从1898年以后，严复就集中精力从事翻译工作。但是他感到单单靠翻译、引进外国的新思想和新文化，要启开民智和振兴民族精神就受到了很大的限制，为了使大多数的人能够接受西方国家的新思想。从1902年以后，他就提倡兴办教育，实行“教育救国”。
严复开始提倡教育，是从1902年在《外交报》发表《与〈外交报〉主人论教育书》开始的。《外交报》是张元济1901年在上海创办的一个半月刊，其宗旨是报道外交事务方面的新闻，并刊登有关外事问题的论文。严复在第三期上看到一篇专论“文明排外”的文章后，很受启发，觉得它和自己提倡教育、普及文化、开通民智的主张十分相近。但文章比较空洞，没有具体的办法和措施。他在《与〈外交报〉主人论教育书》中指出：疗救愚昧的途径是兴办教育。兴办教育，必须有具体措施。
第一是编写教材，教材的内容，应以西方国家的科学知识为主。第二是培训和选拔教师，教材既是以西方的科学知识为主，那么，教师也必须培训和选拔这样的人来担任。
教师从哪里来？这也是兴办教育的重要问题。严复建议要土洋结合，两条腿走路。一条是各省设立建成师范，选派20岁左右的人速成师范，学习十分之七的西方知识和十分之三的中国文化知识。毕业后可任中小学教师；一条是选派30岁左右的有志者到英、法、德、俄等国学习。三年后学成归国，可胜任中学或大学教师。
照这样兴办教育，中国的教育就普及了，人才就培养出来了，人的聪明才智也就发挥出来了，中国也就振兴起来了。
严复提出教育救国的思想基础是：只有以西方的科学知识来武装头脑，才能改变人的精神面貌。他说：“中国人民受封建思想文化的毒害，已经有几千年了，如果不以西方先进的文化思想来洗涤人们的心灵上的污泥浊水，不以西方的科学知识来武装人的头脑，人的精神面貌是无法改变的。”
有人说，严复主张教育救国，不是没有道理的，但用这种办法救国，未免缓慢些。俗话说：十年树木，百年树人。所以，人们把他的这种思想叫做“渐变”。“渐变”不是严复的创造发明，它在理论上是受英国社会学家斯宾塞的影响，在实际经验上是受日本明治维新的影响。在辛亥革命前几年，教育救国是严复的主导思想。
1904年，严复在开平矿务局工作时的朋友张冀来访，请严复陪他到英国去打官司，张冀为了收回开平矿务局，要打赢官司，就必须请一个精通英语的人做翻译。严复答应做张冀的翻译和参谋，是出于友情。
1904年冬严复抵达英国伦敦，本想帮张冀打赢这场官司，可万万没想到，他逐渐了解实情后，感到张冀贪图个人私利，面目可憎，而对手英商也奸诈狡猾，令人气愤。因而他想一推了之，借此机会观光游览，并重味昔日的情感。但是，如今已成为一个著名的思想家和翻译家的他，在思想界享有盛誉，一时名声大噪。所以，他到伦敦不久，不仅伦敦的朋友奔走相告，准备约请他会面，孙中山也想趁严复在伦敦的机会，和这位思想家讨论救国救民的问题。
1905年春，孙中山如期到达伦敦，经过一番调查了解，终于得知严复的住址，便亲自前去拜访。过去二人虽然不相识，但彼此有所了解，因此一见如故。他们一开始讨论就开门见山地紧紧围绕改革中国的问题，发表了各自的意见。孙中山作为来访者，首先说他近些年来的理想和工作。严复听完后，却认为现在中国民智未开，民品低劣，改革不能普遍全国，不能从根本上收到效果。他说：“根据中国的国情，应该立即从兴办教育开始，在全国普及教育，提高全民族的文化素质，振奋民族的精神，社会的改革才有希望。”即主张以兴办教育来开通民智，拯救中华，和当时方兴未艾的资产阶级民主革命的洪流是抵触的。孙中山自然不赞同他的主张。
