在国民党统治阶级中，有着这样的一类人，他们专门从事刺探机密、情报或进行破坏活动，其统称为“特务”。
特务是指服务于政治集团，经过特殊训练并执行特殊任务的一种特殊群体。在历朝历代，这特务都是不可或缺的角色。例如在明朝，由太监们掌执的东厂和西厂，又例如民国时期，由戴笠和陈氏兄弟掌执的国民党军统和国民党中统。
蒋总裁对于特务有着一份特殊的喜好和信任，善玩政权和军权的他深知特务这个特殊工种对于统治的重要性。所以无论是在大陆还是在台湾，他都是亲手主抓特务工作。他不但重用戴笠、陈氏兄弟、毛人凤、郑介民等等大特务头子，更把自己的儿子蒋经国渗透到了特务组织中去。
大陆时期，国民党就依靠特务进行统治，残酷镇压反对力量，并取得了很好的成效。只可惜，这个庞大的特务组织内派系林立，“军统”和“中统”两个特务机构又是矛盾复杂，相互之间为邀功争宠，总是钩心斗角，甚至不惜火并，等退到台湾的时候，这两个特务组织基本上已经瘫痪了。
蒋总裁在台湾复职之后，为了充分利用特务，彻底清除潜藏在台湾的共产党，他首先就对特务系统重加整顿，并让其子蒋经国专门负责情报机构的工作。在蒋总裁的眼里，想要防止共产党的渗透，加强对整个台湾社会的控制，就惟有依赖特务组织，也就是台湾常说的情报机构。
其实早在1949年7月，身为国民党台湾省党部主任委员的蒋经国就开始插手了特务系统。那时候，蒋总裁就在台湾召开了由特务系统和治安系统负责人参加的会议，会上还成立了一个名为“政治行动委员会”的核心组织，参加该组织者都是国民党情治系统的头脑，他们中既有“内政部”调查局长叶秀峰、“军统”毛人凤、郑介民、魏大铭，还有“警察署长”唐纵、“宪兵司令”张镇和台湾省保安司令部副司令彭孟缉等人。这些人均由蒋总裁亲自指定，其主要任务就是统一所有情报和治安工作，并使之不断充实和强化，而蒋经国则为该委员会同蒋总裁之间的联系人。1950年2月底，在蒋总裁复职前，这个“防匪肃谍”还取得了重大进展，据毛人凤向蒋总裁密报，位居“参谋次长”的吴石“通匪有据”，蒋总裁对此殊为寒心，立即下令将吴石逮捕。
蒋总裁刚刚在台湾“复职”，便加快了接管情治工作的步伐。先是派自己的儿子蒋经国出任了“国防部”总政治部主任，根据《国军政治工作纲领》中关于“考核官兵思想”，“推行保密防谍教育，展开官兵保防工作”的规定，蒋经国开始积极插手特工领域，其军中的政工人员就是一种变相特工。随后，蒋总裁又建立了“总统府机要室资料组”，还是由蒋经国出任该资料组的主任。该组要求党、政、军特务部门向其汇报工作，从而使蒋经国得以“为总统搜集资料”的名义操纵、指挥各系统的特务工作。不久后，蒋总裁又命令台湾省保安司令部副司令彭孟缉组织了“台湾情报工作委员会”，以协调指挥在台各情报单位的工作，并受资料组的领导。根据这一命令，彭孟缉彻底掌握了各系统，并且进一步强化了蒋经国对情治系统的控制。
特务系统重建之后，蒋总裁便借助这一庞大机器，以“防匪防谍”为名，在台湾实行了“白色恐怖”的统治，并且他制定了一系列措施以清除隐藏在台湾的共产党。1950年4月27日，蒋总裁正式下令公布实施《修正惩治叛乱条例》。1950年5月14日，蒋经国宣布实施《台湾中共党员自首报到办法》，要求凡是加入中共组织而未被捕者在两周内必须通函自首。1950年6月13日，蒋总裁又明令公布实施《戡乱时期检肃匪谍条例》，鼓励台湾民众互相监视、互相检举，并严惩隐匿不报者，其中第四条规定：如果发现匪谍或有匪谍嫌疑者，无论何人，均应向当地政府或治安机关告密检举，主管机关对于告密检举人应保守其秘密；其中第五条规定：人民居住处所有无匪谍潜伏，该管保甲长或里邻长应随时严密清查，如有隐匿不报，所在各机关、部队、学校、工厂或其他团体所有人员应受处分；其中第十四条规定：没收匪谍之财产，得提30%做告密检举人之奖金，35%作承办出力人员之奖金及破案费用。此外，经蒋总裁批准，“国防部”还颁布了《潜伏国军内之匪谍自首办法》，并再三修改其“惩奸条例”，扩大“惩戒”范围。
1950年6月6日，台湾省保安司令部举行官兵代表大会，在大会上，蒋总裁专门致训词，并再三强调“保密防谍”的重要性。他说，今后能否确保台湾的安危，问题的关键不在于军事，而是在政治工作是否能够密切配合，例如肃清匪谍、维持治安、组织民众等等，如果能够彻底执行，必定可使防卫的力量更为充实。根据蒋总裁的这番训示和有关规定，蒋经国开动了宣传机器，高喊“保密防谍”的口号，出动宪兵、警察、保安部队及各种特工人员，大肆搜捕所谓的“中共匪谍”。据台湾报纸刊载，由蒋经国亲自宣布破获的大案有“中共台湾省工作委员会案”，其成员包括蔡孝乾、陈泽民、洪幼樵、张志忠等；“吴石案”，其成员有“国防部”参谋次长吴石、第四兵站总监陈宝仓和陆军上校聂曦等；“俄国间谍案”，其成员有汪声、李朋、廖凤娥、黄钰等。这些被捕获者除了极个别因宣布脱党外，大部分都被处以了极刑。就连国民党浙江省主席、陆军二级上将陈仪也以“勾结共匪，阴谋叛乱”的罪名，被蒋总裁下令枪决。
