余秋雨先生在《行者无疆》的结语中说道：“就一种文明而言，只有失去了生命而成为废墟，才会单方面地听凭别人品头论足……”那么秦始皇为什么要焚书、坑儒呢？所谓的“焚书坑儒”实际上是两个独立的事件。公元前221年，中国历史上第一个大一统的封建集权王朝——秦朝建立。当时的学术界还处于春秋战国时期的百家争鸣状态，严重阻碍了秦始皇所征服的原六国民众思想的统一，并威胁到了秦朝的统治。
公元前213年，在秦始皇的咸阳宫酒会上，秦丞相李斯进言，说诸子百家“入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群下以造谤。”于是，秦始皇为了统一原六国人民的思想，自然批准了李斯的建议。立刻下了一道命令：除了医药、种树等书籍以外，凡是有私藏《诗》、《书》、百家言论的书籍，一概交出来烧掉；谁要是再私下谈论这类书，办死罪；谁要是拿古代的制度来批评现在，满门抄斩。这一运动一直持续到公元前206年秦朝灭亡，史称“焚书”。比较可惜的是各国的史书，烧了个精光，大大增加了司马迁写《史记》的难度，《史记·六国年表序》：“惜哉！惜哉！独有《秦记》，又不载日月，其文略不具。”也使得西晋挖出的魏国史书《竹书纪年》身价倍增。隋朝牛弘提出“五厄”之说，论中国历代图书被焚毁，首当其冲即为秦始皇焚书，二是西汉末赤眉起义军入关，三是董卓移都，四是刘石乱华，五是魏师入郢。
而在焚书开始的第二年，即公元前212年，秦始皇迷信方术和方术之士，认为他们可以为自己找到神仙真人，求得长生不老之药。他甚至宣称：“吾慕真人，自谓‘真人’，不称‘朕’。”而一些方士，如侯生、卢生之徒，也投其所好，极力诳称自己与神相通，可得奇药妙方。但时间一长，他们的许诺和种种奇谈总是毫无效验，骗局即将戳穿。而秦法规定：“不得兼方，不验，辄死。”因此，侯生、卢生密谋逃亡，在逃亡之前，还说秦始皇“刚戾自用”，“专任狱吏”，“贪于权势”，未可为之求仙药。始皇知道后大怒道：“卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，是重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。”遂下令拷问咸阳400多名书生，欲寻侯生、卢生。事后，将相关460名书生和方士以巨石掩埋，同时还谪迁了一批人至北方边地，史称“坑儒”。
秦王焚书坑儒，焚的是诸子百家除法家外的思想著作，坑的是儒家弟子。他的本意是巩固自己的统治，统一六国百姓的思想。从性质上讲，坑儒是焚书的继续，两者只是起因不同而已。最早将秦始皇“焚《诗》、《书》”和“坑术士”两个事件联系在一起的，则是身为汉儒的司马迁。
余秋雨先生在《天涯故事》中提到“中国历史上每一次实质性的进步，都是由于从种种不正常状态返回到了常识、常理、常态，返回到了人情物理、人道民生。包括我们亲历的当代历史进程，也是如此。”从实质上来看，“焚书坑儒”其实是一次统一思想的运动。当年秦始皇统一六国之后，在政治结构上，废除了分封制，在全国范围内施行郡县制；在文化上，统一了文字，以小篆为标准的官用文字；在经济领域内，统一货币，统一度量衡。这些措施都是国家大一统的基本要素，是国家强暴力能够控制的要素。但有些东西是国家强力结构很难驾驭的，特别是在秦朝初年，战国时期刚结束，百家仍然在争鸣中，思想领域内极度混乱，而一个国家能在多大程度上统一，最主要的就取决于能在多大程度上形成共同的价值观，而思想混乱是形成共同价值观的大敌。因此，光在政治、经济、文化等方面有大一统措施还不行，最关键最长远的统一要素是思想的统一，形成统一的核心价值观念，才能让政治、经济、文化等领域内的统一措施有效。
当时最大的两种思想潮流就是儒家和法家。而秦国信仰的是法家，实行以法治国并因此富国强兵，最终横扫六合统一天下。儒家尊古，而秦始皇统一中国偏偏是新事务，他采取的措施也都是些新措施，这些东西都是不符合儒家理念的。当时六国贵族，借着儒家的“克己复礼”，妄图恢复周朝的分封制，从而取得失去的权势。
对于刚刚统一的秦朝来说，统一思想就是维护大一统的关键措施。因此，秦始皇在找到了几个儒生茬之后，一场统一思想的文化运动就开始了，手段是激烈了点，但客观效果明显。虽然统一的秦朝只持续了十几年，但秦朝以后的所有统治者，无一不把统一思想看成维护统治的关键手段，到汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”，中国大一统思想正式形成。此后所有的统治者，基本上都把儒家思想作为国家的核心思想。这里需要特别说明一下，秦朝“坑儒”，和汉朝的“尊儒”，其实质是一样的，都是要统一思想。
实际上从汉朝以来，所有的封建统治者，基本上都是施行的“阳儒阴法”，或者是“实法名儒”，就是表面上是采用儒家观点，实际上却是法家的手段。皇帝用法家的方法统治天下，而用儒家的学说教化百姓。法家强调的是权、术、势，古人把这些东西当成是帝王术，作为驾驭百姓群臣的方法；而儒家学说主要是强调仁和礼，仁和礼最大的益处就是从道德上形成行为自觉，而不用采取暴力措施，是维护等级制度的好工具，所以历代统治者都用儒学教化天下。而当年秦始皇由于没有认识到儒学是可以利用的，所以采取了激烈手段。
这种情况下，如果不能在全国统一思想，也就是统一信仰，秦国就很难施行正常统治，尤其在六国后代欲谋复国的复杂形势下，他必须有所选择地采取一些措施，借以求得人心统一江山万年。实事求是地说，在那个特殊背景下，不统一思想根本无法进行统治，客观上，思想争论不能持续太久，一个文化繁荣期后，要有一个总结，也就是要停止无尽无体的无谓争论，必须快刀斩乱麻，以铁腕结束这个繁荣期，进入统一期。
余秋雨先生还提到“只有在现代的喧嚣中，废墟的宁静才有力度；只有在现代人的沉思中，废墟才能上升为寓言。”在谈到秦始皇的焚书坑儒，总有人会提及康熙、乾隆的“文字狱”做对比。其实，两者的根本目的都是为了巩固政权，加强思想控制，只是方式不同。清朝的文字狱，次数之频繁，株连之广泛，处罚之残酷，超过以往任何一个朝代。满清统治者除了对人民进行残酷的政治和经济压迫之外，在文化上也进行极权统治，对知识分子进行迫害和打击，以达到消灭异端，钳制思想的目的。这就是文字狱的一种社会退步，但从发展来看，没有思想，没有思想家的民族也便是没有发展的民族。
事实上，自有文字开始，也便有了“文字狱”，历史上的文字“废墟”又何止“焚书坑儒”、“文字狱”，中国的文明遭受了那么多次巨大的打击，仍能屹立不倒，本身就值得我们骄傲，我们又何必要求这么苛刻，非要辨出谁对谁错呢？正如余秋雨先生所说“没有废墟，就无所谓昨天，没有昨天，就无所谓今天和明天。”我们只能从昨天留下的废墟中挺进。“废墟是起点，废墟是进化的长链。”我们只要把他们当做一面镜子，照亮古今就好。