载沣上台前后，袁世凯力主设立责任内阁，因为当时的情势一目了然，设立了责任内阁，袁世凯就可以正式进入帝国的决策核心，而在这个内阁内，除了满清贵族外，袁世凯就是必然的权力掌控者；再进一步说，满清贵族依仗的是传统统治地位，但袁世凯手中却握有兵权，他在内阁中说的话自然也就是最重的。其实在慈禧太后最后的两年中也早已对袁世凯加以防范，她下令将北洋六镇中的四镇收归陆军部管辖，又将袁世凯调任军机处，同时也把张之洞调进军机处，目的很显然，那就是钳制袁世凯。载沣上台后，虽然在暗中策划想要杀掉袁世凯，但此时的袁世凯羽翼已丰，势力庞大，朝中大臣也对此事心怀恐惧。当载沣和隆裕太后密谋此事时，就连军机处首席大臣庆亲王奕劻都恐慌地跪在地上，说此事必须和张之洞商议才行。当载沣召见张之洞时，张之洞却长叹道，“国家新遭大丧，主上又年幼，当前须以稳定大局最为重要，此时诛杀大臣，先例一开，恐怕后患无穷”。接着又说，“王道坦坦，王道平平，愿摄政王熟思之，开缺回籍可也”。另外几个军机处大臣也纷纷表示反对——实际上，军机处内袁世凯已经有相当的党羽，如那桐和世续都是袁世凯一派。在地方总督中，两江总督端方与袁世凯有姻亲关系，东三省总督徐世昌是袁世凯的把兄弟。在列强中，英国公使朱尔典公开支持袁世凯，这说明，袁世凯已经做大，不是满清贵族所能轻易撼动的，载沣此时已经孤掌难鸣。
载沣万般无奈之下也只好采用张之洞的建议，让袁世凯开缺回家。袁世凯这才长舒一口气，准备回京，入朝谢恩。第二天，袁世凯接到了上谕：“内阁军机大臣外务部袁世凯，夙承先朝屡加擢用，朕御极复予懋赏，正以其才可用，俾效驱驰。不意袁世凯现患足疾，步履艰难，难胜职任。袁世凯着即开缺回籍养疴，以示体恤之至意。”三天后，袁世凯怀着暗笑离开了北京。
几年前曾采访袁世凯的莫理循对袁世凯被驱逐出朝廷感到难以接受，他在报上发表文章为他写鸣不平。
1911年10月11日，即武昌起义的第二天，莫理循与朱尔典互相策应，朱尔典利用英国公使身份向清廷权贵施压，莫理循则利用记者身份制造舆论。他给《泰晤士报》发出了一份电报，说：“北京被革命爆发和军队叛乱的消息吓得风声鹤唳，草木皆兵……清朝危在旦夕，满朝文武，忧心如焚”。发完这篇报道后，他就立即起身赶往武汉，准备亲身参与中国革命。
此后，莫理循也正紧张地忙碌着，他在武汉呆的时间并不长，但却连续发出了许多报道，从11日到24日，他共计发出了近万字的电讯。11月初，当他得知袁世凯已经准备进京组阁后，也急忙赶往北京。11月9日，袁世凯终于来到北京，已经返回北京的莫理循也来到车站，当袁世凯专列抵达北京车站时，他描绘道：“一队手持长剑、威风凛凛的卫兵紧随其后”。
此时，袁世凯与革命党人之间的谈判也在硝烟战火中继续着。当汉口被攻克后，袁世凯暂停了前线部队的推进，而是派出了蔡廷干前往武昌与黎元洪进行密谈，并且先后几次寻求和谈：11月5日，袁世凯首次致书黎元洪，为黎所拒；8日，袁世凯再次致书黎元洪；11日，刘承恩、蔡廷干第一次渡江来到武昌。汤化龙代表武昌回答：“我们此次首义，并非专行种族革命，实政治革命……如能按照共和制度，实事求是，则满清永久立于优待地位，享共和幸福，较之君主时代之危险，至有世世子孙莫生帝王家之惨，胜百倍矣。我想清廷真有觉悟，顺应潮流，必以吾言为然，请蔡、刘二君转达项城，不必固执也。”对此事一直密切关注的莫理循在11月16日和蔡廷干进行了谈话，莫理循写道“他对黎元洪的印象很好，发现黎元洪是个真诚、有理智的人”。
但革命党与袁世凯之间的政治诉求差异很大，谈判毫无结果，于是袁世凯决定再次发动进攻，以打击革命党人的锐气。北洋军在武汉频频得手，革命军毕竟不是训练有素的北洋军的对手。
随后，莫理循于1911年12月亲自南下武汉劝说革命党，袁世凯为其提供了专车，并且还给他配了厨子和仆人，他来武汉的目的就是劝说汉口的革命党人宣布袁世凯为中华民国第一任总统。莫理循还游说日本外交官支持袁世凯，他还发动在华外商发表通电，呼吁清帝退位，因而，袁世凯能不断地从莫理循那里得知南方及日本等国的态度。于是北洋军与革命军停战议和，袁世凯派亲信唐绍仪为谈判代表，革命党则派出伍廷芳为代表。12月12日，唐绍仪等人抵达武昌，随即告诉黎元洪，实际上袁世凯也是赞同共和的，但要让清帝退位需要国民大会的决议。在与武昌革命党人有了接触后，随后，唐绍仪等人在王正廷、谭人凤等人的陪同下乘船顺流而下，前往上海进行正式谈判。
