也许是参研学问过于用心刻苦之故，1885年3月，康有为突然头痛大作，并影响到眼睛，“不能视文字”。如果是短暂的疼痛，忍一忍，也算不得什么，可一连就是好几个月。他无法忍受，又不得不忍受，于坐卧不安中，每天只好用毛巾裹住脑袋，呻吟着在室内无可奈何地转来转去。母亲遍请名医高手前来医治，均感束手无策。时间一长，连康有为自己都感到绝望了，不禁默默地整理过去的笔记手稿，等待死神降临。康有为相信天命，以为人的一生全由上天安排造作，他还特别迷信风水，热衷扶乩问卜，所以他并不惧怕死，并对自己能够综合古今中外之学，“既闻吾道，既定大同”十分满意，可以平静而无憾地死去了。
结果自然是没有死成，救他一命的竟是那些购回的西书。平静等死的日子里，康有为开始研读西医之书，并如法炮制西药，以自己为试验品服用疗治。凭着几本西医书籍，康有为竟然妙手回春、起死回生，病情有所好转后，又在西樵山白云洞隐居调养一段时间，第二年春天，便恢复如初了。
从此以后，康有为更加信服西学，并将阅读研究的重点，由自然科学转向社会、哲学、历史、政治、教育等“泰西之政”。
与一般人不同的是，康有为对科举功名并不热心，于多次落第，他自己真的一点也不在意，长期不倦的刻苦攻读，只以求学问道为旨归。正因为超然于个人的功名利禄之外，于科举也就显得无所谓了。也许是儿时天资过于聪颖出众，师长过于宠爱夸奖之故，康有为从小就显得颇为自负，自视甚高，“以经营天下为志”，性情严肃，不苟言笑，活像一个小大人。这种自负与自傲并未随着科举失意的打击有所收敛，反而随着学问的精进不断增强，有时竟达到了不能恰如其分地认识自己，乃至目空一切的地步。他所追求的，是一种经天纬地、包容宇宙的大视野、大学问、大道德、大理想。哪怕陷入走火入魔、如痴如狂的境地，也不同于洪秀全科举打击的染病谵妄，而是参悟求学所致。他先是在儒圣孔子身上吸取营养，以“正心、修身、齐家、治国、平天下”为理想；参禅问佛后，便以释迦牟尼为榜样，欲拯救灾难深重的民众于困厄苦海之中；而西方文明的强烈刺激，于西学的不断钻研，更是激发他以圣人为榜样，改革传统社会的意志与决心。与此同时，他仍一个劲地坚持科考，早先是出于母亲及家族长辈的督责，后来则是希望博取功名、占据要津，以便更好地改造社会，实现自己的远大抱负与宏伟目标。
康有为介入社会、干预政治、实施抱负的最初途径，主要是上清书、开学堂、著新书。
光绪十四年（1888年），康有为利用再次赴京应顺天乡试的机会，于12月10日大胆向光绪帝上书，这便是有名的《上清帝第一书》。
在五千多字的上书中，康有为字斟句酌，话说轻了，无疑隔靴搔痒，重了又有触犯“龙颜天威”之险。他向光绪分析内忧外患的严重局势，针对朝政弊端，提出了“变成法、通下情、慎左右”的变法主张。“变成法”就是要打破祖宗之法不可变的传统观念，变法兴治，“十年之内，富强可致”；“通下情”，是希望皇上礼贤下士，集思广益；“慎左右”，认为作为国家的最高统治者，皇上应该明辨忠佞，去奸臣，近忠良，以一身正气带动百姓，共同治理朝政。
在等级制度严格异常的封建社会，作为一介没有任何功名的布衣，康有为并无上书皇帝的资格，试图通过他人代递传呈，也没有成功。上书虽未呈达光绪之手，但其内容却感染、激励着无数书生百姓，一时间，《上清帝第一书》被人广为传抄，康有为的名气，也开始在京城慢慢“唱响”。
“抚剑长号归去也，千山风雨啸青峰。”上达天听受挫，康有为回到故乡，一方面潜心著述，一方面收徒讲学，传授新学，培养人才。
