秦国自商鞅变法时的“集小都乡邑聚为县”，到秦统一六国之前辖境内普遍设置郡县，地方政权中的郡、县两级政府以及乡、亭两级基层行政组织，已日趋完善。秦始皇在这一问题上的主要贡献在于：他把郡县作为国家地方政权惟一的存在形式，以法令的形式在他所兼并的山东六国以及新征服的广大地区颁布施行，这标志着郡县制度最终取代分封制度，从而使中央集权的君主专制政体即郡县制的专制政体得以在全中国的范围内最终地确立起来。而秦统一前的山东六国，例如齐国，直到它灭亡之时，仍未能建立起郡县制度。
有关秦帝国的郡县地方政权及乡亭基层行政组织的机构、官员设置情况是：
郡。
郡是秦帝国中央政府在地方上设置的最高行政机构，它代表国家与中央政府在地方上行使国家的职能。
郡守：郡守是一郡的最高行政长官，秩二千石，主管治民，“掌治其郡”。郡守之下设有郡丞，秩六百石。郡丞协助郡守治理全郡，并处理郡内的司法事宜，包括审判郡内重大案件。
郡尉：郡尉辅佐郡守并分管一郡的军事，“掌佐守，典武职甲卒，秩比二千石”。郡尉之下设有丞，丞佐助郡尉，秩六百石。
监御史：在一郡之内负责监察百姓及官吏，隶属于中央政府的御史大夫。
郡守、郡尉、监御史在一郡之中代表国家在地方上行使权力，三者之间的职掌分工明确，与中央政府中丞相、太尉、御史大夫等三公的分职主事原则是相一致的。
县。
县是秦帝国中央政府在地方上设置的第二级政权机关，它分别隶属各个郡，是郡下所辖的地方行政机关。
县令（长）：县令（长）作为一县之内最高行政长官，负责治理全县，即所谓“掌治其县”，万户以上的县，其行政长官称县令，秩千石至六百石；万户以下的县，其长官称“县长”，秩五百石至三百石。
县丞：县丞协助县令工作并负责司法事务，对县内一般性案件作出判决。县丞秩四百石至二百石。
县尉：县尉负责全县的军事，秩四百石至二百石。
县令（长）、县丞、县尉之下均设有“史”，分别称作“令史”、“丞史”、“尉史”，是令、丞、尉属下的办事小吏。
秩四百石至二百石的官员称为“长吏”，秩百石之下至斗食佐史之吏称“少吏”。
乡。
县以下设乡一级的基层行政组织，其官员有三老、啬夫、游徼。其中：三老“掌教化”，啬夫“职听讼，收赋税”；游徼“徼循，禁盗贼”。
亭。
乡以下设亭，亭有亭长一人，其职责是平时负责练兵，接待来往官吏，为政府输送财物、传递文书等。亭长之下设“亭父”，其职责是掌开闭扫除；又设“求盗”，其职责是追捕盗贼。
郡县两级地方政权与乡亭两级基层行政组织在全中范围的普遍设置，这在中国历史上是一件前所未有的大事。秦帝国的国家职能由于各级地方行政机构组织的设立、各级地方官员职责分工的明确以及上下级行政机构隶属关系的规定，得到了进一步的加强，使中央集权的君主专制国家政体在地方政权的建设上日趋完备。
秦帝国的中央政权与地方政权的具体情况已如上述。据《史记·秦始皇本纪》的记载，帝国建立伊始，在实行中央集权制的郡县制度，还是实行西周以来的分封制度的问题上，在秦帝国的大臣中曾引发了一场争论。
秦始皇二十六年（公元前221年），丞相王绾等人向秦始皇上言说：
“各诸侯国新近被攻破灭亡，燕、齐、楚等国地处偏远，不设置王国，便无法镇抚这些被征服的国家。请在燕、齐、楚等国立皇帝之子为王，望皇帝准奏，如此则天下幸甚。”
秦始皇认为，要不要设置诸侯王国，这是有关国家体制的重大问题。既然以王绾丞相为首的一班大臣上言要设置诸侯王国，秦始皇没有对此事立即表态，而是将这一问题交付大臣们讨论，“下其议于群臣”。在讨论中，大臣们都认为王绾等人的意见很有道理，于国有利，即所谓“群臣皆以为便”。在这个时刻，廷尉李斯站出来力排众议，他说：
“周文王、周武王所分封的同姓子弟很多，然而他们的后代逐渐彼此疏远，相互攻击，如同仇敌一般。各诸侯国之间以武力相诛伐，连周天子也不能禁止。今日四海之内，幸赖陛下的福泽得以统一，各诸侯国都成了大秦的郡县。皇帝的诸王子以及功臣，享有赋税收入以及重赏即可满足。以诸侯国为郡县，如此则容易控制，天下人对此又没有异议，这才是使国家得以安宁的办法，而设置诸侯王国则不利。”
