刘秀在中国古代的有为帝王当中，其晚际岁月是相对比较平稳的。他既不像秦始皇那样，仓促安排后事，被奸臣逆子所篡改，搞得后果不堪设想，也不像汉武帝那样，晚年多疑，乃至杀死自己的亲儿子。他几乎是在一种疯狂的工作中死去，并自称：“我自乐此，不为疲也。”而最可贵的是，直到临死前，他的头脑还是较为清醒的，不为自己歌功颂德。当然，刘秀晚年也做了一些错事、蠢事，而对此也只能用我们今天常说的“时代局限性”来作解释了。
马援是一位很了不起的人物，前面说过，他除了帮助刘秀剪灭隗嚣集团之外，又受命西平诸羌，南征交趾，北御匈奴，年过花甲，仍然壮心不已，自请平定武陵五溪蛮，最后病死于这场战争的前线，终于实现了“男儿当死于边野”的夙愿。
然而，专制时代的君臣关系相当微妙。尽管马援对刘秀忠心耿耿，但刘秀却听信谗言，错罪于他，从而造成光武朝最大的一桩冤案：
一次马援有病，黄门郎梁松前来探望，“独拜床下，援不答”。当梁松离去后，马援诸子向父亲问道：“梁伯孙帝婿，贵重朝廷，公卿已下莫不惮之，大人奈何独不为礼？”意谓梁伯孙（梁松字）是皇帝的女婿，在朝廷贵重无比，自公卿以下没有人不怕他，大人如何唯独不致礼敬？马援回答说：“我乃松父友也，虽贵，何得失其序乎？”意思说我是梁松父亲的朋友，梁松虽然贵幸，但怎能失去长幼的秩序呢？这里，马援一味坚持所谓的辈分秩序，令显贵一时的梁松极为恼火，“由是恨之”。
如果说仅有上述一件事，也许问题还比较容易化解，但不幸的是造成马援与梁松之间矛盾的事情却接连发生。原来马援兄子严、敦两人“并喜讥议，而通轻侠客”。马援出征交趾时，曾寄书信告诫他们，不可轻易议论人之长短，讥刺时政；让他们效法龙伯高的敦厚周慎，不要学杜季良的豪侠好义。指出：“效伯高不得，犹为谨敕之士，所谓刻鹄不成尚类鹜者也”；“效季良不得，陷为天下轻薄子，所谓画虎不成反类狗者也”。信中所说的龙伯高名述，杜季良名保，两人都是京兆（今陕西西安）人。当时杜季良任职越骑司马，其仇人上书，讼告季良“为行浮薄，乱群惑众”，并特别点出：“伏波将军（即马援）万里还书以诫兄子，而梁松、窦固以之交结，将扇其轻伪，败乱诸夏。”刘秀看罢这封告状书后，非常生气，立即“召责松、固，以讼书及援诫书示之，松、固叩头流血，而得不罪”。为此，杜季良丢了官；龙伯高由原职山都长，提升为零陵太守。不过，这之后梁松对马援的怨恨也就更深了。
其实，专制时代不仅君臣关系微妙，而人际之间的关系亦极为险恶。对此，马援自己也是有所认识的。当马援自请平定武陵蛮，临行前与亲友告别时，对谒者杜情讲：“吾受厚恩，年迫余日索，常恐不得死国事。今获所愿，甘心瞑目，但畏长者家儿，或在左右，或与从事，殊难得调，介介独恶是耳。”意思是说我蒙受朝廷厚恩，年岁已老余日将尽，常担心不能为国事而死；如今愿望得以实现，也就甘心情愿瞑目了，但却畏惧权要子弟，或在我的左右，或与他们共事，很难得到协调，心里唯独厌恶这种事情。然而，马援最厌恶的事情却偏偏很快便出现了。
