淝水之战以后，东晋朝廷在处理南北关系方面，在控制士族权臣方面，都处于有利地位。一时皇权有振兴之势，门阀政治出现转折。
东晋朝廷内部，士族当轴人物陆续凋零。桓冲死于淝水之战的第二年即太元九年（384年），谢安于淝水战后未及受赏，于十年死。十三年，谢玄、谢石相继死。东晋士族人物，无论居中居外，无论事功学术，再没有过去那种人才相衔而出的优势了。
东晋门阀政治，重门第兼重人物。当权门户如无适当人物为代表以握权柄，其门户统治地位也就无法继续，不得不由其它门户取而代之。例如，王导死后，琅玡王氏就逐渐衰弱；庾翼死后，颍川庾氏几乎消亡；桓温死后，陈郡谢氏代之而兴。凡此都是人物存亡影响士族门户地位升降之例。所以当轴士族在择定其门户的继承人时，往往是兼重人才而不专重嫡嗣，宁重长弟而不特重诸子。
王导兄弟辈几乎都居重任，庾亮死而弟庾冰、庾翼相继握权，桓温临死不以世子而以弟桓冲代领其众，谢安继诸兄弟之后始出仕而又于宗门中特重其侄谢玄。这些都是士族慎择人物以图光大门第之例。
庾翼临死，庾氏门户中才能出众的人已不可得，乃以子庾爰之代为荆州，引起满朝非议，朝廷才以桓温为安西将军荆州刺史。
从一个士族门户看来，有了其家族的政治地位，每个家庭的利益都有了保障。东晋门阀政治维持了一个世纪之久，当轴士族换了几家，但门阀政治的格局依旧。看来其原因之一，是士族重视宗族利益而不只是着眼于一个家庭，因而能够从全族中慎择人才以保障门第。
南渡士族虽重人才，但是经过三代、四代之后，士族腐朽程度普遍增加，人才越来越感匮乏。南渡士族往往是在若干家士族的极小范围内通婚，尽管为了扩大通婚面而不拘行辈，“不讳庶孽”，也不可免于出现生理学上人才退化的趋势。东晋末年的政局中，各家士族都不再见到如前出现过的人才，这显示门阀政治的全盛时期已经过去。
门阀政治，以特殊际遇下出现的“王与马共天下”为开端，下启庾、桓、谢氏迭相执政局面。各家执政情况虽然不尽相同，但基本格局仍然是庾与马、桓与马、谢与马共天下。这是秦汉以来专制皇权结构的一大变局。当轴士族控制皇权，操纵政柄，在一定时期内其统治居然比较稳定，朝廷政变极少出现。但是从秦汉以来传统的政治体制说来，国家权力结构的这种变化，毕竟是不正常的，不能长久维持。某些要求有所作为的皇帝，自然会重用近臣、外戚、宗室，以图抑制士族权臣。
淝水战后，形势起了变化。谢玄北伐，值北方各族混乱异常，北府军胶着于中原，劳多功少；谢安、谢玄面临皇权的挑战，步步退却，谢氏人物日渐凋零；其它士族则既无勋劳又乏人物，不足以各树一帜，制约皇权。门阀士族已是今非昔比。另一方面，东晋朝廷经历了一个极度衰弱的阶段以后，孝武帝开始积极伸张皇权的努力，初显成效。
孝武帝伸张司马氏的皇权，主要依靠母弟会稽王司马道子。司马道子录尚书事，以相权辅佐皇权。孝武皇后为太原王氏王蕴之女，王蕴及其亲属自然支持孝武帝。会稽王妃为太原王氏王坦之之子王国宝的从妹，王坦之的后人自然支持会稽王司马道子。太原王氏的这两部分，即王蕴父子和王国宝兄弟，均以皇室姻亲而成为东晋晚年政局中的重要人物。他们的权势分别来自皇权和相权，分别从属于皇权和相权，也就是说，他们都从属于司马皇室，与前此居位的某几家士族与司马氏共天下者，已大有不同。
这样，以司马道子的相权辅佐孝武帝的皇权，加上主、相的分属太原王氏两支的后党、妃党的助力，东晋朝廷出现了一种不同于门阀政治的政治格局。这种政治格局基本上与汉、晋以来以宗室、外戚辅佐皇帝、驾驭朝廷的格局相同，只不过有以太原王氏为代表的士族权宜维系于其间，还保留着门阀政治的痕迹。东晋政权在孝武帝时，如果不是司马皇室与诸家士族同样腐朽不堪的话，是有可能结束士族凌驾皇权这种门阀政治的格局，而回归于专制皇权的古老传统的。
孝武帝力图伸张皇权，还可以从他用儒生、兴儒学这两端得到说明。因为儒家是讲究“忠臣孝子”、“君权神授”的，这符合司马家族的利益。
皇权政治的逐渐恢复，主要人物是孝武帝和司马道子。史籍所载，孝武帝是昏君，司马道子父子是乱臣，这些都是事实。但，在这些昏君、乱臣的某些行事中，却体现了门阀政治向皇权政治的转折。回复皇权政治，是回复中国古代历史的常态。这是客观的历史趋势，与评价门阀政治无关，也与评价人物无关。或者还可以说，正由于昏君乱臣当朝，本来是可能有所收获的恢复皇权的活动，才没有出现真正的成效，徒然成为一阵噪音，一场闹剧。