秦始皇是不同意在统一天下后分封诸侯王国的。但他见王绾等人提出这一建议，而王绾本人又身为丞相，不便立即表态，而是通过交付群臣讨论的方式，让两种不同意见充分发表并相互辩论，来进一步阐述郡县制的优越性，驳斥实行分封的主张，在舆论上为郡县天下鸣锣开道。因此，秦始皇见李斯既已论证了“置诸侯不便”，便在李斯议论的基础上，进一步明确指出：
“天下长期苦战不休，就是因为有诸侯王的缘故。赖祖宗的神灵，天下得以统一安定。再设置诸侯王国，这是在他们之间树立刀兵。如此还想要求得到安宁，岂不是难以做到的吗？还是廷尉的议论正确。”
秦始皇既然肯定了李斯的意见，明确地指出分封诸侯的害处，否定了王绾等人设置诸侯王国的建议，于是便下令在中国实行郡县制度，“分天下以为三十六郡”，李斯被任命为帝国丞相。
王绾与李斯的一场辩论，事关刚刚建立的大秦帝国究竟要施行怎样一种国家政体的重大问题。从历史的发展来看，分封已不适应当时时代发展的需要；而郡县天下，则是自战国以来历史发展的大势所趋。秦始皇作为帝国的创始皇帝，他旗帜鲜明地赞成李斯的主张，作出了郡县天下、摒弃分封诸侯的决定，这无疑是秦始皇对中国历史发展所作出的一大贡献。
秦始皇为推行郡县天下的法令，他对分封制度作了彻底的否定。这不仅是空前的壮举，而且也为此后的历代封建王朝所不及。这种彻底否定，其核心内容便是取消“食邑”、“食封”制。秦统一六国之前，仍在实行食邑、食封制度，如吕不韦被封为文信侯，食洛阳十万户，如此等等。秦始皇取消食邑、食封，对各级官吏均按其职务给予不同的俸禄，作为官员们的经济生活来源。诚然，秦帝国仍实行二十等爵制，也进行封侯。然而，无论享有多么高的爵位，都不享有封邑。秦王朝之后的历代封建王朝，大多都没有做到这一点，食邑制度在中国历史上曾残存很长一段时间。
公元前221年，秦始皇下达天下以为36郡的法令。这36郡及其治所是：
三川郡治所在荥阳（今河南荥阳东北）；
河东郡治所在安邑（今河南夏县西北）；
南阳郡治所在宛（今河南南阳）；
南郡治所在郢（今湖北江陵）；
九江郡治所在寿春（今安徽寿县）；
会稽郡治所在吴（今江苏苏州）；
颖川郡治所在阳翟（今河南禹县）；
砀郡治所在砀（今安徽砀山）；
泗水郡治所在沛（今江苏沛县东）；
薛郡治所在鲁（今山东曲阜）；
东郡治所在濮阳（今河南濮阳南）；
琅琊郡治所在琅琊（今山东胶南）；
齐郡治所在临淄（今山东临淄北）；
上谷郡治所在沮阳（今河北怀来东南）；
渔阳郡治所在渔阳（今河北密云西南）；
右北平郡治所在无终（今河北蓟县）；
辽西郡治所在阳乐（今辽宁锦州西北）；
辽东郡治所在襄平（今辽宁辽阳市）；
代郡治所在代（今河北蔚县）；
钜鹿郡治所在巨鹿（今河北平乡西南）；
邯郸郡治所在邯郸（今河北邯郸市西南）；
上党郡治所在长子（今山西长子西）；
太原郡治所在晋阳（今山西太原西南）；
云中郡治所在云中（今内蒙托克托县东北）；
雁门郡治所在善无（今山西右玉南）；
上郡治所在肤施（今陕西榆林东南）；
陇西郡治所在狄道（今甘肃临洮）；
北地郡治所在义渠（今甘肃宁县西北）；
汉中郡治所在南郑（今陕西汉中市）；
巴郡治所在江州（今四川重庆市江北）；
蜀郡治所成都（今四川成都市）；
黔中郡治所在黔中（今湖南沅陵西）；
长沙郡治所在临湘（今湖南长沙市）；
广阳郡治所在蓟（今北京市西南）；
楚郡治所在陈（今河南淮阳）；
以上35郡，连同京都地区的“内史”，共36郡。
秦帝国于公元前221年分天下为36郡后，又不断向外扩张领土，并另设新郡。新设的郡有：
常山郡治所可能在元氏（今河北正定南）；
河内郡治所在朝歌（今河南淇县东）；
衡山郡治所在邾（今湖北黄岗南）；
东海郡治所在郯（今山东郯城西）；
胶东郡治所在即墨（今山东平度东南）；
济北郡治所在博阳（今山东泰安）；
闽中郡治所在冶（今福建福州）；
南海郡治所在番禺（今广东广州市）；
桂林郡治所在广郁（今广西凌乐东）；
象郡治所在象林（今越南会安附近）；
九原郡治所在九原（今内蒙包头市西北）。
以上11郡，连同公元前221年所设的35郡（不含“内史”），秦帝国共设有46郡。
以上46郡，便是大秦帝国的版图。