有力配合下，相继抛掷火球、火罐等引火之物，一举焚毁湘军水师大战船9只、中等战船30只。三国时的赤壁之战又一次重演！
尽管彭玉麟等拼全力指挥，终因太平军攻势强大，湘军水勇心惊胆战，无心恋战，纷纷四散逃离，彭玉麟不得不率领余下的笨重船只，退据上游。从此之后，湘军水师被太平军分割为内湖和外江两个部分。在内湖者虽有轻巧的战船舢板，在外江者虽有快蟹、长龙，但因不能彼此配合，无法施展所能。
2月11日夜晚，湘军水师再次受到太平军致命性的袭击。是夜三更时分，石达开、罗大纲、林启容等率太平军将士，各以轻舟数十只入江，趁着月色阴暗、江面漆黑之便飞速冲入湘军水师船队施以火攻。顿时，湘军水师鬼哭狼嚎，辎重丧失，溃不成军。就连曾国藩的座船亦被太平军俘虏，管驾官刘成槐、李子成被击毙，曾在座船上的文案全部丢失。
面对惨败的局势，曾国藩感到绝望至极，又要投水自尽，幸被左右全力救起，送入罗泽南陆师军营。
太平军乘胜发起反攻，连下黄梅、广济、蕲州、黄州、兴国、通山、崇阳、通城等地。4月3日，太平军秦日纲部一路重又攻占武昌。至此，湖北大片土地控制在太平军手中。
针对湘军水师被分割为内外两部分，且势力受到严重削弱的实情，彭玉麟遵照曾国藩的指令，率外江水师驻扎新堤和金口一带，建有船厂一座，在修复旧船的同时赶造新船。随后，又从湖南新募水勇与原有之水勇合为3000人，在战船和武器装备方面重新加以配置，战斗力有所增强。7月间，杨载福率领一批战船和新募水勇2000人由湖南岳州赶到金口，与彭玉麟所部分扎一处。这样，湘军外江水师又达到10营计5000余人之众，基本恢复了九江战前的规模。
1855年冬天，江西各府州县基本被太平军攻陷，湖南、湖北与江西湘军水师音讯不通。彭玉麟率军徒步700里，以赴江西之急，他这种勇于任事的精神令曾国藩十分感动。彭玉麟则把曾国藩视为师长，始终以弟子、幕僚的身份忠心服膺曾国藩，彼此之间建立起了深厚的感情。
从彭玉麟不顾自身安危徒步700里赴援江西这一事例可以看出，曾国藩之所以能够以一儒生而领兵数十万，历尽千辛万苦，终于替清王朝血腥镇压太平天国等农民起义军；湘军之所以有别于清朝原有的八旗、绿营兵，其中一个很重要的原因就在于曾国藩手下聚集了一大批像彭玉麟这样有胆识、有才学，勇于任事，讲朋友义气而不计个人得失的儒将。就湖湘文化的内涵而言，它那种突出的积极入世、勇于任事、重义轻利等精神色彩，自明末清初以后就体现得非常明显，而这一切在经世致用这种学风的驱使下又不断弘扬了起来。