李大钊指出：农民自卫武装有三个显著特征：反洋人、要真主、迷信。他认为：“反洋人”实际上就是农民意义的反对帝国主义。因为他们不懂什么是帝国主义，却懂得洋人给中国带来不安和扰乱，给农民带来困苦艰难。对此，革命者应当教育他们，使其认识到帝国主义的本质，从简单的人种见解进到民族的，特别是阶级的意识，“知道全世界革命的工农民众，都是他们的朋友”。
“要真主”反映了农民对政治安定的要求。他们以为“真主”可以镇压洋人和奸臣，而不懂得自救的力量在于他们自己。革命者应当告诉他们“从来就没有什么救世主”，“只有工农民众自己团结起来，才是他们得到生活安定的唯一出路”。
至于迷信，那主要是由于农民武装初起时武器落后，不得不求助于传说人物、供奉神仙、巫医符咒、乩台沙语……之类，借以吓唬敌人。当他们认识了这些东西在与现代武器对抗中不起作用，特别是当他们也学会使用现代武器之时，就会放弃迷信。
他特别指出：红枪会等农民武装掌握现代新式武器，是中国农民运动的大进步，“将要在中国农民武装自卫运动史中开一新纪元”。
李大钊没有仅仅把教育农民的工作任务赋予革命者。他号召农村中觉悟的青年们、乡下的小学教师们、知识分子们和到农村去从事农民运动的革命者一道“加入红枪会的群众里去，开发他们，辅助他们，把现在中国农民困苦的原因，和红枪会发生的必要，解释给他们听，让他们很明了的知道农民阶级在国民革命运动中的地位和责任，很明了的认识出来谁是他们的仇敌和朋友，很明了的了解红枪会的性质及其应走的道路”。
他认为，这样便可以使这个“蓬蓬勃勃的农民大运动”不至走上错路，不至重蹈以往失败的覆辙，才不会被军阀土豪欺骗，才能脱去落后和迷信……总之，只有这样的农民武装“才能真正的达到除暴安良，守望相助，阻御兵匪，抵抗苛税，抵制暴官污吏，打倒劣绅土豪的目的”。
从李大钊的这些考察分析中，人们还难以看到具有理论深度的有关农民与中国革命关系诸方面问题的细致入微的论述。他的思路与早年号召进步青年到农村去，启发农民，改造乡村的路子还有着十分近似之处。但他毕竟是借助马克思主义的分析方法和国民革命的理论，拓宽了自己的眼界。他提出的问题都是中国共产党领导中国革命所需要迫切作出解答的问题。作为中共党内最早探索这些问题的人，他的意见丰富了全党在此期间探索中国革命基本问题所取得的成果，为后来者提供了有用的借鉴。
从容就义
1926年3月17、18两日，由国民党中央政治委员会北京分会暨国民党北京市党部联络组织了抗议美、英、日等8个《辛丑条约》关系国公使因“大沽口事件”提出的“最后通牒”的请愿、国民大会和示威游行运动。李大钊作为国民大会主席团成员参加了18日的国民大会和游行。游行群众在铁狮子胡同临时执政府门前遭到事先埋伏的卫队的血腥镇压，是为“三一八惨案”。
18日晚，段祺瑞和国务总理贾德耀等在段宅开会，决定对集会游行的群众领袖从严惩办。次日，政府发布了逮捕李大钊等人的通缉令。
对于革命者来说，此时北方政治形势已经恶化。
几个月前，孙传芳以浙、闽、苏、皖、赣五省联军总司令名义，在“拥段反奉”的旗帜下，发动了讨奉战争，同时联合一些皖、直军阀包括国民军首领电请吴佩孚组织讨奉联军。但吴佩孚在汉口宣布就任14省“讨贼联军总司令”后，不忘前仇，以冯玉祥国民军为讨伐对象。
奉系内部郭松龄倒戈失败后，吴佩孚与张作霖取得谅解，形成奉军、直军、直鲁联军共同进攻国民军之势。在此期间，国共两党发动了大规模的拥护国民军，反对奉系军阀，推翻段祺瑞临时执政府的群众运动。皖、奉军阀对国共两党，特别是对共产党人恨之入骨，反动压迫因之愈加猛烈。
