一日，耶和华差遣先知约拿前往尼尼微城，向那里的居民呼喊，因为他们的罪恶太重，为耶和华所憎恶。可是约拿不听从耶和华的命令，反而逃避耶和华。他登上一条开往他施地方去的船，准备到那里去躲避起来。
船行到中途，海上突然狂风大作，船差一点被击沉。水手们非常害怕，各人哀求自己的神，为减轻船的重量，把船上的货物都抛到海中。只有约拿一个人还躺在底舱，安然入睡。船主人把他叫醒，惊奇地说：“你这沉睡的人哪，为何这样呢？起来，求告你的神，或许神顾念我们，使我们不至灭亡。”有人建议用抽签的办法来确定究竟是谁得罪了神，才招来这场灾祸的。结果抽出约拿。众人问他是哪里人，约拿回答说：“我是希伯来人。我敬畏耶和华那创造沧海旱地之天上的神。”然后，约拿告诉他们，他是为躲避耶和华才上这船的。众人十分害怕，问道：“我们应该拿你怎么办，才能使海浪平静呢？”
这时，海浪越发翻腾，船马上就要被打翻了。约拿对众人说：“你们将我抬起来，抛在海中，海就平静，这场风暴全是由我引起的。”众人不忍心这样做，都竭尽全力荡浆，想把船划到岸上去，可是海浪越来越凶猛，船根本无法靠岸。于是众人求告耶和华说：“耶和华哪，我们恳求你，不要因这人的性命使我们死亡，不要使流无辜人血的罪归与我们，因为你耶和华是随自己的意旨行事。”然后，他们把约拿抬起，抛入海中，海浪果然平息下来。
耶和华安排一条大鱼把约拿吞入腹中。约拿在鱼腹里呆了三天三夜。他向耶和华祷告说：“我遭遇患难求告耶和华，你就应允我；从阴间的深处呼求，你就俯听我的声音。……我说，我从你眼前虽被驱逐，我仍要仰望你的圣殿。……那信奉虚无之神的人，离弃怜爱他们的主；但我必用感谢的声音献祭与你。……救恩出于耶和华。”这样过了三天，耶和华吩咐大鱼把约拿吐在旱地上。耶和华再次命令约拿去尼尼微，约拿便遵照耶和华的话去做。
约拿走了三天，来到尼尼微城，约拿进城走了一天，宣告说：“再等40日，尼尼微必倾覆！”尼尼微人信服上帝，便宣告禁食，老老少少全都穿上麻衣。就连尼尼微王也脱下朝服，披上麻布，坐在灰中。王还通告全城说：“人和牲畜都不准吃什么，也不准喝什么，都要披上麻布，求告上帝。各人都要回心转意，离开所行的恶道，丢弃手中的强暴。或许上帝不再向我们发怒，使我们不至灭亡，也未可知。”
上帝看见尼尼做人诚心悔改，就不把所说的灾祸降与他们。约拿为此大生耶和华的气，因为耶和华使他的预言落空。他向耶和华祷告说：“耶和华啊，我在未到尼尼微之前就知道会是这样，因为我知道你是有恩典、有怜悯的神，一定会后悔而不降灾与尼尼微人，所以我急速逃往他施去。耶和华啊，现在求你取我的命吧！因为我活着不如死去。”耶和华说：“你这样发怒合乎道理吗？”约拿来到城东郊外，在那里为自己搭了一座棚，坐在棚荫下，要看看尼尼微城究竟会怎样。耶和华让那里长出一棵蓖麻树，树比约拿人还高，树影给约拿带来了阴凉，使约拿免受日晒的苦楚。第二天黎明，耶和华又让一条虫子来咬这蓖麻树，以致枯槁。太阳出来的时候，耶和华让热风从东边吹来，太阳晒得约拿昏昏沉沉。约拿就为自己求死，说：“我死了比活着还好。”耶和华对他说：“你因这棵蓖麻发怒是合乎道理的吗？”约拿说：“我发怒以致于死，都合乎道理！”耶和华说：“这蓖麻不是你栽种的，也不是你培养的，一夜发生，一夜干死，你尚且爱惜；何况这尼尼微大城，其中不能分辨左手右手的婴儿就有12万之多，还有许多牲畜，我岂能不爱惜呢？”
约拿心悦诚服，不再与上帝争辩。