对于贩毒集团对军政各部门的侵蚀，一些墨西哥官员不无忧虑地说：“我们的国家机器正在中毒，贩毒集团在用贩卖毒品赚取的黑钱蚕食政府的各个机构，这非常可怕。”
事实上，贩毒集团对警察部门的拉拢蚕食也到了极其严重的程度，很多地方警察参与贩毒、绑架，甚至经营犯罪团伙。这自然给行为比较正直的警察办案工作带来难度，有的警察在办案时，一不小心就会被同行投入监狱或者直接枪杀。
墨西哥一名便衣警察每个月从墨西哥司法部长办公室领取700美元，负责调查和起诉罪犯，至少理论上是这样的。但实际上，他当了近10年警察，却没有办理过一起案件。他说：“我们的工作受到诸多限制，不能正常工作，只要领薪水，尽量给自己避免麻烦就行。”
他所谓的“麻烦”通常都是来自警察局内部的同事。如果他在错误的地点搜捕一个毒品据点，他很有可能被同事击毙，或者被投入监狱。因此，他只能选择什么也不做。
警察间的“火并”事件也时有发生。2008年9月8日，发生了一起警察冲突事件，起因是联邦警察逮捕了托雷翁市一名地方警察，并将其带至警察局问话。这名警察的一些同事在得到消息后赶到那里，要求联邦警察立刻释放他们的同伴。双方在对峙一段时间后突然有人开枪，冲突最终导致当地警察一死一伤，另有33人被捕。
墨西哥前外长曾经这样说，警察在最好的情况下是无能，在最糟糕的情况下完全就是毒枭的雇员；毒枭对军队没有像对警察那样深的渗透。
所以有人认为，卡尔德龙之所以动用军队，就是因为警察队伍在长期和毒贩打交道中被认为是靠不住的。现在有一个重要的任务是对墨西哥的警察队伍进行改造，而且要最终打赢禁毒战争，警察是非常重要的力量，因为在街头调查尸体和罪案的不是军人而是警察，警察了解毒品帮派的最深内幕。
对于墨西哥的警察改革计划，华雷斯市长何塞·雷耶斯是一个领头人物，改革是否能坚持，是否有效，其他城市的市长或者州长都在关注着，如果取得成功他们才有决心效仿。
华雷斯市有 150万人，曾有一段时间，这座城市因妇女被神秘杀害而臭名昭著。现在由于毒品战———毒枭与毒枭之间、毒枭与警察之间展开激烈厮杀，2008年华雷斯有2000余人遇害，2009年则上升到2200人。几乎每天都有人死于暴力事件。华雷斯已连续两年超过伊拉克首都巴格达，成为世界上暴力犯罪最严重的城市。
2009年10月29日当天，华雷斯市破例没发生凶杀案，隔日当地报纸则以头版头条报道“昨天没人被杀。”这个记录没有能够保持下去，新闻刊登出来的当天晚上就有9人被害。
在这里，每名警察平均负责150起案件，其中大多数最终变成无解悬案。一次，有3名罪犯被巡街示众，警方称他们一共杀了211个人。其实他们只是替死鬼，是警方为了提高破案率。
2008年1月，雷耶斯就任华雷斯市市长，当时锡那罗亚贩毒集团和华雷斯贩毒集团之间正在展开厮杀，他申请调来大量军队，才控制了局势。雷耶斯现在出入随时有6个持枪保镖跟随，他的改革措施是，对警察队伍首先进行毒品测试，结果发现有毒瘾的居然相当多，现在这些人全部被革除了。随后又对剩下的进行了测谎试验以及其他“心理测验”，又革除部分不合格的人。因为人手不足，雷耶斯需要重新雇佣2000名警察，他说，这些人将成为墨西哥警察中受教育程度最高，收入也是最高的一群，这是他和总统达成的协议。这些警察的起薪将达到每年9000美元，这是一般警察薪水的两倍，同时他们还享受住房补助和其他津贴。未招聘满足够人手之前，先暂时由联邦警察和军人顶替空缺。
但是整顿警察内部需要好几年的时间，而总统也不可能一直让自己的军队在街头执行任务，为了减少对民众生活的影响，军人多半在夜间执行巡逻任务，精英分子还组成一个名为“狼”的反毒小组，在华雷斯最危险的地区活动。
很多死去的墨西哥警察并不是在抗击毒品走私的前线，而是因为他们是毒贩的帮凶，在利益争夺中成为最先牺牲的祭品。联邦警察2008年曾逮捕一名华雷斯市警察，此人利用职务便利扣押毒帮“通缉”的人，然后交给毒品头子由其处决。
2009年经过整顿后，警察和贩毒集团的冲突加剧了，约50名警察死在黑帮的枪口下。2月，贩毒集团杀死一名警察及狱卒，他们向华雷斯市警察局长发出最后通牒，如果局长不辞职，他们将每两天干掉一名警察，在被杀的两人的尸体上发现的纸条上说“威胁已经履行”。警察局长为了避免更多的警察被杀害，向雷耶斯市长提出辞呈，得到了批准。毒贩甚至公开他们将要暗杀的警察名单，很多警察害怕遭到毒手而纷纷辞职。
2009年7月13日，警方在米却肯州华卡纳镇的公路旁陆续发现12具尸体，包括11名男性和1名女性，被发现的时候，12人的双脚都被绳索绑住，身上有多处伤痕。这显然是一次报复行动，此前一天，联邦探员逮捕了“米却肯”贩毒集团首脑阿诺德·路易达·麦地那。阿诺德的被捕引发了一系列反对联邦官员的报复袭击，已经导致6名联邦警官、2名士兵死亡。枪手向3个州的警察局和旅馆投掷了手榴弹。
12名联邦探员遇难，这是自从卡尔德龙总统发动打击毒品犯罪的毒品战以来，贩毒集团对联邦官员发动的最大胆的一次袭击。不过有人分析，采取如此丧心病狂的手段向政府执法人员进攻，说明贩毒集团在毒品战中受到了重创，他们是外强中干。
果然，7月16日，“米却肯”集团竟然向卡尔德龙提出和解，声称该集团从事的暴力犯罪活动并非要与总统作对，要求墨西哥政府停止对其清剿，并以此换取该集团停止对军警的谋杀。卡尔德龙当然坚决予以回绝。墨内政部长费尔南多·戈麦斯当天宣布，鉴于米却肯州贩毒集团暴力活动猖獗，卡尔德龙总统决定向该州增派海、陆、空军和联邦警察共5500人。
12月4日，墨西哥新莱昂州小镇加西亚一名刚刚上任4天的警察局长被杀害。当时一伙属于海湾贩毒集团的暴徒去镇长家进行恐吓，警察局长闻讯前往，在路上碰到了这帮暴徒，暴徒们开枪扫射，包括局长在内一共有5人中弹身亡。墨西哥国家警察入驻取代当地市政警察，并由调查人员对该警局所有警务人员展开问讯，随后抓捕了5名市政警察，这5人被指庇护3名与贩毒集团有联系的犯罪嫌疑人。
墨西哥总统卡尔德龙也承认，墨西哥国内受雇于贩毒集团的警员不少。2009年掀起了一波又一波打击腐败警察的行动，仅6月在中部城市帕丘卡的一次行动中，就逮捕了与贩毒集团有联系的一名警察局长和91名警察。在蒙特雷市，全部1100多名在职交警接受为期10天职业称职度测试，内容包括身体素质、受贿调查、涉毒调查等５项测试后，有276名交警因未能通过测试而遭辞退，2009年以来，该市已有超过100名警察因涉嫌参与有组织犯罪而遭拘捕。