同时，村山承认“自卫队符合宪法”，“拥有一个最小规模的、以专守防卫为目的的自卫队是十分必要的”。然而，仅仅几个月前在细川内阁担任政治改革大臣的前社会党委员长山花贞夫在国会答辩时还仍然主张：“作为细川内阁成员，我认为自卫队合法，但作为社会党委员长则认为自卫队违宪。”同时，村山放弃了“非武装中立论”，“认为当今随着国际冷战体制的崩溃，其政策性的作用已经完成。”此外，村山还承认“日章旗”和《君之代》是日本国旗、国歌，认可了核电站的设置，同意了提高消费税等。然而，这些政策都是此前社会党一直反对的。同年9月3日召开的第61届社会党大会上，通过了改变政策的决议案。村山政策的调整，实际上是与旧的社会党的诀别，等于彻底为“保守革新对立”的55年体制打上了休止符。
面对自民党时代遗留下的各种问题，村山仔细分析了新政权的特点，决定从那些“非本内阁便无法解决”的问题入手。原先因为社会党和自民党对立而不能解决的问题，现在两党联合下可以讨论解决了，使得一些政策体现了社会党的色彩。1994年12月，在《原子弹医疗法》和《原子弹受害者特别处置法》的基础上，追加“特别葬祭支付金”条款，通过了《原子弹受害者援护法》。就长期悬而未决的水俣病问题，政府承担了相应的责任，患者团体、相关企业和国家三方达成协议，向受害者支付了赔偿，实现了和解。
村山当选首相后，带着一个手提箱、一套被褥和两套西服，一个人搬进首相官邸（妻子身体不好，住在老家大分），旋即穿梭般地展开日本外交。几天后的1994年7月6日，村山穿着刚刚赶制的一套新西服前往意大利那不勒斯出席西方七国首脑会议。由于缺乏外交经验，70岁的村山精神紧张，加上旅途劳顿，竟然因腹泻脱水，缺席全体首脑会议，不得不让副首相兼外相河野洋平代劳。此前举行的日美两国首脑会议，则消除了美国对村山这个所谓的“社会主义者政权”的戒心，美国认为村山是“一位与我们预测完全不同的人”，“是值得对话的内阁。”翌年1月11日，村山如约访美，与克林顿进行了首脑会谈，强调建立“面向21世纪的日美协调关系”，进一步加强双边关系及安全合作。双方约定同年11月克林顿访日时，发表《日美安全联合宣言》，结果因9月发生冲绳美军强暴日本少女事件，在反美的抗议浪潮中，克林顿借故取消了访日计划。
随着第二次世界大战结束50周年的临近，如何对待历史问题，开展亚洲外交，成为村山必须面对的重大问题。村山费了一番心思，力求通过反省历史问题，构筑与亚洲各国的友好信赖关系，实现相互之间的和解。7月23日，村山访问韩国，与金泳三总统举行会谈，首先村山低头致歉：“对二战前和二战期间日本的殖民统治予以反省，真诚地表示歉意。”
一个月后的8月23日，村山首相又踏上了“谢罪与面向未来的亚洲之旅”，先后访问了菲律宾、越南、马来西亚和新加坡四国，在加强经济合作，密切双边关系的同时，表示了道歉和反省的意思。特别是8月28日，村山不顾国内反对势力的压力，坚持在新加坡前往参观“血债之塔”，即日本占领时期新加坡华人大屠杀遇难者纪念碑，鞠躬默哀，前后两次。村山成为第一个参拜该纪念碑，并“向战争中死于日本人刀下的死难者献花”的日本首相。事前，日本外务省没有将参观纪念碑列入日程，闻讯村山要去参观，外务次官特意赶到首相官邸说：“希望不要去参观，村山总理去的话，以后到访的首相都得去”，村山则坚持道：“这件事不用你管。我想去，所以就去。不想去的人，就别去。请你别操多余的心。”
