南明弘光政权从开始建立就面临着清军和农民军的双重军事威胁。可以说弘光政权是坐在冰块上，一旦冰块融化，随时有覆亡危险。
但马士英置若罔闻，他极力迎合弘光帝，整日派人碌碌忙于酿制醇酒，遴选淑女，以引诱皇帝沉溺于酒色之中。至于一切军国大事，一概对皇帝进行封锁。
为了粉饰太平，稳定人心，马士英常在部属面前夸口长江防线如何坚固无比，牢不可摧，让他们放心地去喝酒、赌博、逛青楼。这种自欺欺人的做法无非是为了寻求心理上的安慰。马士英当然有后顾之忧，清军在关外虎视眈眈，这是谁都能看到的事实，但马士英的解决办法就是：向清军屈膝求和。
崇祯十七年（公元1644年）六月，马士英派应天（今南京）巡抚左懋弟为正使，马绍愉、陈洪范为副使，携带他亲笔拟写的议和条文及大量的黄金白银前往北京谈判。他的议和条件是：（一）割让山海关以外土地给清军；（二）每年向清廷纳银10万两；（三）南北互市，以求和平往来。马士英企图以割地纳贡的方式换取清朝的止戈息兵，以求苟延残喘。
清军表面上接受了和谈条件，暗中却利用这个时机加紧进行军事部署，伺机进攻。与马士英相反，史可法很清醒地识破了清军的阴谋，他积极主张抗战，强调应趁清军与大顺军鏖战后哺息未定之机，主动出击，收复北方故土。马士英不但不予支持，还利用职权处处掣肘。其时驻扎在长江北岸的总兵高杰也在积极准备北伐。高杰是当时总兵实力最强、且又身经百战、刚勇无比的猛将。他计划先进取河南归德、开封，然后向西直捣洛阳和潼关。为了得到充足军需，他向朝廷递了一份奏章，请求给予粮饷援助。但马士英扣留了这份奏章，他害怕高杰和史可法合作，对他构成威胁。
南明北伐未果，清军的铁骑已开始大规模地向南踏进了。崇祯十七年（公元1644年）冬，清军冒着严寒，兵分两路向南进攻，一路指向亳州，一路指向徐州。前线各地告急奏章雪片似的飞向南京。马士英和谈美梦破产了。在这严重时刻，马士英仍然不相信清军已发动进攻。他故作镇静，振振有辞地对群臣说：“清军虽然驻扎在黄河边上，但北方闯贼势力还很强大，难道他们胆敢冒着腹背受敌的危险渡河攻打我们吗？”接着他又给部属打气说：“当年，赤壁之战时，孙权、刘备只有3万军队；淝水大战，谢安、谢石军队更少，只有8千，但他们都打败了对方，一战而平定江南。”说到这里，他情绪更加高昂了：“况且，我们现在国力强盛。兵力数倍于孙刘、二谢。直抵幽燕，痛饮黄龙之时指日可待。”马士英信口雌黄，盲目自信到了可笑的程度。
清军所到之处，势如破竹，很快就打到了长江沿线，占领宿迁并包围了邳州。弘光元年（公元1645年），清军又逼近了徐州。陈洪范急告马士英，痛陈情况万分紧急，清军很快会攻入南京，请求立即调集南京卫戍部队加强前线江防力量。马士英不耐烦地打断了陈洪范：“有四镇将领在防守，有什么可担心的。”正在这时，一名探卒进来报告说：“敌军编制了木筏，正顺江而来。”马士英一下跳起来，指着探卒鼻子破口大骂：“你这个奴才，竟敢谎报军情。来人，拉下去鞭笞四十。”相反，杨文聪派人虚报战功反而受到重赏。自此再也无人敢报警了，弄得马士英两眼一抹黑，全然不知敌我情况。
正在这生死存亡的紧急关头，弘光朝内部却爆发了一场严重的内讧。弘光元年三月，宁南侯左良玉在武昌以“清君侧”为名，率领大军顺江而下，浩浩荡荡向南京进犯而来。
左良玉为什么不早不晚，偏偏在这个时候发动兵变呢？这还得从左良玉本人说起。他从小入伍当兵，早年受东林党人的提拔，由普通士兵晋升为将军，后因镇压农民起义有功，被封为宁国侯，镇守武昌，是一个握有重兵的实力派人物。这无疑对马士英构成威胁，为其所不容。而且，许多反对马士英的东林党人多荫庇于左良玉军中，更为马士英所忌恨。但他不敢与左良玉公开翻脸，暗里却经常克扣左军粮饷军需，并筑板矶城暗防之。左良玉对此很是不满，遂萌生反叛之心。恰在这时，朝内又发生了伪太子案。于是左良玉假为兵端，起兵发难，矛头直指马士英。
