范仲淹就任右司谏这一年，江、淮、京东地区发生蝗、旱灾害，灾区百姓流离逃荒，饥困于道。不用说，以仲淹忧国忧民的情怀，自然不会不关注灾区百姓的疾苦。他上书请求朝廷派员赴灾区赈济灾民，甚至当面质问皇上：现在江、淮、京东三路百姓陷入饥困，朝廷不尽快采取措施，如果宫中半天没有吃的，又会怎么样呢？
八月，仲淹被派安抚江淮。仲淹所到之处捣毁淫祠，开仓赈民，并把饥民用来充饥的乌味草带回京师，请皇帝在六宫贵戚中传观，“以戒侈心”。同时，又上书陈救弊十事。上书中甚至激愤直言，朝廷加于百姓身上的转运之役，让百姓奔波往返于数千里的漕路之上，使他们壮者受饥，弱者殒命，实在不仅伤财，害人也到了令人不可忍受的地步，必须尽快革除。如此出言直切，其诚实在可感，但皇帝又会作何感想？想来总不会是太舒服的吧。
此后不久，仲淹又为仁宗废后据理力争而大忤皇帝。
仁宗废后也是一场闹剧。仁宗立郭后在天圣二年，他其实并不喜欢郭后，只是当时章献太后垂帘听政，立后全由太后做主，郭后才得以被立为后。也正因为有太后做主，郭后也仗势骄横，把持后宫，宫人亦“多为太后所禁遏不得进。”太后死，禁遏也随之解除，美人尚氏、杨氏大得仁宗宠幸，尚氏之父甚至因此而加官蒙赐，“恩宠倾京师。”郭后自然对此极为不满，因而她们之间常发生争执。一次，尚氏当着仁宗讥讽郭后，郭后一气之下要打尚氏耳光，仁宗上前拦挡，正好被郭后一掌打在脸上。仁宗大怒，起意废黜郭后。内侍阎文应建议仁宗把脸上伤痕出示给宰执大臣，看他们怎么说。其时吕夷简又被召回京师，仍居相位。吕夷简对仁宗说：“东汉光武帝也曾废后。郭后打伤皇上，废之，未损圣德。”
吕夷简如此进言，并不是没有原因的。太后死后仁宗亲政，曾将太后听政时的一些太后亲近的大臣悉数贬放，当时吕夷简本不在贬放之列，《宋史》载，“帝始与夷简谋，以张耆、夏竦皆太后所任用者，悉罢之。退告郭皇后，后曰：‘夷简独不附太后耶？但多机巧，善应变耳。’”于是夷简也被罢知陈州。当宣布被罢逐官员的名单时，夷简“大骇，不知其故。……久之，乃知事由皇后也。”
范仲淹则与吕夷简决然相反。仁宗想要废后的消息传出宫外，仲淹立即向仁宗进言，极言郭后不可废，且希望仁宗早息此议，以免在朝野引起混乱。仲淹这一次的进言仍然没有被采纳。很快，仁宗颁诏，称郭后无子，自愿入道修持，特封为净妃，别居长宁宫。为省却麻烦，颁诏之前就敕令有司，不得接受台谏章奏。
此诏一出，舆论大哗。御史中丞孔道辅与范仲淹等谏官极力上书，龙颜大怒，悉被贬官。与孔道辅、范仲淹同时被贬的还有侍御史杨偕、马绛，其余如知谏院孙祖德、殿中侍御使段少连、左正言宋郊等，也都受到罚铜20斤的处分。
这是仁宗亲政以后第一次对谏官大行诛罚。此事一出，朝野哗然，时任河阳签判的富弼也上书指仁宗废无罪之后逐忠谏之臣为两大过错，希望仁宗起码应该召还仲淹、道辅。但仁宗不予理会。
景祐元年（1034）正月，仲淹自汴京东行，前往贬所睦州。此时距他在太后死后被召回京师还不到一年时间。