“三一八惨案”发生时，标榜为国民效力的国民军并没有给人民以保护和支持。事后，由国民军将领李鸣钟担任司令的北京警备司令部亦发布禁止群众集会的命令，这使国民党的领导者有理由认为，国民军有“脱离民众而与安福系勾结”的倾向。
李大钊考虑得更为深远。他同国民党驻北京的另外两名主要负责人李石曾、徐谦讨论后认为：段祺瑞政府的通缉令表明“他们决定要对国民党发起攻势，迫使冯玉祥明确表示他与我们的关系”。在这种情况下，国民军必须撤到南口，在那里修筑防御工事。国民军撤退之前必须粉碎“安福俱乐部”，赶走段祺瑞。国民党应当帮助国民军保存有生力量。
不管是出于对国民军倒向反动派的担心，还是准备应付国民军撤出北京后来自政府的更大压力，都有必要考虑从事地下工作的问题。因此，李大钊等于1926年3月下旬，关闭了设在翠花胡同的国民党党部办公处所，将国共两党北方领导机关搬进东交民巷苏联大使馆西院的一个旧兵营内。李大钊的妻子和两个女儿也一同住到苏联使馆内。
似乎是李大钊等的建议起了作用，4月9日夜，驻北京的国民军鹿钟麟部包围了国务院，推倒了段祺瑞政府。但鹿同时恢复了曹锟的自由，并电请吴佩孚入京“主持一切”，仍打算实现国民军和直系军阀联合，共同制奉的局面。结果在遭到吴的再次拒绝后，国民军才终于不得不撤出北京，退往南口。几天后，奉军和直鲁联军开进北京。
在奉系和直系军阀的高压之下，北京已无法开展群众工作。国民党主要领导人徐谦、顾孟余等相继离京南下，中共中央也准备调李大钊去武汉，但李大钊认为北京的工作仍很重要，坚持留下来。
在苏联使馆内居住的一年多时间里，李大钊除了在中共北方区委主办的《政治生活》上继续发表一些文章外，投入较大精力的是配合广东国民政府的北伐，继续从事北方非奉、直系军队的统战工作。他曾委托于右任去苏联说服在那里考察的冯玉祥，致使冯下决心回国，发动了“五原誓师”。他还致信晋系军阀阎锡山，劝其参加北伐。
这些工作取得了一定的效果。阎锡山后来将自己的军队改称国民革命军，山西改悬青天白日旗。他并非帮助共产党人，而是为了发展自己的势力，保住和扩大自己的地盘。冯玉祥后来充当了国民党宁汉两方的调停角色，亦丝毫没有给危难中的共产党人以帮助。尽管如此，他们对国民革命军的北伐予以了支持，加速了奉、直两系军阀的灭亡。
1927年4月，奉系军阀控制下的北京政府在经过较长时间侦察，发现了李大钊等人的行踪。6日上午，全副武装的军警300余人包围了苏联使馆。李大钊与妻子、两个女儿，连同滞留北京地区的国共两党工作人员及苏方人员共60余人一同被捕。此后22天，李大钊在警察厅的看守所里度过了他一生最后的时光。
没有什么确凿的材料证明，李大钊在看守所或审判中受到了“严刑拷打”；也没有什么材料确证奉系军阀采取后来国共对立时期国民党政府对待被捕的共产党领导人那样的做法：让李大钊写一份脱离共产党或国民党的声明或“自白书”之类，作为恢复其自由的条件。但有一点，张作霖与后来的蒋介石是相同的，就是对于李大钊这样的人物是杀还是放，取决于他在当时的形势下想要造成什么样的社会影响。
李大钊被捕后，表现出了一位彻底的唯物主义者的无私无畏的英勇气概，他“态度甚从容，毫不惊慌”，“俨然一共产党领袖之气概”；“精神甚为焕发，态度极为镇静，自称为马克思学说崇信者，对于其他之一切行为，则谓概不知晓”。他“在狱二十余日，绝不提家事”。当他在审讯处最后一次，也是唯一一次见到自己的妻子、女儿时，只静静地看了看她们，没有对她们说一句话。
他的这种无私无畏，来自他对马克思主义真理的信仰和对中华民族一定会独立，社会主义一定会在中国实现的信心，也来自他对人生的透彻看法。
在他看来，一个人的生命不过是宇宙那川流不息的大实在和那宇宙无限的青春的一部分。
他在1920年时写下的一篇散文中说道：