即使联邦和州两级的政治行动者都承认联邦制的原则，并以此作为行动的准则，但在实际的政治生活中，他们之间的利益冲突还是不可避免的。这种冲突可能使联邦的政策难以制定和实施，影响整个国家的行动能力。为了防止这种情况的激化，需要一个能够在这两个政府层级之间发生冲突的情况下进行仲裁的机构。因此，在联邦制国家中，一个独立的法院不可或缺。它在两个政府层级之间起到平衡和调解冲突的作用，它既能制止中央国家侵犯成员国的权力，也能阻止成员国的越权，从而保障两个国家层级之间的权力秩序。与其他联邦制国家的宪法法院一样，德国联邦宪法法院就是发挥这种作用的机构。
属于德国五大联邦宪政机构之一的联邦宪法法院设在卡尔斯鲁厄。与美国联邦最高法院不同，它不是普通法院系统的一部分，而是一个独立的司法机构。联邦宪法法院由基本权利法庭和国家法法庭两个法庭组成。按照《基本法》第94条的规定，其成员半数由联邦议院选举产生，半数由联邦上院选举产生。联邦宪法法院法官既不得为联邦议院、联邦上院或联邦政府的成员，亦不得为州相应机关的成员。院长、副院长由联邦众议院和上院轮流选举产生。显然，采取这种做法的目的是保证联邦宪法法院在联邦和州之间的平衡。
联邦宪法法院是《基本法》的守护者。在联邦和州的关系方面，联邦宪法法院的职权主要是裁决它们的如下纠纷（《基本法》第93条）：（1）就联邦法律或州法律与《基本法》在形式上和实体上是否一致产生分歧或疑问时，联邦政府、州政府或联邦议院三分之一的议员可以提请裁判；（2）就某项法律是否符合第72条第2款的条件（也就是关于联邦行使竞合立法权的前提条件的“需要性条款”）产生意见分歧时，联邦上院、某一州政府或某州议会机构可提请裁决；（3）就联邦和各州权利和义务，尤其是就各州执行联邦法律和联邦实施监督权发生意见分歧时；（4）联邦和州之间、各州之间或一个州内部发生其他公法争议，且无其他诉讼手段时。在这些情况下，联邦宪法法院行使司法审查权。
此外，联邦宪法法院还有权进行法律规范审查，当法院认为裁判案件所依据的法律违反宪法时，应中止审理程序，征求联邦宪法法院作出裁决。州的法律违反《基本法》或州的法律与联邦法律相抵触时，情况同样如此（《基本法》第100条）。
这样，在德国联邦制国家的制度结构中，联邦宪法法院这个独立的法院既负责《基本法》所规定的联邦制原则的监督和维护，也在联邦和州之间起到平衡和解决冲突的作用。