战而不胜，无法“以战迫和”，李鸿章只有再次求助国际调停。他对清廷官场及国民性了解得越深，就觉得应该尽早求取和平，早和一天就会少一分损失。在美国的斡旋下，日本同意谈判，但地点“必须在日本国内选定”。后为了扩大军事成果以便获得更多的勒索，借故中方派遣的和谈代表不过局长级人物，以全权不足不合国际谈判惯例而予以拒绝。并有意透出口风，希望恭亲王或李鸿章前往日本谈判。
战也不成，和也不成。此时，主战派不知所措，光绪帝更是急得声泪俱下：国家社稷怎么办啦？军机大想商议，除了派李鸿章赴日求和外，别无他法。当然，也可派恭亲王前往，可大家心里都十分清楚，求和历来就是一件屈辱的差使，一桩不光彩的事情，作为皇族重要成员的恭亲王，清廷自然不会让他前往日本承担骂名。
在谈判中，李鸿章据理力争，尽可能地减少损失，早日达成和议。而日方一方面在北塘、大沽一带展开军事行动施加压力，一方面盛气凌人地刁难以获取最大利益。就在双手相持不下之时，一位刺客帮了日本的倒忙，使得李鸿章在谈判中多少占据了一点主动。李鸿章在第三次会议结束后与随员们一同返回行馆时，日本青年小三丰太郎趁机对准他的左脸开了一枪。李鸿章当即昏倒在地，鲜血从面颊流下染红了衣襟。
李鸿章被紧急送往医院，醒来后表现极为镇定，而内心却是百感交集。他年已七十有三，如果就此壮烈死去，倒也能够博得一个以身殉国的美誉。可是，命运却安排他活着，继续面对无尽的屈辱与灾难。他嘱咐随员将那件染有斑斑血迹的衣服保存下来：“此血可以报国矣。”并占诗一首：“劳劳车马未离鞍，临事方知一死难；三百年来伤国步，八千里路吊民残。秋风宝剑孤臣泪，落日征旗大将坛；寰海尘氛纷未已，诸君莫作等闲看。”
既然大难不死，他首先想到的就是不能因为自己遇刺而延误和谈。医生当时未能找出子弹位置，后知嵌入左眼下的骨头缝中，打算开刀取出。李鸿章担心取出枪弹需静养多日，不由得坚决反对道：“国步艰难，和局之成，刻不容缓。我焉能延宕以误国乎？死生有命，我宁死无割。”一颗子弹，就这样永远地留在了他的身上。而比子弹更为寒心的则是误解，是“卖国贼”之类的骂名永远刻在他的心头。
作为世界上最负盛名的中国政治家与外交家，李鸿章在日本遇刺，招来国际舆论一片谴责。天皇极为恼怒，谕旨痛斥凶手“下贱无礼，极为可恨”。日本首席谈判代表伊藤博文与副代表陆奥宗光更是担心李鸿章以负伤为借口中途归国，引来欧洲列强干预，这才迫不得已地无条件停战。
据美国公使田贝所言，李鸿章赴日之前，就料到可能遭到暗杀。面对穷凶极恶、贪得无厌的日本帝国，他以生命为代价，抱伤继续谈判，寸步不让，寸土必争，尽管使赔款减少三分之一，割地减少近二分之一，算得上不辱使命，也只是签订了一个被国人视为卖国的《中日马关条约》。
“四万万人齐下泪，天涯何处是神州？”弱国无外交，败国更是不存在平等外交！痛苦与屈辱深深地刺伤了李鸿章，他发誓今后一辈子也不踏上日本土地。签约第二年，李鸿章访美归国途经日本，须在横滨港换乘轮船。船抵横滨，日方已于岸上为他设好供品行馆，欲以上宾礼热情款待，虽经多次邀请，他坚辞不就，并自锁其门以示拒绝。日本外务部派人看望，他也只在船舱予以接见。可要换船，就得踏上码头，或以日本小船搭渡，为践行“终生不履日地”的诺言，李鸿章既不上岸，也不愿借助日本小船。随员百般劝解，他就是犟着一股牛劲不肯依从，最后只好采取权宜之计，在两艘轮船之间搭起一块跳板，冒着失足掉落大海的危险将他从美轮扶上招商局的轮船。