当他所率领的大军到达下隽（今湖北通城西北）时，因为选择进军路线的问题，与年轻将领耿舒见解分歧。原来自下隽通往武陵蛮的藏身处，有两条路可走：“从壶头（山名）则路近而水险，从充（今湖南桑植）则涂夷而运远。”当时耿舒主张走充道，而马援认为这样“弃日费粮，不如进壶头，搤其喉咽，充贼自破”。为慎重起见，马援把两种意见都上报朝廷，刘秀批准了马援的方案。于是汉军进营壶头，蛮方则“乘高守隘”。该地“水疾，船不得上”。适逢天气异常炎热，士卒多疫死，马援本人也染病，汉军陷于困境，“乃穿岸为室，以避炎气”。蛮人充分发挥其熟悉当地地理、适应炎热气候的优势，常升险鼓噪，令汉军处在一种紧张状态之中。每当此时，马援“辄曳足以观之，左右哀其壮意，莫不为之流涕”。耿舒一直为朝廷未采用自己的意见而迁怒于马援，遂将前线的情况，写信告诉兄长好峙侯耿弇。他在信中称自己如何有先见之明，大讲“今壶头竟不得进，大众怫郁行死，诚可痛惜”，并指责“伏波类西域贾胡，到一处辄止，以是失利”。耿弇得信，奏于刘秀。刘秀便派自己的女婿当时已官居虎贲中郎将的梁松，代表他去责问马援，刚巧马援病故，但梁松为报复昔日之怨恨，连死人也不肯放过，又添油加醋诬谄马援。刘秀则偏听偏信，“大怒，追收援新息侯印绶”，向死人滥施淫威。
像马援这样聪明的人，自然是不乏自我保护意识的。当年，他从交趾还军后，人们纷纷迎接慰劳。一向以善计谋而著名的平陵（今陕西咸阳西）人孟季，也向马援表示祝贺。马援对他说：“吾望子有善言，反同众人邪？昔伏波将军路博德开置七（疑为‘九’字之误）郡，裁（才）封数百户；我今微劳，猥飨大县，功薄赏厚，何以能长久乎？先生奚用相济？”意谓我本希望您有善言相告，怎么反而与众人同一个腔调呢？过去伏波将军路博德开置岭南九郡之地，才受封数百户，如今我只有一点小小的功劳，却享受大县的封户，功劳薄小而赏赐丰厚，如何能够长久呢？请先生指点，用什么办法才能使功赏相济达到平衡？不料孟季回答道：“愚不及。”意思说我做不到。马援无奈，只好提出自己的想法：“方今匈奴、乌桓尚扰北边，欲自请击之。男儿要当死于边野，以马革裹尸还葬耳，何能卧床上在儿女子手中邪？”大意是说，现今匈奴、乌桓仍然侵扰北方边境，我打算主动请战；男子汉大丈夫应当死在边野，以马革裹尸还葬乡里，怎么能卧在床上死于儿女子手中呢？孟季讲：“谅为烈士，当如此矣。”意谓诚心要做烈士，就应当这样。很显然，马援老当益壮不断请战背后所隐伏的深层次原因，正在于此。
世上凡事都有一个限度。如果超过了限度，必然适得其反。马援本要以其主动请战来求得功赏平衡，从而达到“长久”之目的；殊不知他把事情做过了头，变成“老而无厌”，结果反倒招致祸患。当初，马援在交趾征战时，经常食用薏笖实，“用能轻身省欲，以胜瘴气”。由于南方薏苡实大，马援打算用它作种子，大军凯旋时，便带回一车。“时人以为南方珍怪，权贵皆望之”。然而那时马援正受皇帝宠信，故没有人敢说此事。及马援死，被追收列侯印绶，所谓墙倒众人推，有人便上书揭发这件事，“以为前所载还，皆明珠文犀”。中郎将马武、于陵侯侯昱等，更是火上浇油，“皆以章言其状”。这样一来，刘秀越发怒不可遏。马援的妻子家人，惶惧万分，“不敢以丧还旧鳖，裁买城西数亩地桌葬而已”。宾客故人，竟然没有一个敢来吊唁的。
