二氧化硫、硫酸雾和酸雨对陆地生物多样性危害很大，可使整片的森林、农田变成一片荒芜。即使是1％浓度的二氧化硫，就能使棉花、小麦和豌豆等农作物明显减产。硫酸雾的毒性比二氧化硫大10倍。硫酸雾和酸雨对植物有直接灼伤作用，能引起植物大片死亡，例如，在我国四川的峨嵋山顶，大片冷杉慢慢死亡，经研究，发现是酸雨为害的结果。酸雨落到地面和水中，毒化了土壤和水质，使土壤pH值降低，变成酸性或强酸性土，从而抑制土壤中硝化细菌和固氮细菌等大量微生物活动，严重时会引起土壤微生物的大量死亡。
光化学烟雾
光化学烟雾是一种次生污染物，它是由石油燃烧和汽车尾气等排出的氮氧化物和碳化氢，经太阳光紫外线照射而生成的浅蓝色烟雾，主要成分有臭氧、醛类、过氧乙酰基、硝酸酯、烷基硝酸盐等。其中，臭氧占90％。
光化学烟雾对动物植物都是极其有害的，它破坏植物体的结构，刺激动物产生病变，并最终导致动物死亡。尤其是当光化学烟雾中的臭氧与二氧化硫共同存在时，对动植物的危害更为严重。
农药
农药曾被作为现代化农业的四大支柱之一，在防治农业病虫害、消除杂草、灭鼠灭蝇等方面应用相当广泛，对农业增产起了一定作用。近年来，世界上农药的用量逐年增加，估计目前每年已超过100万吨。
但是，大量喷撒农药，对森林、草原和农田带来了严重危害。喷撒农药从两个方面危害陆地生物多样性。一方面是直接接触农药引起急性中毒。农药不仅杀死了病菌、害虫、鼠类和杂草，同时也伤害了一些有益的动物。另一方面是长期潜移默化的慢性中毒。一些不易分解的农药残留在农作物、土壤、牧草中，沿着食物链转移、浓缩和富集，即使残留量很少也会危害各类生物。例如，大量使用DDT、六六六等杀虫剂后，这些杀虫剂经过植物的茎叶和根系进入植物体，在体内积累起来，经过食草的动物吃草，食肉动物吃食草动物，杀虫剂便逐级浓缩。又如，喷撒的杀虫剂落入地面后，经过蚯蚓吃土壤有机物，小鸡吃蚯蚓，鹰吃小鸡，杀虫剂逐级浓缩。这种通过食物链加以浓缩的过程，叫做“富集”。食物链的营养级越高，富集能力越强，杀虫剂在体内积累得越多，被危害的程度就越大。
污染物对湿地生物多样性的危害
危害湿地生物的污染，主要有化肥、农药、工业废水及放射性元素等。
化肥
施于农田中的化肥，一部分被农作物吸收利用，另一部分通过灌渠或地表径流汇集于江河湖沼，使水域中含有大量的可溶性氮和磷的化合物。高浓度养分刺激水域中许多浮游植物如蓝藻和硅藻大量繁殖，过度生长，整个水面被藻类覆盖。藻类死后，沉积于水底，微生物分解这些藻类遗体时，消耗水底大量的溶解氧，导致鱼类因缺氧而大批死亡。当水中的溶解氧被耗尽以后，便转为无氧分解，产生大量的硫化氢气体，散发出恶臭气味。就这样，一个生机勃勃、清澈的湖泊，在化肥的作用下逐渐变成了一个生命停止了的死湖。
工业废水
工业废水中含有大量有毒物质，如2，4-滴、铅、镉、汞等，如果不加以处理和回收，直接流入江河湖泊或用于灌溉稻田，都会造成严重污染，危害水生生物和人类。例如大家熟知的日本骨痛病，就是日本富山县神通川一带，工业废水中的镉污染了水稻田，镉在水稻谷粒中富集浓缩，人们长期吃了这种超标的镉米之后，侵入骨质，引起一种极为痛苦的污染病。
农药
向农田、森林和草原大量喷撒农药，经过风雨和径流汇入江河，最后汇集于湖泊沼泽之中，造成严重污染。
农药污染湖泊沼泽后，除了直接杀死各种水生生物外，还通过食物链浓缩富集，使各种生物慢性中毒和死亡。其富集过程与上面提到的陆生生物富集情况基本相同。
例如，湖泊水中DDT浓度只有0.000003微克／克（百万分之0.000003），经湖泊浮游生物吸收后，在游动物体内富集到0.04微克／克（富集1.3万倍），小鱼捕食浮游动物后，体内为0.5微克／克（富集14万倍），大鱼再吃小鱼，DDT在大鱼体内进一步富集，浓度增加到2.0微克／克（富集57万倍），如果大鱼被水鸟所吞食，体内DDT浓度又增到25微克／克（富集858万倍）。由此可见，农药喷撒时浓度很低是无害的，但经过食物链转移、浓缩，最后到达高位营养级的肉食动物，可以富集上千万倍。不言而喻，人要是吃了这些鱼或水鸟，将会受到很大的危害。