在情势逼迫之下，光绪帝不得不违心议和，无奈地签下马关和约，便将一肚子怨气发泄在李鸿章身上。先是让李鸿章的儿子李经方作为副使一同赴日谈判，后又让李经方办理台湾割让日本事宜。李鸿章自然不愿儿子与他一同绑在“卖国贼”的耻辱柱上，就像曾国藩在处理天津教案为他这个弟子推卸责任一样，于是恳请朝廷收回成命。光绪帝上谕不仅不准，而且严加申饬，迫令立即前往。李经方只得启程赴台，办完交接手续，便于当天匆匆离开台湾，避居上海，不再进京复命。
曾国藩在世时，一切责任与骂名都有他给李鸿章这位后继者担着顶着。当他一旦长逝，李鸿章便如断奶的婴儿，尽管政治、事业仍不断攀升，可个人声誉却开始走下坡路不断跌落了，且越跌越深，最后几几乎跌入万劫不复的深渊，正所谓“权倾一时，谤满天下”。
1895年4月，当李鸿章脸上绑着绷带，带着未愈的枪伤回到国内，他发现自己成了举国公愤的历史罪人：光绪帝怨恨不满，大臣说他丧权辱国，有人参奏他遭受枪击“非真中枪也，恐人议与倭通，故假捏之耳”，民间说他收受日人大量贿赂，连儿子李经方也成了日本收买的密探，更有人伺机而动欲杀掉他一雪国耻……以此为出发点，出于某种功利的需要，经由宣传机器不断扩大误导，似乎近代中国的一切黑暗与混乱，诸如外敌入侵、落后挨打、民生凋敝、半封建半殖民地统治等等，大多由“汉奸”、“卖国贼”李鸿章一手造成，于是乎，李鸿章一直成为罪恶的象征。
当然，也会有人站出来为他说上几句公道话，比如主张洋务的恭亲王当时就为李鸿章辩护，说“中国之败全由不西化之故，非鸿章之过”。可这种声音实在过于微弱，很快就被刺耳的喧嚣淹没得一干二净。
然而，每当国家局势被一般无识颟顸之人弄得靡乱不堪、危机丛生、危险四伏之时，出来收拾残局的，还是李鸿章。环顾朝野，也只有他堪当如此重任。李鸿章总在关键时刻，以个人荣誉换来短暂的和平与宁静，使得羸弱不堪的大清帝国缓过一口气来，不致四分五裂、土崩瓦解。
八国联军侵华，此时的李鸿章已远离京城，外放广州署理两广总督。慈禧与一帮守旧派借义和团之手盲目排外，被利用的义和团打着“扶清灭洋”的旗号，在山东、直隶境内烧毁教堂，杀害洋人，后又进入北京攻打外国使馆。闹到最后，慈禧太后竟歇斯底里地向英、法、德、俄、日等十一国列强同时宣战，并令封疆大吏李鸿章等人“北上勤王”。李鸿章深知国家之积弱，一国都不能取胜，何况十一国列强？因此，“若不量力而轻于一试，恐数千年文物之邦，从此而已。”他所能做的，就是尽量控制事态，力挽危局。李鸿章一面电令攻打使馆的董福祥将军减缓攻势保住使馆，一面回电清廷“此乱命也，粤不奉诏”。一直观望、询问的两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、闽浙总督许应、四川总督奎俊等人在获悉李鸿章的电文内容后，共同确定抗旨不遵、东南互保的原则，这才使得大清帝国的东南半壁江山免于列强的战火侵袭与残暴蹂躏。
八国联军很快进占北京，慈禧太后与光绪皇帝一行仓皇出逃。这时，“汉奸”李鸿章一时间又为中外人士所瞩望，认为只有他北上才能平息战端。“每当满清政府把这个巨大的帝国带到毁灭的边缘，他们唯一必须启用的人就是李鸿章。”于是，清廷开始一而再、再而三地下诏，要求他“迅速来京，毋稍刻延”。如果说李鸿章对甲午战败负有不可推卸的严重责任，由他赴日谈判，也算咎由自取，而此次战端，与他并无半点干系，他本可以将一应责任推得一干二净，可国家处于危难之际，他能坐视不管吗？
清廷给他的电谕一天紧似一天：“该大臣受恩深重，尤非诸大臣可比，岂能坐视大局艰危于不顾耶？著接奉此旨后，无论水陆，即刻启程，并将起程日期速行电奏。”他只有不顾个人安危，不惜个人毁誉，以七十七岁高龄风尘仆仆地赶赴京城谈判。
