燕京事务处理完毕后，耶律楚材带着家小随着塔察儿在众怯薛军保护下，回到大蒙古国的发源地也是汗廷所在地大斡耳朵，已是第二年即1229年3月的下旬。
此时还在监国的成吉思汗第四子拖雷在成吉思汗生前处理国事的金顶大帐召见塔察儿和耶律楚材。听过塔察儿讲述完到燕京后的一切，拖雷十分高兴，对耶律楚材好一番称赞，当即奖赏他十名男奴隶、十名婢女，还有一顶豪华大号帐篷、六顶小号帐篷，供耶律楚材和家人、奴仆居住。
耶律楚材将石抹咸得卜的诸多贪暴所为讲给了拖雷。拖雷很生气，却没有罢石抹咸得卜的官，只是行诏各地：“日后非奉玺书，不得擅自征发；因当大辟者，必待报，违者罪死。”
国不可一日无君，成吉思汗已辞世一年半，至今仍由拖雷监国，何日才能终止？接下来，为了争夺汗位的继承权，蒙古帝国内部进行了一场紧张激烈的斗争。在这场争斗中，耶律楚材以他的威信和才能，发挥了特殊的重要作用。
在汗位虚空期间，按照蒙古习俗由幼子拖雷监国。拖雷一直跟随在成吉思汗身边，接受了成吉思汗留下来的大部分军队财产，势力比较大，所以他不甘心让位于窝阔台。
这时，耶律楚材深感国家不能一日无主，于是对拖雷说：“确定汗位继承人是国家的大事，应该早一点落实。否则对国家没什么好处。”
拖雷听罢说：“现在条件还不成熟，等过些天选择好日子再说吧。”
耶律楚材紧接着说：“最近就是很好的日子，正宜确定汗位继承人。”
拖雷知道耶律楚材从来不随便说话，但他还是悻悻地说：“父汗在世时曾经说过，你是天赐我家的。我从来不曾薄待过你，你为什么要和我分心呢？”
耶律楚材一笑，说：“在下若真是长生天赐给大汗家中的，也将属于大汗整个家族，不会仅仅属于其中的一位。”
拖雷再也忍不住了，咬牙切齿地说：“可你在竭力推我三阿哈（窝阔台）即汗位，是吧？”
耶律楚材挺了挺胸，说：“确实如此，因为窝阔台是大汗生前指定的继位人！大汗生前有恩于在下，在下必须肝脑涂地来报答。所以我不能因为你已在监国就见风使舵，做出违背大汗的事来。”
拖雷恶狠狠地问道：“可你知道这样做的结果吗？”
耶律楚材捋着雪白的胡子淡淡地说：“一死而已，也好早日拜见大汗。可你百年之后，将如何面对你的父汗呢？”
拖雷再也不好故意推托了，同时他也不敢违抗成吉思汗的遗命，于是想利用蒙古“忽里台”制度来解决问题。蒙古“忽里台”制度就是召开蒙古诸王、重臣大会来研究决定汗位继承等重大问题。在这个会上，虽有成吉思汗遗命，但还要由大会来决定。如不同意还可否决。
就这样，拖雷决定在成吉思汗二周年祭奠的前后举行忽里台，来确定大汗的人选。
于是，在成吉思汗忌辰前，分封在各地的蒙古诸王们都带着家人、侍卫乃至大军，从四面八方赶来汗廷所在地大斡耳朵。
在成吉思汗忌辰的前三天，拖雷率领数十万众或骑马、或步行、或坐着牛车离开了大斡耳朵，前往西北四百里外不儿罕山里的成吉思汗埋葬地萨里川。
萨里川位于不儿罕山的起辇谷内，是山谷中一片较高的平原。成吉思汗生前有一次打猎来到这里，见这里风景秀丽，便下了马坐在一株老树下歇息，对随行的拖雷等人说：“这个地方日后就做我的墓地吧！”但在后来，成吉思汗率军西征经过鄂尔多斯草原时，又被那里的美景吸引，情不自禁地丢下了马鞭，说：“这里是衰亡之朝的复兴之地，是太平盛邦的久居之地，是梅花幼鹿的成长之所，也是白发老翁的安息之乡。我百年之后，可葬在这里。”
