1885年，清军从朝鲜撤出以后，沙皇俄国趁机插足，其驻朝公使韦贝勾结闵妃集团，控制朝鲜军队，妄图变朝鲜为俄国的“保护国”。朝鲜政局更加动荡。李鸿章为了维护中朝“宗藩关系”，采取果断措施，起用“足智多谋”的袁世凯，接替“忠厚有余，才智不足”的陈树棠，为驻朝商务委员。李鸿章认为袁世凯是一名后起之秀，这是袁世凯很快又被起用的重要原因。对于袁世凯，李鸿章是抱有厚望的。李鸿章认为袁胆略兼优，能识大体，前随吴长庆带兵东渡，久驻王京，壬午、甲申两次定乱，情形最为熟悉，朝鲜新旧党人咸相敬重。若令他前往接办，必能措置裕如。李鸿章不希望袁世凯接任驻朝重任后，蹈常袭故，单纯照料商务，而是企图通过袁世凯加强对朝鲜政治上的控制，所以他在奏折中又要求清政府提高袁世凯的权限。根据李鸿章的建议，清政府正式任命袁世凯为“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜”的全权代表，并以知府分发，尽先即补，俟补缺后以道员升用，加三品衔。
李鸿章对袁世凯的提拔与重用，使袁世凯一度感激涕零，他在1885年10月25日给其二姐的信中说：“弟年少识浅，不料蒙太后留意，诸亲王、军机大臣、中堂推重，如此知遇，更有何言”。“弟年未三十，名扬中外，大臣推重，九重垂青。亦大喜事，乞详禀堂上，毋以为念”。袁保龄也感到此次“擢太急，任太隆”，上书感谢李鸿章：“两世受恩，一门戴德。”同时，指示袁世凯继续好好努力，戒骄戒躁，将李鸿章交代的事情认真办好。
袁世凯接任朝鲜交涉通商事务，成为中国在朝事务的最高代表。袁世凯此去朝鲜任职9年，李鸿章作为其顶头上司，让袁世凯得到了充分施展其本领和历练的机会。袁世凯在朝鲜期间，极力维护宗藩关系，推行了一些改革，从而遭到图谋吞并朝鲜的日本殖民主义者的忌恨，也引起了在朝鲜的另一派权要所不满。当他们要求清政府调回袁世凯时，李鸿章力保并告总署说：“若轻信谣啄，而使任事者抱不白之冤，以后稍知自好顾全国体者，孰敢蹈此危机哉！”“袁道驻韩四年，遇有韩与他国交涉，尚能悉心襄助，随事调护，案据具在，未始无裨大局，自不能因韩王及各国嫉忌，轻于撤回，致堕敌谋，而失大体。”1890年正月，李鸿章办理朝鲜商务请奖时还奏：“朝鲜每遇交涉事件，在廷群小，多嗾西人从旁谗越，巧为挟制，唆使该国自主。经袁世凯等扼定朝鲜系中国属藩，每暗为筹画，设法知道驳正，以存体制。袁世凯血性忠诚，才识英敏，力持大体，独为其难。拟请旨免补知府以道员分省归候补班尽先补用，并加二品衔。”缘此，袁世凯嗣于1893年3月补授浙江温处道实缺，复经李鸿章奏留继续在朝鲜供职。对于李鸿章对袁世凯的呵护有加，袁世凯家族自然是感恩戴德。袁世凯的三哥袁世廉在家书中说，李鸿章对他们兄弟“待如家人”，“傅相知遇之隆，虽肝脑图报，亦说不了”。甲午战争爆发以后，攻袁者认为袁氏酿成兵衅。但李鸿章责任自揽，并未诿过于人。中日马关订约以后，恭亲王奕还追问李鸿章：“吾闻此次兵衅悉由袁世凯鼓荡而成，此言信否？”李鸿章仍是保护袁世凯，说：“事已过去，请王爷不必追究，横竖皆鸿章之过耳。”可以说，李鸿章是袁世凯仕途初期上的福星与领路人，袁世凯能够早年在朝鲜发迹，李鸿章的提携与保护起了关键性的作用。
李鸿章之后，袁世凯又傍上了贵人荣禄。
