加查死后，埃斯科瓦尔惶惶不可终日，他又想起了之前的中间人巴列霍，认为投案自首也许是唯一的出路。毕竟巴列霍之前跟政府提的条件已经众人皆知。为了试探政府的态度，他又使用了老伎俩———绑架了政府秘书长蒙托亚（他代表政府同贩毒集团谈判）的儿子，以迫使政府恢复对话。
这一招果然奏效，不久，由三位前总统参加的成员团出面周旋，人质被释放。
1990年1月27日，政府与麦德林集团重新坐到了谈判桌前。会谈重新开始，中间人巴列霍代表麦德林集团再次提出原来的条件，但政府对毒贩提出的苛刻条件不予理会。双方一直僵持了50多天。这时，埃斯科瓦尔同三号头目莱德尔商量，应该给他们的谈判增加一点筹码。两人一拍即合，要知道杀人是莱德尔的拿手好戏。为了给政府施压，他们这次的目标是哥伦比亚爱国联盟党的总统候选人哈拉米略。
1990年3月22日，哈拉米略驱车前往波哥大西部的索阿查广场，也就是自由党总统候选人加兰遇害身亡的地方，准备在那里举行他的第五次竞选演说。下午3时，哈拉米略的车队开进索阿查广场时，一场流血事件发生了：几位化装成新闻记者的杀手挤入人群之后，举起了手中的照相机———一种有特殊装置的自动手枪。随着“快门”的咔嚓声，一连串的子弹飞上了讲台，哈拉米略摇晃了几下便倒在血泊中。
持续了55天的谈判彻底宣告结束，巴尔科总统再一次向麦德林贩毒集团发起新的进攻。几天之后，哥伦比亚缉毒部队意外地抓获了一位名叫塞尔米拉曼塞娜的女人，经过审讯，这位苗条、漂亮的女人原来就是莱德尔的情妇。警方根据这一线索，顺藤摸瓜，终于将莱德尔抓获，并随即将其引渡到美国。
埃斯科瓦尔得知莱德尔被送往美国的消息，深感孤掌难鸣。同政府的谈判破裂之后，他又被警方通缉。于是，他又只好仓皇出逃，在各个地方流亡。面对这种困境，大毒枭埃斯科瓦尔开始考虑自己未来的命运。已有了莱德尔的前车之鉴———莱德尔被判“终身监禁，追加160年徒刑，永远不准保释。”他最担心的是被引渡到美国。
就在埃斯科瓦尔犹豫彷徨之时，事情有了“转机”。1990年4月5日，即将任职期满的哥伦比亚总统巴尔科访问了法国，在此期间，他公开宣布：哥伦比亚不会将埃斯科瓦尔引渡给美国，条件是只要他放弃毒品走私，向政府投降。
巴尔科总统的这番讲话，无疑给了埃斯科瓦尔一线求生的希望。不过，巴尔科毕竟是一位即将下台的人物，他下台之后，他的继任者会不会恪守他的诺言很难说，所以埃斯科瓦尔对哥伦比亚政府的这个决策，还是将信将疑。
让埃斯科瓦尔彻底放心的是巴尔科总统的继任者加维里亚总统的一个宣布。加维里亚总统针对贩毒分子惧怕被引渡的心理，继承了前任“一手软，一手硬”的策略。在加紧对贩毒集团围剿和追捕的同时，他郑重地颁发了总统令。该总统令宣布：在此法令颁布之日前，凡是犯有毒品生产、制造罪的贩毒集团分子，只要向政府投降，当局将对他们从轻处理，并保证不把他们引渡到美国或其他国家。
新总统这项宽大的政策，终于让埃斯科瓦尔和他的同伙心动了。他们在考虑是否向政府投降。但是，老谋深算的埃斯科瓦尔要确定做到了万无一失才会向政府投降———他还需要物色可靠的中间人从中斡旋，投石问路。
为表谈判的诚意，政府多方物色人选，终于选定了84岁高龄的天主教牧师赫瑞罗斯充当埃斯科瓦尔投诚的斡旋人和顾问。之所以选择这位神父，一方面是因为他是哥伦比亚宗教界的领袖人物，德高望重，另一个重要原因就是，埃斯科瓦尔的教父巴列霍神父即代表埃斯科瓦尔跟政府谈判的人，是赫瑞罗斯神父的得意门生。这样看来，这位老神父无疑是最佳人选。
经过巴列霍的牵线，赫瑞罗斯终于和埃斯科瓦尔见面会谈。双方经过长达3个小时艰难的对话，埃斯科瓦尔终于接受了赫瑞罗斯的第一个要求：释放其作为最后筹码的在押的两名人质。
1991年5月19日，麦德林贩毒集团通知新闻机构，说他们将释放先前绑架的两名人质桑特斯和帕柯昂。桑特斯和帕柯昂都是于1990年在波哥大遭绑架的，自从他们被毒品贩扣作人质以来，全世界一直在呼吁释放他们。
释放桑特斯和帕柯昂，是麦德林贩毒集团向政府靠拢的第一步。又经过两天的谈判，埃斯科瓦尔终于代表麦德林贩毒集团，作出了向政府投降的口头承诺。不过他提出了三个条件：
（1）政府要保证他的个人财产合法化；
