仲淹将天下之士分为危言危行和逊言逊行二党，认为这两党常交战于天下，天下是不是太平，就在于两党的胜败。
景祐二年，仲淹就身历了一次这两党之间的交战。
景祐二年，朝廷又有了一次人事变动，李迪罢政，王曾任同平章事（宰相），蔡齐任参知政事（副宰相）。三月，范仲淹也升为礼部员外郎，天章阁待制，不久便调回京师，判国子监。
也就在这一年，被废的郭皇后不明不白地死了。据说郭后死前不过只是一点小病，是内侍阎文应亲带太医前往诊视，并将她移居嘉庆院，但只几天工夫，郭后就死了。其实，郭皇后被废黜之后，仁宗对她似乎也并不是完全恩断义绝。《宋史·郭皇后传》说：郭后被废之后，“帝颇念之，遣使存问，赐以乐府，后和答之，辞甚怆惋。”这大约也是所谓“一日夫妻百日恩”吧。
郭后被废，内侍阎文应及宰相吕夷简起了很大的作用。据说，阎文应看到皇帝思念郭皇后，怕郭皇后回来对自己不利，便在郭后生病时借机做了手脚。但郭后死后，许多人心存疑问却是真的。谏官高若讷、姚仲孙等就上书弹劾阎文应，明确提出了他们的怀疑。
阎文应身为内侍却“专恣不恪”，甚至常矫皇帝意旨外控执政，这本来就是范仲淹非常担忧的事情。皇后暴死，更激起他一腔愤怒，他决心与阎文应一决高低。这一次仲淹事先甚至做好了不是鱼死就是网破的打算，在去见仁宗之前，他安排了家事，并对长子纯祐说：“吾不胜，必死之！”
但这一次还好，阎文应终于被贬逐岭南，死于流放途中。不过，仲淹此举也使当朝宰相吕夷简十分难受。而且，依吕夷简之见，仲淹身为待制，不过是皇帝侍臣，本来就不应行建言进谏的“口舌之任”。但仲淹却不以为然，在他看来，身为侍臣，建言进谏正是职责所在，岂有坐视沉默之理。
范仲淹与吕夷简的矛盾集中反映在选拔人才上。夷简在位日久，“颇务收恩避怨，以固权力”，以至幸进之徒奔走于门下。这是仲淹所不能接受的。一次，夷简对仲淹发感慨，说自己见过的人也算不少了，但却没有遇到一个真正有节行的。仲淹当面反驳说：“有节行的人自然是有的，只是你不知道而已。以你这种想法待人，有节行的人也不会投到你的门下。”这话可把吕夷简搞得很难堪。
也就在这个时候，仲淹向仁宗上《百官图》，指出百官进止，如何才是公平持正，循序升迁，哪些只是因私幸进，超格越级。他希望仁宗重视选贤任能，特别是“进退近臣，凡超格者，不宜全委之宰相。”而且，他还引汉成帝时事向仁宗进言，明确表示，仁宗信任吕夷简如同当年汉成帝信任张禹，他颇有朝政败坏的担忧。
张禹是什么人呢？汉成帝永始、元延年间，王莽专权，当时日蚀、地震频仍，吏民上书多言灾异所致，在王氏专政。成帝“意颇然之”，但又没有明证，便亲至张禹宅第向他请教。张禹对成帝说，灾变之由，深远难见，人们以为是王氏专政所致，不可信。成帝以此不疑王莽，终于酿成新莽之祸。
范仲淹以为，吕夷简党同伐异，以自己的好恶选人用人，报喜不报忧，张禹非常相似，实在有失宰执之责。他向仁宗推荐韩亿，以为亿素有仁心，宽怀大度，可取夷简而代之。
吕夷简的抗辩自然也是情理中事。为仲淹的指责，吕夷简与范仲淹在仁宗御前发生了激烈的争论，他对仲淹的指责一一加以辩驳，并怒斥仲淹“越职言事，荐引朋党，离间君臣”。御史大夫韩渎附和夷简，甚至请求仁宗书列仲淹一党官吏姓名，张挂于朝堂之上，用以戒越职言事。由此，仲淹被罢免，贬知饶州。
仲淹的此次被贬，使朝野震惊。秘书丞余靖谏言，仲淹以前上书请求太后还政，谏止废后，都没有遭到如此重贬，哪里能够因为与宰相一言不合便遭贬放呢？他请求仁宗宽容为怀，收回成命。
太子中允尹洙更是愤然上书，自称得仲淹举荐，与仲淹“义兼师友”，仲淹既以朋党之罪招致贬放，自己按理不该幸免，愿意与仲淹同受贬黜。为此，余靖被贬至江南西路，监筠州（今江西高安）酒税，尹洙被贬郢州（今湖北钟祥），监郢州酒税。
时任馆阁校理的欧阳修也愤然上书，力陈仲淹“刚正好学，博通古今”，不应以忠言忤相而遭贬。欧阳修也因此被贬为峡州（今湖北宜昌）夷陵令。
到此为止，因仲淹、夷简之争，余靖、尹洙、欧阳修等朝臣相继遭到贬黜。第二年，吕夷简也被罢相，“由是朋党之论兴矣。”
这就是仁宗亲政不久于景祐三年出现的第一次朋党之灾。仲淹等人坐贬之后，馆阁校勘蔡襄作了一首《四贤一不肖诗》，“四贤”即仲淹、余靖、尹洙、欧阳修，“一不肖”即高若讷。高若讷当时任右司检，他身为谏官不敢直言，欧阳修说他不知人间有羞耻事。这首诗一出来，京都人士“争相传写，鬻书者市之得厚利”，甚至契丹使者也买回去张贴在幽州接待宋使的驿馆墙上。这一次朝廷党争所造成的震荡，由此也可略见一斑。
平心而论，吕夷简还算不上一个奸臣、贪官。仁宗一朝他位列辅弼，数度宰执朝政，也算是忠心耿耿，并且也做了一些好事，比如，我们从他命人厚葬仁宗生母李宸妃的事上，就可看出，他深谋远虑，办事十分妥帖。
比如天圣五年大内失火，百官早朝而宫门不开，人疑宫中有变，请见皇上。仁宗在拱辰门接见群臣，百官拜楼下，独夷简不拜，一定要仁宗举帘露面之后他才放心。天圣七年玉清昭应宫被焚毁，章献太后想重建，也是他尽力谏止了。他身居高位，周旋于仁宗母子之间，其实也是兢兢业业且备尝艰辛的。
而且，夷简对仲淹也是欣赏并有所保护的。仲淹景祐三年党争之祸被贬之后，康定元年朝廷只决定恢复他天章阁待制改陕西都转运使，当时夷简又任宰执，他对仁宗说，以范仲淹之贤，“朝廷将用之，岂可但除旧职？”仲淹因此得以除龙图阁直学士，迁陕西经略安抚使。仲淹知延州时，私自致书赵元昊，“元昊复书，语极悖慢”，仲淹只“奏其状，焚其书不以闻。”人臣无外交，仲淹这件事实在做得有些莽撞。朝廷议罪，参知政事宋庠认为可斩，枢密副使杜衍认为仲淹志出于忠，不可深罪。仁宗征求夷简的意见，夷简认为“杜衍之言是。止可薄责而已。”仲淹因此没有被严加追究，只降知耀州。
当时所谓的朋党之争，往往是意气之争，双方争议的标准不外乎忠与奸，君子与小人。