甲午战争后，在满人中，慈禧太后最看重的就是荣禄。她想让荣禄掌管军队，成为李鸿章那样能够支撑大局的人物。对于朝廷训练新军，袁世凯早已有所耳闻，他志在夺得训练新军的权力。除了翁同龢、李鸿藻等朝中大臣袁世凯倾心投靠外，他更想攀上荣禄这棵大树。因为，在袁世凯看来，清流虽有声望，掌握当时的舆论，但他们缺乏实际力量，而且爱惜名誉，有些事他们是不肯做的。袁世凯认为，政治是多方面的，须得泥沙俱下，一方面结交清流，另一方面更要抓紧有实际力量者，只有拥有荣禄这样的人做靠山，才能做到万无一失。
果然，袁世凯到小站上任不过半年，就遇到了几乎断送了他的政治前途的麻烦。先是，御史彭述奏劾新建陆军各军营近来有军官层层盘剥，克扣军饷的弊端，引起了光绪皇帝的震怒。5月13日，光绪皇帝下谕旨申饬、警告各军将领，“如再有借端苛派等弊，或经纠参，或被告发，定即严行惩办，决不宽贷”。袁世凯当时正忙于在天津开设德文、炮兵、步兵、骑兵等随营军事学堂，不想不久之后又有个叫胡景桂的御史参奏他“徒尚虚文，营私蚀饷，性情谬妄，扰害一方”。
小站的新军是朝廷下了最大的决心，予以最丰厚的饷粮，配备最精良的军械，寄予了最大期望的一支部队。光绪皇帝在批准由袁世凯督练新军时，原本就不太放心，故谕旨中有“倘仍蹈袭练勇和绿营的习气，惟该道是问，凛之慎之”的警告。为时不过半载，就出现了御史参奏的事情，光绪皇帝于是决定派大员严查究竟。5月28日，光绪皇帝下旨：“着荣禄驰赴天津，将该员督练洋操一切情形，详细查明。能否得力？断不准徒饰外观，毫无实际。其被参各节，是否属实，一并秉公查实具奏。”
袁世凯及新建陆军此时由督办军务处节制，是清廷直辖的部队。但小站位于天津近郊，如系一般的参案，就近委派直隶总督兼北洋大臣王文韶查办就可以了。荣禄当时还只是北京步兵统领，负责京师的治安，本管不到王文韶地盘上的事。但荣禄是督办军务处中力荐袁世凯的大臣之一，又素称懂得军事，还是慈禧太后的亲信，由他到小站亲眼看个究竟，是朝廷内部各方面力量妥协的结果。为此，6月4日，荣禄被任为兵部尚书、协办大学士，以便事权相侔；其原任的步兵统领一职，由麟书署理。
此次查办袁世凯案，当时任职兵部，随同查案的陈夔龙在其所著的《梦蕉亭杂记》中详述了查办过程的始末：
甲午中日之役失败后，军务处王大臣鉴于淮军不足恃，改练新军。项城袁君世凯，以温处道充新建陆军督办。该军屯兵天津小站，于乙末（1895年）冬成立。当奏派时，常熟（翁同龢）不太赞同，高阳（李鸿藻）主之。谁知成立刚数月，天津的官绅啧有烦言，说袁君办事操切，嗜杀擅权，不受北洋大臣节制。高阳（李鸿藻）虽不护短，因系原来保举之人，不能前后说法自相矛盾。于是示意同乡胡景桂御史，搜集整理了多款（予以）参奏。奉旨命荣文忠公禄驰往查办。文忠当时官居兵部尚书，约我同行。刚抵达天津，直督王文勤公文韶传令，所辖淮、练各军排队远迎，旌旗一色鲜明，颇有马鸣风萧的气象。在津查办机器局某道参案完毕，文忠驰往小站。该军仅七千人，勇丁身量一律四尺以上，整肃精壮，专练习德国操。马队五营，各按方向辨色，较之淮练各营，壁垒一新。文忠默默查看，对我说：你观新军与旧军比较如何？我说素来不懂军事，何能妄加评论。但看表面，旧军的确不免有暮气，新军参用西法，独开声面。文忠说：你说对了，此人必须保全，以策后效。待参奏的条款查完，仅是擅杀营门外卖菜佣人一条，已可以遭到严谴；其余各条，也有轻重不同的出入。我起草拟复的奏稿是交部议处。文忠说，一经过部里评议，最轻也是撤职的处分。此军刚刚成立，难以更换生手，不如请求恩典暂且从宽议处，仍命其严格操练，以鼓励将来。复奏上，获旨允许。当时高阳已病，仍带病上朝，看了文忠的覆折，神色不快。
