康有为成立保皇会，在海外刮起保皇旋风，是因为报答光绪的知遇之恩，带有一定的感情色彩。那么光绪死后，他仍不遗余力地鼓吹君主共和，则属理性的政治认识了。他一生最恨者两人，慈禧太后与袁世凯。可当清廷在慈禧的主持下宣布预备立宪时，康有为不禁“大喜欲狂”，将过去大骂的“逆后”一词，改为“西后”、“太后”乃至“圣母”。袁世凯出卖维新人士，康有为恨不得寝其皮食其肉，一有机会，就对他大加攻击。但当辛亥革命革命爆发后，为使事情的发展纳入君主立宪的轨道，康有为等人调整方略，提出了“和袁、慰革、逼满、服汉”的八字方针，在一定程度上与袁世凯合作。当然，康有为后来又极力地反对过袁世凯的洪宪帝制，他所反对的，并非君主立宪体制，而是袁世凯个人——他认为袁世凯无法与“有清三百年之天子”相比，没有资格称帝。他对前清怀有一种刻骨铭心、忠贞不渝的感恩戴德，死前二十八天，即1927年3月8日，康有为庆祝七十寿辰，还穿着担任工部主事时的前清官服，将末代皇帝溥仪亲书的“岳峙渊清”匾额与赠送的玉如意一柄视为上宝，设香案遥拜，叩谢“天恩”。
为给改革披上合理外衣，对付顽固守旧派的攻击，康有为抬出所谓的圣人孔子，托古以改制。《新学伪经考》、《孔子改制考》的内里，实有着发扬光大孔教之意。康有为眼里的儒教，不是诸子百家中的一种学问，也不仅仅是专家学者们认可的准宗教，而是一种地地道道的泛宗教与宗教。他将孔教与佛教、耶教、喇嘛教等其他盛行的宗教进行比较，认为孔教顺人之情，极为自然，最适合于人类：“孔子之宗教，为人道宗教，社会程度较高时代之宗教也。其他各宗教，而神道宗教，社会程度较低时代之宗教也”，“孔教之教，乃世界文明大同时代之宗教也”，“在现代科学发明时代，最为适宜”。
康有为研究西方的近代化，从中发现了一个成功的文化秘密，那就是宗教的重要作用。因此，他要以中国的孔教担当起整合民族精神资源的重任。他的主观意图，改革维新的落脚点，是以孔教为思想核心与基础，以孔教为内在的凝聚力，联合广大的士大夫阶层，团结全国四万万同胞，全民一心，励精图治，振兴强盛。为达此目的，1897年，康有为在广西桂林成立圣学会，将孔教教义付诸实践。他曾决定将创办的《强学会报》改用孔子纪年。维新变法中，又正式提出了建立孔教会的设想，向光绪皇帝上折，提出成立孔教会的建议及具体方案。流亡海外，在他的倡导下，建立孔子庙，成立孔教会，开展保教活动，诚如他自己所言：“乃年来孔子之祠，尊孔之会，创发于海外，波靡于美、亚，风发响应，雾沓鳞萃。”
辛亥革命后回国，康有为发动门人在国内各地遍设孔教会，创办孔教会杂志，向袁世凯、教育部、内务部上书争取合法地位。“宗祠孔子以配上帝，诵读经传以学圣人。”1913年夏，孔教会发动请愿，要求将孔教定为国教，写入宪法。他们将孔教视为一剂振衰起敝、“救济社会”的灵丹妙药：“定孔教为国教，然后世道人心，方有所维系，政治法律方有可施行。”
康有为出任孔教会会长，原本力排古文经学、贬弃宋学的他，主动捐弃前嫌，将儒家各派纳入他的麾下，并与昔日不共戴天的政敌袁世凯“携手合作”。康有为借袁世凯权势推行孔教，袁世凯借孔教为复辟帝制张本，他们相互鼓动，相互利用，上演了一出“有声有色”的尊孔祭孔闹剧：发布尊孔令，认为孔教“放之四海而皆准”；命学校祭孔，定孔子生日（农历八月二十七日）为圣节，学校放假一天；在孔子故里山东曲阜召开第一次全国孔教大会暨正式成立总会，举行大规模的祠孔典礼。以袁世凯1913年9月25日正式颁布《祭孔令》为标志，康有为导演的尊孔复古闹剧达至高潮。
儒家作为诸子百家中的一门学说，自有其存在的合理性与现实意义，但若不合时宜地将其拔高到无与伦比的高度，无疑毁其根基，将一门本来包含诸多积极因素的学问弄得臭名昭著。康有为建立的是一种与现代文明格格不入的思想文化专制制度，因此，孔教运动自推动之日起，破产的命运就已注定。张勋复辟失败第二年（1918年），康有为不得不辞去孔教会会长一职，尊孔闹剧就此黯然收场。
