胡惟庸案之后，又有了蓝玉案。蓝玉是开平王常遇春的小舅子，臂力过人，很能打仗，建立过很多功勋，很快就升起来了。人功劳大了，就容易忘了自己的弱点，说话也不分场合。有几次当着朱元璋的面，也不大客气。朱元璋就不喜欢他了。后来锦衣卫告发蓝玉要谋反，朱元璋就把他抓起来，施以酷刑，蓝玉受不过刑，问什么就招什么，一下子牵扯进来许多人。朱元璋对蓝玉施以肢解的刑罚，把另外的人也杀了，这一案，至少杀了15000人。
有了胡蓝两大案，4万官员被杀。开国的功臣，几乎就被杀干净了。
朱元璋穷人出身，做过和尚，生得又丑，朱元璋做真龙天子，人们忌恨他，就嘲笑他的经历和长相。朱元璋做真龙天子，忌讳不光彩的经历，就兴文字狱。文章中用了殊字，他就说是歹朱，用了光字，他就说骂他秃头和尚，用了则字，他就说讥笑他是反贼，因为则贼音近。他非常痛恨不恭敬他的人，犯了忌讳，就要被杀头。古代圣人中的孟子，有一些民主思想，说过民为本，君为末，民为重，君为轻的话，朱元璋就大为气愤，曾说过：“孟子这老头，亏得早死了，若是在我朝，非严办他不可。”
朱元璋两次大屠杀的对象，都是他初起兵时亲如手足的患难朋友。他们为朱元璋效命，当他们以为可以分享富贵时，却遭到朱元璋的毒手。然而，这两次大屠杀不过只是整批死亡。
事实上朱元璋每天都在屠杀，像皇太子的教师宋濂，朱元璋尊称他是“圣人”，来往宫中，如同一家，因他孙儿牵涉到胡惟庸案中，仍被贬窜而死。
朱元璋最信任的智囊刘基（刘伯温），他的高度智慧使朱元璋如芒刺在背，终于把他毒死，反而宣称是胡惟庸毒死的，故意向宰相之一的汪广洋询问是否知道。汪广洋不明了朱元璋的用心，回答说不知道。朱元璋大怒，立即把汪广洋贬窜，等他走到中途，再下令把他绞死。平定云南的大将傅友德，父子同时处斩。平定广东的大将朱亮祖，父子同时被鞭死。大臣李仕鲁在金銮殿上表示坚决辞职，朱元璋认为看不起他这个皇帝，叫武士摔死阶下。
朱元璋的天下成了恐怖世界。官员们每天早上入朝，即跟妻子诀别，到晚上平安回来，合家才有笑容。首都应天（南京）如此，全国各地皆然。
3.杀尽功臣，除去权力隐患
朱元璋滥杀功臣，在历代帝王中，是很罕见的。连他的儿子都看不过去，婉言劝说老子。朱元璋将一根荆条扔在地上，让儿子拿起来，儿子见荆条上有许多刺，有些犹豫，朱元璋就将荆条上的刺掰下去，递给儿子做手杖。他说：“我替你把这些刺除掉，你不是就好用来做手杖了吗。这对国家也是一样的。”原来，朱元璋是怕这些功臣功劳太大了，太子将来管束不住他们，就将他们先杀了，为太子当权扫清道路。朱元璋是不愿在自己死后，儿子遇到帝弱臣强的局面。
除去蓝玉之后，开国功臣武将中封公的只剩下信国公汤和、宋国公冯胜以及颍国公傅友德。汤和保身有术，早已告退，又在洪武二十三年（公元1390年）中了风。冯、傅二人此时要保住身家性命却也难了。
洪武二十六年（公元1393年）三月十一日，冯胜、傅友德接到命令，让他们率军到山西、北平备边。皇上诏令上写得明白，他们及所属卫兵将士，都要听从晋王朱讽、燕王朱棣的节制。凡军中机密，一份上奏朝廷，一份报与二王知道，成为定制。4天后，明太祖又下诏给晋、燕二王，凡军中赏罚，重大的报与他知晓，小事则可自行处理。早在二十三年（公元1390年）时，傅友德、王弼已随燕、晋二王北征，那是明太祖有意锻炼他的儿子。因此，蓝案后，军中大权尽归王室，没有任何阻力。余下的就是处置冯胜与傅友德二员功臣骁将了。
