财务报表的分析方法有比较分析法、比率分析法和趋势分析法等多种，这些分析方法对于考察企业理财的状况、评价企业财务状况的优劣、判断企业经济效益好坏、找出财务和营销及管理上的失误以及提高企业经济效益都有着很大的帮助。但我们也应看出各种分析方法由于受到分析资料来源的局限性，分析方法及各种财务比率指标本身的局限性所制约，财务分析与评价的结果并非绝对准确，有时甚至会得出与实际情况相差甚远的结论。因此，在了解各种分析方法时，明确了解财务报表分析方法的局限性并适当采取一些防范措施是完全必要的。
1.财务分析资料来源的局限性
由于分析资料来源的局限性而使分析方法带有局限性，财务分析资料的主要依据是企业所编制的各种财务报表。财务报表及其所提供数据的局限性决定了各种分析方法及其分析评价结果的局限性。
其局限性主要有：
（1）重结果、轻过程。
财务报表通常只能说明企业财务政策运营的结果、经济效益成果，而不能详细说明企业进行财务运作的过程及经济效益实现过程。以资产负债表为例，它所反映的仅是即将结转到下个会计期间的责任，它是一种未履行的报告，即它反映还没有使用的经济资源、还没有偿还的负债，并不能明确反映企业的管理阶层在企业经营过程中是如何筹措资金，筹资成本为多少，筹措来的资金是如何使用的，是否及时偿还了债务等。又如通过利润表我们只能了解到企业所取得的收入及利润的多少，而这些收入是如何具体取得或由哪一家分企业分公司取得的却不能够得到回答。这些都给财务报表的分析带来了很大的局限性。
（2）环境的变化。
由于各个不同时期企业经营环境的变化，及政府有关会计政策的变化，致使企业的会计处理方法、计价标准等发生变化。此外，由于政策的要求不一样，因此，金融企业的财务报表与一般企业的财务报表不尽相同。这样由于客观环境的不同及变化，财务报表所反映的内容变化较大，且不可比。
（3）真实。
据我国《会计法》第一条规定：“为了规范会计行为，保证会计资料真实、完整，加强经济管理和财务管理，提高经济效益，维护社会主义市场经济秩序，制定本法。”这说明财务报表必须真实、完整。但财务报表所提供的数据资料是否真实可靠，不仅制约于企业的主观因素及人为因素，而且还受到通货膨胀的影响，同时也与会计方法的合理性密切相关，如果通货膨胀严重、会计方法不适当，或者过多地掺杂了各种人为因素与主观因素，那么财务报表所提供资料的真实可靠性就缺乏必要的保证，而现有分析方法又完全缺乏有效的修正方法，这必然会影响财务报表的真实性。
（4）有效性。
对财务报表进行分析的主要目的一方面是为了总结过去，另一方面是为了预测未来，更好地对未来的企业经营进行指导与规划。其中更重要的是后一点。因为过去的已经过去，更重要的是未来。但财务报表提供的资料都是历史资料，如果企业仅仅根据这些历史资料进行分析，分析结果的时效性是很差的，就无法达到分析报表的目的。
（5）准确性。
有些财务报表所传递的会计信息资料概念模糊，含义不准确。现金流量表主要反映企业现在的现金流量，很难反映企业资金营运的全过程；又如企业的财务报表应该包括哪些明细附表是有争议的，这些都影响财务报表的分析方法的正常作用的发挥。
2.财务分析环境的局限性
（1）分析理论特别是分析方法理论研究缺乏，与国外发达国家相比差距很大。
（2）分析结果的公正性、客观性受到影响。
由于财务报表是由企业编制的，它的主要目的是满足企业外部投资者的投资需求。因此，人们在编制财务报表时往往带有很大的倾向性，尽可能粉饰报表。
（3）分析工作不能专业化。
由于一般的财务部门任务繁重，缺乏专门的分析人员，分析相对于其他工作而言，是比较虚的。而且财务分析需要测算众多的指标，如果把这个分析的任务给财务部门，很可能分析效果不好。
3.财务分析指标的局限性
（1）财务分析指标过多而且复杂，有些指标没有什么意义，但是指标过少又很难说明问题。
（2）企业需要向外提供财务报表，为了起到保护企业自身商业秘密和市场份额的目的，公布出来的指标只是一般性指标，或经过粉饰的指标，很难通过财务报表或财务报表附注揭示企业的深层次、具体的信息，有时对财务报表上提供的数据进行分析，可能与实际情况相差甚远。
（3）计算口径不统一，评价标准难以掌握。这使得厂长、经理在对本企业及其他企业进行比较时很难进行下去。