康有为推行孔教，助张勋复辟，在民国初年的两场闹剧中扮演看似主角，实为小丑的角色。对此，梁启超毫不留情地说他老师已由一位历史的巨人，蜕变成一个历史的侏儒。
康有为常对人说：“吾学三十岁已成，此后不复有进，亦不必求进。”言语中透着一股少有的偏执炫耀与固步自封。他的失败，在于学术方向虽然不断变换，但其思想理论体系一旦形成，就基本没有什么发展了。社会不断前进，康有为置身其中，没有调整早期的思维定式与思想框架，不仅无法与时俱进，无法融入时代主流，无法与历史发展的节律合拍，反而向落伍的方向转化，将新生事物套入自己的思维定式、思想框架向后逆转。
当然，无论后期行为显得多么可笑，康有为也足以称得上是一位伟大的哲学家、思想家、改革家、教育家。他所坚持的尊孔复古、君主立宪，我们也不能简单地视为顽固反动，应从他一生的理想追求、思想脉络中加以理解。他托古改制，有借用孔子的功利主义味道，但其态度是真诚的，对孔子本人是虔敬的，对儒教也是信奉不二的。从《新学伪经考》、《孔子改制考》到成立孔教会、以定孔教为国教，是其思想向一种特定方向掘进、发展的结果。封建政体、传统思想在革命的暴风骤雨中受到摧枯拉朽的打击，原有的秩序不复存在，新的伦理规范没有形成，人们在一种无所归依的思想迷惘中行为失控，社会动荡不安，康有为所做的，便是重拾孔子，恢复旧的道德秩序。他的失误在于忽略了社会的前进，还有另外一种选择，那就是创造建设新的社会规范。以他渊博的学识、深刻的认识、广泛的影响，完全可以致力于后者，然而，他却“驾轻就熟”地顺着自己的思想发展轨迹，选择了尊孔复古。
康有为崇拜孔子，信奉孔教，但其“长素”的野心又使得他不断地做着突破孔子、超越孔教的努力。晚年的康有为仍继续努力不止，只是这种努力不是转向新的领域，失却了早期前往香港上海实地考察、大购西书而归、刻苦钻研探索的锐意进取精神。他以一种机械般的惯性在昔日的学问轨道上滑行，以成名作《新学伪经考》为序幕与开端，破除沿袭了一千多年的历史迷途；以《孔子改制考》为发轫，建立起个人的思想雏形；而最后建设的巍峨大厦，构筑的思想体系，便是死后八年才全部出版的《大同书》（全书三十卷，约二十一万字，分为十部，生前仅在《不忍》杂志上登过两部）。
《大同书》才是他真正的代表作，从酝酿而创作、修改，到最后完成，经历了一个相当漫长的历程，前后长达二十年之久。早在戊戌变法之前出版的《孔子改制考》一书中，他以孔子“三世说”为基础的大同思想就已形成。他给三世的定义是：文教未明为据乱世；渐有文教的小康社会为升平世；文教全备，远近大小如一的太平世，便是人类最高，也是最后的理想社会——大同之世。
框图既备，康有为“以勇礼义智仁五运论世宙，以三统论诸圣，以三世推将来”，开始了“添砖加瓦”的搭建、修筑工程。他不仅吸取了中国古代，特别是儒家的学术成果，还以西方自然、社会科学为参照，并根据自己周游世界的所见所闻，中西对比，博采众长，苦心经营，不断修订，最终完成了具有完备形态体系的《大同书》。著名史学家范文澜对其思想渊源与学术构架作过一番概述：“混合公羊三世说、礼运篇小康大同说、佛教慈悲平等说、卢梭天赋人权说、耶稣教博爱平等自由说，还耳拿一些欧洲社会主义学说，幻想出一个‘大同之世’。”
《大同书》是一部超越了狭隘的民族视野，超越了中西方文化，从世界整体的角度进行论述的著作。康有为以其丰富的想象，独特的思路，列举人类社会现存的一切重大问题，力图予以详尽的分析，提出解决的途径，给出理想的答案。《大同书》认为据乱世的封建制度是“恶浊乱世”，升平世的资本主义社会虽比据乱世有所进步，但仍然弊端丛生，他所向往的，就是属于大同世界的太平世。这一人类的理想社会，是以“公产”为核心，以“公政府”为中枢，以“平等”为要旨，没有剥削，没有压迫，没有家庭，没有国界，没有军队，人人充分享受着高度物质文明与精神文明的极乐世界。
