消息传出，举国哗然。孙中山再也无法安心开办实业修造铁路了，宋教仁遇刺，凭直感，他当即觉得此案与袁世凯有关，马上结束日本访问行程提前回国。3月25日抵达上海，当天召开国民党高层干部会议，认为“事已至此，只有起兵。因为袁世凯是总统，总统指使暗杀，则断非法律所能解决，所能解决者只有武力”。宋教仁遇刺时，黄兴正在现场，当时一气之下，就想以同样方式予以还击，用暗杀手段对付袁世凯。后来冷静下来，觉得已是民国时期，国家进入法治时代，不能轻易动用武力，应按法律程序解决。4月16日、17日，应桂馨、武士英两犯由租界引渡到中国上海司法当局，所有与案情有关的证据全部移交。在黄兴、陈其美等人坚持下，上海地方法庭决定于1913年4月25日公开审理宋案。
然而，就在开庭审理前一天，凶手武士英竟在严密的监护下中毒身亡。凶手目的昭彰，显系杀人灭口，以掩盖真相，干扰司法。本已明朗的案情急转直下，再次陷入迷雾与僵局之中。4月25日深夜12时，程德全、应德闳将宋案案情侦查情况及相关证据通电公布。《民立报》、《国风报》、《国光新闻》等全国报纸闻风而动，纷纷发表文章，称北京政府为“万恶之政府”，抨击“政府杀人，政府暗杀人”。一时间，全国各地因刺宋案激发，变得动荡不安。
对如何妥善处理、解决刺宋一案，国民党内部分歧很大，出现了两种截然不同的意见。此时的孙中山，可谓完全看清了袁世凯集权独裁的真实面目，认为靠法律无济于事，只有迅速组织军队，通过武力夺取政权，才能解决根本问题。他说：“若有两师军队，我当亲率北上问罪。”以黄兴为首的大多数国民党人认为一旦开战，列强会乘虚直入再次瓜分中国，况且国民党实力与袁世凯的北洋军队相比，实力远远不及。会议一次次地召开，双方认识不同，各执一端，也就无法制定具体而有力的应对反击措施。
时至今日，当我们从袁世凯的角度揣摩分析，就会觉得他似乎没有暗杀宋教仁的必要，至少不必如此匆匆忙忙地下手。
国民党选举获胜，宋教仁组阁，大不了出任总理。其实，袁世凯早就想让他担任这一职位了，对此，他有什么值得害怕的，且非欲置之死地而不可呢？如果说南方是宋教仁与国民党的势力范围，那么北京则是他袁世凯的地盘，他想做什么，还不是分分钟就可搞定的事情？宋教仁前来北京组阁，此等“送货上门”，不是正好将他控制软禁在手吗？如果宋教仁能量大实在约束不了，再来惩治也不迟，在自己的地盘制造一两起暗杀行为，弄出一些迷惑他人的假相，于袁世凯而言，还不是“小菜一碟”？难道擅长阴谋诡计的他就真的不明白，急煎煎地在上海火车站刺杀宋教仁，不仅要冒极大风险，且无论结果如何，都有惹火烧身之嫌？
也有人认为袁世凯之所以要将行刺地点选在上海，是为了嫁祸国民党，让他们互相猜疑，陷入分裂与内讧。此说十分牵强，经不起半点逻辑推敲。
要说对宋教仁最为忌惮的，当数国务总理赵秉钧。国民党获胜组阁，他的地位眼看就要泡汤，作为一名将权力看得比生命更加重要的旧式过渡人物，他能不害怕吗？因此，虽没有直接确凿的证据表明宋案由赵秉钧指使，但他具有充分的作案理由。
当然，如果我们继续往下就一些内在的秘密及本质性问题进行分析，又会觉得，袁世凯有着深层的作案动机。
宋教仁在长江中下游刮起了一股“宋教仁旋风”，在武汉、上海、杭州等地的演讲中，抨击北京政府在财政、外交上的措置失当，认为袁世凯实权在握过于强悍，准备提议罢免，推举“最为愚呆脆弱之黎元洪”为新一任中华民国大总统，推行名副其实的内阁负责制。对黎元洪与袁世凯的认识，宋教仁也经历了一个巨大的转变。武昌首义爆发，黎元洪掌权，宋教仁千方百计制约他、架空他，后来发现有着“黎菩萨”之称的他能力不足，野心不大，为人和善软弱，态度也就起了变化。南北议和时，宋教仁曾作为“迎袁”专使之一，与袁世凯打过多次交道，对他素无好感。然而，在涉及国家大局的稳定时，宋教仁却站出来为袁世凯“说话”了。当时，同盟会中一派不愿与袁世凯真正和谈，主张黄兴以迎袁为名，统兵北上，顺便扫荡北洋军阀与封建残余势力。说者十分轻松，一切的一切，在革命党眼里，仿佛都不在话下。宋教仁当即反驳，认为如此大事非同儿戏，切不可轻易而行。