傅友德死于洪武二十七年（公元1304年）十一月，关于他的死，历史记载不同，有的说是牵入蓝党赐死，有的讲是暴卒，还有的记录是自杀，但不管怎么说，他都不是善终的。
傅友德是在明太祖取江州（今江西九江）时投靠的。他作战骁勇异常。鄱阳湖大战中，他驾驶轻舟，孤身深入，不顾中箭多处，依然奋勇直前，越战越猛，只他一人就杀死数百敌军。随后又扼守泾江口，切断陈友谅败逃之路，立下汗马功劳。武昌战役里，他身先士卒，强忍箭穿面颊的剧痛，生擒敌将。建国后又屡立战功。洪武十四年（公元1381年）明太祖任命他为统军总帅。平定云南后，由颍川侯晋升为颍国公。明太祖还把寿春公主嫁给他的儿子傅忠，把他的女儿配给晋王世子为妃。这是傅友德的忠心换来的宠遇。此后，傅友德越加忠心。
洪武二十五年（公元1392年）年初，他因请求怀远官田被明太祖申斥，年底，从北方召回京师，明太祖给了他太子太师的荣衔。然而，很快兴起的蓝玉党狱笼罩京师，蓝玉的死，也使傅友德心中蒙上了阴影。他的老部下定远侯王弼去拜访他，对他讲了几句心里话：“皇上年事已高，早晚会动手把我们这些功臣都杀尽。”
傅友德沉默不语，心头像是有块巨石压着，沉重得喘不过气来。尽管傅友德一言未发，王弼所说的话还是很快就被明太祖手下众多的耳目探听到了，这更加重了明太祖除去傅友德的砝码。
洪武二十七年（公元1392年）十一月二十九日，傅友德入朝参加明太祖主持的宴会，席间明太祖见傅友德之子傅让守卫在旁，没有佩戴剑囊，他认为这是对他的无礼。接着，他封剑赐给傅友德。傅友德心中战栗着，他明白君要臣死，臣不得不死，君要臣亡，臣不得不亡。他跪拜受诏，在使者面前把心一横，杀了儿子，使者回报，明太祖还故作惊讶，说这样做不恨我吗？此时的傅友德精神已经全面崩溃，他愤然自尽在朝门外。他死后，明太祖余怒未消，抄了他的家，把他一家大小都发配边地。只有寿春公主之子一人得免，后来做了金吾卫千户。
傅友德死后，冯胜的日子屈指可数。
冯胜，原名冯国胜，定远人。想当年，他和兄长冯国用一起投奔明太祖，二人文韬武略，有勇有谋，冯国用首议攻取金陵创建帝业，兄弟二人很受重用。冯国用早年病故，冯胜数载征战，屡建奇功。洪武五年（公元1372年）北征时，徐达、李文忠、冯胜统三支人马分道进发，只有冯胜一路获胜回朝。后来他女儿被册封为周王妃，与明太祖也算是亲家。在徐达、李文忠死后，他成为明太祖的第一号统帅。洪武二十年（公元1387年）平定东北战役，他是全军统帅，战役大获全胜。但其间发生了冯胜贪求珠宝、良马以及强娶降人之女的不光彩插曲，因此回朝后，明太祖没有给赏，收回大将军印，让他回凤阳老家居住。此后再派他出征或备边，就不给大将军的指挥权了。
洪武二十八年（公元1395年）初，冯胜与亲戚樊父反目成仇。原来他在家中不甘寂寞，常在打稻场埋下瓦罐，听碌碡滚过时的咚咚声，也许他一生征战，这能使他想起当年的战鼓隆隆吧。此外，他出入都骑马。樊父把他平时乡居所为上告明太祖，诬告冯胜打稻场下埋有兵器，图谋不轨。明太祖就把冯胜召去，赐给他一杯毒酒，并且对他说：“朕不问。”冯胜心知凶多吉少，但多说无益，举杯一饮而尽，随即退出。他就这样去了极乐世界。不过比傅友德多活了两个月零几天。
至此，军中骁勇之将几乎被杀了个干净，“功臣宿将相继尽矣”，明太祖收军权于皇室，为朱家天下斩除荆棘的目的达到了。