蒋总裁父子借“防谍肃奸”之机，大肆镇压台湾的政治异己分子，稍有“嫌疑”就会遭到秘密逮捕，甭管到底是不是“谍匪”，先抓起来审一顿再说。在这期间，有不计其数的人被以“匪谍”的名义，或被送往台北青岛东路军人监狱、台东绿岛，或被麻袋捆扎，未经司法程序就丢到海里喂鱼。逮捕与处决“匪谍”的各种消息占据了报纸的重要位置。据吴国桢估计，其时台湾的“政治犯”有数万人之多，而胡适则估计，加上因政治原因而被监禁的军事人员，这个总数是要超过10万人的。
在国民党从大陆败退过程中，许多士兵与部队溃散，还有一些流亡学生也逃到了台湾。这些流散士兵和逃亡学生要吃饭，只能选择投靠部队，而有些军官为了扩充实力，也都予以收留，甚至还诱惑其他部队的士兵来投靠自己。在蒋总裁看来，这种混乱局面最容易被“匪谍”所利用而混入军队，所以他特意下令：“各军不得收容无保及身份（份）不明之兵员，并严禁勾结友军士兵补充，其主管应加严处，对于来历不明的士兵与学生要进行甄别与审查。”在这个甄别和审查的过程中，很多人都倒了大霉，有些找不到“保人”来证明自己身份的士兵与学生，都惨遭了不幸。
经过全岛范围内大规模的整肃，蒋总裁在台湾建立起了严密的特务统治。但由于缺乏有效的约束机制，更没有必需与合理的司法程序，因而很多人都把这次整肃视为公报私仇的天赐良机，执行者为了升官发财，取悦蒋总裁父子，于是便曲意捏造罪名，其捕风捉影的事情更是泛滥成灾。例如一位叫做童轩荪的倒霉蛋，家中收藏了一本翻译小说《汤姆索亚历险记》，因该书封面印有“马克吐温”的字样，所以情治人员便认为这马克吐温和马克思就是一家人，该书就是思想有问题，最终这位收藏者不仅因此而被捕，受其株连者也达数十人之多。
在这场“防谍肃奸”的运动中，其中最大的受害者就是无辜的平民百姓。在相当长的一段时间内，台湾民众的人身自由都受到了极大的限制，生活在严密的监控之下，民众不可以随便“出境”与持有外币，不但电话被窃听，信件被拆看，书刊要检查，就连言语中稍有不慎，都会被扣上一顶“通匪”的帽子，所以这段时间被后来的台湾人称为“白色恐怖时期”。
无处不在的特务统治，不仅给台湾人民造成了巨大的创痛与不便，搞得人人自危，也遭到了国民党内一些开明人士的强烈反对。时任台湾省主席吴国桢就曾经对蒋总裁说道：“总统要培植经国兄，就不该派他主管特务，因为这种工作，越权干政，并且妨害人民生活与言论自由，易成为人们仇恨的焦点，是爱之适足以害之也。”
对于吴国桢的进言，蒋总裁自然是不爽，使得两人之间的矛盾也因此而激化，吴国桢后来干脆辞去了省主席职务，以示其对蒋总裁父子肆意践踏人权行为的不满。在20世纪50年代，他还在美国公开抨击蒋介石在台湾实行特务统治，滥捕滥杀无辜，并要求成立调查委员会，调查冤假错案，以平民愤。这在当时的台湾政坛引起了一场轩然大波，不过最终以吴国桢被罢官免职，开除党籍而结束。
当然，在这次肃反运动中也有因此而飞黄腾达的人，彭孟缉就是最好的例子。彭孟缉（1907—1997），湖北人，1926年进入黄埔军校第五期，毕业后又至日本野战炮兵学校学习。回国后参与组织领导“复兴社”，抗战时期任陆军炮兵团长、旅长，陆军总司令部中将炮兵指挥官。抗战胜利后随陈仪接收台湾，并任高雄要塞司令部司令官，后因在“二二八事变”中表现强硬，事件平息后升任“台湾全省警备总司令部”司令。1949年8月还参加了蒋总裁的秘密特务组织“政治行动委员会”；在1950年3月又奉蒋总裁之派出任“台湾情报工作委员会”主任，负责协调各谍报部门，主持全台最高情报机构。在此任内，彭孟缉坚决执行蒋总裁父子的命令，为其清除台湾的中共地下组织、镇压异己政治力量立下了大功。彭孟缉也因此而不断得到提升，先后担任过台湾保安司令部司令，台北市卫戍司令部司令，“参谋总长”、“陆军总司令”，“总统府参军长”，国民党第八、九届中常委，“驻日大使”，“总统府战略顾问委员会一级上将委员”，其地位远非孙立人等职业军人所可比拟。由此可见，吴国桢和彭孟缉的不同境遇，正是“顺之者昌，逆之者亡”的特务专制政治下的一个真实写照。