现在我们要说到与孙先生同时代的维新党的活动情形了。维新党的首领是康有为，梁启超是有为万木草堂的学生，也是一个重要分子。康有为和孙先生同为广东人，但他是理学传家的世家子，不像孙先生是一个贫苦的农家子弟，因此他是富于忠君的思想，常常在想怎样的才能替满清皇帝效忠，这是和孙先生排满革命的主张，显然是不同的。但他们活动的开始，都是直接受了甲午中日战争影响的结果，当孙先生上书李鸿章的时候，不久康有为新中举人，也就联合一批新举人公车上书。当孙先生在檀香山成立兴中会，康有为的桂学会、保国会也相继成立。当孙先生在广州第一次起义时，康有为曾派人向杨衢云和孙先生磋商合作，陈少白也在这时期，认识了梁启超。那时维新党只是在士大夫阶级中活动，并没有广大的群众，所以很想与革命党联络，但一部分维新党人，却代表了士大夫阶级的口吻，对于革命党是和会匪一样的看待。
当孙先生在伦敦蒙难省释以后，国际上已引起很多同情和注意。康有为的信徒麦孟华在《时务报》上作的“论会匪宜设法安置”一文内，却说：“今日之会匪，其势之大，其人之智，更非发逆所能望其肤背……哥老、理教、三合、兴中诸会匪，或煽于东南，或炽于西北，或动于内地……孙汶（文）之案，沙侯诰难（即沙士伯里侯），徒辱国体，实张彼焰。忍而置之，则养疾贻患，起而救之，则乏下手之策。”这种论调简直是替满清政府张目，但他们只迎合了士大夫阶级的心理，却没有广大群众拥护的基础，不像革命党在海外深入会党中间。维新党一直到纪元前十四年（1898年），清帝德宗接受康有为变法维新的主张，康梁大活动于宫廷之间，才算是他们最得志的时期了。这时期是正当孙先生避迹日本的时期。
孙先生这一次刚到日本的时候，横滨的中西学校正筹备就绪，由少白的提议，请梁启超代聘教员，梁所聘的教员，不用说，都是维新的重要分子，如徐勤、陈默庵、汤觉顿等，并且改校名为大同学校。孙先生以为大家都为国事奔走，对于这一个校名的变更，丝毫不介于怀。徐勤等到日本后，对于孙先生也非常尊敬，所以虽是各有宗旨，在感情上也很融洽的。但孙先生往还东京横滨各埠，非常忙碌，对于校务，不能兼顾，徐勤就乘机进握教育权，并且与横滨的侨商，朝夕酬酢。广为交际。把当时兴中会创立这学校时的形势一比较，到现在几乎已成反客为主的形势了。
康梁的百日维新运动，终于失败了，热心的日本志士，却想利用这机会使革命党与维新党联合起来，共谋国事。因此当康有为由京逃沪转道香港的时候，宫崎寅藏就在香港引导康有为到日本，梁启超也由平山周的保护，从天津下塘沽，绕道赴日，先康有为七日到东京。康有为到了东京，孙先生因为同是为政治奋斗而出国的人，他满怀着一腔同情。特地找宫崎陪着他去看康有为，但是迷恋着君恩浩荡的康有为，怕和革命党接近了，不能表白他的心迹，虽是孙先生亲自临门访问，他竟不敢出来见孙先生。宫崎寅藏对此事有这样一段记载：“翌日，孙逸仙君来访，欲余介与康君相见。康君托事而谢绝之。孙君之求见康也：盖对于彼之现状，不堪同情，一相见而慰异乡之托命，所谓古义照人心也。然康君之避而不见者亦有理由：盖孙君之价值，自民党之一面观之，则希世之英雄，铜石范而香花视者也。然自清帝一面观之，则背叛之逆贼，以十万金购其头颅而不惜，而孙君之视清帝亦为不共戴天之仇。至于康君者虽一朝蹉跌，受刊章之捕，蹈海亡命于千里之外；而螭坳綦迹，梦想三天，尚冀赐环有日，宣室重逢，为伪朝建不世之业。故自行迹而言，不能与罪人相交接：自利害而论，尤不愿与政敌相周旋。此所以望气而却步，举扇而恐元规之尘污。”（《三十三年落花梦》）
康有为的为人，在气度宏大的孙先生面前，自然益见其褊狭而不足有为了。后来，由犬养毅的发起，邀请孙先生和康梁等一起到他家里去会面。犬养毅的意思，是要他们讨论两党合作的办法。那时少白已经从台湾回到日本来，孙先生和他就践约而去，但康有为竟托故不到，由梁启超代表他和少白谈论，终于一无结果而散。