荣禄任职兵部仅四天，就起程赴天津。8日到天津，午后方对直隶总督王文韶谈了所要查办案件的详情，9日即赴小站，可见此次的查办带有突然袭击的性质，袁世凯事先并不知道。如果没有平时的严格训练，绝不可能有荣禄等人所见到的壮盛的军容和操练受到赏识的事情，所以，袁世凯在小站练兵，荣禄认为是名副其实，其保全、爱护乃至收为己用之心已经溢于言表。
据《德宗实录》中记载，荣禄的复奏是：“袁世凯被参各款，均无实据。”根据荣禄的报告，光绪皇帝下旨：“即着毋庸置议。”在给朝廷的查办报告中，荣禄重点汇报了新军训练之精、军容之盛，同时也挑了些枝节性的毛病以作搪塞，如委任的官员太多、与王文韶沟通不够等，所以谕旨中才又有这些勉励与警策之语：“袁世凯勇往耐劳，于洋操情形亦尚熟悉，第恐任重志满，渐启矜张（骄傲自大）之习，总当存有则改之，无则加勉之心，以副委任。至（于）委任人员太多，费用太滥（浪费），尤其应该严加审慎选择，不要虚名浪费。王文韶近在天津，该道必应随时禀商办理，该督亦当就近考察。总期精益求精，全成为劲旅，使御侮确有把握，以符合朝廷实事求是之意。将此谕告之王文韶，并传谕袁世凯知道。”
值得注意的是，陈夔龙把袁世凯的被参，归结为李鸿藻的授意。李鸿藻为何对自己前不久还极为欣赏之人，出以此种狠毒之手段，颇有令人不解之处。仔细分析起来，问题可能出在徐世昌身上。徐世昌留翰林院任编修之后，一直备受兼任翰林院掌院的李鸿藻的冷遇和压制，原因是李鸿藻认为徐世昌虚伪矫情，而徐世昌也就成了不受待见的“黑翰林”。袁世凯十分念旧，知道了他这位“大哥”的窘况，聘请徐到小站任职，许以丰厚的薪资，这就在无形之中得罪了李鸿藻，于是便有了这次参奏事的发生。
不仅如此，在不久发生的戊戌政变中，袁世凯又是借荣禄之力，躲过了一次更大的灭顶之灾。
1898年，康有为、梁启超等发起维新变法运动。在“百日维新”中，帝党与后党争夺军权的斗争亦相当激烈。由于袁世凯曾参加过强学会，帝党就把希望寄托在他身上。光绪帝授之以候补侍郎衔，委以专办练兵事务之权。然而，与帝党相比，后党则势力庞大，把握着从中央到地方重要部门的职位。在维新运动之初，慈禧太后就任命荣禄为直隶总督，后来又调任兵部尚书，将北洋军权掌握在荣禄一人之手。袁世凯凭他多年在官场的经验，权衡再三，认定帝党注定无法成功，终而在关键时刻背叛了帝党，向荣禄告密，从而导致维新运动彻底失败。
虽然袁世凯以实际行动表现了对慈禧太后的忠心，但满洲新贵仍以袁世凯参加过强学会为由，攻击袁世凯“既同谋而又出首，首鼠两端”，要求重治其罪。但是，荣禄却因袁世凯的告密而对袁世凯信任有加，声称“袁乃我的人，无所谓首鼠两端”，并且在慈禧太后面前“以身家保之”，这样，袁世凯才仍得以安其位。荣禄的力保也使袁世凯赢得了慈禧太后的青睐，慈禧太后特别召见他，准其在西苑门内骑马，并赏银四千两。从此，袁世凯不但巩固了自己的地位，而且还与大清国的最高掌权人慈禧太后拉上了关系，势力更加壮大了。
在两次动荡中，袁世凯都是借荣禄之力，才避过了对手的攻击，因而他也就愈加依附荣禄。
胡思敬在《国闻备乘》中说：
袁世凯统武卫军，归荣禄节制，虽倔强不敢自恣。尝遣人密至京师觇荣禄动静，得其一言以为喜戚，如安禄山防李林甫然。