李鸿章再次被推到了历史的风口浪尖！
谈判需要底气、筹码、力量与后援，可李鸿章所能凭恃的，就是一张嘴皮，一颗对朝廷的忠心。
一番唇枪舌剑百般斡旋，李鸿章受尽屈辱据理力争，总算以抱病之躯，与列强达成了辛丑和约。
条约签定，联军开始撤退，李鸿章病情渐重，饮食不进，忽冷忽热，咳嗽不止，无法坐立。尽管如此，李鸿章仍牵挂着时局与未来，在上报和约签订情形的奏折中写道：“臣等伏查近数十年内，每有一次构衅，必多一次吃亏。上年事变之来尤为仓促，创深痛巨，薄海惊心。今议和已成，大局稍定，仍希朝廷坚持定见，外修和好，内图富强，或可渐有转机。”
战乱之际，国人企盼和平，对李鸿章翘首以待。“鸿章既受命，朝局始有转机，都人皆置酒相贺。”对他素有好感的人说他临危受命是爱国英雄，“黄花晚节，重见芬香”；就连昔日仇敌也恭维他公忠体国、老成谋国，乃国之栋梁、“当代第一伟人”。可一旦和约签订，危殆解除，情势便急转直下，李鸿章又成了众人指责斥骂的对象。“卖国者秦桧，误国者李鸿章。”此言一时间传遍大街小巷、乡陌闾里。
由于时代环境、文化传统、历史背景、个人识见所限，李鸿章在处理对外关系时，确曾出现过一些失误。对此，我们可以称之为“误国”，但他绝无“卖国”之举。误国属处置不当，过失错误，有失职渎职之责；而卖国，性质则完全不同，属有意出卖国家主权与利益。李鸿章不仅没有卖国，还无时无刻不在维护国家权益。西方一致公认李鸿章“无疑是一个真正的爱国者，他始终在尽他最大的努力来维持他国家的利益，但遗憾的是，他手中的筹码太少了”！比如训练淮兵、海军时，他总是限制聘用的洋教习，将实际指挥之权掌控于自己之手。在外交场合，他从无奴颜婢膝之举，总是维护自己的尊严，连外国人也说他过于孤傲。1897年，李鸿章接见法国公使施阿兰，没想到此人少年得志，十分傲慢，根本不把李鸿章放在眼里。于是，李鸿章决定给他点颜色瞧瞧，突然转换话题道：“阁下贵庚多少？”施阿兰如实以告。李鸿章不禁哈哈大笑：“原来你与我孙子同岁啊，那年在巴黎，我和你祖父倒是谈得很投机，不知你是否记得？”施阿兰闻言，再也不敢轻佻，此后见了李鸿章总是毕恭毕敬。
平心而论，不论是中日谈判，还是与联军签约，整个满清朝廷，不会有人比李鸿章办得更加圆满，只能是更其糟糕。在外国人眼里，他们不知有清朝，却知道中国有一个李鸿章，“外国使节认为在中国可能作为理智谈判对象的一人也是李鸿章”。因此之故，洋人可以不买清廷的账，却不得不买李鸿章的账。
李鸿章最大的卖国嫌疑，是1896年率使团赴俄参加沙皇尼古拉二世的加冕典礼时，与俄国签订《中俄密约》（又称《御敌互相援助条约》）。据说俄人为获得中国利益，在签约时私下里给过李鸿章一笔“回扣”。有人言之凿凿，有人考证后发表文章认为纯属谣传。收受贿赂一事难以证实，但由他签下的《中俄密约》的确后患无穷，给中国带来了深受的灾难。
中国甲午战败后，俄国出于本国利益，曾联合德、法共同干涉，迫使日本放弃割让辽东，后又主动以年息四厘的低息借给清廷一亿两白银作为日本赔款。这两件事情都使得清廷对俄国人充满好感与感激，于是，国内出现了一片联俄制日的呼声。正是在这种背景之下，俄国以共同防止日本侵略为由，诱使李鸿章签订了中国与外国的第一个军事同盟条约《中俄密约》。俄国订约的目的，并非真正与中国携手对付日本，而是单方面在华获得种种权益，特别是修筑中东铁路之权，借此将俄国势力渗入东北三省。