1940年3月5日，七十四岁的蔡元培在香港养和医院逝世了。
一个星期后，何之瑜来到江津。他这次来，除了送来北大同学会的钱（实际是国民政府“维持”陈独秀的费用，请北大办理），另一件事，就是代表北大同学会，请陈独秀写篇纪念蔡元培的文章。
何之瑜走后，陈独秀闷闷不乐。自己每次入狱，蔡先生都发援救电文，此次在金陵狱中，又承蔡先生照顾。蔡先生去世，实在是件令人痛心的事。杨鹏升叫陈独秀为其父亲写一个墓志，也没有心事写了。杨先生寄了许多钱，连信封、信纸都寄来了，他所求之事，陈独秀一直放在心上。
次日，陈独秀沏了杯浓茶，点上一支烟。在扬鹏升寄来的军用信笺写了《蔡孑民先生逝世后感言》。写了蔡先生坚持大节和容纳异已这两点美德后，陈独秀用大段文字回忆了蔡先生支持“新的进步的运动”和“反对祀孔”以及容纳异己、尊重学术思想：
一般的说来，蔡先生乃是一位无可无不可的老好人，然有时有关大节的事或是他已下决心的事，都很倔强的坚持着，不肯通融，虽然态度还很温和；这是他老先生可令人佩服的第一点。自戊戌政变以来，蔡先生自己常常倾向于新的进步的运动，然而他在任北大校长时，对于守旧的陈汉章、黄侃，甚至主张清帝复辟的辜鸿铭，参与洪宪运动的刘师培，都因为他们学问可为人师而和胡适、钱玄同、陈独秀容纳在一校；这样容纳异己的雅量，尊重学术思想自由的卓见，在习于专制好同恶异的东方人中实所罕有；就以蔡先生而论，他是主张以美育代替宗教的，他是反对祀孔的，他从来不拿道德向人说教，可是他的品行要好过许多高唱道德的人。这不仅是我个人的意见，我敢说蔡先生和适之先生在这两个问题上和我的意见大致是相同的，适之还活着，人们不相信可以去问他，凡是熟知蔡先生言行的人，也不至于认为我这话是死无对证信口开河。
和胡适一样，陈独秀也不把五四运动归于自己和个别人的思想，但同时又认为：“可是蔡先生、适之和我，乃是当时在思想言论上负主要责任的人，关于重大问题，时论既有疑义，适之不在国内，后死的我，不得不在此短文中顺便申说一下，以告天下后世，以为蔡先生纪念！”陈独秀的字里行间，是很以当年为荣耀的。
北大的三只兔子，老的一只死了，小的一只在国外，还有一只中兔子，怕也不久于人世了。陈独秀心里，偶尔有一种不祥的预感。写纪念蔡先生的文章，陈独秀想了许多和蔡元培以及胡适等人在一起的往事。这一晚，陈独秀久久不能入睡。
这篇短文，刊登在3月24日重庆《中央日报》上。同期《中央日报》还刊登了马寅初的文章《蔡先生思想之宽大》。蔡元培去世后，中央研究院在重庆选举新院长，牵涉到了胡适，闹了不大不小的风波。
春日的一天，陈独秀给濮德治（西流）写了一封信，谈世界战争及前途。起因是《新华日报》载文认为二次世界大战是一次世界大战的重演。即战争双方都是为了奴役本国人民和维护其殖民地战争。陈独秀反对把列宁的理论搬到这次战争上来，认为打倒希特勒，就不能主张打倒希特勒的敌人。
在云南教书的濮德治没有马上回信，4月24日，陈独秀又去了一信。这回，他提出反对德俄两国社会主义最重要，比一切反帝斗争更重要，甚至认为此时发动的脱离英国殖民统治的印度独立运动也是反动的。当时希特勒和俄国签订和约，陈独秀将德、俄两国并列为共同的头号敌人，说：“谁打倒死狗和希特勒，我都向他叩头，我情愿做他的奴隶。”“死狗”是骂斯大林。濮德治收信后，根据陈独秀意见，将信寄给上海的托派临委，并给陈独秀回了信。他不赞成陈独秀只依赖英法胜利，而丢掉大众的民主。
陈独秀本来已决定不和托派联系了，但老表濮德治是自己的狱友，和其他人不同。何况，多年的政治兴趣，一时全部抹去，是很难的。