湖泊生态系统对农药的富集
污染物对海洋生物多样性的危害
危害海洋生物的污染物主要有工业废水、生活污水和石油，其中以石油的危害最为突出。
随着石油和石油产品的用量急剧增加，以及海运规模日益扩大，海水被石油污染的情况日趋严重。石油污染多集中在海港、河口及沿海大陆架的浅海带，这里恰恰是海洋生物最多的地方，因此，它的危害性也就更加突出。
据估测，全世界由于各种原因每年倾注到海洋的石油有200万至1000万吨。我国沿海石油污染也比较严重。由于石油的比重小于海水，因而散到水中的石油飘浮在水面上，形成一层均匀的油膜，使海洋与大气隔绝，影响海水与大气之间的气体交换。油膜还阻碍阳光射入，影响浮游植物与海底植物进行光合作用，造成海洋植物的减少，又影响以它们为生的浮游动物和鱼虾的生存。而且海洋植物是海洋甚至整个地球氧气的主要供应者，它们供应的氧气占地球总供氧量的70％，由于海面油膜造成海洋植物的大量死亡，必然减少氧气的来源，影响整个生物圈的氧循环。
石油油膜对海鸟的危害更大，由于油斑的引诱，海鸟常常误落海中，它们的羽毛被石油浸污后，或因丧失浮力而沉落，或因羽毛中的空气被排出，失去防寒能力而被冻死。因石油污染造成海鸟死亡的数字，每年高达几十万甚至几百万只。
石油污染还引起了海洋中鱼卵和幼鱼的不正常发育。当水面的油膜因不断挥发，体积缩小比重增大时，会和海中其他悬浮物一起凝聚下沉，造成海底污染。许多底栖软体动物，由于石油氧化，消耗海底大量氧气，或因石油堵塞它们的出水管和入水管而窒息死亡。
外来种的大量引进或侵入
外来种的引进或侵入，常常严重危害当地的生物多样性，引起当地物种的灭绝。特别在岛屿和淡水水域最为明显。
外来种的生态入侵
外来种被引进或侵入某一地区后，由于摆脱了原产地天敌的控制，又适应当地的气候条件，因而泛滥成灾，这种现象被称作“生态入侵”。生态入侵现象在历史上屡见不鲜，现在列举两个著名事例。
兔子在澳大利亚泛滥成灾
一百多年前，英国人把欧洲家兔带入澳大利亚，原指望它能像牛羊那样，在人工饲养下繁衍生息，为饲养者带来财富。谁知有些家兔个体竟逃向野外一去不回，又重新成为野兔了。
这些逃到野外的兔子，由于当地没有它的天敌，便以极快的速度进行繁殖，个体数量迅速增加，到了20世纪50年代，已经达到3亿多只了。这对当地土著的有袋类（如袋鼠）造成了极大威胁，因为有袋类的生活力和繁殖力都远不及野兔。于是许多有袋类的生存空间日益减少，有些种类（如毛鼻袋熊）也因此濒临灭绝。
不仅如此，由于兔子数量太多，许多地方的草被它们吃光了，甚至许多灌木也横遭厄运，人类饲养的牛羊也找不到食物，那里的农场主们开始着急了。
怎么办？到了20世纪50年代，人们开始对兔子采取行动。科学家们从野外捕捉到一些兔子，向它们体内注射一种叫粘液瘤病毒的病原体，然后放归自然，让它们去感染其他兔子。科学家用这种方法消灭了90％的兔子。此事曾作为生态入侵后的生物防治的成功例子，广泛宣传。
然而好景不长。剩下的10％的兔子对这种病毒有了免疫力，很快又重新繁殖起来。于是人们又在1996年，再次抓来20只兔子，给它们注射另一种病原体——兔子萼状病毒，让它们去感染其他兔子。据说这种病毒可在12～24小时内造成兔子内脏大面积出血而死亡，这种病毒对人和其他动物无害。
这说明外来种一旦适应了当地环境条件，繁殖到一定程度，要想彻底消除它们是非常困难的。
请客容易送客难
五脉白千层树产于澳大利亚及其附近岛屿。在当地农业中常作为防护林种植，也常用作观赏树，是当地一个很有用的树种。
1906年美国迈阿密大学的一位林务员，在佛罗里达州大西洋海岸的两个地区，首次播下了从墨尔本带来的五脉白千层树的种子。1936年，为了排干佛罗里达州南部大沼泽区的积水，开展了一次个人植树竞赛。在这次竞赛中，有人使用飞机将五脉白千层树的种子播种到佛州南部地区。