话没说完，马君武就大声叱责他出卖南京政府，是袁世凯的说客，并伴以肢体动作，“以掌击宋面”。孙中山当场喝令马君武住手，要他赔礼道歉。宋教仁在马君武怒不可遏的一记强击之下，左眼受伤，流血不止，住了几天医院才得以痊愈。昔日“拥袁”受到误解，只因“倒袁”条件尚不成熟，一旦事有所为，宋教仁便亮出了“底牌”。尽管内阁负责制处处束缚手脚，袁世凯毕竟还是堂而皇之的大总统，而一旦要他下台，由黎元洪取而代之，他肯定不会善罢甘休，也会像宋教仁一样亮出自己的“底牌”。阳光人物怎么也想象不出险恶小人如何躲在阴暗的角落里咬牙切齿地违规操作，宋教仁虽为政治家，却显得格外天真，似乎半点也不懂得中国几千年来一以贯之的黑暗的官场之道，以为公开选举、一纸约法就能使国家、民族真正走上民主的正确轨道。即使退一万步说，袁世凯没有直接授意赵秉钧下令刺杀宋教仁，但也有过一定的暗示或默许。不然的话，他就不会为赵秉钧开脱辩解，认为凭着电文中的某一可疑之处，“欲指赵君为主谋暗杀之要犯，不合法理”，还说“近一二年来谋二三次革命者，无不假托伟人为嫁祸之谋，故需邀集法学家将各项证据详细研究”。
直接凶手武士英已死，供出的幕后主使人应桂馨万般抵赖，与应桂馨电函往来的洪述祖逃入青岛租界，一时间又找不到赵秉钧授意暗杀的充分证据，刺宋一案极有可能不了了之。
事实也正是如此，洪述祖在青岛发了一个通电，说与应桂馨的联系，是假借中央名义，只想毁坏宋教仁名誉，并无谋杀之意。赵秉钧便以洪述祖通电为据，将宋案推得一干二净，对上海地方检察厅组织的特别法庭的传讯，更是置之不理。不久，就连关押在上海监狱的应桂馨也被人劫狱救出，躲入了青岛租界。
法律无法解决，剩下的唯有动武一途了。
老谋深算的袁世凯似乎早就做好了动武准备，他一生所崇奉的，一是贪诈，二是武力，贪诈不能解决的，便用武力。宋教仁倒下了，并不等于国民党的瓦解与臣服，他知道孙中山、黄兴等人一定不会善罢甘休。战事必不可免，同时他也想乘此机会，一举征服国民党控制的南方各省，以达一劳永逸之效。4月26日，即宋案证据通电宣布第二天，袁世凯不惜以五厘高息，与英法德日俄五国银行团签订了二千五百万磅的巨额借款合同，作为动兵及贿买各方的备用资金。
国民党主要领导人中，孙中山、李烈钧始终坚持兴兵讨袁，或反对、或游移的黄兴等人在袁世凯的步步紧逼下，观点不断改变，态度也在动摇，但意见仍未达成最后一致。直到袁世凯调兵遣将，军事部署完毕，撕破脸皮向国民党人摊牌发出通牒，并在6月份罢免李烈钧、胡汉民、柏文蔚三位都督之后，国民党内部才完全统一，仓促应战，发动“二次革命”。
自“二次革命”爆发直到今天，长期存在着一种对其质疑的声音：“二次革命”是否合法？有否避免的可能？
有人认为，在法律解决的空间依然存在，国会尚未停止运作的情况下动用武力，属于非法。而就当时的实际情况而言，想用法律制裁赵秉钧、问责袁世凯，无疑痴人说梦。
又有人言，“当诉诸国民全体，先以国民全体之名义迫袁退位，倘若恋栈，乃兴民军，未为晚也”。这一说法固然有理，看似可行，可由谁来诉诸国民全体？如何组织操作？社会各界是否认可？只要稍加分析，就会觉得此说并无实际操作之可能。
还有人认为，“临时总统，即将告终……则将来选举，相约不投袁票，亦未尝不可。”而事实则是当时的国会已处于袁世凯的操纵之下，议员们失去了自由投票的权利与可能。
如若“二次革命”避免，国民党人于宋案唯有不闻不问，一切听凭袁世凯处置，还得拱手交出南方事权，由他纳入“全国一盘棋”的专制集权范畴之内。
法律解决不成，又受袁世凯强力威逼，国民党才迫不得已奋起抗争。从1913年7月12日李烈钧在江西湖口宣布独立，至9月2日南京被北洋军攻占，9月11日熊克武在四川失败，不到两个月时间，“二次革命”便告彻底失败。