宫泽无奈宣布解散众议院，提前进行大选。6月23日，羽田和小泽带领44名国会议员，脱离自民党，另立山头，成立“新生党”。羽田任党首，小泽出任代表干事。在《建党宣言》中明确表示要革除自民党的旧弊，“改变日本政治”，创建政治新体制。羽田作为党首游说全国，打出“为了日本政治的再生--追求新保守、新自由”的竞选纲领，在7月18日揭晓的大选中，新生党一举获得55席，比原来增加了19席。在新生党、社会党、公明党、民社党、社会民主联合五党派就建立“非自民·非共产”的联合政权达成协议时，羽田成为联合政权首相的最有力的人选，然而为了拉拢细川护熙的日本新党以终结自民党的统治，羽田放弃了首相职位的竞争，支持细川当首相，作为唯一一个有内阁阁僚经验的人，自己则担任副首相兼外相，组成了八党派的联合内阁，在日本政治史上谱写了新的一页。
1994年4月8日，执政八个月的细川突然辞职，在继任首相问题上执政各党发生意见分歧。老道的阴谋家小泽一郎为了继续实现分裂自民党，排挤或吞并社会党，以实现建立两大保守政党体制的战略设想，打算拥立渡边美智雄，条件是让自民党第二大派阀的渡边从自民党内拉出40名议员加入新生党。这一计划遭到社会党、先驱新党和公明党的反对，渡边犹豫再三，在内部没有得到多少人响应的情况下只好作罢。为了保住联合政权，各方一致推举羽田孜为首相候选人。然而，联合政权内部的矛盾已经明显暴露，先驱新党决定，在下届政权中只进行“阁外合作”。
4月25日，羽田孜在国会的首相选举中获得274票，击败自民党总裁河野洋平（207票）和共产党委员长不破哲三（15票），当选为第80届首相。然而，在羽田内阁尚未真正起航时，在小泽一郎等人的策划下，执政党中的新生党、民社党、日本新党、自由党及“改革之会”，撇开主张多党制的社会党，组成了众议院内统一会派“改新”，议席达到130席，远远超过了执政党内第一大党社会党的74席，意欲组织一个统一的保守大党与自民党抗衡，同时准备从社会党手中夺回国会运营的主导权，控制社会党的反对行为，以巩固羽田政权的基础。然而，社会党委员长村山富市认为此乃背信弃义，4月26日凌晨，也就是羽田当选12个小时后，社会党决定退出联合政权，先驱新党也决定告别联合政权。这样联合政权在众议院的席位降至182个，远低于过半数的256席，羽田内阁沦为国会议席不过半的少数派内阁。羽田再三挽留，均被村山富市拒绝。在“政治空白”17天后，谁料还未启动的羽田政权一时陷入困顿状态。因此，羽田这个主演，已经不再相信幕后导演小泽编导的政治剧本了。“平时靠羽田”，可如今却在这“政治乱世”之时，羽田孜被推上了最高的首相位置，无可奈何中组建了少数派的内阁。这是日本战后第五个，也是1955年以来首次出现的少数党政权，一定程度上已经注定了其短暂的政治宿命。
经过一番讨价还价后，4月28日羽田孜内阁成立，新生党包括首相羽田孜在内有9人，公明党6人，民社党2人，自由党1人，日本新党1人，改革之会1人，民间人士1人。其中新生党占据了法务、大藏、通产、内阁官房等重要职位，居于羽田政权的主导地位。值得一提的是，外相是一周前刚从自民党分裂出来的自由党党首柿泽弘治，一个月前还作为自民党代表在国会上质询细川政府呢，可转瞬间居然变成对手帐下的大将。此际日本政坛风云变幻的乱象，由此可见一斑。《朝日新闻》5月11日发表的舆论调查显示，羽田内阁的支持率为47%，远低于细川内阁成立时的71%，预示了羽田内阁坎坷的前途。
上任后的羽田，5月2日匆匆踏上了欧洲之旅，访问了意大利、法国、德国和比利时，履行上届政府既已确定的访问计划，一是为7月即将召开的西方七国首脑会议做准备，另则是想借机游说欧洲支持日本在1995年联合国创建50周年之际加入联合国，然而，各国首脑在例行的外交礼遇外，并没有对这个“短期政权”承诺些什么。
羽田外访尚未结束，国内就爆发了法务大臣永野茂门歪曲侵略历史的事件。5月3日，永野茂门在接受《每日新闻》记者采访时声称：“南京大屠杀是捏造的”，“把太平洋战争说成是侵略战争的看法也是错误的”，日本的行为“目的不是侵略，而是为了解放殖民地，建立（大东亚）共荣圈”。此言一出，国内外舆论哗然。美联社发表评论认为此事反映出日本对于战争的原因和结果“缺乏基本认识”。英国路透社称“日本法相的发言威胁着日本联合政权与亚洲国家的外交关系”。莫斯科也称这是一种“异常信号”。韩国报纸认为永野的发言是企图复活军国主义的亡灵。中国外交部发言人在回答时事社、美联社等驻北京记者的提问时指出：“南京大屠杀是日本军国主义犯下的严重罪行之一。国际社会对日本侵华战争的侵略性质和南京大屠杀的历史事实早有定论”。
