在确定了该指标体系的内容后，一个最重要的问题便是体系中各指标的权重确定问题。为了避免权重赋值的主观性，本文采用多元统计分析方法中的因子分析法（同样使用SPSS13.0版本的统计软件）解决这一难题。这样做就不会出现指标体系对某些因素过高或过低的估计。
这里以高新技术企业为例，说明指标权重的确定过程，给出了我国高新技术上市公司数年和北京市高新技术企业2004年具体的研发费用绩效评价指标体系，进而论述了应用该绩效评价体系的具体步骤。
一、研发费用绩效评价指标体系权重及其公式的确定
本章只以本文第四章2005年高新技术上市公司样本（由于股票代码为600485的G中创数据异常，影响标准化结果，故剔除）以及第五章2004年北京市高新技术企业样本为例，详细说明该年研发费用绩效评价指标体系中的权重是如何确定的，最终给出了2002年、2003年和2005年高新技术上市公司及北京市高新技术企业样本研发费用绩效评价指标体系的指标权重。需要说明的是，2004年高新技术上市公司样本未通过KMO检验和Bartlett球形检验，不适合做因子分析，但由于其他各年所得到的权重结果差别很小，故企业在实际运用此指标体系做研发费用绩效分析时，可以沿用2003年的权重或是取其他3年的平均值。
1.确定研发费用绩效评价指标体系权重的主要步骤
第一步，数据标准化。
需要说明的是，为了简化说明研发费用绩效评价的过程，我们在这里仅选取R&；D投入强度、政府支持度、技术人员比例、技术资产比率、主营业务利润率和资本积累率6个指标进行举例。根据不同的行业和评价目标，评价时可以扩展或删减有关研发费用绩效的评价指标（如研发费用占无形资产比重、新产品出口创汇率等）。
为便于变量间的比较，在进行统计分析之前，首先对40个样本的6个指标数值进行标准化处理，即观察值与变量平均值之差除以标准差，以消除由于数量级的差异所造成的影响，使标准化后的变量均值为0、方差为1.
第二步，进行KMO检验和Bartlett球形检验。
KMO检验和Bartlett检验是两个常用的测度因子分析模型有效性的统计指标。KMO（Kaiser-Meyer-Olkin）测度样本的充足度。KMO的统计值一般介于0~1之间，若该统计指标在0.5~1之间，则表明可以进行因子分析，若小于0.5则表明不适宜进行因子分析。表10-1给出了KMO检验和Bartlett检验的结果。2005年样本的KMO值为0.506（大于0.5）。Bartlett统计指标检验相关矩阵是不是单位矩阵（原假设为相关矩阵为单位阵）。Bartlett球形检验显著性水平为0.000，远小于0.05，表明应拒绝原假设，即相关矩阵不是单位阵，可以考虑进行因子分析。通过以上两项统计指标的检验表明，2005年高新技术上市公司样本适合进行因子分析，可以采用因子分析的方法确定指标权重。
其他年份的KMO检验和Bartlett检验的结果，结果表明除2004年样本不适合做因子分析外，2002年和2003年的样本均适合进行因子分析，同样可以采用因子分析的方法确定指标权重。
第三步，根据输出的方差总解释表初步确定指标权重。
构造因子变量时采用主成分分析法提取因子，并旋转使其含义明确，该表是因子分析后因子提取和旋转的结果，其含义为各因子变量对全部样本数据的解释能力及累计解释能力。这里，方差贡献率表示该因子所描述的方差占原始资料总方差的比率，累计方差贡献率是表示前若干个因子描述的方差占原有变量的总方差的比例。在表10-3中，可以看到这6个因子包含了全部原始指标中98.318%的信息。
第四步，最终确定指标权重。
以上6个因子包含了全部原始指标中98.318%的信息，而一个完整的指标体系中各指标的权重之和应为100%，如果在确定指标体系的权重时参考方差贡献率，则还应将以上6个因子的方差贡献率均乘以100%/98.318%，即1.0171后，再调整小数点尾差。
最终，2005年我国高新技术上市公司研发费用绩效评价指标体系的指标权重如表10-4所示。
其他年份和北京市高新技术企业样本确定指标权重的方法类似，如表10-5和表10-6所示。
2.高新技术企业研发费用绩效评价公式
二、研发费用绩效评价指标体系的具体应用
在确定了具体的指标评价体系后，本部分只以2005年高新技术上市公司样本为例，详细说明企业如何应用该评价体系，对研发费用的绩效做出合理的评价。
将2005年高新技术上市公司样本的标准化后数据代入该年的研发费用绩效公式中可以得到研发费用绩效指数；用该指数可以进行横向比较，即衡量同一年不同单位之间的研发绩效，根据绩效大小排序可以知道研发投入的利用效果以及在全体考察样本中的位置。如果有稳定的时间序列数据，某一个单位还可以进行纵向比较，即比较连续若干年的研发绩效趋势用以指导研发管理工作。另外，还可以得到单个指标的得分情况，用此得分同样可以进行横向和纵向的比较，较为明确地掌握单位优势和劣势所在，进而发挥优势，改进不足。
下面将2005年高新技术上市公司样本研发费用绩效指数和单个指标的得分、排名情况分别反映在表10-7和表10-8.