经过拖雷与几位兄长商量，决定将成吉思汗的遗体埋葬在萨里川，而将他的衣冠埋在鄂尔多斯草原（即今内蒙古伊金霍洛旗的成吉思汗成吉思汗的葬礼由奉命监国的拖雷主持。蒙古族由于自古过着游牧生活，从来没有墓地，死后有三种葬仪，一为弃葬，即暴尸荒野，三日内被野禽吃掉为吉，谓之“升天”；二为火葬，将尸体架在木柴上焚烧；三为土葬，装入棺材掩埋。弃葬为奴隶采用，火葬适用于平民，只有尊贵、富有的人死了才会埋葬。人们选了稀有的三抱粗的梡木，从中间纵向锯成两半，当中凿空成人形，大小适当，将成吉思汗的遗体用白布缠了四十九层，放入其中，将两半木合上，用三道黄金圈固定，再加髹漆四十九遍，才下入深坑掩埋。参加掩埋仪式的只有少数近亲，其他人在远处跪着放声大哭，看不到这里的情形。和棺材一同埋葬的，还有大量的美味佳肴、奶、酒及各种生活用品，还有从各可卜温、那颜家中挑选出来的四十匹配着金鞍的高大骏马、四十位珠光宝气的妙龄美女。
葬毕，坟墓不封不树，即不起坟丘、不树墓碑，由众人骑着马将这一带踏平，使埋葬处再也看不出来痕迹。拖雷这才带着众人离去，命一千骑兵将这一带守卫起来，不准任何人进入，直到第二年草木生长起来之后。但在马踏墓地之前，要在下棺处杀一只幼骆驼，让生它的母骆驼流着泪看着，而后将母骆驼牵走，单独饲养。
萨里川到了，这里已遍地绿草，哪里是成吉思汗的埋葬处？
队伍最前面那只母骆驼终于停了下来，嗅着地面的草，嘴里发出哀鸣。按照古老的习俗，这里便该是幼骆驼死的地方，也便是成吉思汗的埋葬处。拖雷和来到这里的人们都下了马，远处的人们也都停下来，开始哭拜。
祭过成吉思汗三天后，忽里台在成吉思汗处理国事的金顶国帐中正式举行，与会者近二百人。
当拖雷主持着会议刚说明议题，国帐里便乱成一锅粥，你争我抢着举荐自己认为该当即位的人。
“大汗生前已经指定窝阔台即位，在座的难道忘了吗？大汗是天之骄子，是天下最圣明的人，看得清谁来即位能使我们大蒙古国兴旺发达。大汗的话怎么可以不遵照执行呢？”阔阔搠思高声说。自从兀孙在十多年前死后，他便接替了兀孙的别乞之职，成为蒙古旗和大蒙古国的神的代言人和化身。萨满特别是萨满的首领兀孙，在自古信奉萨满教的蒙古民族中最受尊重。成吉思汗建立大蒙古国之初便规定：别乞穿白衣，乘白马（蒙古民族尚白），居上座。
“大汗确实是天之骄子，大汗的话确实是不可违背的。”按赤台不买阔阔搠思的账，高声反驳，“但大汗只是提议由窝阔台即位，并没有指定……”
“大汗让窝阔台即位，是当着众人的面说的，谁都听得清清楚楚。独目把阿秃儿，你怎么能说大汗没有指定？”失吉忽秃忽吼道。
“大汗如果已经指定，何必还要我们举行忽里台，来做最后的确定？鉴于此，我以为应当像以往忽里台推举汗或部落长那样，论功、论武！”按赤台也叫着。
“按照我们达达人一向遵循的惯例，由斡赤斤接管阿爸的一切……”
“长子有优先权的……”
“可以兄终弟及……”
耶律楚材手捋着雪白的长髯，静听着众人的话，起初将他们划成了五派，分别支持拖雷、窝阔台、斡赤斤、察合台、拔都，但后来也有人提出请成吉思汗的二弟哈撒儿即位，因为他是成吉思汗的长弟，地位最尊……
这一乱用了二十多天，接下来开始分化、集中，逐渐向拖雷、窝阔台两方靠拢。
