1923年1月13日，陈独秀和瞿秋白抵达北京。这时，中央局根据陈独秀出国前的意见，已迁到北京。
因为已经决定和孙中山继续合作，1月18日，陈独秀写了《革命与反革命》，反驳了胡适关于陈炯明是革命的话。陈独秀认为，陈炯明在辛亥革命时代，在漳州时代，在讨伐陆荣廷、莫荣新时代，都是一个很好的革命党，后来阻挠北伐军，驱逐孙中山，便是反革命的行为了。胡适说陈炯明对孙中山是“革命行动”，实在是一个很大的错误。胡适是朋友，陈独秀的口气很婉转。
几天后，陈独秀于1月24日在《向导》第十七期上发表《评蔡校长宣言》，引起了与胡适的另一场笔墨官司。
原来，在陈独秀到莫斯科期间，发生了罗文干案。北京政府财政吃紧后，各大学发不下工资。“好人政府”王宠惠内阁财政总长罗文干与华义银行代理人签订了与奥国借款的展期合同，得到债权方补款八万英镑。这项贷款扣除支付中央政费的十万元，尚余五十万元。他和总理王宠惠满了曹锟的保定派阁员、农商总长高凌霨，私自将这五十万元全部拨给了洛阳吴佩孚。为了保密，罗文干签订此项合同，未提交国务会议，只由总理王宠惠批准。不料华义银行副经理徐世一向吴景濂等告密，事情败露了。去年11月18日，罗文干以受贿八万英镑（华币六十万元）罪名，遭到逮捕。
吴佩孚出面发话，黎元洪于11月22日将罗文干释放。次日，曹锟见半年来交通部拨给吴佩孚的军费为509.9万元，而拨给自己的仅有242.4万元，于是打电报给北洋政府，提出“既经拿交法庭，应请大总统毅然独断，组织特别法庭，或移转审讯，彻底根究，期无遁饰，毋令徇纵，以彰国法”。新任教育总长彭允彝为讨好吴景濂等人，在国务会议上提出罗文干案应交由法庭再议，于是罗被重新收监。
教育总长彭允彝此举，引起了“好人政府”支持者蔡元培的愤怒，作为北大教授罗文干的直接上司，认为有对此行为表明态度之必要，遂愤而辞职。在和汤尔和、邵飘萍、蒋梦麟商量后，1月18日，蔡元培早晨出京，并给总统写了辞呈。次日，蔡元培在报上刊登启事说：“元培为保持人格起见，不能与主张干涉司法独立蹂躏人权之教育当局再生关系，业已呈请总统辞去国立北京大学校长之职，自本日起，不再到校办事。特此声明。”
十一年后，蔡元培写《我在北京大学的经历》，说：“十一年冬，财政总长罗钧任君忽以金佛郎问题被逮，释放后，又因教育总长彭允彝君提议，重复收禁。我对于彭君此举，在公议上，认为是蹂躏人权献媚军阀的勾当；在私情上，罗君是我在北大的同事，而且于考察教育时为最密切的同伴，他的操守，为我所深信，我不免大抱不平，与汤尔和、邵飘萍、蒋梦麟诸君会商，均认有表示的必要。我于是一面递辞呈，一面离京。”
蔡元培辞职，没有和胡适商量。胡适后来听说是汤尔和的主意，十分不满。他觉得矛头应对准政治大题目，而蔡元培的矛头只着对着彭允彝，叫人失望。但他仍然配合了蔡校长的抵制行动，一个月后，以生病为由向学校请长假一年，他的教务长由顾孟余接替。几天后，他以查糖尿病为由，住进了协和医院。事实上，他没有患糖尿病，是医生查错了。
陈独秀认为，罗案正说明“好人政府”破产了，而应该采取革命的手段来对付腐败的政府。因此，他反对蔡元培以消极的辞职作为抗议的手段。在《评蔡校长宣言》中，陈独秀要大家“如防御鼠疫霍乱一样，日夜防御蔡校长之消极的不合作主义侵入思想界”！
从苏联回来后，陈独秀大张旗鼓地大谈政治了。他在1月31日《向导》周报第十八期发表杂感说：亚里斯多德说得好：“人是政治的动物”，除非不是人，那能够不问政治！“不问政治”这句话，是亡国的哀音，是中国人安心不做人的表示！
胡适虽然反对蔡元培的辞职，但和陈独秀角度不同。2月4日，他在《努力》上发表《蔡元培是消极吗？》，反驳陈独秀。蔡校长这个人，平日大家知道他，并不是完全消极的人。他的行为，很符合中庸之道，有时类似消极，然而总含有积极的意味。这次，蔡元培在宣言里也明白地说，“退的举动，间接的还有积极的势力”；又说，“若求有点效果，至少要有不再替政府帮忙的决心”。说明，蔡元培还是“有所不为，然后可以有为”的。后者，正是蔡先生平日一贯的精神。蔡先生这次抗议，是他个人性情的表现，态度并不错，在中国社会上将发生积极的影响。陈独秀怕蔡元培“为恶浊政治延长寿命”，未免太过虑了。胡适写道：“蔡先生的抗议在积极方面能使一个病废的胡适出来努力，而在消极方面决不会使一个奋斗的陈独秀退向怯懦的路上去！”
2月7日，发生了吴佩孚镇压京汉铁路工人的惨案，并下令通缉陈独秀等共产党领袖，中共中央机关被迫迁往广州。这次争论，不了了之。
值得一提的是，和北洋政府闹矛盾后，加上受陈独秀的影响，北京大学哲学系主任胡适站在一个自由人的立场，在二七惨案前夕还帮助工人运动说话。他说：
工会的力量是我们现时希望之所在。我国的工人运动正在迅速成长，而国民生产的增长则相对缓慢。在西方，资本家在工人觉醒并开始组织起来以前就有了百年的经验，但在中国，现在就已成立强大的工会，超越了民族资产阶级。
《日本新闻》的特派记者2月1日写文章引用了胡适的话，并说，“上述这种看法在中国知识分子当中占了上风”。