秦始皇统一六国之后，在李斯的辅佐下，实行郡县制、统一度量衡、统一文字，对刚建立的秦政权的巩固起了重大的作用。但是在各个阶层中，思想还极不统一，对秦国以什么样的理论作为思想基础，在认识上还存在着很大分歧，这个问题主要表现在知识界尤其是在朝廷中任职的博士。
博士是秦始皇统一六国后不久设置的，他们大多是“通古今”的齐、鲁孺生，共70人。博士的职务是参加国家政治、文化、教育事项的讨论和为皇帝解答疑难问题，是秦王朝最高的文化阶层。这些博士个人可以收授弟子，有的博士弟子竟达数百人。博士在国都咸阳的队伍不断壮大，势力不断扩张，他们对秦王朝的新政，有的公开否定，有的街谈巷议，有的以迷信惑人，企图阻止新政的推行。对此，以李斯为代表的倡导以法治国的实权人物，当然要进行还击，以保证新政的巩固和稳定。
秦始皇三十四年（前213年），这场决定雌雄的斗争终于爆发了。
这年冬季的一天，秦始皇在咸阳宫里举行盛大宴会，宴会上的器皿鼎、豆、壶、耳杯等，皆为上等黄铜所制，上面镂刻着精致的花纹，里面盛着丰盛的各种菜肴、酒浆，另外还有金质银质和玉制的盘、勺、筷、碗等，显得珠光宝气。大厅中装饰着各种花卉，锦幔中乐女们奏着编钟音韵，和谐优美，名“大秦太平曲”。编钟奏罢，博士仆射（博士长官）周青臣率博士72人向秦始皇祝寿，三呼“万岁”，叩拜之后，周青臣祝颂道：
“当年，秦国地不过千里，幸赖陛下神灵明圣，平定海内诸侯，放逐四方蛮夷。凡属日月所照之地，无不入贡朝见。今以诸侯国为郡县，人人安乐自得，没有战争的祸患，并将传之万世。自上古以来的圣王，都比不上陛下的神威与恩德。”
秦始皇听罢周青臣的颂辞，很是喜悦。
不料，周青臣的颂词却引起博士中一人不满。这人名叫淳于越，他已60多岁，一撮山羊胡子向前撅起，黄色的脸皮绷得紧紧的，走出行列粗声粗气地说：“皇上，我听说商和周的社稷传了1000多年，原因是分封自己的子弟功臣作为自己的辅佐，当今陛下已有海内之地，子弟不得其封而为匹夫，如果突然间发生像齐国的田常、晋国的六卿那样叛乱篡权的事情，皇室没有辅佐怎么能行呢？凡办事不学古而能长久的，微臣从来没有听说过，今天周青臣当面阿谀陛下，这是要加重陛下的过失，怎能算得忠臣呢？”
宴会场合一般都是说喜庆话的，周青臣称颂几句皇帝实属寻常，合乎情理，不是什么大不了的严重问题；秦朝博士官的职责原本就是议论政事的，淳于越作为一名博士谈出自己的不同意见也未越轨，同样无可厚非，不是什么大不了的严重问题。不过，二人这样针尖对麦芒，也就破坏了宴会气氛。始皇帝的高兴情绪被一扫而空，命丞相对淳于越的意见进行深入讨论，认真研究，提出处理方案。
这时李斯已经做了丞相，李斯极力主张坚持的郡县制也早已在全国普遍推行，他当年就曾力抗众议反对分封，如今身为丞相，地位比当年更重，一介小小博士官竟又重新弹起了前丞相分封皇子的陈词滥调，他自然感到非常恼火。既然皇帝命他讨论处理淳于越的意见，那他就对这种意见绝不轻饶，一定要批个体无完肤，狠狠打击一下士人们非议政事的风气。他觉得士人们非议当今政治的理论根据无非是在先秦古书中。先秦诸子学术发达，流派众多，各家各派对社会政治都有自己的许多不同看法和一套不同理论，那时诸侯并争，各召游学提供策略，各家学派则以自己的学说讨论政事，倒也没有什么不妥。可如今天下一统，号令一出，各家学者仍然沿用旧习来议论，你按你的学说提出批评，我照我的理论展开攻击，那岂不乱了套！看来必须彻底清除这种旧习，深入统一思想认识，用一种理论学说来探讨和指导国家政治。至于把思想认识统一到哪家学说中来，李斯很自然地想到了法家。