1995年5月2-6日，村山富市应邀访华。选择这个特殊的年份访华，应该说也有着特殊的政治意义。5月3日上午，村山与李鹏总理举行了会谈，在谈到第二次世界大战的历史时，村山说：“日本的侵略行为和殖民统治，给中国及其他亚洲国家带来了灾难，对此日本表示深刻反省。日本愿以二战结束50周年为新的起点，决心走和平发展的道路，决不当军事大国，并以中日联合声明及和平友好条约为基础，同中国建立长期稳定的友好关系。”下午，村山首相在向人民英雄纪念碑敬献花圈之后，一行驱车卢沟桥，参观了中国人民抗日战争纪念馆，最后提笔留言：“正视历史，祈日中友好、永久和平。”这一题词赢得了在场两国人士的热烈掌声。村山也成为第一个访问抗战纪念馆的日本首相，有着特殊意义，受到国内外的关注。
为了表示对过去战争的人道反省，促进与亚洲邻国的和解，村山还采取了一些具体措施。比如，1994年村山内阁决定出资1000亿日元，制订了一项长达十年的“和平友好交流计划”，以促进历史方面的研究，推进日本与亚洲国家的各种交流。此外，为了解决慰安妇问题，1995年7月，村山政权以官房长官五十岚广三为中心组成了官方管理的民间捐款团体“亚洲妇女和平基金”。
村山的目的是希望借二战结束50周年之机，与过去划清界限，一劳永逸地解决历史问题，真正地“回归”亚洲。然而，日本政界的一些势力“逆流涌动”，没有勇气和信心承认侵略，始终不愿面对这段不光彩的历史。1994年8月12日，环境厅长官樱井新在内阁会议商讨来年日本在二战结束50周年时应有何举动的问题后对记者说：“日本并非想发动侵略战争而进行了那场战争”，“不应当只认为日本坏”，“亚洲大多数国家因此摆脱了欧洲的殖民统治，获得了独立，教育也普及了”等等。8月14日，樱井新任职45天后引咎辞职。同年10月24日，通产相桥本龙太郎在众议院税制特别委员会会议上答辩时，否认日本发动太平洋战争的侵略性质。1995年8月9日，文部大臣岛村宜伸炮制出“是否是侵略战争，属于思想方法问题”的谬论。
村山力主推动的国会“非战决议”，遭到执政党自民党213名议员成立的“终战50周年国会议员联盟”（1994年12月成立）的阻挠，新进党的部分议员也表示反对，结果联合执政三党拟定了一个态度暧昧、避重就轻的妥协方案。1995年6月9日，日本众议院在新进党缺席抵制、还有部分自民党和社会党议员未出席的情况下，以刚够法定半数通过了“以历史为教训重申和平决心的决议”，即通称的“非战决议”。其核心要点是“本院在对世界近代史上许许多多殖民统治和侵略行为进行回顾时，认识到我国过去进行过的这种行为及给予他国人民特别是亚洲各国人民带来的痛苦，对之表示深刻的反省。”村山本人反省的本意，不能否认，可是这个“非战决议”的出台，反倒让人们不得不怀疑日本反省的诚意，招致了世界各国舆论的批评，认为“日本失去了一个对侵略和殖民统治谢罪的最好机会”。
1995年8月15日，村山首相发表了关于战后50年的谈话，他指出：“我国过去不远的一段时期，国策错误，走上战争道路，使国民陷入生死存亡的危机，由于进行殖民统治和侵略，给很多国家，特别是亚洲各国人民带来极大的损害和痛苦，我为将来不再犯错误，虔诚地接受这些无可怀疑的历史事实。在此再次表示沉痛的反省、由衷的歉意。同时对因这段历史而受害的国内外所有牺牲者深表哀悼。”这是日本首相第一次在正式声明中承认日本侵略，并表示道歉，是战后以来日本首相对战争和历史问题最明确的表态，成为以后历届日本内阁所遵照的认识“标准”。