严复和孙中山的意见显然是针锋相对的。但孙中山很有涵养，也很有眼光。他觉得严复虽然不同意他的政治革命理想，可严复的主张也不是没有道理。因为社会的改革需要从兴办文化教育起步。但不进行政治革命，封建统治者是不会轻易退出历史舞台的。所以孙中山在和严复握手告别时，说了一句意味深长的话：“君为思想家，鄙人乃执行家也。”严复和孙中山经过讨论，彼此在思想上就更明确了。孙中山坚决走政治革命的道路，严复坚决走兴办教育进行思想革命的道路。
严复回到上海不久，就听说马相伯正在筹办复旦公学（复旦大学前身），他自然积极支持，热心帮助，第二年，已是该校第一任校长的马相伯打算到日本游学，就恳请严复接替他的工作。严复本想推让，见他言辞恳切，就不再推辞。这样，他当了复旦公学的第二任校长。
在此期间，严复不仅尽心竭力地主持校务，而且还打算兴办女子学堂。他认为，如不兴办女学，把广大妇女从封建礼教的束缚上解放出来，也会影响振兴国家的重任。为此，他积极筹备建校事务。可是当有了一点眉目时，终因经费困难，无人支持，不得不罢手。
创办女子学堂的设想破灭后，他就集中精力想把复旦公学办出点成绩来。可是，安徽巡抚恩铭请他出任安庆高等师范学堂的校长。严复见推辞不得，只得到安庆高等师范学堂就职。
严复接任安庆高等师范学堂的校长后，便下了决心要整顿校风。时逢学堂进行期末复习考试。严复认为这正是整顿校风的好时机。他向全体教师宣布：此次大考，要严格执行。考试不及格的学生，一律退学。又特别规定：凡是不及格的考卷，一律汇总起来交到校长处，由他复查，再作处理。
严复就在办公室严格地复查不及格考卷。几天后，复查接近尾声了。他像平常一样查完一份考卷便顺手把它放到一边。可是这次他又重新拿起那份放在一边的考卷。细看之后，他发现这份考卷颇有新意。他认为不但不应给他评不及格，还应加以鼓励。他准备和那个学生面谈后，再决定他的成绩。
这个学生叫王恺銮，他的作文《张巡论》，在评论张巡的历史功过上，不受传统观念的拘束，既谈他的功绩，也指出他杀妾充饥的缺点。这就有了新意。这样有创造性的学生，应该得到培养和提拔。
王恺銮被叫到办公室，心里感到忐忑不安。但恭恭敬敬地站在一边，听候校长训话。不料严复却面带微笑，丝毫没有责备他的意思。
严复叫他谈一下自己是怎样构想《张巡论》的，他才明白严校长叫他来的用意。于是，他毫不犹豫、滔滔不绝地讲了起来：“张巡在历史上的功劳，自然不能抹杀，但杀妾充饥残忍暴虐，是一种野蛮行为，理应批评。”严复听完后，认为他一个17岁的青年，就能独立地思考后写出此文，不落俗套，很有见解，的确难得。
严复再次审阅了这篇文章，还改了几处病句，加上评语，将成绩由40分提到100分。最后，他与原阅卷老师取得一致意见，提笔改为90分。并奖给王恺銮10元钱作为奖学金。
谁知严复给王恺銮更改分数和发给奖学金一事，像一股和煦的春风，温暖了全体师生的心。人们赞不绝口，认为幸亏来了个“伯乐”，王恺銮这个“千里马”才未被埋没。严复为自己发现这么一个出类拔萃的学生，也感到莫大的安慰。他甚至在给外甥女何纫兰的信中开玩笑让她嫁给王恺銮，流露出对人才的爱惜之情。
经过复查，经严复签名，被淘汰的学生有30余人。这一次整顿，震动了安庆全城。一时议论迭起，有人赞成，有人反对。于是一些地方官吏和士绅挑动被淘汰的学生闹事，在《南方》《神州》等报刊上发表文章，散布流言，丑化严复。严复本就胆小怕事，此时像被泼了一桶冷水，受到很大的打击。因此，他便辞职而去。