最先宣布退出竞争的是哈撒儿，但没表态支持谁即位。
之后是拔都弃权，转而赞成拖雷即位。
窝阔台派出自己的斡脱牙老瓦赤去见已经61岁的哈撒儿，哈撒儿终于表态支持窝阔台。
接着宣布不参与竞争、全力支持拖雷的是斡赤斤。他今年48岁，身体壮得像头牛，一向骄横自负，除了成吉思汗，谁也没放在眼里。但在拖雷的亲信上门好一番劝说之后，他终于才做出了这样的决定。
经窝阔台的亲信镇海、阔阔搠思等人多方努力，又有主儿扯歹、别迭等一些那颜支持窝阔台即位，但整个势力仍然弱于拖雷。
耶律楚材权衡局势之后，决定去见察合台。
察合台近来心情很不好，刚喝了好多酒，正在帐篷里焦躁地踱步。术赤死后，他在成吉思汗诸子中年纪最长，按照蒙古习俗有即位优先权。他已为此尽了最大努力，但支持自己的人仍然远比拥护拖雷、窝阔台的少。
“在下耶律楚材拜见可卜温！”耶律楚材步入帐篷，一边施着蒙古礼一边说。
“吾图撒合里！你来有什么事？”察合台止住脚步盯着耶律楚材问。他今年46岁，生得和拖雷很相像，但比拖雷瘦得多，神情傲慢。
“看来，可卜温正在为国事而急吧？”
“是的，正在思考谁来即大汗之位合适。”
“可卜温在大汗诸子中年纪最长，功勋卓然，威望素著，在此事关蒙古国江山社稷之时，举足轻重啊！好多人都在看着可卜温，等着可卜温最后的定见，以便追随。莫非到现在还没有考虑成熟？”
“这……这是大事！正像你所说的，‘事关蒙古国江山社稷’，当然不能不慎重，思之再三。”
“还记得十一年前吗？在下刚到大汗身边不久的一天，大汗召见各位可卜温、那颜，说起百年之后由谁即位。当时，是可卜温力荐窝阔台可卜温，被大汗采纳。”
当时若知道术赤会早死，我哪能举荐窝阔台？察合台暗暗后悔。
“窝阔台可卜温因此而十分感激可卜温你，曾在私下多次对在下说起，并说将在日后报答大恩。”
“他真这么说过？”察合台问。
“在下是撒谎的人吗？”耶律楚材说着笑笑，随即把话锋转回：“不过，可卜温这样做了便得罪了术赤可卜温，当时险些打了起来。还有，当时也可可卜温的心里也会不悦吧？”
察合台点了点头，又踱着步。
耶律楚材看着察合台，压低了声音：“术赤可卜温生前一向与也可可卜温相好。其子拔都可卜温现已放弃汗位之争，投靠也可可卜温。若也可可卜温即了汗位，拔都可卜温便将处于一人之下、万人之上，可以为所欲为，公报私仇。”
拔都！察合台暗叫一声，咬紧了牙。
拔都久在父亲身边，每次出征都是前锋，以勇猛而颇有谋略著称。因为其父术赤的关系，察合台与他也不和。近两天，拔都更是以成吉思汗长孙的身份频繁活动，拉拢一些那颜支持拖雷。
拖雷若即位，拔都确实将在一人之下、万人之上！那时，他的眼里更不会有我。察合台凝眸思索着。
耶律楚材问：“可卜温是否发现，在近些年来或者近日之中，窝阔台可卜温已有大错或者有不尊重可卜温的地方？”
察合台连连摇头：“没有，没有。”
耶律楚材说：“既然如此，在下窃以为，可卜温似应再次拥立窝阔台可卜温为汗，不改初衷，更显得堂堂正正。由此，窝阔台可卜温便能即位，必将更加感激可卜温！否则，可卜温不但有出尔反尔之嫌，结果只能是也可可卜温即位。”
察合台蓦地站住，盯着耶律楚材：“你能肯定，除了窝阔台、拖雷，便不可能是别的人即位？”
耶律楚材用力点点头：“长生天之意如此，谁也改变不了。”