康有为派不能和革命党合作，是为要将来他们再回满清政府留余地，因此不久，他们就打起保皇的旗子，一面反对西太后，一面却拥护德宗。在这情势之下，于是保皇党和革命党对立的形势，愈其显著了。那时天津的《国民报》发表了一篇《中山樵传》，是保皇党人所做的，对于孙先生大肆攻击。横滨的大同学校也发现不许孙文到校的纸条，他们对于革命党步步进逼了。大同学校的教育权早被保皇攫取了，担任校长的就是徐勤。那天孙先生到学校里去看那些教员们，但他们都出去了，没有看见一个人，只有桌上放着这样的一张不署姓名的条子，孙先生看了很奇怪，就走了出来，见着几个兴中会的同志，就把这段意料不到的事，告诉了他们。大家听了，都非常不平，一齐到大同学校去大兴问罪之师，徐勤见来势汹汹，不敢出来。他们吵着要追究桌上字条的来历，徐勤就站在门口说：“不要误会，字条不是他写的。”当时一部分校董也在，就出来调停。兴中会的同志，都责徐勤不念木本水源，有些激烈的同志，要同他们火并，经孙先生一再制止，才没有意外事情发生，但这样一闹，大同学校就成为两党短兵相接的地方，后来日本志士也出来调停，推犬养毅为名誉校长，校务才得继续维持。这也是革命党和保皇党冲突的一场小风波。
但是康有为的徒众，倾向革命党的也有，大概徐勤、麦孟华等是跟着他老师一致主张的；梁启超、韩文举、欧渠甲、张智若、王照之流是同情革命的。梁启超那时在横滨办《清议报》，时时流露革命言论，态度最显明。康有为因为徒众不能够完全听他的话，他气极了，天天和他们争吵，被日本当局知道，恐怕他们要闹出什么事来，就叫他离开日本，于是他就往加拿大去了。康有为走了，梁启超和孙先生就格外亲热，他曾致函孙先生，有这样的话：“前者狭隘之见，不免有之，若盈满则未有也。至于办事宗旨，弟数年来，至今未曾稍变，惟务求国之独立而已。若其方略，则随时变通，但可以救我国民者，则倾心助之，初无成心也。”可见他是比较有理性，不是固执着成见和孙先生为难的。孙先生有时也约他到寓所来谈天，有时他们到上野精养轩小酌叙谈。那时两党合并的计划，进行得已经很成熟，梁启超已和少白洽商，想在合并后推孙先生为会长，梁为副会长。但不久，梁启超和陈少白在香港会面，继续讨论合并办法，推陈少白和徐勤草订联合章程，徐勤表面答应了，暗中却和麦孟华商量，立即飞函报告康有为，说卓如渐入行者圈套，非速设法解救不可。卓如是梁启超的别号，行者是指孙先生，他们说梁启超入孙先生的圈套，就根本不了解孙先生的宏大的怀抱，但康有为是主张绝对不许与革命党往还的，他知道梁启超真的和革命党商议合并办法，他急极了，就派人拿了一笔款子，到日本来要梁启超到檀香山去办理保皇党，不许稽延。这样革命党和保皇党的合并，从此中止，梁启超个人的理想，也从此打破了。但他一面遵照师命，不得不去，一面依然不能忘情孙先生，临行的时候，还在孙先生面前说，他们虽用保皇的名义，实际还是革命，所以必须合作到底，至死不渝。孙先生因为爱重其人，也就相信他。他又说檀香山是孙先生的第二故乡，兴中会的发源地，要求孙先生介绍同志。孙先生坦然不疑，就介绍他去见德彰公，以及其他亲友，梁启超就欣然地到檀香山去了。
孙先生始终是保持着伟大的态度，他毅然介绍梁启超到檀香山去，是为公谊，为国事。但消息传来，梁启超到了檀香山后，得着德彰公的便利，结纳华侨，却大倡保皇之说，并且渐渐地进而组织保皇会。他说革命与保皇是名异实同，华侨不晓得内容，以为有孙先生的介绍，于是加入保皇会的很多。孙先生知道了，就写信给梁启超，责他背约失信，然而兴中会会员大半已变为保皇会会员，情形正和横滨的大同学校，如出一辙。保皇党的反复无常，破坏革命运动的阴谋，终于暴露在孙先生的前面，孙先生这时正在东京筹划第二次起义，没有办法到檀香山去肃清他们的邪说妖言，只有留待将来有机会再作一番苦斗，但他的内心是非常痛苦的。所以他后来回忆这时期的情形，有这样的话：
自乙未初败以至于庚子，此五年之间，实为革命最艰难困苦之时代也。适于其时，有保皇党发生，为虎作伥，其反对革命，反对共和，比清廷为尤甚。
这一段艰难困苦的实际情形，波谲云诡，变化无穷，将在以后各章加以叙述。
在这时期内，孙先生是一个贫乏的亡命者，满清政府出使日本大臣李盛铎，曾经利用这机会游说孙先生，说：如果肯归顺满清政府，一定可以得到高官厚爵。李盛铎在满清政府是属于后党的，他到日本来是侦察康梁和孙先生的行动，他以为孙先生一败涂地，再没有重起的希望。如果趁这机会劝降，一定能够成功，但不晓得孙先生是有金刚百炼的革命党，毫无犹豫地拒绝他的游说。所以孙先生自己说过：“满清之威力所不能屈，穷途之困苦所不能饶。”（《总理建设·自序》）也就在这时期内开始充分表现。