家庭承包责任制使农民由人民公社时期单纯的听从集体安排从事农业生产活动的劳动者，变成既是商品生产者又是商品经营者，自己生产和销售农产品；成为利益主体以及责任主体的统一体，农民在保证完成承包任务和国家征收任务的前提下，完全有权对土地进行多样化经营、自由追逐土地利益，独立完成承包任务和国家征购任务，农民掌握了对自己劳动的支配权，奠定了优化资源配置效率至上的产权关系和社会基础。家庭承包责任制是一种土地所有权者与经营者共享劳动收入的分配体制，它继承了传统的家庭劳动经营与报酬计量，大大减少了劳动的监督成本，提高了生产经营效率，促进农地与人力资本的有效结合。杨武民.农地产权界定后家庭承包责任制的一种新形式［J］.经济改革，1995（2），国家、集体与农民围绕土地所有权与经营权的博弈，最终以联产承包责任制双层经营体制的确立和农民土地经营权的长期化而稳定下来。这种制度安排切实促进了农村生产力的发展和农民利益增长，也极大地改善了国家与农民的政治关系。“家庭承包经营时期，农业增长的源动力在于国家退出农业生产过程前提下的制度安排。”刘金海，产权与政治——国家、集体与农民关系视角下的村庄经验［M］.北京：中国社会科学出版社2006年2月第1版，第114页，与此同时，国家、集体与农民围绕土地收益权的博弈，则在1988年—2003年长达15年的时间里，体现的异常激烈。其一，虽然国家退出了农业生产的直接监管过程，但国家对农业税的提取一直在增加，1980至1987年为国家农业收益徘徊不前的时期。1988年起，国家从农业生产中获得的税收逐步大于国家用于基本建设和农业科技的财政投入，1994年开始猛增和连续翻番，1997年国家从农业生产中征收了约4个亿的农业各项税收。
刘金海.产权与政治——国家、集体与农民关系视角下的村庄经验［M］.北京：中国社会科学出版社2006年2月第1版，第115页.其二是“地方基层政府已经形成了独立的地方利益，在国家强制力背景和集体所有制的荫庇之下，正在扩张自己利益收益”。刘金海.产权与政治——国家、集体与农民关系视角下的村庄经验［M］.北京：中国社会科学出版社2006年2月第1版，第118页.乡镇政府和村民自治组织借助于政权力量和对土地所有权的控制，以“三提五统”为内容不断突破政策界限，最大限度地提取农业资源，与农民争夺土地收益由于国家在这一时期将以义务教育为中心的公共事业放在乡镇和村级组织上，乡镇政府和村民自治组织获得了变更政策的权利，不断增加超越实际提供能力之上的提取比例和数量。以没有任何法律依据“集资摊派”和“教育集资”最为突出，同时，搭便车现象严重，各种摊派不断增加，不合理收费越来越多，乱集资、乱罚款、乱摊派，征收的随意性大，都没有纳入国家预算范围，出现了费大于税的情况。
而农民获得的农业比较收益直线下降，农民增产不增收，甚至在交完税费之后严重亏损，引发了大面积的农民抛荒，对中国的粮食安全构成威胁。其三是随着国家城市化、城镇化和乡村工业化的发展，地方政府、地产商、各种企业主等经营者利益集团与农民直接展开了对土地资源本身的争夺，在此过程中，农民的土地经营权不断被削减。按照国家法律的规定，中国的土地征用制度是指，国家为了公共目的的需要，强制征用集体所有土地并依法给予一定补偿的行为。它表现为政府根据发展规划，按照一定的审批程序，将农地征用为工业或城市建设用地的过程。地方政府正是利用了这一国家制度，不断将农民经营的土地转变为城市用地或工业用地，获取巨额地租。另一方面却造成了农民失地又失业现象的大量发生。这种对土地资源的争夺，被地方政府不断强化，土地财政成了基层政府的基本形式之一。虽然，在人民公社时期，国家对土地的征用的强制性更强，征地过程实现了土地形态的价值化，农民集体从国家征地过程中未获得补偿性的收入，集体性财产权利主体并没有获得其财产土地由实物形态向价值形态转化过程带来的收益。但那时，失地农民获得国家农转非或集体的保障，农民因失地造成的损失并未引起强烈的不满。