秦国历来就是一个重法轻儒的国家，重法轻儒的传统观念确立于秦孝公用商鞅变法的时代。商鞅特别突出“法”的严肃性、权威性，认为赏罚必须严明，法令必须坚决执行，朝令而夕改，只会使民手足无措，丧失法的严肃性。商鞅变法前，秦国法令变易更改现象很突出，韩非子说：“古秦之俗，君臣废法而服私。”由于君臣以个人利益而随便更改法律，所以百姓视法令如同儿戏。商鞅为确立法的权威，采用了立木取信的方法，于是，举国震动，认识到法令的严肃与权威。后来，秦国宗室贵族公子虔触犯刑罚，也受到了黥刑。秦孝公死后，旧贵族诬商君反叛，商鞅被迫逃亡，一路上乞求路人容留，路人不知其为商鞅，说：“商君制定法令规定，容留来历不明的人居住，与其人连坐。”竟不留商君。可见秦国法制观念在孝公时代已经深入人心。
此后至秦昭王时秦国尊法轻儒的传统得到巩固。公元前253年，秦昭王得了重病，有许多百姓杀牛祭神为昭王祈福禳灾。公孙衍知道后拜贺昭王说：“大王有病，百姓杀牛祈福，大王真是深得民望！”
昭王不信，派人查问，确有其事。昭王于是对公孙衍说：“杀牛的人每家罚甲二副。”
公孙衍大惑不解，说：“大王这是什么意思？百姓为王求寿，王不但不赏赐，还要处以罚甲之法？”
昭王解释说：“百姓不待命令而私自祈祷是爱寡人的行为，但是秦法规定擅杀耕牛者罚二甲，寡人不能因百姓之爱即破坏法律，要知道法律没有威严性，是国家动乱之道啊！”
于是给杀牛的人家处以罚甲之刑。
其后，秦国遇到大饥荒，应侯范雎请昭王开放王室所掌的五苑，听任百姓采取草实、蔬果、枣栗。昭王说：“我们秦国法律规定，百姓有功受赏，有罪受罚。现开放五苑，听民采食，等于让无功和有功的人同时受到赏赐，这是国家乱亡的缘由，与其开放五苑而滋长乱道，不如放弃枣栗蔬果而获安宁好！”
昭王终究不听范雎开五苑之请。
从上面两个事例来看，秦国的最高统治者是自觉地维护法律的尊严，不徇私情的，在统治者的表率作用下，秦国尚法传统得到有效的巩固。
由于秦人尚法，所以对偏重亲情伦理、仁义道德说教的儒学学派采取强烈的排斥态度，李斯的老师荀子入秦时，对秦国法制曾作过高度赞美，但他以秦国无儒而深叹不已。一次秦昭王召见荀子，对荀子说：“儒家对寡人之国并没有任何好处，是这样吗？”
荀子是主张“隆礼”、“重法”的，他认为儒家的仁义德礼和法家的法术势都不可偏废。因此，他说：“儒者效法圣王，推崇礼义，谨慎为臣。君主重用他，他会在朝廷做一个称职的大臣；君主不用他，他会退居民间，编入户籍，做一个诚实顺从的老百姓。即使处于贫困潦倒饥寒交迫之中，他一定不会用歪门邪道去贪婪求利，贫穷得无立锥之地，也明了维护国家大义。他的呼声虽然没有人响应，可是他知晓管理万物、抚育百姓的纲纪。如果地位在人之上，就能成为辅弼之才；地位在人下，也是国家忠顺之臣。儒者品德高尚，即使隐居里巷陋室，也受人尊敬；儒者廉洁奉公，在朝为官能表率百僚，敦美风俗。儒者作为臣民的作用就在如此，大王怎么说儒没有作用呢？”
荀子从道行品德等方面论述儒家的作用，确然不诬，可是，在已经形成尚法传统的国度里，任何称道儒家的话都不能引起统治者的重视。秦昭王不以为然，荀子被迫归赵适楚。
到了秦王嬴政时代，重法轻儒已经达到了空前的迷信程度。这时秦国的对外战争已经由过去的小规模兼并发展为大规模的统一，在残酷血腥的战争面前，秦人不可能顾及仁义德礼。在东方诸国中号称“显学”的儒家，在秦国并无立足之地，相反作为最高统治者的秦王对法家则崇拜得五体投地，韩非子书流传到秦时，秦王读后，深受感动，声言“寡人能与此人游，死不恨也”。
秦国尚法的传统和用法致强，因法取胜的历史，使李斯从内心深处崇拜法家，他深信法家是制胜的唯一法宝。
事实上，在秦国这个素以法家立国的国家已经不可能用别的思想取代法家的根本地位。早在李斯以前，秦相吕不韦就对儒家、道家采取摄取态度，而对法家进行过批判，试图用儒、道二家思想来作为未来统一社会的施政方针。为此，他招集门客，以儒、道思想为准则，编定了《吕氏春秋》。此书既成，他发布命令于咸阳市，称有能改易本书一字者，赏以万金，他企图以此方式证明他的著作的可靠性和权威性。可是吕不韦最终被秦王消灭。吕氏被消灭固然是嫪、吕党争的结果，但同时也是秦国尚法与尚儒、道思想冲突的结果。李斯亲身经历了吕不韦事件，前车之鉴他是不会忘记的，因此，李斯决定以法家作为统一帝国的指导思想。
