自中国改革开放以来，桥本先后多次访问中国。1979年7月，桥本率团来华领取被美军击沉的“阿波丸号”的遗骨。中日友好医院是1979年日本对华无偿援助项目，作为厚生大臣，他还为出席中日友好医院的奠基和落成典礼而专程访华。1982年、1988年，桥本分别率领日本剑道代表团和日本登山队访华。1990年5月，他作为日本大藏大臣访华，成为北京政治风波之后西方国家第一个访华的部长级官员。他多次对美国表示，要支持中国早日加入世贸组织。
然而，由于桥本在战争认识上的态度，他被认为是日本自民党内的“鹰派人物”。他曾长期担任“大家都来参拜靖国神社国会议员会”会长和“日本遗族会”会长，每年从不间断地以公职身份参拜靖国神社。1985年10月，他曾对中曾根首相中止参拜靖国神社表示不满。1992年10月，他又声称“军人家属无法理解政府称其战死的丈夫为侵略者。”1994年10月24日，时任村山内阁通产大臣的桥本在众议院税制改革特别委员会上，虽然承认日本“侵略过中国”，“对朝鲜半岛实行过殖民统治”，但不承认对亚太其他国家的侵略，认为“是否是侵略，是一个相当微妙的问题”。1995年8月15日，桥本再次参拜靖国神社时称：“我不想强迫别人，但希望不要妨碍我的感情”，“我是作为日本遗族会会长参拜的，不是私人性质的”。
桥本出任自民党总裁后，1995年10月辞去了日本遗族会会长职务。当选首相后的1996年1月26日，桥本在第136届参议院大会上回答日本共产党议员立木洋的提问时表示：“我们必须谦虚地承认这一事实，即在过去一段历史时期，由于我国的殖民统治和侵略，给许多国家，特别是亚洲各国造成了巨大的损害和痛苦，在对此作出深刻反省的基础上，应尽力为世界和平与繁荣做出贡献。”在记者问起南京大屠杀时，桥本认为：“具体数字另当别论，我认为有此事。”关于日军“慰安妇”的赔偿问题，桥本也表明，从国际法上讲战争赔偿问题已经解决，但从道义上讲可以考虑通过民间基金方式给予一定补偿。据报道，桥本还向“亚洲妇女和平基金”捐赠了15万日元。
关于靖国神社的参拜问题，1996年5月，桥本表示，“既然进了首相官邸，8月15日就不能去了”，但“并非不能以私人方式去”。然而，同年7月29日，在他59岁生日那天，桥本参拜了靖国神社，自中曾根1985年参拜以来，时隔十一年成为又一个正式参拜靖国神社的日本首相。桥本此举再次对中日关系产生了消极影响。诚然，桥本的这种“反复”或看似前后矛盾的行为，可以从他所谓的“个人感情论”中作出一些解释。那就是他曾说过，他的堂兄和小学老师当年出征前曾跟他说过“靖国神社见”，可他们一去无回，所以出于个人感情前往参拜，而不是参拜甲级战犯。抑或从他的成长经历中，寻找某些“令人信服”的答案。出身于抗日战争全面爆发的1937年，成长于战后新宪法时代的他，戏称自己为“三明治中的火腿肠”，一边是战前的老一辈，一边是战后的新生代，所以他一边参拜靖国神社，一边推崇战后民主改革。
但需要着重指出的是，通过前后比较日本历任首相就会发现，作为日本的执政者或政治家，其之所以在台上和台下、或在不同时期出现不同的“钟摆式”表现，正是日本著名政论家若宫启文先生在其著作《和解与民族主义》中提出的“翌年法则”的反映，即日本所谓的“回归传统”的民族主义的大事，都是出现在与亚洲实现和解的第二年。桥本参拜靖国神社的行为，可以认为是在1995年“村山历史认识的谈话”和桥本辞去日本遗族会会长之后，“翌年法则”在桥本首相身上的体现。作为日本自民党政权的政治家，在推进与中国等亚洲国家关系的同时，不得不“巧妙地接受右翼的要求”，向遗族会证明自己的态度。归根结底，一个根本性的决定性因素，就是像前首相中曾根在回答社会党土井多贺子有关取消参拜的理由时解释的那样，“国际关系不可能一厢情愿。特别是涉及亚洲各国的国民感情时更是如此。如果不是按照这样的国际理念行事，最终将损害日本的国家利益”。于是，在中韩等国的强烈抗议后，桥本在首相任内没有再参拜过靖国神社。