经过几十年的大量繁殖，五脉白千层树现在至少已经覆盖了该州9％的面积，它大量生长在路边、沟旁、大草原、砖子苗沼泽以及湖岸等处，已被正式列为“联邦有害植物”。这种植物对水的利用率超过当地种——砖子苗的3倍，植株高达20米，枝干多，形成茂密而难以穿越的树丛，每公顷的密度达到了4000余株，生长速度快，能抵御持续的大潮、干旱以及一定浓度的盐分，这些特征使它具有了入侵各种生态环境的能力。
现在，五脉白千层树已经占领了佛罗里达州南部的淡水沼泽，威胁着所有依赖于这类湿地的生物。其过高的密度能将湿草原和沼泽群落中的本地植物物种的多样性减少60％～80％，其快速的扩散能力正在毁灭佛罗里达州南部独特的植物群落，如湿草原、砖子苗沼泽、松柏生态交错区、树岛、松树浸水林地、水中泥沼和红树林等，并威胁着本地100多种植物的常年生境，特别是土著种池柏的生境。
由于当地植物群落的减少，也威胁了当地鸟类的生存，因为这些植物群落是很多鸟类的栖息地，如蜗牛鸢和树林鹳，它们依赖本地的植物筑巢和取食。另外，一些大型兽类（如鹿），不喜欢吃五脉白千层树的树皮。这种树的大量繁殖，还导致了本来分布区就很有限的美洲狮数量的减少。
现在，佛罗里达州正想方设法消灭五脉白千层树。据说，清除这种树的代价是每公顷370～2000美元，但是否奏效，还很难说。“请客容易送客难”，要消除引进的五脉白千层树，将是一件长期的艰巨工作。
岛屿的生物最怕外来种进入
一般来说，岛屿上的土著物种，长期生活在比较封闭的环境中，物种数量少，竞争不太激烈，既没有大量的捕食者，也没有严重的病虫害，世世代代生活在一个相对平稳的环境中。
然而，随着人类的到来，向岛屿引进或侵入了许多外来物种，如鼠、猫、猪、山羊、牛、兔等。这些物种进入岛屿后，捕食土著物种，或在获取食物方面与土著物种进行竞争，或者改变当地的自然环境使土著物种无法生存。于是，很快打破了岛屿上原来的稳定、平衡状态，引起本地物种大量灭绝或陷入濒危状态。
在厄瓜多尔的格拉帕戈斯群岛上，外来种黑鼠，觅食巨龟和暗尾海燕的卵，很快使这两种动物陷入濒危状态。而且在这个群岛上，外来种牛、山羊和野猪，啃食树皮、野草和仙人掌，岛上的树木野草由于不断遭到啃食，难以繁殖，生境因而发生很大变化，使得本地的海龟和鬣蜥的种群大为减少。
在新西兰，自1000多年以来，由于外来种的侵入，本地9种青蛙和蜥蜴已经灭绝或基本灭绝。1840年以来，有23种鸟类濒临灭绝。在菲律宾，在1790—1840年间，由于引入猪、山羊和兔子，已有13种土著植物灭绝，包括2个特有种。
在太平洋和印度洋的许多岛屿上，由于外来种的侵入，原生植被遭到破坏，很多土著植物种类因而灭绝，取而代之的是外来的马缨丹和各种悬钩子。许多温带岛屿种植外来种刺槐之后，也严重威胁着土著树木的生存。
淡水生物多样性遭受外来威胁
陆地上的淡水水域，就像海洋中的岛屿一样，处于相对封闭状态。由于瀑布和其他障碍，许多淡水无脊椎动物和鱼类的分布范围很窄，常常只见于个别的湖泊、河流，甚至其中的一部分。而且它们是在长期没有新的捕食者和寄生者的情况下发展起来的，生境一直相对不变。所以一旦外来种进入，由于外来种与土著种争食、争产卵场以及吞食土著种的鱼卵，很会使土著种陷于灭绝的境地。
在新加坡，原来有土著淡水鱼53种，在1934年，这些种还都能采到，但引进外来鱼种以后，到了1964年，就有18种土著淡水鱼已经灭绝或基本灭绝了。
在巴拿马的加通湖，由于引进外来鱼种，以前常见的8种鱼有6种已经灭绝，还有1种的数量已经大为减少。
中国云南大理的洱海，原产鱼类17种，引入外来种有13种，共计30种。目前在原产的17种土著鱼中，已有5种处于濒危状态，其中大多是洱海的特有种，具有重要的经济价值，洱海所引入的13种淡水鱼中，有些是有意引入的，有些则是随同家鱼苗带入的。总的来说，引进外来种对洱海的鱼类发展利少弊多。现在要清除不好的外来鱼种相当困难，只能用加强对它们捕捞或破坏其栖息环境的方法，控制它们的种群发展。
在美国加利福尼亚州，1／3以上淡水鱼是由外来鱼种组成的。66个土著鱼种中，已有14种处于濒危状态。
在非洲维克多利亚湖，由于引入了尼罗河鲈鱼，已使这个湖的250多种丽鱼科的鱼类陷入绝境。外来鱼种的引入，已使这个湖的30％土著鱼种灭绝。