同日，村山在东京书面回答《人民日报》记者提问时，重申了“村山谈话”的精神，郑重表示：“在战后50周年之际，痛切反省由于我国的殖民统治和侵略对中国人民造成的巨大损害和痛苦，在此表示衷心的道歉。”这是日本首相第一次就日本侵华明确表示道歉。
在战后50周年之际，国内接踵而至的天灾人祸，使村山陷入上任以来最大的危机。1995年1月17日，日本发生阪神大地震，是日本关东大地震之后72年来最严重的一次，也是日本战后50年来所遭遇的最大一场灾难。大地震暴露了政府在危机管理体制方面的诸多问题，村山政府被指责救援不力。3月20日，又发生了奥姆真理教制造的东京地铁沙林毒气杀人事件。日本国内朝野恐慌，世界各国高度关注，因为如此大规模的恐怖活动在日本尚属首次。一连串的事件打破了日本“安全国家”的神话，搞得村山疲于应付，不安的气氛弥漫于整个日本列岛。
沸沸扬扬的舆论未及平息，9月4日，就发生了美国海军士兵强暴冲绳少女事件。这一事件激起了冲绳人民的愤怒，迅速波及整个日本列岛，持续不断的抗议浪潮自1960年“反安保”运动以来所未曾有过，日本反美的情绪达到了三十余年来的高潮。原本日美双方准备在1995年11月通过首脑会谈发表“联合宣言”，“重新定义”日美关系，结果该计划不得不一推再推。同时，美军在冲绳驻军的部分用地手续将于1996年4月到期，需要更新，而冲绳县知事大田昌秀拒绝在美军用地手续上签字，1995年12月7日，村山首相不得不根据《地方自治法》，违心地向日本最高法院起诉大田，要求法院督促其“履行公务”。首相状告地方官，日本历史上未有先例。
而更令村山挠头的是，泡沫经济崩溃以来，日本经济长期低迷，由此暴露的住宅金融专门公司的巨额呆账及坏账问题，成为众矢之的。国内舆论的矛头纷纷指向村山内阁，要求明确金融机构以及行政当局的责任。
面对纷繁的政务，村山颇感力不从心。关键问题是，新进党成立后，沦为众议院第三大党的社会党的委员长村山，不仅要与联合政权内第一大执政党自民党协调政策，以对付政权外新进党等在野党的攻击，而且作为委员长，必须面对党内走向分裂的局面，在两大保守政党的夹缝中求生存。1995年5月，原社会党委员长山花贞夫离开社会党，7月社会党在参议院选举中惨败，村山一度曾表示辞职由第一大党自民党来组阁，但先驱新党党首武村正义反对，自民党总裁河野洋平也希望他继续执政。最终，在社会党即将举行改组时，1996年1月5日，村山在记者招待会上突然发表辞职声明，561天的首相生涯划上句号。1月19日，日本社会党正式更名为“社会民主党”，村山富市出任首任党首。在同年众议院大选中，社民党仅仅获得了15个议席，可以说55年体制下一直平均保持上百议席的第一大在野党社会党，至此已经是名实俱无了。
村山政权的任期超过了人们的预期，但仍是一个过渡性的政权。可以说其帮助自民党在短期内重返政权，避免了自民党的进一步分裂。村山领导的社会党，因加入联合政权，也摘掉了“万年在野党”的帽子；然而村山在政策上的大转弯，使得社会党失去原来的本色，迅速走向了分裂衰败，标志着有着50年光荣护宪传统的“战后社会党”的消亡，也标志着以“保守、革新对立”为特征的55年体制的终结。
内阁官房副长官石原信雄说，村山是历届内阁中解决悬案最多的朴实无华之人；社会党有人说他是毁掉社会党的“罪人”；也有人说他是日本的“卖国贼”。有的不辩自明，有的可留待历史评说。