独孤后果然中计，她忍不住拍案怒骂太子心胸狭隘，心思可恶，竟连亲兄弟都恶意中伤。同时太子的种种“劣迹”又一次涌入了独孤后的脑海，比如他与云氏“合谋害死”元氏，比如云氏为他生子，比如他的种种奢侈行为……杨广见母后已被骗得完全相信自己了，便又一次好言相劝，说兄长只是一时糊涂，日后他会明白兄弟间的真正感情的。独孤后见杨广如此“善良”，心中感动，便表示让杨广尽管放心离去，朝廷的一切她可以帮他打点，绝不会让太子任意妄为。杨广见母后如此说法，知道父皇一向听母后的，自己取太子而代之一事，已经是指日可待了。
回到晋王府后，杨广找来杨素与之密谋，安排了一系列的计划，争取一举夺得太子之位。杨素虽然表面上答应杨广帮他，可是作为老臣，他不能冒昧地帮助一个皇子而去废太子。他便从皇上与皇后那里不断探听消息，逐渐发现他们心中对太子已经失望至极，而对晋王杨广却喜爱有加，再加上杨广不断地给他好处，杨素终于知道该怎么做了。他便彻底下定决心，帮杨广废掉太子，并让其取而代之。
以杨素为首的老臣开始不断地在文帝面前进谗，说太子不但生活奢华，而且暗中聚敛钱财，收买人心，欲图谋反。文帝虽有换太子之意，可是乍一听到太子有谋反之心，却断然不信。不过杨素却很有耐心，只要文帝不加以排斥，他便不断地给文帝与独孤后灌输这样的认识。同时，杨素还不断地给太子制造犯错误的机会，独孤后暗中派人打探太子的行迹，发现许多事果如杨素所言，她便向文帝一一禀报。眼见时机差不多了，杨广使出了最后一招杀手锏，收买了太子的一个姬妾，由她出面诬陷太子谋反的事实。
太子无故谋反，这本就是一件非常荒唐之事，可是文帝与独孤后一见证据“确凿”，却不再犹豫，决定立即废掉杨勇，另立杨广为太子，并且还把杨勇交给了新太子处置。
这样，卑鄙狡诈的杨广便由此靠着独孤后对他的偏爱成功地击败了杨勇，登上了太子之位，从而让独孤后犯了一个致命的错误，由此也在独孤后的一生留下了最大的一个污点。
杨坚终日里忙于国事，或许对儿子的观察不足；可独孤后身为女人，心思又缜密，却因为对二儿的偏袒而犯下大错，可悲！可叹！
开皇二十年（600年），晋王杨广登太子位，杨勇被贬为庶人。两年后，独孤后病逝，享年五十岁。
独孤后去世时，太子杨广在母亲的灵前哭得死去活来，可是一回宫，便歌舞升平，左拥右抱，再无忌惮。
独孤后去世后，文帝在生活中已经无人约束，便召“江南第一美女”陈贵人入宫，后又召来了蔡氏，日日陪伴自己；与此同时，还要日理万机。不久，他便身体渐衰，终于病倒了。这引起了太子的极度关注—他并不是想帮父皇治病，而是企盼父亲早故，自己好尽早登位。
文帝在病中时，不断听见杨勇喊冤，同时也听说了肆无忌惮的太子过着比当初的杨勇更加奢侈的生活，而且逐渐听说了杨广夺取太子之位的种种传闻，心生怒气，病情更重了。
让隋文帝下决心再度调换太子的是后来发生的一件事。杨坚因重病在床，陈贵人一直陪侍在病榻前，杨广也总去看望文帝。对这位和自己年龄差不多而又风情万种的庶母，杨广早已为之神魂颠倒。只是碍于在父皇面前，所以才不敢放肆。有一天，一直苦于没有机会的杨广见陈贵人去寝宫更衣，便尾随而去。此时的杨广心中所想的只是如何得到父皇的宠妃，早把礼仪廉耻抛到了脑后。当他向陈贵人求欢遭到拒绝后，便想强来，陈贵人拼命反抗。趁杨广愣神的工夫，她慌乱地逃了出来，然后跑到文帝的寝宫。文帝见陈贵人神情慌乱，便问她发生了什么事。陈贵人不肯说。在文帝的一再追问之下，她终于忍不住泪如泉涌：“太子意欲向我无礼！”
文帝闻听大怒，捶着床骂道：“这样的畜生，怎么可以把国家托付给他？独孤皇后误了我的大事了。”盛怒之下，便欲废掉太子，同时也非常后悔这么多年来居然没细查太子的种种劣迹，以致酿成如此大祸。
杨广见事情败露，知道自己若再不行动，必难逃一劫，便伙同杨素，安排了一系列计划，暗中杀死了文帝，然后对外宣称父皇驾崩，并且“哭”得惊天动地。
