11世纪下半叶，意大利、法兰西、德国等西欧国家的农民和城市市民开展了反抗教会封建神权统治的异端运动，12世纪运动达到高潮。12世纪末，法国南部的阿尔比派的势力压倒了罗马教会，被正统教会视为最危险的敌人。教皇英诺森三世为寻求更有效的镇压手段，于1215年召开第四次拉特兰宗教会议，颁布《教皇敕令》，建立异端裁判所（又译宗教法庭）。洪诺留三世继位后于1220年发布通令，由多明我会和方济各会修道士建立异端裁判所，直属教皇。
格利哥里九世任教皇后，又于1233年发布通令重申上述措施。此后法国、意大利、德国、西班牙、葡萄牙等天主教国家中普遍成立异端裁判所，旨在镇压反教会、反封建的异端分子及有异端思想或同情异端的人。异端裁判所直属教皇，不归世俗当局和地方教会管辖，不受教会法规约束，并设有监狱。1252年教皇英诺森四世批准使用酷刑，对异端分子公开宣判，或没收财产，或监禁，拒不悔罪者判处火刑。14世纪后西欧王权加强，世俗当局将其接管。1480年西班牙设立的异端裁判所最为残酷，仅第一任大法官多明我会修士托马斯·德·托尔克马达在任期间，判处火刑者至少达2000人。1542年教皇保罗三世在罗马建立最高异端裁判所。18世纪以后，西欧大多数国家先后撤销了该机构。1908年教皇庇护十世改组教廷，废除异端裁判所，改设圣职部。1965年教皇保罗六世将其更名为传信部。