光绪十七年（1891年），康有为在拜门弟子陈千秋、梁启超的邀请下，先于广州闹市中心的长兴里邱氏书屋开堂讲学，后因“来者日众，旧址不敷周旋”，校址一移到卫边街邝氏祠，再移至广府学宫文昌殿后的仰高祠，正式命名为“万木草堂”，取万木培植成栋梁之意。学堂所收学生，不论门第贵贱、年龄大小、学问高低，只要接受维新变法理论，皆可进入深造。招生方式别具一格，授课更是别开生面。康有为根据自己的求学问道经验，从变法的需要出发设置课程，以孔学、佛学、宋学（陆王心学）为体，以史学、西学为用，可谓上下古今兼顾、中西文理俱备。
康有为每天都要给学生授课四五个小时之久，所讲内容“以穷理创义为要旨……求广大之思想，脱前人之窠臼，辟独得之新理，寻一贯之真谛”。此外，学生主要靠自己读书、写笔记。万木草堂有一个藏书丰富的图书室，据学生回忆，“是以康先生所藏书为基础，同学们家藏的书，则自由捐献”而成。学堂“每人给一本功课簿，凡读书有疑问或心得即写在功课簿上，每半个月呈缴一次”，然后由康有为批示作答。学堂不分年级班次，也没有考试制度，“全在功课薄上窥察各人造诣之深浅”。应该说，万木草堂不仅是中国第一座引入西学为传授内容的新式私人学堂，也是第一座以素质教育为主的学校。
康有为切入社会的方式无疑是十分高明的，对上，呈书以打动皇帝；于下，通过培养一批维新变法的知识分子骨干力量，从而启迪、唤醒广大民众。“草堂徒侣，康门弟子，其全盛时，数以千计，盖遍于各省矣。”据统计，从1891年最初的长兴学舍，到1898年清廷下令封禁，万木草堂先后培养学子达三千余人，不少成为维新变法的栋梁之材。
从学问到实践，从底层到上流，康有为经过一番不懈探索，对社会现实，也算有了相当深刻的认识。他清醒地意识到几千年封建专制统治的荼毒之深，改革之艰与变法之难，决心从理论方面入手，推翻顽固的守旧体系，树立崭新的变法思想，以达启蒙、维新、变法、富强之效。为此，康有为创作了他的成名作也是早期代表作《新学伪经考》与《孔子改制考》。
不少学者认为，康有为的两部奇书《新学伪经考》与《孔子改制考》渊源于晚清著名的经学家、思想家廖平的《知圣篇》与《辟刘篇》，有人干脆就说两书抄袭廖平。说者言之凿凿，廖平本人当年就有指控，而康有为却极力回避甚或否认，倒是弟子梁启超较为客观持平，说老师康有为“见廖平所著书，乃尽弃其旧学”。
按理说，一位集中西学问于一身，并以“圣人”自诩的大家，完全没有必要去做抄袭他人这种偷偷摸摸有损道德声望的事情。廖平为今文经学大师王闿运及门弟子，曾任张之洞幕僚，一生教学为业，主要研究经学，以经学六变著称，主张“尊今抑古”。他将“抑古”思想写成《辟刘篇》，认为《周礼》等古文经传多由刘歆伪造；以“尊今”思想写成《知圣篇》，说西汉今文经传才由孔子改制而作。康有为与廖平早就相识相知，也曾看过他这两部手稿。一个无可更移的事实，那就是康有为肯定从廖平的著述中受到启发与影响，并援入《新学伪经考》与《孔子改制考》之中。创作受到启发影响，引用他人资料是一回事，而抄袭则又是另一码事了。在此，我们无意考证甄别，仅着重于作品的影响与人们的认可，会心于美国学者列文森在《儒教及其现代命运》一书中所言：“不管康是否一位抄袭者，但正是他临危不惧地改变了历史。”
同样是对“新学伪经”的考订，廖平的着眼点在于经学正统的学术问题，而康有为却将其纳入变法改制、救亡图存寻找理论根据的政治框架。秦始皇焚书坑儒，人们以为六国典籍及民间藏书已被烧尽，汉代秦立后，便四处搜求耆老宿儒，凭借他们的口耳相传、记忆诵读，硬是复原了昔日的孔子六经。及至汉武帝末年，事情陡然起了变化，一批藏得很深、未被焚毁的典籍陆续被人发现。如此一来，就出现了两种不同的经书，并形成了两个分歧日甚、相互排斥、水火不容的学派——今文经学派与古文经学派。今文经学推崇孔子，认为他是“托古改制”的政治家，身受大命的“素王”，以治《公羊学》为主；古文经学则将时代推得更远，崇奉周公，以治《周礼》为要，认为六经不过是一些史料，孔子仅是一位史家而已。先是今文经学盛行，到了西汉末年哀帝时，一位致力于古文经学研究的学者刘歆助王莽篡权，被封为国师，于是古文经学成为官学与显学。因王莽篡汉建立的朝代名新朝，于是，刘歆的古文经学又称新学，意即“新朝之学”。自此以后，今文经学便一落千丈，直到清道咸年间，才慢悠悠地缓过一口气来，大有死灰复燃之势。