“哭”够了，便准备正式登基。于是，他终于如愿以偿，登上了皇帝的宝座，他便是隋炀帝。他一登位，便杀死了杨勇及其一家，又杀掉了替自己杀父皇的太监张衡，以绝后患。他的残暴在历史上都是有名的，在他的手里，由文帝统治的大好江山，仅仅十几年，便断送得一干二净。
只是不知独孤后若在地下得知她一心保荐的爱儿是这样的一个人，而且也正是他断送了隋朝的大好前途，又会作何想法。
★人物点评
杨坚是一个奇才，独孤氏是一个奇女子。二人走到一起，若一生没有作为那才叫奇事。杨坚之奇，在于他之才华；而独孤氏之奇，却在她之圣贤的同时，也有着这种罕见的“妒”。“妒”终归不算一个好的字眼，在感情上有些显得“小肚鸡肠”。只是独孤氏的“妒”与其他人还略有些不同之处。
女人善妒并不是一件奇怪的事，皇帝后宫的女人们因妒而争宠者，更是屡见不鲜。可妒到独孤氏这种地步的，还真是世间罕有。她可谓是妒到了一定的境界、一定的水平，居然把着自己的男人不许任何女人碰他。只有一个尉迟氏不知好歹来试了一下，当然免不了杀身之祸。一直品行甚佳的独孤氏，居然为了独占男人而有如此狠毒之举，也算是独孤氏的一个最突出的特征了。
更离谱的是，她自己独占男人不算，还让朝臣以及自己的孩子也要忠于自己的正妻，若有违反便会遭害。这种妒忌，在封建王朝的历史上可谓是非常少见，以至于倒有许多后人喜欢这样评价，说独孤氏的这种妒忌其实只反映出对爱情的忠贞，是更值得人尊重与佩服的。独孤氏在有人违反她的规定时如果表现得善良一些，这种说法或许更能让人接受。可惜不少人遭了她的惩罚，于是后人在评价她时便会认为这是她诸多主要特征中一个明显的缺陷，而不是称其为优点了。
独孤氏在帮丈夫打天下、治天下的过程中表现了卓越的才干。杨坚虽然是一个有能力之人，可是也难免会有这样那样的不足之处，而独孤氏却凭着女人的细腻，耐心地帮助他，让他在执政的过程中更加严谨，他们也因此得了“二圣”的美名，这在历史上也是独一无二的称谓。
杨勇心善而不羁，杨广面善而心邪，于是形成了两种不同的命运。杨勇起初便因喜爱偏室姬妾而使其母独孤氏不满，但他比较单纯，竟不放在心上，以至于连做父母不喜欢之事。而另一方面，杨广乃心邪之辈，却能用尽心机讨好父母，为的就是夺到杨勇的太子之位。于是，他后来终于得逞了。独孤氏在这个过程中，起着至关重要的作用。她的一生虽称不上完美，但也绝对算得上一个圣贤之后，唯独此事，却如此糊涂，不能不令人叹息。更可悲的是，杨坚得到的江山，正是因为太子的改换而让残暴之人登上帝位，最终在十几年后又被他人夺去。真可谓是聪明一世、糊涂一时。
但是，话又说回来，独孤氏善妒，间接地导致错立太子，以致后来亡国。难道这份责任真的要全部扣在独孤氏的头上吗？
为人父母者，对子女有所偏爱是很正常之事。杨勇的性格习惯不讨独孤氏的欢心，让独孤氏对他一直有成见，这也没什么奇怪之处。而杨广却时时投其母所好，为的就是夺得太子之位，而绝不是单纯地想取悦母亲。他心机深沉老道，而身为母亲者，又哪里能想到儿子会对她有所算计？在这种情况下，她对两个儿子的印象此消彼长，结果如何就可想而知了。无论是她还是杨坚，都看错了杨广的品行，而高估了他的能力，才酿下如此祸患。与其说让独孤氏来负这个责任，倒不如说命运使然，谁让他们生了杨广这样一个儿子呢？独孤氏只是用作为女人或是母亲的天性来决定对儿子的喜爱，却受到了儿子的欺骗，还是值得我们同情的。从她辅助杨坚治理国家的能力来看，她倒是应当具有识破杨广的能力，可是为人父母者，又哪能主动去怀疑儿子以至于加以算计呢？所以，直到杨坚后来身患重病亲眼目睹杨广的所作所为时才明白一切，可是为时已晚。如果独孤氏能知道这一切，她会后悔。可是若重新让她来过，她恐怕还是会喜欢杨广而非杨勇，所不同的只是多了些心眼而已。为何会如此？身为母亲的特征而已。所以，独孤氏此一过错，也应当是我们后人可以理解的。