南京自动化绩效指数排名第一，它在技术人力资本投资和政府支持程度这两项衡量企业研发投入的指标方面均名列第一且较其他企业高出许多。虽然在其他方面稍微逊色一些，但全部指标均排位前20名，这保证了该企业有较好的绩效排名。要想更好的发展，企业应该进一步加大R&；D投入强度，另外也要很好的注意研发投入后产出的效率问题，例如增强企业的持续发展能力等。
恒瑞制药绩效指数排名第二，它在研发费用投入强度方面排名第一，政府支持程度、盈利能力以及发展能力方面也均名列前茅，只是技术人力资本投资、技术创新能力亟须改进，其中技术创新能力排名最后。这样企业就找到了完善研发投入绩效的方向。
信雅达绩效指数排名第三，它在研发费用投入强度、技术创新能力以及技术人力资本投资方面分别排名第二、第三和第四，而另一个衡量企业研发投入的政府支持程度指标也有较好表现，只是较弱的发展能力限制了信雅达的研发投入绩效，企业今后非常明确的努力方向便是提高资本积累率。
天士力绩效指数排名第四，企业最明显的特色是在这六项指标中均有较好的表现，没有哪一方面显著地影响绩效指数。研发费用投入强度、盈利能力和技术创新能力是它的最大优势。如果天士力能够再争取到更多的政府研发支持力度、另外发展能力再有所提高，它一定能有非常好的发展空间。
长春高新绩效指数排名第五，企业研发费用投入强度、政府支持程度及技术创新能力均排名前三，最大的问题在于盈利能力和发展能力表现糟糕，在40个样本企业中排名倒数。企业要想更好的发展，就一定要提高盈利能力和发展能力。
通过对绩效指数排名前5名的企业进行分析，可以得知这些企业均在多个方面表现优异，只需在某些环节做出改进即可有较好的绩效指数。
实达集团绩效指数排名倒数第一，导致企业绩效糟糕的原因是政府支持程度、盈利能力和发展能力和技术创新能力均较差，在40个样本企业中均排名最后。只是技术人力资本投资较好，研发费用投入强度尚可。企业要想提高研发绩效任务十分艰巨，既要保持优势，又要在以上四个表现较差的方面有所改进。
东风科技绩效指数排名倒数第二，企业最差的方面表现在盈利能力和发展能力，企业当务之急便是从这两方面着手。
一汽四环绩效指数排名倒数第三，企业六项指标均排名后20位，其中，政府支持程度排名最后，其他指标也基本排名倒数。企业要想提高研发绩效任务同样十分艰巨，只是基本无优势可言，几乎要在所有方面做改进。
波导股份绩效指数排名倒数第四，企业研发投入指标尚可，但三项产出指标全部表现较差，企业今后的努力方向可以明确的定为提高研发投入的产出效率。
万家乐绩效指数排名倒数第五，企业除了得到较多的政府研发资金支持外，其他各项指标也均排位靠后，对于企业来说，最紧迫要做的是努力提高盈利能力和发展能力，然后改进除政府研发资金支持外的其他方面。
通过对绩效指数排名最后5名企业的分析，可知这些企业均在多个方面表现糟糕，问题较多，一般至少有两个方面排名在倒数5名之内，企业要想提高研发绩效任重道远，要在诸多方面做大力改进。