林森等革命党人对驻扎九江的清军第53标标统马毓宝及其官兵做了大量的争取工作，“通过同乡、同学、熟人的关系和清政府驻浔新军、江防军联系，吸收同志。……经过艰苦工作，53标新军中下级将士，几乎全部由倾向而支持革命。”此外，“同盟会派了许多会员参加新军。同盟会员李烈钧从日本士官学校毕业回国后，派任54标第一营管带，在该营士兵官佐中，培养了一批革命人才”［12］。10月23日，林森策动马毓宝举行九江起义，一举成功，剪掉发辫，宣布独立，脱离清廷；九江军政府成立马毓宝为都督，林森为民政长（林森为便利同盟会秘密工作，没有就职，由罗大佺代理）。
九江起义十分成功：
第一，兵不血刃。革命党人不伤一人就光复九江，这在当时革命派发动的起义中是极为罕见的现象。夺取政权的革命往往要经过浴血奋战。比如：上海光复时，在攻打江南制造总局的战斗中，就有数千人参战，在两次冲锋中就死伤五十多位战士［13］；在福建的光复中战斗进行了3天，仅11月9日那天就牺牲了13名战士。［14］
第二，成果巩固。九江起义成立革命军政府后，没有经过什么变乱，政局稳定。都督马毓宝也没有背离革命，后来他还成为国民政府参军。而有的地区则出现了动乱反复，在湖南发动起义的革命党人焦达峰和陈作新竟被立宪派杀害。
第三，秩序稳定。九江起义后，由于革命党人部署周密，措施得力，从而保持了社会的稳定和人民生活的安定。革命军占领九江后，市面安谧，深得人民欢迎。上海《民立报》报道：“国民军占九江后，即于招商局码头旁竖立中华民国大旗，租界安靖如常。九江军界、学界以及越城中之商店，一律悬挂白旗，及欢祝民国之小红旗，布置周密，并未有战事，且未伤一人。九江租界西人均至林君子超第慰劳，并述欢迎之意。此次九江布置皆系林君筹画，由先得关员及西人赞助，故著手较易”。［15］
诚然，九江起义的胜利、社会秩序的稳定，林森功不可没。他利用浔阳阅报书社做了大量的革命宣传、组织工作；尽力为民办实事而深得民心，并注意争取一切可以争取的力量；还讲究策略，对租界里的外国人也没采取过激行动；再加上认真筹划、精心布置才有如此良好局面。
三、九江起义对稳定辛亥革命大局的作用
九江起义的成功有力支援了岌岌可危的武昌“对于整个革命大局，实具有多方面的影响”［16］。
第一，促成清海军反正，壮大了革命力量。武昌起义后，清政府十分震惊，于10月12日派荫昌率领北洋军，萨镇冰率领海军星夜赶赴武汉镇压革命。但荫昌指挥不动北洋军，清政府不得不请求袁世凯出山督率段祺瑞、冯国璋等部进攻武汉，对革命军构成极大威胁。
武汉方面推举黄兴为革命军总司令组织抵抗。但由于敌强我弱，汉口、汉阳先后失守。11月27日汉阳被攻克后，黄兴不得不离开武昌，东下上海。武昌形势岌岌可危，但最终没有失陷，主要是由于外围形势发生了有利的变化。
海军方面，不但没有构成对革命军的较大威胁，而且大都反正，调转炮口攻打清军。这是因为海军大部分官兵同情革命，不愿为满清王朝残杀自己的同胞，在奉命炮击武汉时，故意不瞄准，不是射向天空，就是射入江中；萨镇冰也仅是奉命行事，也不为满清政府卖力而采取敷衍的态度，后来自行告退。在海军起义中，林森则发挥了不可忽视的作用，功不可没。
当时中国海军较大之军舰是海圻、海筹、海容、海琛四艘巡洋舰。海圻游欧未返，其余三舰就成为中国海军的主力舰。“驻汉军舰以海筹、海容、海琛三巡洋舰为最巨，其他炮舰惟三巡洋舰马首是瞻”［17］。因此，这三大舰的举动至关重要。三舰的爱国官兵在革命风潮的推动下在酝酿起义。其中海筹舰长为毕业于马尾船政学堂的福州人黄钟瑛，在萨镇冰出走后成为舰队代理司令。他也同情革命，决心反正。特别是九江起义后，革命军控制了湖口马当炮台，扼住大江中流要津，截断了清军水路接济。而沿江重要城镇民众倾向革命，上行船只只能到达九江为止，清军舰队受到极大威胁，缺煤缺米，难以得到补给。
11月1日，黄钟瑛率领的清军舰队开往九江，准备归附革命军。但事先舰队与九江方面“未有密约，易生猜贰”［18］。因此，及时接洽，促成这支海军与革命家的联合，至关重要。当时海军官兵多为福建人，林森多年来与闽人海军将领有来往，萨镇冰、黄钟瑛与林森有同乡之谊；海筹、海琛舰的举义组织者何渭生、张怿伯与林森亦有交情。林森与吴铁城当天就登舰拜访，进行沟通联络工作。受到舰队代理司令兼海筹舰长黄钟瑛、海琛代理舰长林永谟以及何渭生、张怿伯等官兵的欢迎，双方纵谈甚欢，疑虑顿消。接洽结果圆满，林森邀请各舰将领数十人上岸宴叙，他们愉快地接受了邀请。林森一行离舰时，舰上还放17响炮欢送。
