赤潮作为一种复杂的生态异常现象，它的发生是由多方面引起的。关于赤潮发生的机理虽然至今尚无定论，但是促使它发生的因素还是有些定论的。
赤潮发生的首要条件就是赤潮生物增殖要达到一定的密度，否则，就算其他因子都适宜，也不会发生赤潮。虽说在正常的理化环境条件下，在浮游生物种赤潮生物所占的比重并不大，而且有的还会成为鱼虾等的食物如鞭毛虫类或者甲藻类，因此形成赤潮的几率就很小。但是由于特殊的环境条件，还是有某些赤潮生物过量繁殖，便形成赤潮。大多数学者认为，赤潮发生与下列环境因素密切相关：
首先，海水富营养化是赤潮发生的物质基础和首要条件。由于城市工业废水和生活污水过多地排入海中，使营养物质在水体中副集，造成海域富营养化。因此，水域中增加了很多氮、磷等营养盐类，铁、锰等微量元素以及有机化合物的含量，从而促进赤潮生物的大量繁殖。
除了环境因素的影响，还有一些有机物质也会促使赤潮生物急剧增殖。如用无机营养盐培养简裸甲藻，生长不明显，但是如果加入酵母提取液，生长就会显著，加入土壤浸出液和维生素B12时，光亮裸甲藻生长特别好。