基于此种事态，正在法国访问的羽田孜，不得不于5月4日在巴黎就永野茂门否认侵略事实一事发表谈话，指出宇野关于“南京大屠杀是捏造的”讲话“是不恰当的”。5月7日，羽田一回到日本，就接受了永野茂门的辞呈。仅仅干了十天法务大臣的永野，是因政治问题发言而辞职的第三位日本阁僚。前两位是中曾根内阁的文部大臣藤尾正行和竹下内阁的国土厅长官奥野诚亮。然后，为了挽回此事造成的不良影响，羽田写了一份亲笔信给中国总理李鹏，并通过日本驻华大使国广道彦表示，日本阁僚日前的讲话伤害了中国和各邻国国民的感情，这是非常遗憾的事情，希望中国予以理解。羽田5月10日在国会的施政方针演说中就日本侵略战争表明：“明年是太平洋战争结束50周年。我国过去的行为不仅给我国国民带来很多牺牲，也给近邻各国造成了至今难以磨灭的巨大创伤。日本阁僚日前的讲话引起了近邻各国国民的悲愤也表明了这一点。阁僚的讲话虽已撤回，但事情到了这种地步，令人非常遗憾。藉此机会，我要重新认识日本的侵略行为和殖民统治给众多的人们带来的难以忍受的痛苦和悲哀，并将这种看法传于后世，同时，要在深刻反省的基础上，为创造和平与建设亚太地区光辉的未来而尽力。我相信，这才是日本应该走的道路。”
面对少数党内阁的严峻处境，羽田打出了“改革与协调”的政治方针，争取在野党合作和国民支持，继续推进改革，促使日本经济早日走上恢复的轨道。新官上任三把火，羽田上台后打出了一个颇有吸引力的政策，就是冻结电话、高速公路等公用设施费用的上涨。并且，呼吁国民通过传真，可以直接向首相官邸发送信息，以倾听国民的呼声，充分展现了“大众政治家”的风采。当然，羽田的当务之急首先是在6月本届国会会期届满前通过被细川内阁搁置的本年度预算案；然后，争取尽快在国会通过与政治改革法案配套的众议院小选区比例代表制的新选区划分法案，牵制在野党要求在旧的中选区选举制度下提前大选的动向，力争在新选举制度下实施下届大选；并且将推进以间接税为重点的税制改革。
6月23日，1994年预算案在国会顺利通过，不信任案提出的障碍消除。此前在野的自民党和社会党之所以没有“大举进兵”，进行逼宫，实则是不愿因党争影响国政的正常运行，落个“为不信任案而提出不信任案”的恶名。如今，对于羽田孜内阁，“六月危机”终于来临了。在预算通过后，自民党总裁河野洋平随即向众议院议长土井多贺子提交了对羽田内阁的不信任案。为了阻止不信任案的通过，羽田与昔日盟友社会党展开了多次谈判，希望社会党予以合作，但是双方在朝核问题以及提高税率的问题上，难以达成协议，而且羽田的条件是自己继续担任首相以出席7月即将召开的西方发达国家首脑会议，远不及自民党开出的可以让社会党委员长村山富市当首相的价码诱人。在自民党与社会党已经加强协调合作的情况下，小泽一度打出的与自民党建立“保守联合”政权的试探，亦难以奏效，这种“两面三刀”的做法，无非是进一步激怒了社会党。
25日国会全体会议如若进行表决，自民党联合社会党通过不信任案已是大势所趋。原本羽田可以动用首相权力解散众议院举行大选，问政于民，可是那样就只能是沿用旧的中选区制度，甚至有可能扼杀自己多年来推动制订的小选区比例代表制。当然即使解散众议院举行大选，胜算的可能性也难说有多大。然而，时任内阁官房副长官的石原信雄在接受采访时指出，羽田虽没有明言，但也流露出以解散众议院进行对抗的意思，但在小泽一郎与他长谈后，在进退两难的处境中，羽田不得不选择了内阁辞职这条路。6月25日中午，在国会表决不信任案前半个小时，羽田举行记者招待会，宣布内阁辞职。“平时的羽田”，最终还是在滔滔的政治激流中翻了船，成为永田町的匆匆过客。他之所以能够登上首相的高位，其实还是得益于他稳重实干的人格，然而在这个激荡的转型年代，需要的是拥有能够洞穿艰险、驾驭全局的谋略型政治家，而不是脚踏实地的实干家。短暂的羽田政权，作为“预算内阁”，是联合政权不稳定性或脆弱性的典型反映，表现出了日本政治体制过渡时期的特征。