1994年，台北市市长首次民选，陈水扁的声势如日中天，可是面对泛蓝分裂后的两个对手，国民党的黄大洲跟新党的赵少康，仍然不敢大意。当时的民进党主席是施明德，很不识相地，在投票前不久丢出了个“金马撤军论”，引起轩然大波。
这“金马撤军论”讲的主要是要将金、马非军事化，当然现在看来，他是挺有先知卓见的，他提出的这个论点，在现在已被大多数人接受。可在那个时期，大家都以为金、马的大量驻军保护台湾是理所当然的，很少有人去想，金门和马祖真的还能有效保卫台湾吗？所以施明德一抛出这个论点，马上被当作异端而群起攻之。蓝绿阵营里肯定还是有头脑清楚的人，知道随着两岸和解，这条路也是未来不可避免的路。但最大的问题就在于当时是选战方热之时，一个小环节出错，都会影响结果。陈水扁可是大为紧张，私下跑去要施明德闭嘴。另一方面，蓝营也抓住这个话柄不放，穷追猛打，让阿扁要一直出来消毒。
金门和马祖在20世纪90年代也终止了战地政务，随着两岸局势的缓和，十几年来驻军也越裁越少。开放观光后，以前许多的军事据点，包括一些坑道都开放为景点，主打的是“战地风情”，可以说神秘感越来越少。就连金门的一些特产都跟战争扯上关系，比如最有名的“炮钢刀”，即过去金厦炮战期间，有几十万发钢制炮弹落在金门，因为这种钢质地特别好，所以后来就被挖出来重新打成菜刀，特别锋利，到现在都还用不完。
几年前开始实行“小三通”，第一阶段只有设籍在金门和马祖的人民可以直接到对岸去，所以一下子金门和马祖的人口多了好多，因为许多台商都把自己的户籍移到那里。现在全面开放了，还是有很多人喜欢经过金门和马祖来往两岸，因为价格便宜很多。
现在金门让台湾本地人比较羡慕的是，只要在金门设籍，每年金门酒厂都会配酒。金门酒厂出品的高粱酒应该算是金门最有名的特产，因为金门的先天、后天条件都很优越，有旱地种高粱，还有花岗石矿泉水，最特别的是窖藏在恒温的地下坑道当中，口味非常清香醇厚。金门人宴客时喝起这种高度数的白酒，就简直是一个恐怖，早期到金门当兵的人都稍有领教。现在金门人每年三节——春节、端午节、中秋节都会配酒，用极便宜的价格买一箱，自己不喝的话，又可以转卖给阿兵哥或观光客带回家小赚一笔。另外，马祖也有类似的酒种，就是马祖东引岛上的东引陈高，这东引陈高也算是台湾最高级的白酒之一。
至于马祖，以前的教科书说她是“‘反攻复国’的前哨”，有个很有名的咖啡广告是在马祖拍的，称马祖是“一串洒落在闽江口外的珍珠”。而马祖尽管半世纪来没有打过仗，不曾发生过1949年金门那样的登陆战，也没有发生过炮战，但战地的感觉比起金门更为浓厚。如果到马祖，除了各式新旧精神标语依然处处可见，还会惊异地发现，几个岛都已经要塞化，到处是绵延的地下洞穴，建造难度又比金门高。比如有个北海坑道，就是人工挖出的地下军港，可以停泊数十艘登陆艇。
其实在20世纪70年代以前，金门和马祖的驻军最大的工作就是“构工”，整天就像工蚁一样不停地挖掘地下坑道。有人开玩笑形容，抽到“金马奖”就是，到外岛后，发一把十字镐给你，每天挖洞，挖到磨光了差不多就可以回家了……现在这些坑道都已经开放成了观光景点，不知道全世界上还有没有比金门和马祖要塞化更彻底的地方。
金门还有很多福利是台湾本岛人羡慕得要死的，比如公交车免费等，怪不得这几年各县、市幸福感满意度调查，金门永远都排在前几名。还有一点比较有趣的地方，就是你问一个金门人“你是不是台湾人”，他们大部分都持保留态度，金门人与对岸厦门的关系可能比跟台湾本岛还亲，所以现在也有许多金门人在厦门置产读书，反正坐船过去方便得很。相比之下，马祖就要凄凉许多，建设不如金门，不过也保留了更多充满时代特色的印记，有些观光客反而爱好马祖的那些风景。
在金门岛上还有个广播站，过去常常用高分贝大喇叭对大陆“心战喊话”，全盛时期还会放一些台湾流行音乐，或者请一些歌星来向大陆民众喊话，那种情况就好像韩国在三八线设个超大屏幕，天天对着北朝鲜放“少女时代”的MV一样，企图瓦解对方的“战斗意志”。这个喇叭很久没用过了。据说两三年前又重新试播一次，没想到当天刚好是厦门大学在期末考试（还好只是期末考不是高考），干扰巨大，厦大校方气得一通电话直接打到金防部抗议……时代变了。
从残酷血腥的战争到炮战，再到单打双不打，再到打宣传弹，两岸越来越往和解之路前进。台湾知名历史学者王明珂提到他20世纪70年代在金门前线当兵时的往事：有一回，对岸厦门“共军”的炮弹打坏了我们驻地附近的一间民房屋顶。我军立刻向对岸广播：“万恶共匪，说好不打民房的，为何把炮弹打到村庄里！”
对岸“共军”沉默了一阵后，广播器大声传来回应：“对不起，刚才炮位松了，现在已调好，再补打一发！”
在金门面朝厦门的海岸，可以看到一个墙上写着几个大大的红字“三民主义统一中国”，而在对岸厦门，面对金门的海岸上，也可以见到几个不甘示弱的大字“一国两制，统一中国”，说起来还是小平同志务实一点，人家可没说“共产主义统一中国”，只说“一国两制，统一中国”。这几个大字到了晚上还会闪闪发亮，两排标语遥遥相对，就好像两个兄弟在负气斗嘴一样，是吧！