首先，由于2005年及以前我国会计准则中并未明确企业必须披露研发费用，所以，大多数企业在会计报告中是不披露的，即使披露，在披露位置和披露内容等方面也极不统一和规范。这一客观事实导致本文研究的数据获取是非常艰难的。本文最终只得到了41家2002~2005年连续4年都披露了研发费用相关信息的高新技术上市公司作为上市公司部分的样本。显然，数据量还不充分，可能并不能很好的代表我国所有高新技术企业的实际情况，无法把高新技术企业分行业拆分成若干部分进行研究，并进一步研究不同行业研发费用投入绩效的显现周期。随着我国研发费用的披露更加规范，样本量一定会进一步增大，分行业、分区域对此进行研究会更有意义。
而北京市统计局提供的第一次全国经济普查数据，只是2004年年末的横截面数据。由于数据样本量较充足，这里侧重从行业角度探讨高新技术上市企业研发费用的绩效问题。然而，由于样本是2004年年末的横截面数据，虽然可以分行业，但在实证部分只能假定当年投入当年产出见效，如果变量和方程通过检验，即认为基本不存在滞后期；如果未通过检验，则认为可能存在滞后期，但不能说明滞后期究竟是几年，同时也无法衡量企业的发展能力（此指标须用到以前年度的数据通过计算才能得到）。
其次，个别模型可能还存在一定的序列相关性，模型拟合优度仍比较低，今后应进一步考虑更多的相关变量以构建更为精确的模型。
最后，为了研究方便，本文在北京市样本选取过程中只考虑了有政府研发资金支持的样本，并未将政府支持度作为控制变量进行研究。今后，这也是本文进一步完善研究的方向。
附录1 国家中长期科学和技术发展规划纲要
（2006~2020年）
中华人民共和国国务院
党的十六大从全面建设小康社会、加快推进社会主义现代化建设的全局出发，要求制定国家科学和技术长远发展规划，国务院据此制定本纲要。