于是，李斯根据淳于越的意见上书给皇帝说：
五帝不相互重复，三代不相互因袭，各自都得以把天下治理得很好，而不是相反，这是时代发生了变异的缘故。今陛下立大业，建万世之功，当然不是那些愚陋的儒者所能理解的。况且，淳于越所说的是夏商周三代的事，有什么值得效法的？当年，诸侯并立，相互争雄，所以才用重金招致游学的人士，为己出谋划策。今日，天下已经平定，法令出于一统。百姓当家，则致力于农工本业，士人则学习法律。今儒生不学习当今而效法远古，用来非难现实，惑乱百姓。臣李斯冒死上言。
古时天下分散混乱，未能统一，所以诸侯并起，在舆论上都是称道往古并用来非难当今，粉饰空言并用来扰乱实际，而人们又往往以为他们私下所学的这些东西很高明，并以此来非难圣上所建树的宏图大业。今陛下已兼有天下，判别是非而尊立一帝；而那些秉承私学的人，却相互勾结来非难以法为教的制度，闻知有法令下达，便用他们那套私学来妄加评论。入室则内心不满，出家则街谈巷议，以非难主上为名望，以标新立异为高明，煽动门徒群起造谣诽谤。这种情况如不加以禁止，对上则降低人主的权势，对下则使这些人形成党羽。还是严加禁止有利于国。臣李斯请求：
史官所收藏的历代史书，除秦国的史书《秦记》外，其他一律焚烧；
除博士官因职务上的关系外，天下其他人有收藏《诗》《书》以及诸子百家著作的，一律要送交所在郡守、郡尉处焚烧；
有敢于相互谈论《诗》《书》的，处以弃市的刑罚；
有敢于以古非今的，诛杀全族；
各级官员有‘见知而不举者’，与违犯此项法令者同罪论处；
此项法令下达后，期满50日而不焚烧所藏禁书的人，则处以面部刺字并罚做4年苦役的刑罚；
凡属医药、卜筮、种树方面的书籍可以收藏如故，不必焚烧；
如有想学习法律的人，可以到官府向负责普及法律知识的人请教，以吏为师。
李斯这份驳斥淳于越的长篇上书，可分为三个组成部分：第一部分是论证淳于越关于实行分封的理论不能成立；第二部分是论证儒生以“私学”来“以古非今”的严重危害；第三部分则是李斯为制止并消除这一危害而起草的《焚书令》，共有8条。
李斯在驳斥淳于越的同时，一并提出了由他起草的具有8条律文的《焚书令》。《焚书令》的8条律文，文字简明，含义准确，可见李斯是早有准备，成竹在胸。他是选择了这一有利的时机才向秦始皇提交这份《焚书令》的。
由李斯所起草和提交的《焚书令》，其理论根据便是韩非当年在《五蠹》篇中所提出的如下一段主张：“明主之国，无书简之文，以法为教；无先王之语，以吏为师。”这正是秦始皇当年所倍加欣赏的一段高论。而如今李斯依据这一理论所起草的《焚书令》8条，则是为了制止并消除秦帝国在立国建制中所面临的一大危害，可谓是雪中送炭，怎能不令秦始皇高兴万分？秦始皇对淳于越的理论从来都是不赞成的，而丞相李斯在驳斥淳于越的同时所提交的《焚书令》又正中秦始皇的下怀，便当即以制书的形式将《焚书令》向全国正式颁发执行，这便是《秦始皇本纪》所载李斯上书全文之下的“制》曰：‘可’。”三字。
以上便是人类历史上所罕见的《焚书令》制定的历史背景及其颁布的经过。秦始皇对《焚书令》的批准，使得中国文化史上一场骇人听闻的焚书浩劫，便这样由于《焚书令》的下达而随之发生。
对于李斯策划的这场“焚书”，历来评价不一，有人赞同，有人批评，大体是赞成者少，批评者多。唐人章碣曾作《焚书坑》一诗说：“竹帛烟销帝业虚，关河空锁祖龙居。坑灰未冷关东乱，刘项原来不读书。”大意是说书籍是帝业的基础，烧毁书籍秦朝帝业也就空虚了，徒有地形上的关河之险也保不住秦家江山，而推翻秦朝的却是刘邦、项羽那些不读书的人。不管后人如何评论，在当时诸子百家非议朝政的情况下，李斯杀伐敢断，以一个强硬政治家的无畏胆略做成这件大事，暂时镇压了反对舆论。