《新学伪经考》中所要考证的，就是刘歆所传经学的真伪，对他一手捧起来的古文经学予以否定。经过一番论证，康有为得出的结论是，秦始皇焚书，并未毁及六经，汉初所传，全是孔门足本；因此之故，西汉经学，便无所谓古文者；大凡所传古文，皆为刘歆伪作；刘歆之所以作伪，就是为了湮灭、搅乱孔子的微言大义，帮助王莽篡夺政权。
康有为拿刘歆与新学“开刀”，得出了一切古书都需重新考证、检查、评估的结论，动摇了正统清学的立足点，也就难怪梁启超将其视为“思想界之一大飓风”了。
如果说《新学伪经考》是“破”，那么《孔子改制考》便是“立”。不破不立，有破有立，边破边立，这才是康有为离经叛道的本意与目的所在。
《新学伪经考》以今文经学为正宗，奉孔子为圣人，认为自东汉以来的孔子六经全为刘歆伪篡，那么，孔子的“真经”与“大义”到底是什么呢？这，便是《孔子改制考》所要解决的问题。
又是一番考据论证，康有为得出了新的结论：《诗》、《书》、《礼》、《易》、《乐》、《春秋》等先秦六经为孔子亲作，但其中关于神农、黄帝、尧、舜、禹以及上古文物、制度均不存在，全为孔子假托。孔子何以“托古”造假？在于先秦时期，周衰礼废，为求通达，孔子不得不进行“改制”。如此一来，圣人孔子就成了中国最早的改革先师与样板。
至于孔子设计与改革的具体内容，康有为给出的答案是，孔子将社会发展的过程分过必须经历的三个阶段，即据乱世、升平世与太平世。据乱世对应于君主专制时代，升平世为君主立宪时期，而太平世属民主共和时代，此乃人类社会的最终归宿。于是，康有为笔下的历史观，再也不是传统的治乱循环模式，而是由低级向高级不断过渡的发展史观。
康有为认为目前中国所处的时代，正是升平世，按照孔圣人在两千多年前早就设计好的蓝图，就是要废除专制统治，实行君主立宪。
《孔子改制考》的目的，由此昭然若揭，不过凭借孔子的权威，利用他的神圣，打着他的旗号，行社会改革之实。此书一出，所带来的实际效果，是继《新学伪经考》的“飓风”之后，又在思想界造成了一次更加震撼的“火山大喷发”。
中日甲午战争爆发，陆军在朝鲜一触即溃，北洋舰队全军覆没，日军海陆并进直入中国领土，京城岌岌可危。清廷不得不屈辱求和，准备签订割地赔款的《马关条约》。
正在北京参加会试的康有为闻讯，不禁义愤填膺，拍案而起：“呜呼噫嘻！万里之广土，四万万之众民，而可有此约哉！”当即奋笔疾书，以一天两夜时间，草拟了一份一万八千多字的上皇帝书，是为康有为《上清帝第二书》，内容主要有三：一曰拒和，建议皇帝下诏，鼓天下之气；二为迁都，“旅顺已失，威海既隳，海险无有，京师孤立”，建议迁都西安，变被动为主动；三是练兵，以强天下之势，然后力战；四乃变法，提出富国、养民、教民、革新庶政等变法方案。
《上清帝第二书》写成，康有为在弟子梁启超、麦孟华等人的帮助下，联络广东、湖南两省以及全国各地前来京城应试的举子签名，共同上达皇帝。因汉代实行征辟制度，凡征召入京任职的文人学士，全以公家车马接送，时人称为“公车”。科举选士制度确立，入京参加考试的举人没有这种待遇了，但“公车”之名却沿袭下来，人们仍以“公车”称呼那些入京应试的举子。因此之故，康有为发起的这场史无前例的上书活动，又称“公车上书”。