马援的妻子和侄儿马严，“草索相连，诣阙请罪”。刘秀取出梁松的上书让他们看，如此才知道问题之所在。对于梁松等的指控，马援家人当然不服，因为所告全系子虚乌有。于是“上书诉冤，前后六上，辞甚哀切”。这样马援才得以安葬。是时，马援的同郡老乡原云阳令朱勃诣阙上书，力陈马援所立的功劳，指出：“援得事朝廷二十二年，北出塞漠，南渡江海，触冒害气，僵死军营，名灭爵绝，国土不传。海内不知其过，众庶未闻其毁，卒遇三夫之言，横被诬罔之谗，家属杜门，葬不归墓，怨隙并生，宗亲怖傈。死者不能自列，生者莫为之讼，臣窃伤之。”他建议：“下公卿平援功罪，宜绝宜续，以厌海内之望”。尽管刘秀看罢朱勃的上书之后，“意稍解”，但始终没有对马援问题给个说法。也许刘秀是有意这么做，把为马援平反昭雪之事留给儿子去做，以显示新皇帝的德政。这一招，是封建帝王常用的权术手法。
朱勃字叔阳，12岁即能诵《诗》《书》，常伺候马援之兄马况。他穿着学者的方领服，能走儒生的距步，辞言娴雅。当年，援知书，“见之自失”。为此，马况对马援还很是安慰了一番。朱勃不到20岁时，右扶风便请他出任渭城宰；然而当马援做了将军、封了侯，他的官位仍不过是个县令而已。马援贵幸之后，对朱勃常待以旧恩，但却“卑侮之”。朱勃对此不仅不介意，反而“愈身自亲”。当马援遇谗，惟有朱勃挺身而出，替他鸣不平。
关于马援的遭遇，蒙受冤枉确实不假，但众多的功臣中为何惟有他落得如此悲剧下场，却是值得深思的。王夫之《读通鉴论》卷六《光武》中，对此曾有一段专论曰：
光武之于功臣，恩至渥也，位以崇，身以安，名以不损，而独于马援寡恩焉，抑援自取之乎？宣力以造人之国家，而卒逢罪谴者，或忌其强，或恶其不孙（逊），而援非也，为光武所厌而已矣。老氏非知道者，而身世之际有见焉。其言曰：“功成名遂身退。”盖亦察于阴阳屈伸之数以善进退之言也。平陇下蜀，北御匈奴，南定交趾，援未可以已乎？武骆之乱，帝愍其老而不听其请往，援固请而行。天下已定，功名已著，全体肤以报亲，安禄位以戴君，奚必马革裹尸而后为愉快哉！光武于是知其不自贵也；不自贵者，明主之所厌也。夫亦曰：苟非贪俘获之利，何为老于戎马而不知戒乎？明珠之谤，有自来矣。老而无厌，役人之甲兵以逞其志，诚足厌也。故身死名辱，家世几为不保，违四时衰亡之数，拂寒暑进退之经，好战乐杀而忘其正命，是谓“逆天之道”。老氏之言，岂欺我哉？
《易》之为教，立本矣，抑必趋时。趣之为义精矣，有进而趣，时未往而先倦，非趣也；有退而趣，时已过而犹劳，非趣也。“日昃之离，不鼓缶而歌，则大耋之嗟，凶。”援之谓岁！
这段专论大意是说，马援不懂得“功成名遂身退”的道理，老而无厌，持强逞能，最后自取其辱。虽然王夫之在此完全站在刘秀的立场上说话，而且也完全以道家全身葆真派的理论为指导来观察问题，所论十分偏颇，但也不能说一点儿也没有道理。实际上，马援对不少事情的处理是失当的。如他对梁松的态度，明显孤傲、教条。再如他告诫马严、马敦兄弟不可“讥议”，而他自己却对别人说三道四，等等。这些，诚如范晔所评论的那样：“其戒人之祸，智矣，而不能自免于馋隙。岂功名之际，理固然乎？夫利不在身，以之谋事则智；虑不私己，以之断义必厉。诚能回观物之智而为反身之察，若施之于人则能恕，自鉴其情亦明矣。”当然，从根本上讲，马援的悲剧是专制的时代所造成的。本来他想用马革裹尸战死沙场的办法躲避现实，然而残酷的现实最终还是找了他的麻烦。应该说，这才是他的最可悲之处。