马士英这下可慌了神，紧急调遣阮大铖、黄得功等心腹率兵堵截左军，并命令刘良佐撤回江北防守部队，挥师西进。这样一来，江北防线出现缺口，清兵很可能长驱直入，情况十分紧急。大理少卿姚思孝、御史乔可骋、成友谦等人坚决请求召回江北防守部队。这时的马士英已是利令智昏，哪里顾得了那么多，他厉声叱责：“你们这帮东林小子，还在借口防内讧，是不是想纵容左良玉侵犯？清兵来了，还可以议和；左良玉叛军来了，你们这帮人就可以高官厚禄，我和皇上只有死路一条了。”马士英还不放心，又严令史可法移师西进，堵击左军。而在这时，多铎所率清军已由泗州渡过淮河，直扑扬州。面对两路交急局势，镇守淮扬的史可法主张重点对付清兵。马士英却顽固地坚持：“宁可君臣都死在清兵铁蹄之下，也不能死在左良玉手中！”这样，江北、淮扬防备更加空虚，南京完全暴露在清军面前。
事也凑巧。正当马士英忙于应付左良玉的时，左良玉突然呕血而死。左军遂停顿不前，“清君侧”也就不了了之。史可法迅速率军赶往扬州布防，但为时已晚。清军把扬州围得水泄不通。史可法率全城军民誓死抗战。由于实力过于悬殊，不久扬州被攻陷，史可法以身殉国。
扬州一破，南京危在旦夕。五月十九日，清军攻入南京。仅存一年零四天的弘光王朝在中国历史上被永远地抹掉了。
早在南京行将陷落之前，一片混乱。豪门富室、达官贵人纷纷卷起金银细软仓皇出逃。五月十一日黎明，钱谦益乘轿来到马士英家，准备商讨守城大计。但见马家门庭纷然，一派忙碌慌乱景象。不久，马士英便从屋里出来了。只见他小帽快鞋，一身便装。“想逃跑，胆小鬼！”钱谦益在心里暗骂一声，正要搭话，只见马士英向钱谦益一拱手，说：“惭愧，惭愧。我家有老母，看来不能随你一起殉国了。”随后，他带着他的老母和十几车金银财物，在四百多名家丁亲兵的簇拥下仓皇逃走。
由于马士英平日作恶多端，因此他不论走到哪里都遭到人们的唾骂和白眼。路人见了都像躲瘟神一样纷纷回避。逃至乡下，家家户户都赶紧关上大门，闭门不出。马士英连水都难讨到一杯，更别说吃饭问题了。他逃至广德府（今属安徽），知府赵景如坚决拒绝马士英入城。马士英苦苦哀求，但无济于事，只好指挥护卫攻破城门，才得以入城。
在处处遭受冷遇后，马士英又想投奔鲁王朱以海，遭到鲁王手下大臣的一致反对。于是他又转而投向盘踞在福建的另一个南明小朝廷隆武政权，但同样遭到拒绝。
马士英处处碰壁，在走投无路的情况下结束了罪恶的一生。关于马士英的死，史书上说法不一。一说他在方国安军队被击败后与阮大铖一起投降了清军，被斩于延平（今福建南平）城；一说他逃到台州（今浙江临海），躲进四明山削发为僧，终为清军俘获。清军剥掉他的皮，装上草，树立在路旁，供路人谴责、唾骂。不管怎样说，有一点是可以肯定的，即马士英未得善终。
马士英的一生，正如《明史·奸臣传》所评价的那样，是“庸琐鄙夫，饕残恣恶”。他之所以能成为当时呼风唤雨的显赫人物，首先要归因于：明末朝政萎靡，纲纪崩坏的混乱政治局面给他提供了发迹的机遇。阮大铖因名挂逆案而备受朝野人士的唾骂和冷落，但他的落魄却成为马士英步入官场的跳板，使得马士英犹如插在牛粪堆上的一枝花而意外地受到青睐。然而深藏在内心的恶劣本质决定了马士英不是一个能给南明政权带福音的救星，相反正是他加速了南明弘光政权的灭亡。马士英自从掌握了弘光朝大权后，就像一个输红了眼的赌徒一样已把自己押在了弘光政权上。他结党营私，残害忠良，搜刮民财，以满足他的权力欲和金钱欲，耗尽了弘光朝仅存的一点精气。弘光政权覆亡了，历史也宣判了他的死刑，马士英最终落得个遗臭万年的可耻下场。