在所有共患难的老友之中，只有三个人保全生命，没有被戴上谋反的帽子。一是常遇春，一是徐达，一是汤和。常遇春运气最好，早早地就死掉。徐达事实上死于处决，他患一种疽疮，最忌鹅肉。朱元璋偏偏送一碗鹅肉给他，并命送鹅肉的宦官在旁监督着他吃掉。徐达一面吃一面流泪，当晚毒发逝世。没有被杀的，只有汤和一个人。汤和也是看见势头不好，不要官不管事，整日饮酒，喝得稀里糊涂的，才算保住了一条性命。所以事实上只有汤和一个人活得最久而且善终。他逝世后，他的家族暗暗庆祝。
4.严惩贪官，活剥人皮
朱元璋不仅杀功臣，还杀贪官。他年轻时受过苦，知道贪官是怎样残害百姓，以致于激起民变。朱元璋做了明朝的开国皇帝后，处处留心，既怕别人篡了他的皇位，也怕官逼民反。因此，对查办赃官贪吏也严格起来了。
朱元璋杀贪官有标准，凡贪污够60贯钱，就是杀头之罪。60贯钱在当时大约就是折合十几两银子。这个数目并不大，但是朱元璋不饶过他们。那时，衙门左侧，都建一座小土地庙，有贪官，就在土地庙前杀死剥皮，然后将干草塞入皮中，制成人形置于公堂一侧。以警告下届官员。有的官员办公，身后就有好几个前任官员的干尸。这该是一种什么心情？所以一度吓得没有人敢出来做官，朱元璋也不怕，该你做官你躲着，就追到你家里去杀你，非逼出来做官不可。土地庙因为常剥人皮，老百姓就管土地庙叫剥皮场。官员不仅贪污不行，随便欺压百姓也不行。所以虽然杀了很多官员，老百姓反倒觉得扬眉吐气。
有个郭桓，是国家征收税赋的高官员，他仗着权势，盗卖军粮，越干越大，竟然把国家用粮仓中三年的积蓄盗卖一空。全国13个布政司，他同12个都有勾结，几年贪污粮食就达2400万石，这个数字同当年国家秋粮的实征数相等。案情败露后，越查牵连的人越多，连朱元璋都吓了一跳。不过朱元璋还是狠下一条心来，决意要杀这些人，哪怕天下就此反了，他也要杀。这一刀，杀了几万人。
明初的时候，贪污受贿成风，怎么杀也刹不住，朱元璋心如铁石，概不动摇，杀来杀去杀了几年，果然官场风气大为好转。明朝能维持270年统治，和朱元璋严惩贪官，是有很大关系的，为了防止官员涂改账册，他还下令将一二三四五六七八九十百千大写作壹贰叁肆伍陆柒捌玖拾佰仟，这种方法一直延续使用到今天。
为确保社稷，朱元璋不但增加了大批的检校和锦衣卫人员，而且自己有时也私下察访，了解民情。
洪武十五年（1382年）的一天，朱元璋趁闲去户部走了一趟，想了解一下财政收支账目的核算情况。这时，户部的官员和各省来的计吏，都正在低头噼里啪啦地拨着算盘，两眼盯着算盘上的珠子，认真核算钱粮、军需等款项的数目字，谁也没有注意到他。他站了一阵，见大家都在认真算账，心里十分高兴，没说什么便走了。不料他的身子刚刚转过去，忽听那边传来了一阵争吵声，仔细一听，原来是户部一名官员和一个计吏在争嘴。户部官员说那个计吏的账目不平，计吏则不服气，两人便争执起来，最后只听那个户部官员指着账簿说：“不平就是不平，钱、粮数字，差一分一毫一升一合也不行，你这个册子定要重新填造！”朱元璋看完听罢，对那个户部官员非常满意，心想：朝中的官员能都像这位户部官员一样，忠心耿耿为朝廷办事，那就好了。
明朝铜钱朱元璋看出了兴趣，到了下午竟又去了一趟。就在这下午一趟的闲看中，恰巧又遇上了上午发生争执的那个计吏和官员在谈话，只见那个计吏把账目簿递给了那户部官员，说：“册子重造好了，你再核核吧。”户部官员接过去翻一翻、查一查、拨拨算盘珠，笑着说道：“好了，这回平了。”朱元璋在一旁看着听着，脸上的笑容忽然退去，眉头拧了起来，快步走了过去，一把抓过那账簿翻了翻，然后转脸问那计吏道：“你们那省离京师有多少路程？”那计吏一看是皇上，连忙跪倒说：“三千多里。”“那你上午才回去，下午怎么就到了呢？你骑的是啥马，跑得这么快？”那计吏一听这话，“通，通，通”连磕了三个响头，不敢隐瞒，连忙答道：“小人没回去。”“没回去？这账目簿上的大印是从何处盖来的。”朱元璋瞪大眼睛，逼着问。“这……这……”这一逼问，却将那计吏吓得脸色刷白，说不上话来。
