经络是藏象系统不可分割的部分，它包括经络与穴位，没有了经络，藏象也就不存在了。那么经络在藏象系统中有什么作用呢？
经络是神奇的通道
在《黄帝内经》中，经络最明显的作用是通道，它是人体气血运行的通道，就如同城市中的输水管道一般，将气血输入到全身。《灵枢?本脏》说：“经脉者，所以行气血，而营阴阳。”经络运行的气分为阴阳，阴者乃源化水谷，阳者乃发于经络。
经络除了作为气血运行的通道，它还是传递信息的通道。在解剖生理系统中，信息的传导都通过神经，它分为两个方式。一种方式是下传，大脑将发布的信息通过神经向全身传导。一种是上传，神经系统将搜集到的信息向大脑传导。
经络的功能与神经有共同之处，它也是信息传导的通道，不同的是，神经是解剖系统信息传导的通道，而经络则是藏象系统信息传导的通道。一方面，五藏神将发布的信息通过经络传导于全身，调控着整个藏象系统的运行。另一方面，经络又将本系统和解剖生理系统的状况信息传回五藏，为五藏的调控提供依据。
穴位是经络上的信息端口，《内经》说：“所言节者，神气之所游行出入也”，“神气”就是经络中运行经气的总称，它包括气、赤精、神。经气通过穴位到达身体各部位及表面，十二正经的经气通过穴位注于络脉。根据中医的整体理论我们认为，穴位是经络（第二生理系统）的门户，是经气进出的端口。穴位有四大功能：
一、穴位是经络之间经气转注的出入口。人体除了十二经、奇经八脉外，每一条经都有许多络脉，经气必须通过穴位流通到络脉中，它也是络脉回流经气的进入口，完成全身经气的周流不息。
二、穴位是经络的对外接收器。经络气门随太阳的运行节律而开闭，说明经络穴位有调节第二生理系统与宇宙自然的功能，经络通过穴位，直接接收来自宇宙的精气。但不受欢迎的宇宙精气（邪气）也通过穴位进入经络，导致疾病的发生，“客者邪气也……邪循正气之所出入也”，即邪气通过穴位进出经络。
三、穴位是沟通第二生理系统与肉体解剖系统的端口。经气对肉体的营养功能就是通过穴位来实现的，穴位就像是个喷泉，将对肉体解剖系统有用的物质喷射到五脏、六腑及全身。同时，穴位也通过回收经气感知来自肉体解剖系统的疾病信息。
四、穴位是第二生理系统的对外感知器，它感知外来的信息。就如同两个人有信息交流一样，两个独立的第二系统之间，也有相互沟通的需求，即两个藏象精神主体之间也会发生沟通。沟通的双方以气的方式进行交流，而交流的门户就是穴位。事实证明，孪生同胞之间、母子之间、父子之间等有一种超乎人们想象的感知力，就是由于他们有更加相近的信息沟通渠道，即使远在万里之外，也能相互感受对方。
我们应该明白一个事实，当中医面对病人的时候，表面上是两个人之间的对话，而实际上却是两个藏象系统的对话。所以，如果将针灸治疗比喻成一场两个主体的对话，可能更接近中医的原理。
我们认为，针灸实际上是一种信息的传导术，它与气功的治疗在原理上完全一致。施针者在了解了病情之后，将他所了解的信息通过针刺传导给病人的藏象系统，但最后进行治疗疾病的，并非是施针者本人，而是病者自己藏象强大的调节功能。
从《内经》的记载看，针灸的最终作用对象不是穴位，而是通行于穴位中的经气，故《内经》说“凡刺之道，气调而止”、“刺之要，气至而有效”。针灸十分讲究“得气”，得气的感觉有酸、麻、胀等。所谓的得气，我们理解为施针者与经气建立了某种联系，即施针者将信息传递给经气，并得到了经气的回应。没有回应的，就没有疗效。就如同打个电话让对方办事，对方不接电话，或者电话总占线，这事自然就办不成。
所以针刺五要的第一要领就是“治神”，意思是针灸不治病而治神，即针灸的最终目的并不针对疾病，而是针对对方的藏象五神，针灸就是要“合形与气，使神内藏”，这样身体上的疾病就自然治愈了。
施针者“得气”与否，并不完全取决于选择穴位的正确程度，而主要取决于施针者自己的修为程度。施针者的修为指的是“天人合一”的程度，我们认为，所谓的“天人合一”，指的就是人体解剖系统与藏象系统的沟通程度，本质上是两个精神主体（大脑精神主体、藏象精神主体）的沟通程度。施针者的修为越高，就越容易“得气”，他传递的信息就越准确、越具体，疗效自然也就越高。《素问?针解》曰：“必正其神……令气易行也。”《灵枢?终始》曰：“必一其神，令志在针。”即施针者有神，就能与病者经气的运行合而为一，这就是“得气”。因此可以得出这样一个结论：真正的气功师如果施针，他的疗效要远高于平常人。
从历史上看，古人善针，而后人善药。《内经》有重针灸而轻方剂的倾向。《内经》记载的处方只有十三个，但讲针灸的篇章远多于药物的篇章。《内经》中唯一提到的早期医学著作也是关于针灸的，例如《黄帝内经》中多次提到“九针”、“针经”等早期医书，从篇名判断，它们肯定与针灸有关。马王堆出土的医书也是以经络、针灸为主，而方剂却少一些。所以我们认为古人善针，而后人善药。
为什么古人善针呢？大约是这样的：古代人心态较之后人更朴实，在人性上更加自然。从文明上讲，古人的文明程度不高，正因为文明不高，所以两个精神主体之间的砖墙才没有后来的厚，他们更容易使两个精神主体间沟通，达到某种“天人合一”的状态。而这种状态在施针时，有特别的疗效。后人随着文明的发展，心状越来越不平和，很难达到心神合一的境界，所以施针的疗效比之古代相差甚远，不得不靠药物来弥补。据统计，目前针灸术对400多种疾病有疗效，但有特效的只有40多种。究其原因，可能与文化背景的越来越复杂化有关。
当人们不能普遍达到“天人合一”的某种程度时，即施针者的藏象精神主体与病人的藏象精神主体不能直接对话时，这就需要为针灸建立一套传导信息的方法，这就是刺法，即针刺的具体方法。这有点像海军的旗语，双旗无规则的挥动是没有意义的，当有规则挥动时，就可附加某种信息。针灸也是如此，它通过一套相对固定的刺法，而传递信息。针灸的刺法有很多，如补泻法中就分为开阖补泻法、呼吸补泻法、寒热补泻法、迎随补泻法、徐疾补泻法等等。