就在这时发生一起几乎使起义功亏一篑的事件。九江金鸡坡炮台司令戈克安因曾与海容号士兵发生纠纷、积怨在身，在海容到达九江的第二天，“水急移锚，戈竟以私愤，诬为私逃，发炮射击”，起义海军“军心大愤……谓不应挂白旗，招致耻辱”。炮击稍停，张怿伯“尽以举义文卷送招商局，呈林森阅看，林又以交李烈钧同阅。林、李洞明内容，益对戈克安之鲁莽行为，深致不满”。当晚，招商局设宴招待各舰将士以及九江当地军政要人，戈克安也到场挑起事端，海军人士极其愤怒，就在这风波又起之时，“林森起立陈词，谓海军颠覆满清，宜协力同心，勿生疑忌，致误大局。言次，痛哭失声”。备受感动的张怿伯也代表黄钟瑛表示：“海军举义，经险阻艰难，不知若干次矣。今兹成功，殆非偶然。时局尚未底定，武汉战事，势复危急。我海军绝无疑忌，摧败大局；愿枕戈待命，效前驱，之死矢靡他。”话未说完，“在座海军将士多悲愤，泣不可抑。”经大家共同努力，一场风波终于平息。［19］海筹、海容、海琛三大舰以及江贞、飞鹰等舰起义成功，成为革命军的水上劲旅。
随后，其他清海军兵舰纷纷归附革命军。革命军光复上海后，又有建安、楚有、策电、飞鲸4艘，运输舰登瀛洲1艘、鱼雷艇湖鹏等4艘归顺革命军。11月8日，在长江上游的清海军12艘军舰因缺粮米，也在镇江“同举革命之旗。计归附革命军者，有楚观、楚同、楚谦等12艘军舰”。［20］
至此，前来镇压武昌起义清政府的海军几乎全部归附革命军，这对稳定辛亥革命大局起了极其重要的作用。
第二，壮大革命声威，增援处在危机中的武昌。九江是在武昌首义后的13天就闻风而动，是响应较早、革命势力较强并获巨大成功的地区。“九江是紧接武汉下游的一个大商埠，襟江带湖，为军事重点，也是江防重镇。武汉得此响应，成犄角之势，顿增声威。而扬子江下游各地，于武昌光复后，虽多表同情，但清兵源源南下，人心动荡不宁，九江光复，赣省与扬子江下游，声气得以互通，往来接触，彼此鼓励不少。”［21］
九江革命武装力量陆、海军联合后，马毓宝、林森、李烈钧、蒋君羊、黄钟瑛等举行紧急军事会议，决定：“派蒋君羊率一支队赴南昌，李烈钧领两支队赴安庆援皖，汤铭乡率海容及一部分舰援鄂”。［22］这三支部队进展较为顺利，有力促进了南昌的光复和安徽局势的稳定，也增援了处在危机中的武昌。
11月19日，部分起义海军又从九江上驶抵武汉参加抗击清军队战斗。海筹号的黄钟瑛升任为舰队总司令，奉命攻击北洋军。刚起义的海军官兵无不抖擞精神、英勇杀敌，炮弹命中率很高，与前日攻打革命军时故意不瞄准的状况成为鲜明的对照。这一仗大挫北洋军威势，清军汉口东方阵地几乎全面动摇，使革命军声威大震。
第三，促动镇江起义与南京光复。镇江处于长江咽喉地带，是兵家必争的重镇。镇江驻军第18协36标第一营管带林述庆本是福建学生会的骨干，也是林森的好朋友。在武昌起义后革命风潮的推动下，林述庆也作了起义的准备，但又担心成功的把握性不大而犹疑未定。林森急派友人林知渊前往镇江督促其举义；福建学生会会员林之夏也奔走于南京、镇江、上海之间，策划革命，促其旧部林述庆及时响应。于是，林述庆毅然于11月7日率领镇江新军发动起义，占领全城，成立镇江军政府，林述庆为都督。
镇江起义的胜利和林述庆策动海军南洋舰队12艘军舰反正的成功大大减轻了武汉方面的压力。当清军加紧攻击汉阳的时候，11月22日，以镇江军队为主力的江浙沪联军在镇江誓师，随后向南京进军，于12月2日光复南京，为革命政权奠都南京打下基础。
关于九江起义的意义，恰如吴铁城所言：九江起义“促成革命大局的奠定，可说关系至为重大”。［23］至于林森的贡献，另一位辛亥革命亲历者蔡人奇指出：“辛亥十月武昌起义，响应云从，（林森）公力居多。”［24］诚如所言，林森在民国肇启之时荣膺临时参议院首任议长，其主要因素正是他成功领导九江起义、策动清海军反正、稳定辛亥革命大局等功勋使然。