在市场经济条件下，建立在联产承包责任制基础上的土地经营，与国家的社会保障体系相脱离。由于法律并没有赋予农民集体和个人对土地的最终处置权，特别是农业用地向非农用地处置的权利，土地所有者集体和使用者农民都不能享有农地向非农地转化过程中几何级数的增值收益，在这个时期的土地补偿中，政府按农地计算支付的土地价格补偿非常少，政府从农业用地向非农用地转变的过程中获得了垄断市场价值，但为征用土地付出的费用既不是土地作为资源或财产的价格，也不是土地作为农业用地的市场价格，只是土地作为农业用地经营年收入的二至二倍收益之和，不足以化解农民失地的风险。
市场经济条件下的土地征用，导致土地利益各方的激烈竞争。对于农民，土地是命根子，农民要以农业产品作为生存和保障基本生活的前提条件，或者获得足以保障其生活的补偿；对于政府，要获得巨额地租；对于非农化土地经营者，希望获得更大的土地增值收益。所以，围绕土地利益博弈发生冲突，便是经常的事了；而建立市场经济下的土地利益分享机制和失地农民的社会保障则成为政府必须应对的政策安排。
伴随着土地所有权、经营权、收益权的利益博弈，中国的农民问题在形态上又有了变化。农民问题主要表现为：农民负担过重，农民增产不增收，农村剩余劳动力转移，农民社会分化加快，农民政治和社会文化权利的法律保障逐步加强，但体制性、制度性障碍依然严重，农民与城市居民的收入差距继续拉大，农民工问题凸显，国家基本进入小康却仍有数量庞大的农村贫困人口，西部贫困农民脱贫任务艰巨等等。
三、权利增长时代：进入21世纪的农民问题
在人民公社制时期，农民只有劳动的权利，并因此获得保障基本生活的必需品。家庭承包责任制以来，农民的权利格局发生了根本性改变，农民享有了土地的承包经营使用权，并因此获得农业剩余产品的索取权。人民公社制时期，农民对生产队范围内的土地只有服从分配耕作的权利，无权过问种植计划、种植面积等等与农民收益密切相关的具体细节。家庭承包责任制以来，农民自主安排农业的生产过程，包括种植计划、时间安排、劳动投入等方面；在农产品的分配中，除了完成承包土地必须上交的农业税、乡镇三提五统和村提留以外，其余剩余的产品都归农民自己所有，农民从此获得了广泛的经营自主权。
家庭承包责任制形成了人民公社制后把土地按人劳均分的土地制度，并通过法律赋予农民承包经营使用权，这种基本生活和社会保障的优先制度安排，体现了“耕地福利”的产权制度安排。农民在获得平均使用土地权利的同时，享有使用权的收益权和处分权。2002年8月29日第九届全国人民代表大会常务委员会通过《土地承包法》对农民享有承包、经营土地的财产权利在法律上认可。将农民个体所有的承包、经营使用权中的各项权能明晰化了。对农民个体来说，其对集体土地的承包经营权就是一种事实上的财产权利。它不仅包括物权法意义上的占有权，还包括源于此的使用权、收益权和相应的处分权。
土地承包经营权虽然是一种事实上的财产权利，其权能的实现受到极大限制，法律上虽然没有最终确定承包土地的所有权人就是农民个体，也没有规定农民个体对土地的最终处置权。但《土地承包法》规定的土地承包经营权具有物权化的倾向。参见刘金海.产权与政治——国家、集体与农民关系视角下的村庄经验［M］.北京：中国社会科学出版社，2006年2月第1版，第100—102页.