原来，每年各地报户部的地方财政收支账目，都是县报州，州报府，再由府报布政司，布政司报户部，最后由户部一项一项、一款一款审核，完全相符了，才算了结。不相符的便重新造册，还要再盖上原衙门的大印才算通过。各布政司离京城远的六七千里，近的也是千里百里，一来一回，远的要一两个月，近的也得好几天，哪里能回去呢？为了使重新造册节省时间，少跑路程，计吏们来京城之前都有盖好的官印的空白文册，遇到数目不符，便在预先准备好的空白文册上修改重填。
朱元璋了解到这一弄虚作假情况后，立即展开屠杀行动，上上下下不知被杀了多少。历史上这一事件被称为“空印案”。
根据统计，明政府副部长以下，和南直隶（江苏省）一省大小官员，因贪污罪名死于监狱或被判决做苦工的，每年都有数万人。而严厉的追缴赃款制度，更向四方蔓延，全国中等以上人家，几乎全部破产。
严惩贪污本是好事，但问题在于没有严格的法律措施，即被指控贪污的官员，是不是真的贪污，在酷吏酷刑之下，连灭三族的谋反罪名，都坦承不讳，更何况仅杀一身的贪污。不过真正的恐怖并非死刑，而是追赃。死刑一死即了，追赃则遗祸无穷。死囚的财产不足以赔偿赃款时，在拷打中只好供出曾寄存某家若干，于是某家即被摧毁。如果仍不能够足额，那一家在拷打下也只好再供出曾转存到另一家若干。辗转牵引，千里外素不相识之人，都会成为窝主，家破人亡。
5.“廷杖”与“文字狱”
洪武时开创了“廷杖”制度。廷杖，即在大庭广众之下，用木棍对罪犯拷掠（打问），如果被处罚廷杖一百以上，他所接受的即是死刑，而且是极端痛苦羞辱的死刑。在廷杖制度下，上自宰相，下至平民，没有人能维持人性的尊严。
被朱元璋廷杖的大臣不可胜数。司马迁曾谈到“刑不上大夫”的原因在于“此言士节不可不勉励也”。意为士大夫既然是朝廷的官员，就应该让他们保有自尊，有尊严才能有士节，有士节才会有所作为。这是使士大夫能够与朝廷保持一心和坚持操守的保障。而朱元璋刻意要打掉士大夫的尊严，把士人变成软体动物。
明朝之初的文人士大夫可以分为四类：一是元朝遗民，二是元末战乱中曾为其它集团服务的士人，三是追随朱元璋的士人，四是隐居不出的士人。
历来新王朝建立后对于前朝遗民大多采取优惠态度，这是用以显示本朝的宽大和实行孔子的“忠恕之道”的。朱元璋可没有这种雅量，《明朝小史》记载：“帝既得天下，恶胜国顽民，窜入淄流，乃聚数十人，掘一泥坑，特露其顶，而用大斧削之。一削去头数颗，名曰‘铲头会’。”这种残忍的杀人法古今少见。
对于第二类人比对元朝遗民还要严酷。在元末群雄逐鹿之中，吴中四士——高启、杨基、张羽、徐贲都曾是张士诚的座上客，杨、徐还做过张士诚的官。后来，这四人都曾出仕明朝，但是没有一个有好下场。高启诏修《元史》后，授翰林编修，乞归。后因为苏州知府魏观建知府衙门时写“上梁文”而被腰斩。杨基入明曾官至山西按察使，被谗削职，罚做劳役，死于工所。张羽入明曾官至太常丞，因事被流放岭南，自投龙江而死。徐贲入明曾为给事中，后任河南左布政使，后因犒军不时，下狱死。