1917年1月1日，陈独秀在《新青年》第2卷第五号上，发表了《蔡孑民先生在信教自由会之演说》一文。这是去年12月26日蔡元培的演说。陈独秀记得，这天正是蔡公去旅社看他的日子。虽然即将和蔡元培一起共事，但在一些问题的看法上，陈独秀和蔡元培并不一样。如蔡元培不反对孔子和宗教，陈独秀是既反对孔子，也反对宗教。蔡元培说，“孔子是孔子，宗教是宗教，国家是国家：义理各别，勿能强作一谈”。陈独秀说：“蔡先生不反对孔子，更不绝对反对宗教，此余之所不同也。”
在这期《新青年》上，陈独秀发表了《再论孔教问题》，提出和蔡元培不同的观点，主张废弃宗教。他说：余之信仰。人类将来真实之信解行证，必以科学为正轨，一切宗教，皆在废弃之列。”吾爱先生，更爱真理。在对待学问和朋友的关系上，陈独秀和后来胡适反对蔡元培红学观点，不谋而合。
3月1日，陈独秀在《新青年》第3卷第一号发表《答俞颂华（宗教与孔子）》，改变了废弃宗教的观点，说：“窃以宗教之根本作用，重在出世间，使人生扰攘之精神有所寄托耳。”他强调宗教的作用不在“入世间”，否定宗教对于人生行为发生作用。
5月1日，陈独秀在《新青年》第3卷第三号发表《再答俞颂华（孔教）》，继续谈宗教的弊端：“今之人类（不但中国人）是否可以完全抛弃宗教，本非片言可以武断。”在这封信里，陈独秀主张以美术哲学代替宗教的作用。他说：“至于宗教之有益部分，窃谓美术哲学可以代之。即无宗教，吾人亦未必精神上无所信仰，谓吾人不可无信仰心则可，谓吾人不可无宗教信仰，恐未必然。”
一旦美术可以代替宗教，则从根本上否认了宗教存在的意义。陈独秀不信“伦理的宗教”，认为伦理不是宗教范畴。
1918年2月15日，陈独秀在《新青年》第4卷第二号发表《人生真义》，在谈到“人生在世，究竟为的甚么？究竟应该怎样？”时，说：象那佛教家说：世界本来是个幻象，人生本来无生；“真如”本性为“无明’所迷，才现出一切生灭幻象；一旦“无明”灭，一切生灭幻象都没有了，还有甚么世界，还有甚么人生呢？
这样，陈独秀人生观上否定了佛教，同时，他还否定了基督教、孔子、墨子、杨朱、老子的人生观。
成都府中学堂教习吴虞看了《新青年》杂志谈孔子的文章，非常高兴。吴虞没有见过陈独秀，潘力山告诉他：“陈独秀，我知道，大约四十来岁，安徽人。辛亥革命前，喜欢读《易经》，写一手好小篆。在杭州作了不少游山玩水的诗。辛亥革命后，到处讲学，个性发生了很大变化。”
吴虞（1872～1949），字又陵，成都市新都人。他于1906年（丙午）游东京，回四川后，常以中国古书与西方学者的著作，以及欧美各国宪法、民刑法比勘阅读。十年来，写了不少非孔非庄的文章，成都不愿刊登。他打算有空依次抄录，寄给陈独秀。他在给陈独秀的信中，谈到自己的文章被禁登的情况：“拙撰宋元学粹语例言引李卓吾语，前清学部曾令赵学政启霖查禁。癸丑在成都醒群报投笔记稿，又由内务部朱启铃电令封禁（此次方准启封）。故关于非儒之作，成都报纸不甚敢登载。”
对于吴虞，陈独秀并不陌生。一年前，陈独秀帮章士钊编《甲寅》，曾编过吴虞自四川寄来的《辛亥杂诗》。收到吴虞的信，陈独秀立即写了回信，在1917年1月1日《新青年》二卷五号上发表。他写道：
窃以无论何种学派，均不能定为一尊，以阻碍思想文化之自由发展。况儒术孔道，非无优点，而缺点则正多。尤与近世文明社会绝不相容者，其一贯伦理政治之纲常阶级说也。此不攻破，吾国之政治、法律，社会道德，俱无由出黑暗而入光明。神州大气，腐秽蚀人。西望峨眉，远在天外。瞻仰弗及，我劳如何！
吴虞这年四十五岁，比陈独秀大七岁。“瞻仰弗及，我劳如何”，表示陈独秀遥望西方，却无法看到心中尊敬的人。