对农民承包土地经营权虽然规定了一定期限，不过，中央在第一期承包结束时，又规定了30年不变的政策，十七大之后，又确定长期不变，使农民的土地经营权具有了事实上物权的性质。如同一般意义上财产权利中的使用权，经营使用权也是一种相对独立的权利。在中国，耕地是一种承担政治功能和社会保障功能的财产资源，因此，农民个体享有的经营使用权有严格的使用限制，主要体现在仅限于农业用地上；收益权伴随着占有权和经营使用权，实际的收益权是指农业生产收益权，或者是转让农业生产使用权后的转让收益权，都依赖于农业生产过程中生产的社会收益。
家庭联产承包责任制实行以来，农民获得生产经营自主权、村社管理自治权和迁徙择业自由权等，从而促进了农村经济的大发展，引起了农村社会的大变革，使农民在政治经济、思想文化、价值观念、思维方式等方面都发生了较以往更加深刻的历史性变化。政治上，农民摆脱了“人民公社”管理体制的束缚，由“政社合一”组织形式下的公社社员转变为“乡政村治”运行机制下的国家公民；经济上，农民获得了土地经营自主权，劳动支配权，财产占有权，独立核算权等，由共同占有生产资料从事计划生产的集体劳动者转变为与集体所有制相联系拥有商品生产经营自主权的个体劳动者。思想上，农民的思想观念进一步更新和解放，价值观念、思维方式等正潜移默化地改变着。可见，这次被称为中国“第二次革命”对亿万中国农民的影响之巨大。
进入新世纪，农民问题已经由20世纪80年代以前的温饱问题演变为一个以收入、消费和就业为中心的经济和社会问题，包括农民就业问题、农民素质问题、农民增收问题、农民对社会主义新农村建设的认识、城乡居民收入差距扩大问题等等。从2000年—2005年，政府一直强调要增加农民收入，减轻农民负担，但是农民的收入就是上不去。1996年农民人均纯收入增加9%，1997年增幅下降为4.6%，1998年为3.3%，1999年为3.8%，2000年为2.1%，2001年为4.2%，2002年为4.6%，2003年为4%。七年都没有实现过农民年收入增加5%的目标，而且这些小幅度的增加主要是靠非农业经营性收入和农民外出打工收入，种粮务农的农民收入实际是下降的，农业生产再次陷入停滞。农民种粮食无利可图，农民就没了生产积极性，纷纷外出打工或另谋他业。1999年以后粮食就连续减产。2000年产粮9244亿斤，比1999年减少924亿斤，减产9.1%；2001年产粮9053亿斤，减少191亿斤，减产2.1%；2002年产粮9141亿斤，增加88亿斤；2003年产粮8614亿斤，减产527亿斤，下降5.8%。减产的头几年，因为库存粮食多，所以供给还没有问题，靠连年挖库存解决。2003年大旱，进入秋季，粮食大减产已经成为定局，南方几个省区库存粮食告急，市场上粮食价格开始上涨，于是粮食供给问题已成为经济安全问题，惊动中央。2004年国家实行宏观经济调控，把“三农”问题列为党和政府工作的重中之重。事隔18年之后，又一次以中共中央国务院的名义发了“1号文件”，大力增加对农业的投入，第一次对种粮农民实行直接补贴，各级政府加强对农业领导，再一次把农民的生产积极性调动起来。加上市场粮价上涨30%，2004年又风调雨顺，农业获得特大丰收，当年粮食达到9389亿斤，增产775亿斤，超过了原定计划9100亿斤的目标。陆学艺.“三农”问题的核心是农民问题［J］.社会科学研究，2006（1）.
党的十六大以来，中央坚持把解决好“三农”问题作为全部工作的重中之重，从统筹城乡发展出发，基于“两个趋向”的重大判断，至2009年，连续制定6个指导农业农村工作的1号文件，出台了一系列具有里程碑和划时代意义的支农惠农政策，例如取消农业税、农业特产税、牧业税、屠宰税，发放种粮农民直接补贴、良种补贴、农机具购置补贴、农资综合直补等，极大地调动了广大农民的生产积极性，实施了重点粮食品种最低收购价政策，制定了对粮食主产区和财政困难县实行奖励补助的激励政策，强化了对农业基础设施建设的支持政策等等，逐步形成了新时期保护和支持农业的政策体系框架。并开始建立新时期促进农业农村经济发展的长效机制，积极探索“三农”投入稳定增长的机制，逐步建立了购销市场化和经营主体多元化的农产品流通机制，形成了农民就地拓展与外出转移相结合的就业创业机制，完善了村民自治和乡镇政务公开的乡村治理机制，强化了防止农民负担反弹的监督管理机制等等。这些政策的实施，标志着国家开始了工业反哺农业、城市支援农村的新时期。农村经济因此取得了巨大的成绩，进入了前所未有的新的历史发展阶段，粮食连续三年增产，粮食单产创历史最高水平，主要农产品质量全面提高；农民收入快速增长，农民生活水平明显提高；促进农业农村经济发展的长效机制开始建立。
与以往的农民问题相比，这个时期的农民进入权利增长的时代，国家除了经济上对农民的支持外，更注意对农民各项公民权利的保障，所以，农民问题不再是传统的国家提取资源、城乡二元结构、地方政府与农民的利益争夺等关系下的农民问题，而是物质文明、政治文明、精神文明、生态文明全面发展框架下的农民问题，农民问题的核心不再是经济问题，而是权利问题。随着科学发展观的实践，国家保障农民公民权利的政策体系逐步建立和完善。由各种对立关系形成的农民问题不断得到化解，而构建国家与农民，政府与农民，社会利益集团与农民的和谐关系成为现实的政治选择。
这一时期，国家为保障农民公民权利，采取了一系列政策，为农民公民权利的增长创造了良好的政治环境。除了上述经济的补助和奖励外，国家还采取了更多的保障农民公民权利，促进其权利增长的政策措施，代表性的有：