按照康有为的设计，大同社会是一个拥有最高福祉与终极完善的精彩社会，从辩证哲学的角度而言，这样的社会根本不可能在人间实现，只存在于康有为的想象之中，带有明显的乌托邦意味。这一乌托邦既受到基督教中的理想天堂以及佛教中脱离了苦海的西方极乐世界的影响，又是传统儒家思想地地道道的体现。他所描绘的大同世界，是一个政治组织化的世界性国家，就其实质而言，并非生命本质与世界本身的否定，只是对现存社会秩序的否定，是尘世幸福的扩展，是道德完美的体现，是天人合一的追求，属于儒家型的乌托邦。因此，我们完全有理由将《大同书》视为康有为“文化身份的认同”，正如他经常暗示的那样——大同学说标志着孔子最高理想的复兴。
面对西方文明强势话语的霸道与挑战，作出积极回应的中国仁人志士可谓多矣，但从人类文明的角度出发，以整个世界的命运为旨归，高屋建瓴地进行阐述，康有为即使不是唯一，至少也是国人中第一个进行这种思考与探索，并撰成论著的先行者。《大同书》的出版，对国人而言，无疑有着相当重要的建设意义，它被翻译成多种文字在国外流传，受到日本、美国、苏联、德国等国学者的高度重视，特别是美国学者汤普森，更是认为康有为的《大同书》是东西方古今所有著作中最为杰出的一部。
无论是立功，还是立言、立德，康有为都是一个彻头彻尾的失败者：以事功而论，他一辈子最为轰轰烈烈的维新变法事业归于失败，君主立宪变成梦想，复兴孔教破产。就立言来看，《新学伪经考》、《孔子改制》缺少学术价值，主观臆断的色彩相当浓厚，不少证据、资料看似有理有据，实则缺乏严密的学理基础，经不起考究与推敲，刚出版就遭到学术界的非难与批驳，两书的价值主要体现在当时的现实政治意义；而《大同书》就其整个体系而言，带着明显的空想性质，大同社会只是一种思想的演绎，一种理论的呈示，一个永远也不可能在人类实现的乌托邦。
从立德而言，康有为想将自己打扮成一名圣人，结果文过饰非，制假售假，适得其反，常为人所诟病，史学家大多不相信康有为自己的陈述，认为他有“倒填年月的毛病”。此外，他的一些言行常常自相矛盾，授人以柄：他提倡众生平等，晚年却使用奴婢数十人；赞美西方的一夫一妻制，却五次纳妾，六做新郎；他口称戒杀，却每天吃肉；他喜欢西学西器，而礼俗器物语言皆以中国为要；他歌颂民主政体，而专行君主立宪；他宣传世界大同，却事事以中国为核心；他学习信奉西方的自然科学，比如在桂林讲学时突遇雷电风雨，便临时改变教学内容，从声学、光学、电学的原理原则，为学生现场讲解宇宙自然现象，破除雷公电母之类的迷信思想，但又非常迷信天命、风水、扶乩、占卜之类的“国粹”，以为人的一生皆由上苍安排造作，比如对戊戌之变的死里逃生，就曾言道：“身冒十一死，思以救中国，而竟不死，岂非天哉！”
纵观康有为的一生，虽然总在失败的打击中挣扎浮沉，且有过两次小丑之举，但他并非近代历史的悲剧性人物。梁启超曾评价康有为道：“若夫他人有著二十世纪新中国史者，吾知其开卷第一叶，必称述先生之精神事业，以为社会原动力之所自始。”又说：“世人无论如何诋先生，罪先生，敌先生，而先生固众目之的也，现今之原动力也，将来之导师也……中国不患无将来百千万亿之大政治家、大外交家、大哲学家、大教育家，而不可无前此一自信家、冒险家、理想家之康南海。”其实，康有为更多的，是唤醒了中华民族的自信，促成了晚清政治的改革，抒发了世界的大同理想，激发了人类的高贵情愫，描绘了传统乌托邦的美妙图景。他既有维新变法的实践，也有传统保守的顽固；既有西方民主的启蒙，又有封建专制的愚昧；既有圣人的气势，又有庸人的流俗；既有天理的纯粹，也有人欲的泛滥……他是一个失败的改革家、守旧的政治家、空想的哲学家、独特的思想家、成功的教育家，一句话，康有为集成败毁誉于一身，是一位悲剧与喜剧兼而有之的正剧人物。