1996年由于日美同盟再定义、对华经济援助政治化、钓鱼岛问题和参拜靖国神社等的影响，中日政治摩擦升级，双边关系一度跌入低谷。1997年是中日邦交正常化25周年，桥本将此作为改善中日关系的良好时机。他在新年年初（1月20日）的施政方针演说中明确指出：“无论从历史上看，还是从地理上看，日本都是亚太国家。亚太地区维持、实现以开放的区域合作为基础的政治稳定与经济发展的良性循环，对我国外交极其重要”，“日美中任何一组双边关系的改善，都有利于亚太地区整体的稳定与发展……两国国民衷心祝福建交25周年，相互信赖基础为两国关系的，努力发展中日关系支持中国早日加入WTO，促进中国与国际社会进一步融合。”
1997年9月4-7日，桥本首相访华，与江泽民主席、李鹏总理等中国领导人进行了会谈，双方就中国加入世界贸易组织问题发表联合声明，宣布在此问题上的双边谈判已经取得了实质性重大进展。桥本还在中国国家行政学院作了题为《新时代的中日关系》的演讲。他从四个方面强调了中日加强“对话与合作的重要性”，即中日是地理上的邻邦；历史上有着密切的关系；文化上具有共通性；在地区及世界范围内担负着责任。此后，桥本前往沈阳参观了“九一八”纪念馆，写下了“以和为贵”四个字，成为第一个走进该纪念馆的日本首相。他公开对中国记者表示，“日本人再健忘，也不会外忘记‘九一八’。历史是可以学习的，但历史是不能改写的。”
自认为“政策通”的桥本在全力推进改革的同时，却误判了经济形势，没有处理好改革与经济景气的关系。1997年4月，桥本内阁将消费税由3%提高到5%，又取消了连续两年实施的特别减税措施，抑制了民间消费，加剧了通货紧缩，造成刚刚走上复苏轨道的经济持续滑坡，成为在野党攻击的口实。在1996年10月众议院大选中一度获胜的自民党，曾期望桥本成为一个长期政权，谁料1998年4月民主党势力进一步扩大，在同年7月第18届参议院选举的角逐中，自民党惨败，失去参议院第一大党的地位，日本国会史上出现第二次“非常国会”。在参议院选举失败后的第二天，即7月13日桥本被迫引咎辞职。
踌躇满志的桥本离开首相位置后，被授予了一个“外交最高顾问”的头衔，协助处理日俄关系。2000年7月，小渊惠三病逝后，桥本被推选为派系领袖，小渊派也改名为桥本派。同年12月，森喜朗改组内阁时，邀请桥本担任行政改革担当大臣并兼任冲绳开发厅长官，继续推进其在位时未竟的中央省厅等的改革事业。桥本的工作态度，赢得了不少官僚和政客的赞誉。桥本将成为森喜朗后继者的传言，不能不说是桥本欲谋求再度复出的印证。在森喜朗下台后，桥本果然披挂上阵，与小泉纯一郎等展开了一场自民党总裁的竞选大战，最初呼声很高的桥本，最终败在了“小泉旋风”之下。2004年7月，桥本因卷入“日本牙医协会”一亿日元政治资金的丑闻，被迫辞去派阀领袖职务，并表明了从政界引退的意向。2005年8月的众议院大选中，桥本正式退出，次子桥本岳成为后继者当选。
卸任首相后的桥本依然热心推进中日友好事业。1998年10月，为纪念《中日和平友好条约》签署20周年，桥本专程访华。2005年4月，他作为日本国际贸易促进协会第32次访华团团长带队访华。小泉执政时期，在中日关系发展遇到困难的情况下，引退后的他仍于2006年3月30日作为日中友好七团体联袂访华团的团长来到中国，受到胡锦涛主席的会见。桥本对《中国经济周刊》记者表示：“两国只有在政治外交上成功，才能在经济合作上取得成绩。”同年4月18日，他再次率领日本国际贸易促进协会访华团访华。此前积极参拜靖国神社的桥本，还曾连同其他七位日本前首相宫泽喜一、村山富市、森喜朗、海部俊树、中曾根康弘、细川护熙以及羽田孜，提议督促小泉停止参拜靖国神社，认为“小泉继续参拜将给日中关系带来不良影响”。
2006年7月1日，一代“剑客首相”桥本龙太郎因病在东京去世，享年68岁。日本各界一片震惊和惋惜之声。《读卖新闻》将桥本起伏跌宕的一生总结为“光影交错的政治家人生”。《日本经济新闻》则评价说：“桥本的墓碑上应该刻上‘改革’的字样。”