蒋经国在台湾主政时期，国民党当局对“台独”采取了严厉打击的政策，无论是团体还是个人，只要主张“台独”，都将一律问罪，并依法严处。因此，“台独”势力虽然一直得到日、美等外国势力的支持，但却只能流亡海外，在岛内没有生存和活动的余地。许多“台独”分子曾多次闯关，以图回到岛内开展活动，但都未能成功，有时即便潜回了岛内，被发现后不是判刑就是驱逐出境。那时候“台独”的总部在美国，在岛内的“台独”活动则处于地下状态。
1988年李登辉接替蒋经国主政以后，表面上仍然坚持反“台独”的立场。他在“继位”后的第一次记者会上就表示：“目前的‘台独’，依法来说，是非法的，将绝对以法来处理。”他还说：“如果要以‘台独’的问题做一个口号的话，依法必须要处理。这是台湾现在最不安定的因素之一。”而实际上，李登辉却在加快“政治革新”的过程中，强调要以“开放其名，控制其实”，树立起“自由民主”的形象，对“台独”逐步实行“争取重于打击”和“沟通协商”等明显宽容的政策。
在这个进程中，李登辉还曾明确表示：“台独结社权为宪政运作的一环，言论主张部分受宪法言论自由保障。”于是，台湾当局便以“言论自由”为借口，将“台独”言论有罪，改为视其有无具体行动来定罪，从而为“台独”谬论在岛内的广泛散布提供了舆论空间；甚至还以“政治民主化”为借口，将“台独”分子定位于“异议人士”，为海外上了“黑名单”的老牌“台独”分子和被流亡在外的“台独”头目返台，放宽了入境的限制，创造了宽松的政治气氛，借着所谓的“结社自由”，还允许在台湾岛内成立“台独”组织和允许海外的“台独”组织回台活动，甚至迁回岛内等等，从此，“台独分子”可以自由出入台湾，并在岛内结社集会；海外的“台独”组织也可以自由迁回台湾。这就为“台独”势力在台湾岛内的发展创造了条件。
李登辉上台不到半年，就批准了“台独”分子把持的“世界台湾同乡会”回台举行第十五届年会。这是海外“台独”势力转移岛内的开始，也是岛内外“台独”势力合流的源头。这次会议通过了“六项政治决议”，提出要“建立新国会、新政府、新国家。”海外的“政治受难者联谊会”，更是提出要在岛内巡回开展“台湾新国家和平改造运动”，对此，李登辉也都逐项照准。
李登辉对“台独”分子如此宽容，使得许多的“台独”分子都倍感意外。从此，岛内外分裂势力相互配合，掀起了一场“突破黑名单，争取返乡权”的风潮，一大批原先被国民党通缉而流亡海外的老牌“台独”骨干分子，大肆闯关回台。而李登辉则步步退让，虽曾以“预备叛乱罪”先后拘捕了一些“闯关回台”的和在岛内“策动暴力示威”、开展“街头运动”的老牌“台独”分子，但在不到一年的时间里，就修改了相关法规，大幅度地放宽了“台独”分子回台的入境和组织开展活动的限制。
1989年台湾三项公职人员选举期间，“台独”分子公然以“台独”主张为诉求，海外受通缉的知名“台独”分子还返台为民进党助选，李登辉和国民党当局对此也都是睁一只眼、闭一只眼，没有采取任何措施。
1990年，李登辉授意召开“国事会议”，专程特赦了一大批“台独”分子出狱，包括“台独联盟”总头目张灿鍙在内的大小“台独”头目，尽数“无罪释放”。李登辉还曾以个人名义邀请了一大批海外“台独”组织的成员回台参加“国事会议”，并且“共商国事”，其中，特邀的还有有着“台独教父”之称的“台独”头目彭明敏。前两任民进党主席许信良，当年曾4次闯关均告失败，1989年9月27日他再次闯关时被查获，被判处10年徒刑。但仅仅过了半年，即1990年5月，他就神奇的被李登辉特赦释放，随即又作为民进党的顾问受邀参加李登辉主持召集的“国事会议”。这些昔日被台湾当局列入“黑名单”关押的、通缉的阶下囚，转眼之间就变成了李登辉的“座上宾”和“贤人”以及“谋士”。岛内舆论更称这次“国事会议”为李登辉与“台独”分子的合流开了先河。
1991年6月4日，遵照李登辉的指示，台湾当局的“高检署”正式宣布撤销对彭明敏的通缉令。这位被称作“台独教父”的李登辉的同窗好友，终于结束了海外20多年的流亡生活，并且神气的“衣锦还乡”。这个彭明敏原本是台湾大学的教授，因煽动“台独”被台湾当局通缉，1966年9月在美国中央情报局的帮助下逃离台湾到了美国，遂成为总部设在美国的“台独联盟”的新旗手和“台独运动”的“精神领袖”。
由于李登辉的保护和支持，随着大小“台独”头目从海外返台和被特赦出狱，海外“台独”势力迅速完成了迁回台湾岛内的任务。1991年10月20日，“台独联盟台湾本部”在台北正式成立。这标志着岛内外“台独”势力实现了合流，“台独”活动也从“言论主张”转入着手实施的阶段。
在这里有必要提一下，海外的“台独”组织始建于50年代中期，1955年9月，被台湾当局通缉的廖文毅等串连日本的几个“台独”组织，例如“台湾民主独立党”、“台湾自由独立党”等，成立了“台湾共和国临时议会”，1956年2月又成立了“台湾共和国临时政府”，廖文毅自任“总统”。这就是最早的“台独”联合组织，活动基地就在日本。后来，廖文毅等先后投靠了蒋总裁，势力随之衰落，“台独”的活动中心逐渐由日本转向美国。1966年夏，留美的台籍大学生张灿鍙、蔡同荣、王能祥等人，成立了“全美台湾独立联盟”（简称“台独联盟”），总部在美国新泽西洲，下辖美国、日本、加拿大、欧洲、南美等6个本部。其成员除头面人物外，都是秘密的。该盟还有三个较有影响的外围组织，即“世界台湾同乡会”、“台湾人公共事务协会”、“台湾人权协会”。“台独联盟”成立后，一直都以“台独”组织的“正统”自居。但随着形势的发展，其地位已逐渐由民进党所取代。