特许人按照合同要求、约束条件允许特许加盟商使用特许人已开发出的企业象征（如商标、商号）和经营技术、诀窍及其他的工业产权的同时，特许加盟商应该向特许人交纳相关的费用，他们之间的财务关系也就随之确立。下面就从特许加盟商交纳的费用入手来研究一下特许体系的财务管理。
（一）特许加盟费
即特许加盟商加入特许连锁经营体系向特许人购买特许连锁经营权时所支付的必要费用，有点类似于“入门费”。加盟费反映了加盟的价值，并抵消了特许连锁经营总部的部分开支。总部的开支包括特许人在特许加盟商加盟这一过程中要对店铺和加盟者进行评估的支出、对加盟者进行培训和监察的支出以及总部承担的商标或服务商标的注册费用、广告宣传费用、员工工资、办公费用、法律以及会计服务费用等必要的支出。因此可以说，加盟费是总部对特许加盟商提供服务和培训的费用来源。一般说来，特许连锁经营系统在创建初期的加盟费水平较低，而随着特许连锁经营体系的不断成熟，加盟费也会逐渐提高。不同的特许连锁经营系统由于各自经营计划提供的服务不同，加盟合同对加盟费的规定也有所不同，有的加盟合同会规定总部应该为加盟店提供最初的店铺及内部装修，并将这部分费用计入到特许加盟费中，但有的加盟合同则将这笔费用单独计算。特许加盟商之所以要交纳加盟费用是因为特许连锁经营体系中特许加盟商所要使用的统一的标识系统（商号或商标）为特许方所有，特许加盟商使用就要交纳一定的费用；加盟商可以使用特许方成熟的流程运作，要交纳一定的费用；特许方为加盟方提供服务，特许加盟商要交纳一定的费用；特许方对整个连锁店系统进行统一的宣传、公关活动等，加盟方也要为此交纳一定的费用。
总体来说，加盟费平均起来一般占特许加盟商加入并经营特许业务的全部投资的5%~10%，但是对于规模不大或价值不高的特许权组合，这个比例可以相应提高。
（二）特许连锁经营维持费
为了使特许业务顺利地运行下去，特许人在开业之后要对特许加盟商提供不断的服务，对经营者进行监督；同时要对特许连锁经营体系的发展过程中产生的新技术、新知识，新观念通过培训的方式传达给特许加盟商。为了维持对特许加盟商的长远支持，特许连锁经营总部定期向特许加盟商收取费用，就是特许连锁经营维持费。加盟店向总部交纳特许连锁经营费，从而换取总部提供的服务支援，总部靠这部分收入作为向加盟店提供服务的经费。因此在特许连锁经营合同中对特许连锁经营维持费的比例都有所规定。既然是维持费，那么特许加盟商就会对总部的服务与帮助有所期待，希望付出与得到能够成比例；而同时，总部将特许连锁经营维持费看作一项收入来源，希望在提供相应的服务与帮助之后有所剩余。这就需要总部进行财务预测，计算出需要特许加盟商交纳多少费用来实现自身的营业收益，并且要根据市场上的各种因素不断地做出相应地调整，使得特许连锁经营维持费的水平能够让特许加盟商接受。通常来讲，最初的特许连锁经营费用不会超过特许连锁经营计划总支出的5%~10%，某些成本较低的特许连锁经营权，特许连锁经营维持费可能高于 10%。对于任何企业来说，刚开始经营的时候，出现亏损是正常的，一般要通过三五年的合理增长后，才能达到收支平衡。特许连锁经营总部在制定收取维持费用的标准时应充分考虑到这个问题，在刚开始经营时，维持费用不要定的太高，当特许加盟商实现收支平衡、业绩不断上升时，再相应地提高维持费的金额。这样不但使已加盟的特许加盟商认为特许人与其患难与共，坚定信心继续留在特许连锁经营系统里，同时可以吸引更多新的加盟者，从而使特许连锁经营系统不断壮大。此外，出于对未来年度也许会出现通货膨胀或其他不定因素的考虑，特许连锁经营维持费也不应该是一个固定不变的金额。
（三）广告分摊费
大部分特许连锁经营系统都规定由总部负责广告的制作宣传。加盟店则需为此交纳一定的费用，但是如果地方性的广告宣传比全国性的广告宣传作用更大时，那么总部则有可能规定加盟商必须在指定的地域进行广告宣传，而不要求加盟商向总部交特许广告费用。当特许人承担广告和促销义务时，有三种可选择的处理费用问题的方法：
1.特许人可以按销售总收入的百分比收取广告分摊费，就像收取的特许连锁经营维持费一样。这笔费用由特许人花费于广告和促销活动，大多数特许人都希望能对广告基金用于的广告和促销活动进行完全的控制。
2.特许人在其收取的特许连锁经营维持费中已经包含了广告分摊费，并承诺把这些费用的一定百分比用于广告和促销活动。同样，特许人仍需对广告和促销活动进行完全的控制。
3.当特许人的广告和促销活动的规模很大时，他可能认为没有必要收取广告基金，因为他本身已经是一个自己付费的大广告主。这种情况下，特许加盟商因为不要交纳费用而从中受益。
（四）购买特许权组合的费用
特许人可能向特许加盟商提供设施完备的营业场所以及完整全面的培训服务，特许加盟商可以马上营业，在这种情况下特许加盟商就应该为这些服务付费，同时也要对特许人提供的这些服务付出一定的报酬。这个报酬就是特许人定价中将服务费用标高的那一部分。有些特许连锁经营体系与某些特殊设备密切相关，那么特许加盟商就有义务从特许人那里购买一些新设备或重要设备，因此特许加盟商就应该为购买设备而付出相应的费用。或者特许加盟商没有从特许人那里购买设备而是从特许人那里租赁相应的设备或通过特许人从别人那里租赁到设备，那么特许加盟商就要向特许人支付租金或向特许人支付佣金。
（五）其他费用
1.营业场所的租金。有时候特许人直接拥有某些场所，特许加盟商可以从他这里租得营业场所，那么特许加盟商就应在租借的期限内向特许人交纳租金。或者特许人自己并不直接拥有房屋，但是他能以更有利的条件租借到房屋，这时特许人也可以以稍高的租金（但低于特许加盟商自己去租所支付的租金）价格转租给特许加盟商，那么特许加盟商也需要向特许人交纳租金。
2.购买产品的费用。当特许人是制造商、批发商或特许连锁经营系统涉及有商标的产品时，特许合同也许会规定特许加盟商从特许人或其指定的供应商购买产品，特许人可从产品加价中获得报酬。特许加盟商因从特许人那里购买了商品就应该向特许人交纳费用。
3.固定的最低管理费。在某些情况下，特许人可能向特许加盟商索取固定的管理费。有的特许连锁经营合同中明确规定特许加盟商应定期向特许人支付管理费用。特许加盟商付费，特许人向其提供相应的服务，他们之间就建立了财务关系，那么特许人如何对他们之间的财务关系进行管理的呢？现代化的信息管理系统也对特许人进行特许连锁经营系统的管理提供了便利，下面简要介绍一下特许连锁经营的信息系统。