（2）惩办侵犯过毒贩及其家属人权的警察；
（3）建一座由正规部队看守的专门监狱以确保他们的生命安全。
对于埃斯科瓦尔的三项要求，赫瑞罗斯的答复是：如实向政府和总统本人汇报，力争圆满答复。即使不能全部接受，或只接受其中的一项或两项，也还要通过进一步的磋商，对话不能中断。
5月22日，波哥大所有的报纸，都在头版头条的位置，报道了赫瑞罗斯牧师和大毒枭埃斯科瓦尔谈判的消息。政府也通过新闻媒体放话给麦德林集团：通过认真的考虑后，政府决定接受两项条件，但拒绝埃斯科瓦尔贩毒所得的亿万家产“合法化”。
谈判还在继续……
5月30日，埃斯科瓦尔给麦德林市的新闻机构写了一封信，以书面的形式表示他愿意向政府自首。在这封信中，他没有要求政府对他实行大赦，也没有要求政府停止正在进行的扫毒行动，更没有要求把他贩毒得来的钱财合法化。
埃斯科瓦尔的这封信在报纸上全文披露之后，终于消解了大多数人心中的忧虑。
1991年6月19日凌晨，大地依然处在一片暮色之中。双方协商的中间人赫瑞罗斯牧师乘坐政府提供的直升飞机从麦德林城出发，进入埃斯科瓦尔指定的地点。在那里等候的向导在确认飞机上除驾驶员和赫瑞罗斯牧师外别无他人之后，登机引路同往埃斯科瓦尔的秘密藏身处。
这天下午，在哥伦比亚修宪委员会通过禁止引渡哥伦比亚人议案之后，埃斯科瓦尔终于下定决心，走出他的地下魔窟，在麦德林市郊外，向警方交出了他的手枪。下午5时，埃斯科瓦尔被带到麦德林市府大楼，并被戴上了手铐。在国家检察总监阿里埃塔、刑事审理局长梅希亚和赫瑞罗斯牧师的陪同下，登上停在市府大楼顶层平台上的直升飞机，被直接送往安第斯山脚下的一所特殊监狱中，即早已给他准备好了的距离麦德林南部60公里处的恩维加多监狱———从这里正好可以望见他的家乡。
直升机只飞了3分钟就到达了恩维加多监狱。老神父第一个走下飞机，后面跟着下来的是埃斯科瓦尔。值得一提的是，麦德林贩毒集团的另一位主要头目、“五虎上将”之一的罗德里格斯，也在6月19日这一天，于埃斯科瓦尔之前3小时在美国佛罗里达州投降了。他在佛罗里达州的一座秘密监狱关押了一段时间之后，也被押解到恩维加多监狱等待审判。
不过，哥伦比亚的“不引渡”政策激怒了美国，一些美国官员对哥伦比亚这一政策提出批评，1991年5月30日，美国中央情报局局长威廉·韦伯斯特对哥伦比亚的宽大政策感到失望。他说，美国曾强有力地支持过他们的扫毒战争，但他们自己却打退堂鼓，不履行引渡条约。当时的哥伦比亚总统加维里亚则呼吁国际社会承担起在扫毒斗争中应尽的责任，“而不要对开始和平进程的哥伦比亚评头品足”。
毒王埃斯科瓦尔入狱后，在哥伦比亚五大城市进行的一项民意测验显示，75%的人认为哥伦比亚的法官完全有能力对埃斯科瓦尔作出公正的裁决，84%的人认为美国对哥伦比亚政府的政策的批评是没有道理的。还有36%的人认为，麦德林贩毒集团至此虽然全军覆没，但在3至5年之后还会死灰复燃，关在狱中的埃斯科瓦尔还会在狱中遥控麦德林贩毒集团的残余势力和国外贩毒分子进行毒品贸易。
对于这种可能性，哥伦比亚政府有足够的思想准备，他们并不认为哥伦比亚的扫毒斗争是一劳永逸的事，但是，麦德林贩毒集团一号头目埃斯科瓦尔和国外“总代理”罗德里格斯的投降，毕竟是哥伦比亚扫毒史上空前的大胜利。
在埃斯科瓦尔入狱10天之后的1991年7月2日，哥伦比亚政府宣布：从1991年7月4日开始，以新宪法的生效期为标志，结束为期7年之久的“紧急状态”。这种“紧急状态”是从1984年4月夸尔塔总统执政时开始的。在此期间，宪法规定了限制公民的某些自由，赋予总统以重建社会秩序的特殊权力等新的内容。如今，这些内容都在新的宪法中得以删改。
第二天，麦德林贩毒集团的武装组织宣布解散。如果从1981年11月麦德林集团正式成立算起，那么，这个盘踞了10年之久的世界上最大的贩毒集团，终于结束了它的罪恶和暴行而寿终正寝了。
为了得到这一结果，哥伦比亚政府通过了夸尔塔、巴尔科和加维里亚等三代领导人的努力，所耗费的人力、物力，以及血的代价是无法估量的。但是，这种“结果”却不是最后的结果。一年之后，随着大毒枭埃斯科瓦尔的越狱潜逃，哥伦比亚的扫毒战烽烟再起。