察合台慢慢闭上眼睛，长叹一口气，低声说：“明天，我……我便拥立窝阔台。”
耶律楚材抿嘴一笑，又说：“还有一桩事！”
察合台睁开眼睛：“你说吧。”
耶律楚材说：“为了蒙古国的兴旺发达，必须建立一些朝制、礼仪，尊崇大汗。还请可卜温能够屈尊，向窝阔台汗施跪拜大礼。”
察合台一怔，看着耶律楚材：“我向他跪拜？”
耶律楚材说：“可卜温虽然是窝阔台汗的阿哈（兄长的意思），但位在人臣，按礼当拜。您是大汗诸子中最年长的人，若拜了窝阔台汗，则无人敢不拜。”
察合台迟疑着问：“这……这个，有必要吗？以前大汗在位时，并没让大家行跪拜礼。”
耶律楚材说：“很有这个必要！大汗的威望已在所有人的心中生根，而不服窝阔台可卜温的人尚有很多。不如此，不足以使所有臣子对窝阔台汗毕恭毕敬，实在于国事不利！”
察合台勉强点了点头。此前的蒙古礼俗，只有战俘、奴隶、罪犯才施跪拜礼。
耶律楚材又说：“到时候还请可卜温提议，尊窝阔台汗为‘合罕’。”
察合台怔了一下，问：“合罕……是什么意思？”
耶律楚材说：“合罕便是管理所有汗的人，或者说是最大的汗。”
察合台想了想，说：“我们蒙古国不是只有一位汗吗？我阿爸成吉思汗也只有个汗宇。”
耶律楚材说：“蒙古国名义上只有一位汗，但各位可卜温乃至有些那颜都拥有许多土地、民众，其实都相当于汗。以前，蒙古大草原的各族，乃至有些大的部落联盟，其首领不是也称过汗吗？在下以为，只有明确了这一点，所有的可卜温、那颜才能完全听从窝阔台合罕之命，使整个大蒙古国步调一致，无往而不胜，完成大汗的遗志，雄霸天下。在下以为，这是一个非常重要的提议，由可卜温出口为好。”
察合台笑了，拍着耶律楚材的肩膀连连点着头：“你想的真是周到！吾图撒合里，你真是我们蒙古国的社稷之臣啊！”
翌日上午，众人照例来到金顶国帐继续忽里台。由于察合台转为支持窝阔台为汗，窝阔台势力大增，局面出现了逆转，最终窝阔台成功地继承了汗位。
窝阔台继位之事既定，耶律楚材又为登基大典动脑筋。他知道要想推行中原汉法，就必须从大汗登基这件事做起，大汗一登基就要有一个新的面貌出现。他建议要完全按照中原传统的册立礼仪举行大典。此次大汗登基，在耶律楚材主持下，举行得非常成功，使不少蒙古人见识了中原礼仪的规模、仪式和尊严。据史书记载，蒙古汗国时代对汗的拜礼，就是从这个时候开始的。当时，有不少应该参加典礼的人迟到了，按照蒙古习惯要被处死。经耶律楚材奏请窝阔台汗，在大喜的日子里宽大了他们。
窝阔台正式登基继位，使蒙古汗国的权力之争暂时缓和。同时，他继承了这样一个地域辽阔、民族众多、社会形态多样的大帝国，如何管理统治的问题也摆在了他的面前。他一方面为了安抚众兄弟和大臣，给他们分封了土地，另一方面重点考虑如何统治那些被征服的文明地区。这个问题，父亲在世时期由于忙于征战，还没有来得及考虑，今天要提上他的议事日程了。联系这件事，他首先想到了具有较高汉文化修养的耶律楚材。因为耶律楚材不仅在辅佐他登基上有功，而且得到过他父亲重用，父亲在世时曾对他说过：“这个大胡子是老天赐给我们的，你以后要把治国的大事委托给他。”所以，他要重用耶律楚材辅佐自己治理国家。耶律楚材经过长期观察，也觉得窝阔台是个可以信赖的人，是可以让自己施展抱负的汗王，他要一展平生所学，为蒙古汗国的发展做出贡献。