戊戌政变后，袁世凯立即向荣禄献策，以京畿地区五大军合编为武卫全军：以宋庆为武卫左军，以袁世凯为武卫右军，以聂士成为武卫前军，以董福祥为武卫后军，其中军由荣禄自领之，兼总统武卫全军。袁世凯主动将新建陆军并入武卫军，既可摆脱孤立无援的局面以避风险，又可得到荣禄羽翼，巩固自己的地位，且可以满足清廷“集权中央”，“将主帅统辖的权力付与满人”的做法。袁世凯此举，十分高明，既规避了风险，又讨得了荣禄的欢心。不久，荣禄即保袁世凯升为工部右侍郎兼管钱法堂事务，仍让他专统率武卫右军，所部增至1万人。
1899年夏，多年积累的中外矛盾、官民矛盾不可调解，义和团运动终于在山东爆发。由于山东巡抚毓贤没有能力处理好这个事件，结果，义和团运动在山东境内迅速燃成了燎原之势，几乎每个村庄都建起了拳场。面对山东动荡的局势，袁世凯多次向荣禄陈述自己的看法和解决山东问题的意见。荣禄认为袁世凯有魄力，是一个解决棘手问题的能手，因此，他竭力保荐袁世凯任山东巡抚。于是，12月6日，清廷发布了派袁世凯接替毓贤，署理山东巡抚的上谕。
对于袁世凯来说，1899年又是一个吉凶不测之年。这是因为，由于慈禧太后与列强不合，一场新的战争在所难免。袁世凯及新建陆军开赴山东，直接使袁氏集团在不久发生的庚子事变中躲过了一场危及本集团生存与命运的危机。因为，此时袁世凯及所部如果还在天津小站，那么庚子年八国联军向中国开战，首当其冲之地便是天津与直隶。袁世凯如果不与洋人开战，就是奉旨不遵，官运不但没了，就是脑袋能不能保得住还是个问题；如果奉慈禧太后之命与联军开战，则不但胜利没有把握，就是好不容易积攒下来的一点政治本钱也会在这场战争中损耗殆尽。况且即使自己没有战死，辛丑议和后自己还不是充当清廷的一个替罪羊而被押上断头台吗？由此看来，袁世凯能于1899年督抚山东，就不仅是袁氏集团开始发展的一步，更使这一集团躲过了一场即将到来的灭顶灾祸。从这一点上说，荣禄真可谓是袁世凯及其北洋集团最大的福星了。正因为袁世凯及其团体及时离开了当时政局的是非之地天津，才使他于此时在两难境地、复杂局势面前能够从容考虑与应对，做到慈禧太后与列强两边都不得罪，从而为日后他的官星高照与北洋集团的发展在万难境地中争取到了一爿生存的空间。单就这一点来说，袁世凯的仕途腾达实际上绝不是一般史书上认为的那样来之容易的。
荣禄之后，袁世凯又精心打造了庆袁同盟。
1903年荣禄病死，慈禧太后又授奕劻为领班军机大臣，并仍兼管外务部，接着，又命其总理财政处、练兵处。这样，到清朝末年，奕劻竟一身而兼数任，集中央政府的行政、财政、外交、军事大权于一身。对于奕劻这样一个重要人物，袁世凯当然不会放过。
自从两宫回銮之后，荣禄一直生病，刚开始时经常告假，后来发展到根本无法上朝，袁世凯敏锐地意识到，荣禄将不久于人世，自己在朝中的靠山要倒了，为了生存，他又开始攀附新的靠山。奕劻就是在这种情况下被袁世凯用银子结交下的。荣禄死后，奕劻执掌军机，袁世凯更是对他照顾得无微不至，二人结为坚固同盟。此后朝中内外，遍插袁氏势力。在1906年的丙午政争与1907年的丁未政潮中，袁世凯都是与奕劻同心协力，一个在朝中，一个在地方，双管齐下，最终搞倒对手岑纯煊、瞿鸿禨的。慈禧太后死后，摄政王载沣一度想除掉袁世凯，奕劻再次出马用吓唬的手法迫使载沣罢手，保全了袁氏一命。辛亥年民军起事，奕劻又力保袁世凯出山收拾时局，最终将清帝国268年的基业拱手送给了袁世凯。