在整个袁世凯出山到南北谈判期间，除了朱尔典代表英国政府大力支持袁世凯外，朱尔典也与莫理循紧密配合，莫理循以《泰晤士报》记者的身份连续发表文章，不断地制造舆论，仅在11月莫理循就连续发表文章，支持袁世凯：
《首相袁世凯》（1911年11月1日）；
《袁世凯和叛军》（11月3日）；
《资政院和袁世凯》（11月6日）；
《肃亲王信任袁世凯》（11月10日）；
《袁世凯的责任》（11月12日）；
《袁世凯的任务》（11月13日）；
《袁世凯在北京》（11月14日）；
《内阁总理面临的困境》（11月15日）；
《袁世凯和革命》（11月16日）；
《袁世凯的内阁》（11月17日）
……
11月20日，莫理循和袁世凯进行了长谈之后，第二天，莫理循就在《泰晤士报》发表了《袁世凯论危机》的长篇访谈。
从1911年10月11日至1912年3月10日前，莫理循至少发表了71则报道，《泰晤士报》表扬他：“全世界都从《泰晤士报》上了解中国真正发生什么事；你的工作得到了普遍的称赞，你的文章被广泛引用。”从1911年11月开始，莫理循也和朱尔典一样，几乎每天都与袁世凯保持联系，1911年11月28日，莫理循在信中说：“朱尔典爵士几乎每天见到袁世凯，而袁世凯的机要秘书蔡廷干也几乎每天来看我。”当时袁世凯每天都派他的秘书蔡廷干来与莫理循见面，蔡廷干向其提供各种内部消息和新闻，有时也给他秘密备忘录，就连孙中山与袁世凯之间的电报莫理循也时常能看到，莫理循因此也得到了不少发表独家新闻的机会。有时，当一天中没什么新闻的时候，他们也彼此问候一下，如在1912年1月2日，蔡廷干给莫理循的信函中如此写道：“今天没有新的进展。好像在暴风雨前我们得到一时平静。暴风雨何时来到呢？我随函附上一份皇太后作为皇恩每天赐给袁世凯的食品菜肴的菜谱”。当然，袁世凯和莫理循保持这种日常性的联系实际上是一种互助关系，袁世凯也需要莫理循为其制造新闻舆论。莫理循当然也清楚袁世凯的终极目的是什么，1911年11月17日，他在一封信中写道：“清王朝注定要垮台。我还没有见到袁世凯，但我肯定，只要他活着就想当独裁者，不论政府是君主立宪制还是共和制的。形势瞬息万变，叫人难以跟上。”
在南北较量中，有些混乱的革命党人对袁世凯强大的军事实力也十分担忧，他们很清楚，如果袁世凯决心彻底消灭革命党人，那么革命党人很可能成为第二个太平天国，袁世凯也会成为第二个曾国藩，他现在既有这个实力也有这个政治领导能力，甚至比曾国藩拥有的能量还大。因而，革命党人也提出了妥协之策，即如果袁世凯能支持共和，那么可以担任中华民国总统。莫里循在日记中这样写道：“我在上海见到不少共和派的首领，我认为我帮袁世凯做了许多工作。我向他们指出，任命象孙中山或黎元洪这样的领袖为民国的总统，决不能指望会得到列强早日承认。孙中山对中国的情况一无所知，而黎元洪则在省外毫无地位。我对他们说，只有袁世凯才能得到列强的信任，因为他已经显示出他的治理国家的才能比中国当代的任何政治家为高。”
干涉中国革命的，当然不只有英国，日本也是积极参与者之一。日本却始终坚持支持袁世凯走君主之路，日本《朝日新闻》驻北京记者神田正夫在给莫里循的信中说：“共和形式的政府至少在现阶段对中国不适合……如果中国盲目地被共和制的华丽理论所迷惑，而不加考虑地采用它，其自然的结局是寡头政治的专制政府以及领袖之间的摩擦，并导致中华帝国的崩溃”；日本伊集院甚至对袁世凯发出警告：“无论在什么情况下，日本政府不承认在中国建立的共和政府”，而且直接威胁说，在必要时日本将出兵干涉中国。实际上，日本在1911 年11月24日召开内阁会议，讨论中国武昌起义后的情况，通过了对清政策的内阁决议，确定为日本政府对华的主要方针。其主要内容包括：一、在中国东北地区延长租借地的租借年限，就与铁路有关的各项问题做出明确规定，进而确立日本在中国东北的地位；二、着重致力于在中国培植势力，并努力设法使其它各国承认日本在中国的优势地位；三、维持英日同盟，与俄国采取协同步调，同法国等国家尽力协调，尽最大可能拉拢美国；四、尽可能不伤害清政府的感情，并设法使清政府对日本寄予信赖。但日本也明白，袁世凯不同于满清政府，他对日本很熟悉，也就更难对付，日本驻华公使伊集院就认为：“当袁内阁成立之际，我之对清关系，无疑将比满人政府更加困难。”因此在袁世凯就任内阁总理大臣的路上，日本浪人川岛浪速就和一些日本军官密谋要暗杀他。
