第一任“总统”执政后期，陈水扁陷入了一个内外交困的政治困局，甚至几次面临被逼下台的窘境。但在2004年的总统“大选”上，由于“3·19枪击案”，使得形势一变，最终他才得以0.228%之差险胜连任。
3月19日下午13时，陈水扁和吕秀莲在台南市扫街拜票，两人同站在一辆红色敞篷的小型吉普车后车厢上。13时45分，当陈水扁和吕秀莲的座车行进到台南市金华路三段时，支持者燃放的鞭炮声不断，街面上鞭炮硝烟弥漫。13时50分左右，媒体开始察觉到陈水扁和吕秀莲有些不对，紧接着电视新闻频道开始报道称，陈水扁可能“被鞭炮炸伤额角”。14时左右，媒体开始改报道称“陈水扁和吕秀莲遭遇枪击被送往医院抢救”；此后，又有陆续报道称，陈水扁伤在腹部，吕秀莲伤在膝盖，两人被送到了台南的奇美医院紧急救治，使得其支持者纷纷聚集在医院外……
台湾选民们在汹涌暗潮中度过了一个难眠之夜。3月20日，民众投票平静，但却得到了一个迥异于主流预计的选举结果。
曾应邀专程赴台鉴识陈水扁和吕秀莲被枪击案的国际著名刑事鉴定专家李昌钰20日对台湾《联合报》记者说，“3·19枪击案”牵涉的政治问题很大，依据美国及其它国家的先例，成立一个独立调查委会，应该是一个正确的方向，台湾当局总要给民众一个交代才对。
他还说该案是他四十年来从未见过的“奇案”，因为刺杀政治人物还从未有人会用玩具枪并用土制子弹的，一般来说刺杀政治人物都应该用杀伤力强的一击致命才是。
说起台湾枪击事件，除了家喻户晓的陈水扁“3·19枪击案”外，台湾历史上发生针对选举或政治人物的枪击案可以说是数不胜数。1989年彰化县“立委”陈涌源遭枪击身受重伤。1996年11月21日早晨，在桃园县长刘邦友官邸，刘邦友等九人遭歹徒以枪决方式枪击头部，造成八死一重伤。2002年11月16日台北市议员陈进棋在台北市福国路餐厅前的街上遭狙杀身亡。2007年5月23日，前台北县议员吴善九遭枪击身亡。2008年2月16日，竞选连任失利的台湾前“立委”李显荣遭枪击受伤。2009年云林县虎尾镇长当选人、民进党籍林文彬竞选总部遭枪击。2009年台湾17县市“三合一”选举期间，新竹县关西镇长罗吉坤遭两名骑摩托车歹徒开两枪，一枪贯穿左大腿。可以说，枪击事件已经成为台湾选举政治中一股毒素。
据台湾岛内报道，台湾的这些枪击事件很可能与地方黑道开设的选举赌盘有关。因为台湾地区的选举极为频繁，仅公职人员选举就包括“总统与副总统”、直辖市长、县市长、乡镇长、村里长、“立法委员”、县市议员七项。每当选举到来，地方角头、组头都会开设地下赌盘，赌资动则上亿。例如五市选举的时候，其赌盘就分成了两类。一类是押台北、新北、台中、台南、高雄五市谁赢，或谁赢谁多少万票。高雄、台南、台中选情较为明朗，但台北、新北二市选情胶着，多数押民进党至少赢得其中一市；另一类是押国民党与民进党各赢得几市，据说该赌盘赌资达15亿新台币之巨，赌国民党赢三市的盘口赔率开到1：1.5，仍然是多数押民进党至少赢三市。可以说，如果选举结果确如下注形势，那就意味着开设赌盘的黑道大哥将遭受重大损失。如果黑道大哥不想认输，就必须影响选情。在这样一个背景下，枪击政治人物造成社会震动，激发国民党支持者踊跃投票，就可能一举扭转选举结果。如此以来，黑道就能赢得巨大的经济利益，而遭受损失的则是参与下注的人们与参与选举的政治人物。当然，损失更大的则是台湾民主。
台湾黑道介入、操纵选举由来已久。台湾自1950年即开始县市长、县市议员选举，1990年代以前，一党独大的国民党与台湾地方势力结合，基本可以掌控地方选举。民进党成立后，国民党优势遭到挑战。李登辉领导的国民党与黑势力结合，形成臭名昭著的“黑金政治”。台湾黑势力人物借助选举，摇身一变成为议员或“立法委员”等民意代表，甚至当选县市长。据权威统计，台湾县市议员中约三分之一有黑道背景。马英九当任“法务部长”期间曾大力“扫黑”，马英九当任国民党主席后又制定了“排黑条款”，规定有黑道背景或一审判决有罪者不得获得国民党选举提名。但是野火烧不尽，选举吹又生。想要将黑势力从台湾选举中完全清除，仍然是一件任重道远的事情。