综合以上分析，本文可以得出以下结论与启示：
1.充分发挥政府科技资金的导向和杠杆作用
长期以来，政府在保障关系社会安全、公众利益和可持续发展的公益型研究的 R&；D投入，支持关键领域前沿核心技术研究的R&；D投入等方面，发挥了不可替代的主导作用。在本次选取的9509个样本中，73.03%的高新技术企业没有获得政府的研发费用投入，仅有280个样本在2004年得到了政府资金支持，比例为2.94%。这说明，北京市政府对高新技术企业以资金的方式直接支持研究与开发的力度还较弱。
在北京市财政收入逐年大幅度增长的形势下，政府应进一步加强政府科技投入在R&；D活动中的主导地位和对全社会科技投入的引导作用。在全社会研发费用总额中，政府R&；D资金的增长速度要高于研发费用总额的增长速度。
数据表明，获得政府研发资金支持的样本其平均盈利能力和技术创新能力均较未获取资金支持的样本高出许多，因此，北京市政府应加大对高新技术企业以资金的方式直接支持研究与开发的力度。
此外，通过分析可知：在北京市高新技术企业样本中，对于企业盈利能力和技术创新能力来说，政府支持度存在一个最合理的区间，大约在15%~20%或20%~30%左右，所以，从目前73.03%的高新技术企业没有获得政府的研发费用投入，到政府支持研发的资金占到企业主营业务收入的20%左右，任重道远。
2.提高企业尤其是大中型高新技术企业在R&；D活动中的主体地位
统计表明，2004年，北京市规模以上工业企业科技活动经费支出87.6亿元，占规模以上工业企业主营业务收入（产品销售收入）的1.5%；研发费用支出59.9亿元，占规模以上工业企业主营业务收入（产品销售收入）的1.0%。
然而，73.03%的样本企业没有研发费用投入，研发费用投入强度在2%以上的企业占了23.35%，表明北京市多数高新技术企业的研发费用投入还在一个相对较低的水平上。从北京市高新技术企业技术人员比重分布情况来看，62.32%的企业没有固定的技术人员。技术人员比重高于20%的企业占了34.04%，表明企业技术力量的投入偏低。
国际上一般以研发费用和销售收入的比值即R&；D/Rev指标来探讨企业的研发成果及其转化。北京大中型工业企业此项指标在2004年有较大幅度下降，比2000年的水平还要低。这也说明，虽然北京市研发投入均比以前有较大的增长，但是在研发费用的成果转化方面去不如以前。可见，北京市的研发成果转化能力亟待提高。
企业是社会财富的创造者，同时也是R&；D活动的主体。R&；D是企业经济效益的根本，企业新产品的开发与产品成本结构的优化均依赖于 R&；D投入，从长远来看，北京市高新技术企业当前低R&；D投入水平的现状必然会影响到其盈利能力、技术实力和核心竞争力的培养。因此，要更好地落实有利于企业R&；D发展的系列政策。
3.R&；D投入是一个循序渐进的过程
研究表明，北京市高新技术企业研发费用投入强度达到3%时，同样，技术人员只有达到10%时，才会对企业的盈利能力以及技术创新能力的提高产生实质性影响。也就是说，当企业研发费用投入强度达不到3%、技术人员达不到10%时，从当年的绩效来看，还不如不投入，原因在于研发占用了大量资金，影响到了企业的短期发展。当然，投入是一个循序渐进的过程，从长远的眼光来看，只有研发强度积累到一定程度后，它的优势才开始显现，这也就是为什么一些企业不愿意将资金和技术人员投入研发活动（从北京市的研究结果来看，73.03%的企业没有研发费用投入），要从根本上解决这个问题，除了需要企业自身提高自主创新意识，用发展的眼光来看待问题外，还需要政府加以引导，在企业将资金投入研发后的数年内，政府应该对这些企业加强支持力度，从各方面积极地给予保护。
企业研发投入强度在达到6%之前，是非常关键的。当超过这一比例，企业的盈利能力以及技术创新能力会再创新高。3%~6%是研发投入强度积累的第二个艰苦阶段。北京作为全国的人才中心，科技创新理所当然地要走在全国的前列。目前，北京市人民政府《关于增强自主创新能力建设创新型城市的意见》指出，北京市建设创新型城市的主要目标，到2010年，全社会研发费用支出占GDP比重达到6%，每万人专利申请数达到18件，科技进步贡献率达到60%，企业创新主体地位初步确立，创新体系基本形成，自主创新能力明显增强，科技支撑经济社会发展的作用明显提高，初步建成创新型城市。其中，全社会研发经费支出占GDP比重达到6%的提法，恰恰与本文的研究结论在一定程度上相符。
4.企业R&；D投入的产出效应可能存在一定的滞后性
从以前学者及专家的研究成果来看，企业R&；D投入见效一般需要两年以上的时间。同时，不同投入强度下的滞后期也不同，较低投入强度见效较慢，而且低投入情况下产出效益也低。本文研究所获取的样本为2004年的截面资料，无法研究滞后期问题，但还是得到了主营业务利润率与研发费用投入强度和政府支持度显著正相关；无形资产比率与研发费用投入强度和技术人员比例也显著正相关，且均与前者更为相关，即北京市高新技术企业的投入产出见效较全国快的结论，这或许是因为北京市R&；D投入强度比全国平均水平高许多，所以滞后期更短。
从行业的角度考虑，北京市应该扬长避短，集中优势资源发展优势产业。首先，大力发展高投入高产出和低投入高产出的有关行业，即软件业、医药制造业、飞机制造及修理业、石油和天然气开采业、船舶及浮动装置制造业；其次，对高投入低产出的行业，即通信设备、计算机及其他电子设备制造业和汽车制造业，由于它们均为自主知识产权较少的行业，所以应该着力加强自主研发步伐、积极进行结构改造，使其向着高产出的方向改进；最后，对低投入低产出的行业，即黑色金属冶炼及压延加工业、有色金属冶炼及压延加工业、化学纤维制造业，北京市应该在不影响国民经济需要的前提下有计划的缩小其产业规模。
其中，政府对于高投入高产出的软件业和医药制造业高新技术企业，应继续集中优势资源发展这些优势产业，但对前者，可以让企业自身进一步加大对研发资金的投入力度，而对后者，政府应进一步加大资金扶持力度，以利于企业投入的产出效应进一步得到提升；政府对于高投入低产出的通信设备、计算机及其他电子设备制造业和汽车制造业，应该着力加强自主研发步伐、积极地进行结构改造，但对前者，政府应进一步加大资金扶持力度，而对后者，可以让企业自身进一步加大对研发资金的投入力度，这样，企业投入的产出效应也会进一步得到提升。