对于日本的威胁，格雷立即作出反应，他指示英国驻东京大使麦克多纳向日本外交部提出强烈的抗议。由于当时日本与英国已经建立同盟关系，日本需要英国这个盟友对抗俄国，因此也不得不有所退让，宣布同意英国关于在中国建立共和政府的主张。1912年1月24日德国外交部代理秘书麦曼在向德国政府呈递的报告中描绘说：“日本驻华公使伊集院本系主张采取强硬手段，利用中国乱事者。据云近因英国压迫之故，已由东京方面饬令该使稳慎行事”。日本为此暗中指责英国自私自利说“英国在这次革命中的行动……纯粹是自私自利的，完全是为着保护它自己在扬子江流域的利益……而毫不顾及日本的利益”。
面对强势的袁世凯和英国压力，日本也不得不寻求与袁世凯的合作，日本外相内田康哉指示伊集院：“政府方针是务必同袁世凯保持亲密关系，望遇事依次方针妥善办理”，让他探明袁世凯的态度，尽可能消除袁世凯对日本的不信任，并告之，只要袁世凯需要，“为顾全东亚大局及日、清两国间之特殊关系与善邻友好之谊，本使确信帝国政府将不吝给予清国政府以相当援助”。袁世凯也在1911年12月2日通过坂西中佐向日本方面表示：“此时能否考虑由日本人向革命军方面首脑人物探询意向，并进而通过日本人进行折冲？”他还表示：“日本方面如果能公开表明仅由日本一国独自调停，当然更好。”日方对此非常重视，认为由此“加强袁世凯等对我国之信任，实为得策”。然而，实际上袁世凯正通过朱尔典居间调停，根本没有请日本出面的意思。
在袁世凯这边，他也没有中断与革命党人的谈判，在得知革命党人的交易条件后，他发去电报询问：“选举总统到底是何用意？假设国会议决实行君主立宪，该政府及总统是否取消？”南方革命党人为了得到袁世凯的支持，也再三保证选举他担任大总统，袁世凯也回报道：“将来国民程度渐渐开通，懂得共和的真谛，再慢慢改为共和政体”。至于清帝退位，袁世凯提出要给清皇室以优待条件。
1月5日，袁世凯也告诉莫理循，“再加些压力，朝廷就垮台了。”1月10日，蔡廷干致函莫理循，希望他能动员上海的商界，进行一次敦促清帝退位的请愿，因为袁世凯认为上海如有行动那么其他各个口岸也会做出效仿，那就会产生很大的影响。莫理循接到电报后当天就行动起来。
1912年1月16日，发生了行刺袁世凯未遂事件，不过这件事没引起什么影响。莫理循仍密切注意着袁世凯与南方革命党之间的任何细微变化，他注意到，汪精卫和唐绍仪来往密切，于是记录道：“又因为汪兆铭在北京时几乎天天同袁世凯进行联系（有一次汪兆铭来看我，就是同袁世凯谈了三小时以后来的），你就可以看出袁世凯已经多么深地介入共和运动”。2月2日，蔡廷干又致函莫理循，告诉他清帝退位在即，“请你为退位铺平道路，以便各大国能友好地予以承认。”不过，蔡廷干在1912年1月24日送给莫理循两份据说是“满人的传单”，信中说：“好像义和团的日子又来了。你看过后请送给朱尔典爵士，因为满人的意图是将袁总理和朱尔典爵士一起暗杀。”但满清皇室已经没有这个能力了，1912年2月12日，清帝溥仪发布了退位诏书。
3月10日，袁世凯身穿礼服，在北京外交大楼内宣誓就任中华民国临时大总统。但袁世凯显然对这个典礼心存蔑视——在场的所有人都身穿郑重的礼服，唯有袁世凯仍旧穿着旧元帅服，莫理循记录道：“袁世凯入场，像鸭子一样摇摇晃晃地走向主席台，他体态臃肿且有病容。他身穿元帅服，但领口松开，肥胖的脖子耷拉在领口上，帽子偏大，神态不屑，表情很不自然”。
这时候，莫理循也在日记中写道：袁世凯“对朱尔典爵士说：‘我之所以能当上总统，多亏了您的帮助’，然而袁世凯对我说过同样的话”。